# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 715 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.088 0.108 0.065 0.055 0.092 0.066 0.010 0.516 2 K 0.062 0.126 0.075 0.087 0.256 0.046 0.010 0.338 3 R 0.087 0.079 0.038 0.053 0.066 0.108 0.019 0.551 4 S 0.105 0.048 0.047 0.035 0.038 0.166 0.028 0.533 5 I 0.193 0.078 0.065 0.026 0.057 0.124 0.022 0.435 6 E 0.029 0.021 0.025 0.008 0.011 0.465 0.018 0.423 7 D 0.376 0.007 0.041 0.006 0.010 0.071 0.111 0.378 8 T 0.548 0.018 0.121 0.024 0.015 0.090 0.016 0.167 9 P 0.003 0.001 0.018 0.002 0.001 0.037 0.001 0.939 10 I 0.014 0.001 0.553 0.039 0.082 0.100 0.002 0.210 11 V 0.005 0.001 0.910 0.018 0.027 0.015 0.001 0.024 12 L 0.001 0.001 0.932 0.016 0.018 0.008 0.001 0.024 13 I 0.001 0.001 0.977 0.004 0.006 0.003 0.001 0.010 14 G 0.002 0.001 0.755 0.015 0.029 0.051 0.001 0.145 15 A 0.005 0.002 0.411 0.008 0.029 0.148 0.004 0.395 16 G 0.022 0.005 0.123 0.008 0.023 0.251 0.007 0.561 17 N 0.049 0.018 0.028 0.003 0.007 0.296 0.005 0.594 18 L 0.076 0.097 0.015 0.002 0.007 0.079 0.003 0.720 19 A 0.079 0.345 0.007 0.002 0.006 0.133 0.004 0.425 20 T 0.059 0.489 0.004 0.001 0.003 0.238 0.004 0.201 21 N 0.020 0.881 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.090 22 L 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 23 A 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.017 24 K 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.010 25 A 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 26 L 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 27 Y 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 28 R 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 29 K 0.093 0.772 0.002 0.001 0.001 0.002 0.116 0.015 30 G 0.559 0.040 0.018 0.001 0.001 0.003 0.356 0.022 31 F 0.060 0.019 0.706 0.033 0.005 0.030 0.022 0.125 32 R 0.003 0.001 0.563 0.210 0.070 0.049 0.002 0.101 33 I 0.004 0.001 0.309 0.094 0.111 0.079 0.001 0.402 34 V 0.001 0.001 0.666 0.123 0.144 0.013 0.001 0.052 35 Q 0.001 0.001 0.685 0.113 0.155 0.014 0.001 0.033 36 V 0.001 0.001 0.652 0.095 0.122 0.017 0.001 0.112 37 Y 0.001 0.001 0.667 0.097 0.179 0.014 0.001 0.040 38 S 0.005 0.002 0.184 0.084 0.143 0.102 0.004 0.476 39 R 0.023 0.003 0.177 0.040 0.097 0.170 0.009 0.483 40 T 0.009 0.006 0.019 0.007 0.023 0.509 0.003 0.424 41 E 0.013 0.011 0.010 0.002 0.014 0.067 0.002 0.882 42 E 0.003 0.023 0.001 0.001 0.001 0.240 0.001 0.731 43 S 0.038 0.059 0.001 0.001 0.001 0.742 0.004 0.154 44 A 0.027 0.916 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.046 45 R 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 46 E 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.027 47 L 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 48 A 0.025 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 49 Q 0.067 0.887 0.003 0.001 0.001 0.005 0.022 0.016 50 K 0.142 0.759 0.008 0.001 0.001 0.001 0.057 0.032 51 V 0.189 0.696 0.012 0.002 0.001 0.002 0.060 0.039 52 E 0.149 0.228 0.171 0.011 0.005 0.040 0.067 0.330 53 A 0.045 0.081 0.359 0.019 0.011 0.059 0.018 0.407 54 