# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 715 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.267 0.096 0.015 0.005 0.346 0.010 0.022 0.088 0.038 0.049 0.063 2 K 0.148 0.119 0.052 0.043 0.216 0.047 0.056 0.110 0.040 0.073 0.095 3 R 0.079 0.166 0.104 0.111 0.135 0.078 0.056 0.088 0.035 0.101 0.046 4 S 0.148 0.188 0.210 0.018 0.254 0.008 0.014 0.041 0.029 0.055 0.035 5 I 0.085 0.038 0.025 0.015 0.075 0.024 0.034 0.268 0.334 0.060 0.041 6 E 0.024 0.162 0.054 0.045 0.062 0.092 0.317 0.125 0.070 0.038 0.010 7 D 0.075 0.022 0.024 0.041 0.055 0.016 0.015 0.019 0.022 0.517 0.192 8 T 0.073 0.441 0.132 0.011 0.274 0.008 0.012 0.010 0.008 0.012 0.018 9 P 0.325 0.072 0.009 0.004 0.531 0.009 0.014 0.006 0.004 0.005 0.021 10 I 0.253 0.115 0.006 0.001 0.606 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 11 V 0.219 0.022 0.001 0.001 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 12 L 0.350 0.030 0.004 0.001 0.523 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.084 13 I 0.157 0.162 0.052 0.055 0.211 0.059 0.044 0.021 0.010 0.057 0.173 14 G 0.097 0.246 0.145 0.108 0.188 0.030 0.031 0.037 0.014 0.056 0.049 15 A 0.033 0.028 0.018 0.034 0.028 0.017 0.025 0.385 0.263 0.140 0.030 16 G 0.002 0.013 0.021 0.085 0.005 0.044 0.038 0.626 0.147 0.017 0.003 17 N 0.011 0.008 0.004 0.001 0.010 0.001 0.004 0.829 0.113 0.018 0.002 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.022 0.008 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 20 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.015 0.001 0.001 21 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.005 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.006 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.002 0.001 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.875 0.118 0.001 0.001 28 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.157 0.747 0.081 0.009 0.001 29 K 0.001 0.727 0.177 0.010 0.006 0.012 0.039 0.013 0.004 0.010 0.002 30 G 0.020 0.002 0.002 0.008 0.006 0.002 0.001 0.002 0.003 0.352 0.603 31 F 0.152 0.343 0.048 0.004 0.327 0.004 0.020 0.017 0.025 0.014 0.045 32 R 0.162 0.205 0.028 0.019 0.338 0.052 0.112 0.022 0.009 0.015 0.038 33 I 0.414 0.078 0.006 0.002 0.443 0.004 0.014 0.006 0.006 0.004 0.025 34 V 0.199 0.034 0.002 0.001 0.753 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 35 Q 0.229 0.039 0.002 0.001 0.715 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 36 V 0.375 0.035 0.003 0.001 0.436 0.003 0.004 0.008 0.004 0.018 0.113 37 Y 0.127 0.153 0.044 0.057 0.272 0.093 0.051 0.034 0.023 0.065 0.079 38 S 0.184 0.156 0.092 0.013 0.379 0.006 0.009 0.042 0.017 0.054 0.049 39 R 0.042 0.207 0.072 0.021 0.095 0.036 0.048 0.186 0.114 0.145 0.033 40 T 0.007 0.602 0.301 0.004 0.039 0.001 0.003 0.026 0.009 0.005 0.004 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.734 0.257 0.003 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.040 0.002 0.001 43 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.019 