# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 715 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.174 0.434 0.226 0.049 0.037 0.048 0.007 0.001 0.023 0.001 0.001 2 K 0.142 0.338 0.217 0.113 0.072 0.053 0.024 0.002 0.035 0.002 0.001 3 R 0.176 0.188 0.196 0.108 0.177 0.035 0.029 0.028 0.028 0.034 0.001 4 S 0.049 0.142 0.571 0.037 0.040 0.067 0.021 0.001 0.062 0.008 0.001 5 I 0.778 0.025 0.121 0.043 0.005 0.006 0.002 0.001 0.006 0.003 0.010 6 E 0.644 0.017 0.081 0.182 0.008 0.013 0.047 0.003 0.003 0.002 0.001 7 D 0.046 0.018 0.024 0.624 0.015 0.014 0.184 0.064 0.008 0.003 0.001 8 T 0.007 0.333 0.539 0.003 0.016 0.003 0.011 0.001 0.087 0.001 0.001 9 P 0.024 0.017 0.848 0.006 0.003 0.045 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 10 I 0.008 0.850 0.084 0.009 0.032 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 11 V 0.005 0.828 0.079 0.002 0.068 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 12 L 0.005 0.641 0.223 0.003 0.020 0.093 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 13 I 0.027 0.661 0.172 0.015 0.064 0.018 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 14 G 0.025 0.086 0.177 0.021 0.383 0.051 0.044 0.028 0.029 0.155 0.001 15 A 0.324 0.104 0.292 0.142 0.063 0.022 0.029 0.004 0.010 0.007 0.002 16 G 0.257 0.010 0.052 0.025 0.053 0.010 0.033 0.279 0.001 0.280 0.001 17 N 0.830 0.016 0.050 0.052 0.021 0.015 0.009 0.003 0.002 0.002 0.001 18 L 0.946 0.021 0.011 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 R 0.983 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 K 0.141 0.001 0.010 0.827 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 30 G 0.008 0.001 0.005 0.007 0.002 0.001 0.221 0.739 0.001 0.016 0.001 31 F 0.037 0.232 0.642 0.030 0.018 0.019 0.013 0.001 0.007 0.001 0.001 32 R 0.040 0.248 0.509 0.043 0.034 0.095 0.016 0.001 0.010 0.001 0.001 33 I 0.023 0.766 0.102 0.014 0.067 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 34 V 0.010 0.850 0.068 0.003 0.049 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 35 Q 0.008 0.719 0.162 0.003 0.034 0.067 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 36 V 0.018 0.781 0.114 0.006 0.024 0.042 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 37 Y 0.080 0.516 0.139 0.052 0.112 0.042 0.011 0.001 0.046 0.001 0.001 38 S 0.071 0.170 0.172 0.106 0.133 0.095 0.187 0.014 0.038 0.013 0.002 39 R 0.113 0.231 0.284 0.192 0.059 0.065 0.024 0.005 0.018 0.006 0.003 40 T 0.033 0.137 0.448 0.026 0.052 0.144 0.013 0.001 0.128 0.016 0.001 41 E 0.972 0.001 0.016 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 42 E 0.978 0.001 0.002 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.905 0.003 0.002 0.086 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.993 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 K 0.928 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.363 0.008 0.017 0.580 0.001 0.002 0.025 0.001 0.003 0.001 0.001 52 E 0.157 0.013 0.042 0.067 0.011 0.012 0.663 0.026 0.004 0.006 0.001 53 A 0.255 0.205 0.295 0.136 0.027 0.048 0.019 0.003 0.013 0.001 0.001 54 E 0.216 0.231 0.355 0.075 0.030 0.065 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 55 Y 0.229 0.279 0.283 0.058 0.041 0.080 0.006 0.001 0.022 0.001 0.001 56 T 0.522 0.180 0.124 0.070 0.036 0.034 0.010 0.002 0.020 0.001 0.001 57 T 0.579 0.080 0.115 0.122 0.046 0.024 0.015 0.003 0.013 0.004 0.001 58 D 0.269 0.094 0.235 0.149 0.051 0.084 0.034 0.003 0.073 0.007 0.001 59 L 0.885 0.008 0.076 0.016 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 60 A 0.981 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.921 0.005 0.007 0.058 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.682 0.025 0.025 0.250 0.003 0.005 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 