E 0.110 0.074 0.246 0.037 0.031 0.131 0.016 0.355 55 Y 0.075 0.060 0.098 0.016 0.018 0.102 0.014 0.617 56 T 0.062 0.069 0.358 0.028 0.071 0.064 0.008 0.339 57 T 0.039 0.047 0.059 0.014 0.024 0.112 0.009 0.695 58 D 0.044 0.060 0.023 0.008 0.017 0.268 0.011 0.569 59 L 0.105 0.152 0.030 0.011 0.036 0.138 0.012 0.517 60 A 0.026 0.119 0.005 0.005 0.006 0.416 0.007 0.416 61 E 0.295 0.141 0.005 0.007 0.007 0.295 0.032 0.219 62 V 0.256 0.605 0.002 0.002 0.005 0.009 0.014 0.107 63 N 0.141 0.687 0.007 0.010 0.018 0.013 0.007 0.117 64 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 65 Y 0.112 0.045 0.040 0.022 0.030 0.113 0.034 0.605 66 A 0.570 0.026 0.068 0.031 0.021 0.023 0.022 0.238 67 K 0.037 0.010 0.614 0.077 0.041 0.064 0.006 0.153 68 L 0.007 0.002 0.789 0.028 0.027 0.026 0.001 0.119 69 Y 0.002 0.001 0.893 0.035 0.041 0.012 0.001 0.015 70 I 0.001 0.001 0.912 0.025 0.034 0.006 0.001 0.023 71 V 0.001 0.001 0.937 0.025 0.029 0.002 0.001 0.006 72 S 0.001 0.001 0.725 0.037 0.046 0.040 0.001 0.150 73 L 0.001 0.001 0.511 0.035 0.101 0.084 0.001 0.266 74 K 0.004 0.001 0.114 0.021 0.051 0.244 0.003 0.562 75 D 0.014 0.002 0.046 0.009 0.026 0.207 0.005 0.691 76 S 0.053 0.005 0.013 0.004 0.010 0.124 0.005 0.786 77 A 0.134 0.017 0.007 0.005 0.006 0.349 0.008 0.474 78 F 0.149 0.063 0.008 0.007 0.012 0.335 0.007 0.420 79 A 0.089 0.351 0.008 0.010 0.021 0.118 0.004 0.399 80 E 0.054 0.578 0.004 0.005 0.013 0.058 0.004 0.285 81 L 0.053 0.778 0.006 0.004 0.011 0.025 0.006 0.118 82 L 0.029 0.885 0.006 0.003 0.009 0.009 0.005 0.054 83 Q 0.023 0.856 0.005 0.003 0.005 0.013 0.007 0.089 84 G 0.072 0.735 0.009 0.003 0.005 0.025 0.023 0.129 85 I 0.131 0.725 0.014 0.004 0.007 0.019 0.018 0.082 86 V 0.072 0.708 0.021 0.008 0.009 0.028 0.013 0.142 87 E 0.074 0.503 0.012 0.007 0.010 0.033 0.024 0.335 88 G 0.289 0.302 0.018 0.008 0.013 0.036 0.051 0.282 89 K 0.323 0.206 0.035 0.014 0.015 0.070 0.055 0.284 90 R 0.158 0.094 0.077 0.021 0.020 0.090 0.028 0.512 91 E 0.077 0.027 0.048 0.028 0.021 0.050 0.015 0.734 92 E 0.076 0.013 0.070 0.026 0.022 0.094 0.013 0.685 93 A 0.124 0.015 0.299 0.043 0.041 0.113 0.012 0.353 94 L 0.025 0.005 0.772 0.043 0.040 0.053 0.002 0.059 95 M 0.002 0.001 0.850 0.048 0.055 0.014 0.001 0.030 96 V 0.001 0.001 0.867 0.049 0.067 0.004 0.001 0.012 97 H 0.001 0.001 0.765 0.057 0.070 0.023 0.001 0.083 98 T 0.003 0.002 0.501 0.042 0.106 0.100 0.002 0.245 99 A 0.008 0.002 0.242 0.048 0.092 0.250 0.007 0.351 100 G 0.045 0.003 0.160 0.033 0.060 0.167 0.016 0.515 101 S 0.078 0.005 0.059 0.019 0.033 0.086 0.010 0.709 102 I 0.074 0.006 0.063 0.044 0.052 0.168 0.004 0.589 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 104 M 0.039 0.006 0.029 0.023 0.093 0.109 0.004 0.698 105 N 0.068 0.018 0.014 0.016 0.027 0.102 0.004 0.749 106 V 0.082 0.056 0.015 0.013 0.025 0.093 0.006 0.710 107 W 0.132 0.207 0.023 0.028 0.063 0.146 0.008 0.393 108 E 0.150 0.375 0.019 0.028 0.046 0.100 0.012 0.271 109 G 0.149 0.442 0.008 0.019 0.025 0.064 0.023 0.271 110 H 0.375 0.271 0.012 0.013 0.025 0.029 0.066 0.208 111 V 