0.011 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.002 0.001 45 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.009 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.067 0.007 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.761 0.234 0.002 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.759 0.212 0.002 0.001 50 K 0.004 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.294 0.509 0.107 0.069 0.002 51 V 0.010 0.696 0.129 0.004 0.042 0.009 0.022 0.048 0.013 0.020 0.007 52 E 0.072 0.015 0.012 0.020 0.033 0.013 0.012 0.049 0.037 0.431 0.306 53 A 0.093 0.266 0.092 0.008 0.250 0.008 0.021 0.101 0.053 0.073 0.035 54 E 0.070 0.255 0.068 0.018 0.251 0.017 0.054 0.144 0.051 0.039 0.032 55 Y 0.200 0.114 0.027 0.006 0.261 0.011 0.027 0.137 0.068 0.091 0.057 56 T 0.093 0.135 0.052 0.016 0.170 0.016 0.021 0.291 0.079 0.064 0.063 57 T 0.018 0.071 0.034 0.034 0.036 0.053 0.094 0.518 0.080 0.045 0.017 58 D 0.050 0.211 0.091 0.012 0.105 0.008 0.016 0.266 0.055 0.154 0.031 59 L 0.009 0.008 0.002 0.001 0.010 0.001 0.006 0.447 0.480 0.030 0.007 60 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.029 0.592 0.359 0.008 0.001 61 E 0.006 0.005 0.003 0.001 0.006 0.002 0.117 0.641 0.174 0.043 0.003 62 V 0.029 0.107 0.030 0.002 0.047 0.006 0.077 0.298 0.111 0.276 0.018 63 N 0.134 0.175 0.086 0.027 0.186 0.022 0.020 0.149 0.082 0.066 0.053 64 P 0.029 0.042 0.033 0.010 0.043 0.023 0.084 0.396 0.263 0.059 0.018 65 Y 0.081 0.030 0.020 0.007 0.079 0.008 0.084 0.182 0.116 0.288 0.106 66 A 0.191 0.134 0.031 0.003 0.259 0.012 0.099 0.049 0.116 0.017 0.088 67 K 0.146 0.094 0.017 0.018 0.220 0.108 0.159 0.086 0.020 0.058 0.076 68 L 0.234 0.131 0.006 0.001 0.606 0.002 0.004 0.006 0.002 0.003 0.006 69 Y 0.218 0.016 0.001 0.001 0.756 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 70 I 0.361 0.028 0.003 0.001 0.550 0.002 0.002 0.005 0.002 0.003 0.042 71 V 0.204 0.102 0.018 0.010 0.471 0.022 0.019 0.016 0.008 0.024 0.107 72 S 0.324 0.064 0.016 0.004 0.425 0.003 0.006 0.009 0.006 0.063 0.082 73 L 0.057 0.375 0.223 0.038 0.155 0.020 0.024 0.022 0.017 0.035 0.034 74 K 0.047 0.325 0.277 0.060 0.103 0.033 0.035 0.046 0.031 0.025 0.018 75 D 0.039 0.178 0.089 0.023 0.067 0.017 0.040 0.256 0.210 0.061 0.021 76 S 0.009 0.037 0.030 0.032 0.015 0.036 0.062 0.401 0.235 0.124 0.020 77 A 0.033 0.137 0.051 0.008 0.071 0.008 0.025 0.358 0.129 0.150 0.029 78 F 0.029 0.028 0.008 0.003 0.032 0.004 0.012 0.596 0.201 0.068 0.022 79 A 0.007 0.020 0.009 0.005 0.013 0.008 0.016 0.774 0.128 0.015 0.005 80 E 0.013 0.016 0.003 0.001 0.015 0.002 0.009 0.849 0.060 0.027 0.004 81 L 0.010 0.017 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.854 0.056 0.038 0.005 82 L 0.007 0.006 0.002 0.002 0.008 0.003 0.012 0.833 0.107 0.015 0.005 83 Q 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.016 0.838 0.123 0.008 0.001 84 G 0.006 0.012 0.005 0.001 0.009 0.001 0.026 0.770 0.119 0.048 0.004 85 I 0.023 0.039 0.009 0.001 0.027 0.002 