63 N 0.446 0.092 0.211 0.015 0.024 0.013 0.031 0.001 0.163 0.005 0.001 64 P 0.933 0.001 0.044 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 65 Y 0.412 0.016 0.038 0.479 0.010 0.014 0.014 0.007 0.008 0.001 0.001 66 A 0.365 0.098 0.274 0.168 0.017 0.015 0.041 0.005 0.014 0.002 0.001 67 K 0.257 0.200 0.162 0.199 0.047 0.041 0.075 0.004 0.012 0.002 0.001 68 L 0.038 0.732 0.111 0.027 0.056 0.020 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 69 Y 0.017 0.778 0.141 0.005 0.018 0.035 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 70 I 0.012 0.724 0.163 0.003 0.015 0.074 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 71 V 0.022 0.811 0.081 0.007 0.037 0.019 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 72 S 0.035 0.536 0.139 0.020 0.186 0.033 0.007 0.001 0.042 0.001 0.001 73 L 0.056 0.514 0.233 0.032 0.072 0.047 0.010 0.001 0.032 0.001 0.001 74 K 0.095 0.242 0.444 0.041 0.050 0.085 0.010 0.001 0.027 0.003 0.002 75 D 0.381 0.099 0.278 0.085 0.044 0.056 0.016 0.002 0.030 0.007 0.003 76 S 0.743 0.023 0.087 0.085 0.018 0.016 0.016 0.003 0.005 0.004 0.001 77 A 0.715 0.031 0.069 0.123 0.015 0.018 0.017 0.004 0.006 0.002 0.001 78 F 0.775 0.052 0.059 0.079 0.009 0.012 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 79 A 0.904 0.034 0.031 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 80 E 0.921 0.022 0.018 0.024 0.006 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 81 L 0.924 0.021 0.018 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 82 L 0.949 0.012 0.020 0.012 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 83 Q 0.940 0.008 0.011 0.032 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 G 0.876 0.010 0.014 0.044 0.028 0.003 0.010 0.007 0.004 0.004 0.001 85 I 0.811 0.039 0.049 0.082 0.007 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 86 V 0.689 0.098 0.100 0.048 0.015 0.014 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 87 E 0.562 0.030 0.216 0.141 0.009 0.013 0.021 0.001 0.006 0.001 0.001 88 G 0.129 0.008 0.041 0.073 0.039 0.010 0.071 0.504 0.004 0.121 0.001 89 K 0.253 0.118 0.370 0.175 0.028 0.022 0.013 0.003 0.014 0.003 0.001 90 R 0.142 0.179 0.355 0.117 0.031 0.057 0.054 0.005 0.049 0.011 0.001 91 E 0.295 0.124 0.340 0.112 0.037 0.029 0.031 0.003 0.015 0.007 0.007 92 E 0.216 0.165 0.214 0.227 0.084 0.030 0.030 0.006 0.022 0.004 0.003 93 A 0.036 0.489 0.256 0.062 0.096 0.022 0.012 0.003 0.022 0.001 0.001 94 L 0.011 0.762 0.166 0.007 0.024 0.019 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 95 M 0.007 0.754 0.158 0.005 0.017 0.051 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 96 V 0.011 0.821 0.087 0.005 0.030 0.022 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 97 H 0.020 0.258 0.371 0.022 0.080 0.186 0.020 0.001 0.040 0.002 0.001 98 T 0.161 0.441 0.131 0.091 0.091 0.022 0.016 0.003 0.038 0.004 0.003 99 A 0.103 0.277 0.182 0.198 0.124 0.019 0.057 0.010 0.020 0.010 0.001 100 G 0.049 0.101 0.128 0.055 0.233 0.020 0.096 0.159 0.014 0.144 0.001 101 S 0.109 0.235 0.419 0.111 0.042 0.045 0.015 0.003 0.014 0.003 0.004 102 I 0.031 0.367 0.410 0.007 0.033 0.012 0.002 0.001 0.133 0.003 0.001 103 P 0.083 0.007 0.811 0.007 0.003 0.047 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 104 M 0.454 0.199 0.199 0.076 0.033 0.019 0.003 0.002 0.013 0.001 0.001 105 N 0.469 0.125 0.216 0.040 0.066 0.041 0.014 0.002 0.021 0.004 0.001 106 V 0.831 0.052 0.052 0.040 0.012 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 107 W 0.787 0.055 0.046 0.051 0.029 0.012 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 108 E 0.629 0.058 0.109 0.162 0.013 0.005 0.012 0.001 0.010 0.001 0.001 109 G 0.432 0.012 0.046 0.041 0.043 0.007 0.099 0.215 0.002 