0.267 0.311 0.027 0.033 0.038 0.037 0.022 0.265 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 113 H 0.042 0.022 0.023 0.015 0.032 0.089 0.012 0.764 114 Y 0.600 0.041 0.030 0.011 0.018 0.027 0.018 0.254 115 G 0.200 0.045 0.116 0.064 0.062 0.085 0.013 0.415 116 V 0.092 0.020 0.199 0.092 0.094 0.076 0.010 0.417 117 F 0.064 0.019 0.173 0.088 0.172 0.046 0.009 0.429 118 Y 0.036 0.017 0.121 0.124 0.149 0.075 0.004 0.473 119 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 120 M 0.028 0.008 0.091 0.037 0.113 0.173 0.006 0.544 121 Q 0.260 0.032 0.075 0.028 0.038 0.122 0.014 0.431 122 T 0.093 0.044 0.041 0.023 0.036 0.082 0.009 0.672 123 F 0.102 0.063 0.098 0.031 0.073 0.086 0.008 0.539 124 S 0.067 0.090 0.054 0.029 0.055 0.180 0.008 0.519 125 K 0.039 0.056 0.028 0.012 0.032 0.071 0.008 0.754 126 Q 0.063 0.092 0.029 0.013 0.028 0.151 0.012 0.611 127 R 0.126 0.135 0.023 0.010 0.020 0.187 0.018 0.480 128 E 0.107 0.340 0.021 0.010 0.024 0.085 0.011 0.403 129 V 0.077 0.412 0.016 0.009 0.016 0.106 0.010 0.352 130 D 0.146 0.372 0.012 0.010 0.016 0.101 0.026 0.316 131 F 0.316 0.417 0.013 0.008 0.015 0.033 0.030 0.168 132 K 0.259 0.394 0.015 0.010 0.012 0.049 0.037 0.225 133 E 0.257 0.179 0.027 0.008 0.011 0.070 0.072 0.375 134 I 0.244 0.159 0.048 0.016 0.022 0.072 0.025 0.414 135 P 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.981 136 F 0.023 0.069 0.034 0.026 0.047 0.284 0.005 0.511 137 F 0.161 0.357 0.031 0.018 0.029 0.069 0.007 0.328 138 I 0.056 0.750 0.015 0.018 0.035 0.013 0.003 0.110 139 E 0.077 0.620 0.036 0.024 0.042 0.022 0.012 0.166 140 A 0.207 0.446 0.020 0.024 0.035 0.025 0.061 0.182 141 S 0.394 0.219 0.031 0.015 0.019 0.045 0.087 0.191 142 S 0.090 0.159 0.045 0.011 0.017 0.176 0.025 0.477 143 T 0.005 0.024 0.016 0.001 0.003 0.032 0.002 0.917 144 E 0.006 0.031 0.004 0.001 0.002 0.379 0.003 0.576 145 D 0.065 0.112 0.005 0.001 0.002 0.652 0.006 0.157 146 A 0.023 0.916 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.049 147 A 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.028 148 F 0.019 0.925 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.040 149 L 0.015 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 150 K 0.008 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 151 A 0.004 0.943 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.044 152 I 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.017 153 A 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 154 S 0.028 0.939 0.002 0.001 0.001 0.006 0.008 0.016 155 T 0.118 0.815 0.004 0.001 0.001 0.002 0.032 0.028 156 L 0.180 0.698 0.008 0.002 0.002 0.003 0.068 0.039 157 S 0.221 0.226 0.123 0.017 0.006 0.053 0.120 0.234 158 N 0.081 0.056 0.383 0.031 0.019 0.040 0.048 0.342 159 R 0.146 0.022 0.401 0.068 0.045 0.110 0.020 0.189 160 V 0.014 0.005 0.165 0.047 0.039 0.052 0.004 0.672 161 Y 0.002 0.001 0.574 0.181 0.177 0.012 0.001 0.052 162 D 0.004 0.002 0.126 0.111 0.109 0.085 0.002 0.561 163 A 0.006 0.003 0.198 0.083 0.222 0.065 0.003 0.420 164 D 0.004 0.003 0.069 0.031 0.066 0.325 0.005 0.497