0.102 0.001 110 H 0.385 0.065 0.108 0.391 0.019 0.017 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 111 V 0.195 0.159 0.390 0.018 0.023 0.013 0.016 0.001 0.179 0.006 0.001 112 P 0.743 0.005 0.203 0.023 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 113 H 0.421 0.048 0.087 0.314 0.038 0.026 0.025 0.022 0.015 0.005 0.001 114 Y 0.219 0.107 0.268 0.298 0.036 0.010 0.037 0.006 0.015 0.003 0.002 115 G 0.072 0.057 0.120 0.060 0.104 0.025 0.151 0.277 0.009 0.126 0.001 116 V 0.107 0.502 0.244 0.067 0.040 0.025 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 117 F 0.091 0.407 0.323 0.055 0.034 0.063 0.004 0.001 0.018 0.002 0.002 118 Y 0.023 0.359 0.361 0.004 0.052 0.018 0.004 0.001 0.174 0.003 0.001 119 P 0.352 0.005 0.543 0.014 0.005 0.023 0.002 0.001 0.003 0.001 0.052 120 M 0.357 0.122 0.137 0.290 0.034 0.023 0.015 0.007 0.013 0.001 0.001 121 Q 0.126 0.352 0.260 0.065 0.081 0.026 0.020 0.004 0.062 0.004 0.001 122 T 0.163 0.162 0.491 0.065 0.017 0.074 0.009 0.001 0.013 0.001 0.005 123 F 0.193 0.350 0.195 0.113 0.054 0.047 0.009 0.004 0.032 0.003 0.001 124 S 0.256 0.173 0.280 0.112 0.067 0.052 0.020 0.002 0.030 0.006 0.001 125 K 0.477 0.061 0.127 0.170 0.044 0.038 0.047 0.009 0.016 0.009 0.001 126 Q 0.494 0.075 0.114 0.218 0.028 0.021 0.028 0.007 0.011 0.005 0.001 127 R 0.388 0.121 0.218 0.110 0.046 0.040 0.033 0.007 0.030 0.007 0.001 128 E 0.691 0.061 0.150 0.051 0.011 0.022 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 129 V 0.847 0.041 0.044 0.043 0.008 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 130 D 0.788 0.030 0.047 0.088 0.016 0.012 0.011 0.001 0.006 0.001 0.001 131 F 0.723 0.045 0.035 0.152 0.014 0.008 0.012 0.002 0.009 0.001 0.001 132 K 0.770 0.045 0.070 0.060 0.012 0.011 0.022 0.001 0.007 0.001 0.001 133 E 0.588 0.053 0.065 0.242 0.012 0.015 0.016 0.001 0.006 0.001 0.001 134 I 0.338 0.225 0.207 0.022 0.045 0.012 0.009 0.001 0.139 0.001 0.001 135 P 0.743 0.011 0.214 0.012 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 136 F 0.758 0.120 0.041 0.043 0.020 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 137 F 0.627 0.178 0.071 0.036 0.056 0.010 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 138 I 0.533 0.196 0.122 0.068 0.032 0.022 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 139 E 0.568 0.120 0.119 0.102 0.033 0.022 0.013 0.001 0.021 0.001 0.001 140 A 0.280 0.120 0.150 0.262 0.075 0.027 0.047 0.010 0.021 0.006 0.001 141 S 0.131 0.138 0.311 0.188 0.073 0.070 0.044 0.010 0.023 0.010 0.001 142 S 0.096 0.105 0.524 0.040 0.033 0.132 0.012 0.001 0.049 0.006 0.001 143 T 0.954 0.001 0.027 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 E 0.970 0.001 0.004 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 D 0.938 0.005 0.005 0.046 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 F 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 I 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 S 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 T 0.866 0.005 0.007 0.111 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 156 L 0.476 0.017 0.049 0.427 0.003 0.004 0.017 0.001 0.005 0.001 0.001 157 S 0.241 0.016 0.053 0.153 0.021 0.016 0.416 0.060 0.005 0.020 0.001 158 N 0.194 0.149 0.193 0.311 0.054 0.034 0.043 0.007 0.012 0.003 0.001 159 R 0.110 0.395 0.293 0.064 0.046 0.043 0.014 0.002 0.033 0.001 0.001 160 V 0.091 0.353 0.396 0.033 0.025 0.081 0.005 0.001 0.014 0.001 0.003 161 Y 0.074 0.623 0.160 0.030 0.045 0.037 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 162 D 0.067 0.301 0.356 0.044 0.063 0.096 0.012 0.001 0.056 0.002 0.002 163 A 0.291 0.195 0.224 0.148 0.053 0.026 0.022 0.004 0.029 0.006 0.003 164 D 0.121 0.082 0.160 0.159 0.124 0.058 0.149 0.057 0.031 0.057 0.001