0.022 0.697 0.105 0.067 0.009 86 V 0.020 0.041 0.023 0.014 0.026 0.024 0.063 0.604 0.133 0.040 0.015 87 E 0.018 0.114 0.043 0.026 0.034 0.036 0.181 0.343 0.135 0.060 0.011 88 G 0.037 0.056 0.062 0.052 0.050 0.022 0.038 0.131 0.127 0.335 0.089 89 K 0.107 0.118 0.088 0.017 0.136 0.021 0.064 0.124 0.097 0.175 0.052 90 R 0.108 0.189 0.146 0.048 0.165 0.023 0.033 0.069 0.054 0.102 0.062 91 E 0.096 0.177 0.093 0.044 0.154 0.047 0.110 0.111 0.094 0.041 0.034 92 E 0.039 0.075 0.073 0.077 0.061 0.102 0.081 0.096 0.074 0.245 0.076 93 A 0.178 0.263 0.027 0.004 0.467 0.003 0.007 0.008 0.006 0.016 0.018 94 L 0.179 0.037 0.001 0.001 0.777 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 95 M 0.310 0.023 0.001 0.001 0.647 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 96 V 0.341 0.078 0.012 0.006 0.449 0.010 0.008 0.004 0.003 0.007 0.083 97 H 0.260 0.140 0.042 0.012 0.422 0.011 0.011 0.009 0.005 0.019 0.070 98 T 0.241 0.116 0.031 0.011 0.311 0.012 0.018 0.033 0.043 0.077 0.108 99 A 0.097 0.176 0.072 0.062 0.173 0.081 0.073 0.046 0.054 0.104 0.062 100 G 0.062 0.213 0.172 0.105 0.131 0.053 0.058 0.041 0.039 0.084 0.042 101 S 0.141 0.131 0.107 0.036 0.188 0.020 0.034 0.046 0.058 0.170 0.071 102 I 0.027 0.453 0.271 0.026 0.101 0.014 0.018 0.030 0.023 0.023 0.013 103 P 0.071 0.284 0.139 0.017 0.154 0.013 0.031 0.124 0.088 0.045 0.035 104 M 0.030 0.097 0.031 0.009 0.056 0.011 0.024 0.409 0.247 0.065 0.021 105 N 0.035 0.082 0.039 0.010 0.077 0.012 0.022 0.524 0.124 0.057 0.018 106 V 0.024 0.052 0.013 0.002 0.039 0.003 0.012 0.657 0.146 0.042 0.011 107 W 0.018 0.018 0.003 0.001 0.018 0.004 0.019 0.719 0.114 0.077 0.010 108 E 0.010 0.034 0.014 0.020 0.018 0.028 0.063 0.585 0.174 0.044 0.011 109 G 0.013 0.025 0.024 0.021 0.019 0.018 0.064 0.485 0.232 0.079 0.020 110 H 0.060 0.061 0.028 0.004 0.070 0.006 0.072 0.259 0.096 0.310 0.034 111 V 0.055 0.322 0.148 0.018 0.125 0.014 0.023 0.133 0.074 0.054 0.033 112 P 0.026 0.051 0.038 0.033 0.035 0.045 0.127 0.374 0.213 0.035 0.022 113 H 0.058 0.041 0.037 0.017 0.060 0.018 0.088 0.270 0.140 0.236 0.036 114 Y 0.053 0.267 0.083 0.020 0.131 0.022 0.054 0.137 0.099 0.092 0.041 115 G 0.077 0.096 0.058 0.051 0.118 0.048 0.052 0.144 0.094 0.152 0.109 116 V 0.172 0.151 0.045 0.008 0.318 0.009 0.025 0.098 0.039 0.094 0.042 117 F 0.151 0.202 0.061 0.018 0.298 0.018 0.033 0.059 0.036 0.074 0.050 118 Y 0.096 0.296 0.157 0.029 0.248 0.021 0.020 0.050 0.031 0.025 0.027 119 P 0.062 0.119 0.050 0.013 0.117 0.017 0.049 0.265 0.231 0.048 0.030 120 M 0.077 0.058 0.025 0.009 0.092 0.015 0.080 0.189 0.169 0.237 0.050 121 Q 0.058 0.347 0.149 0.020 0.178 0.019 0.022 0.071 0.044 0.061 0.031 122 T 0.092 0.157 0.068 0.017 0.173 0.018 0.044 0.196 0.107 0.079 0.050 123 F 0.113 0.124 0.065 0.019 0.167 0.018 0.037 0.145 0.086 0.171 0.056 124 S 0.044 0.321 0.169 0.029 0.123 0.022 0.031 0.143 0.055 0.038 0.024 125 K 0.038 0.053 0.035 0.028 0.048 0.027 0.053 0.415 0.167 0.097 0.039 126 Q 0.041 0.118 0.054 0.021 0.080 0.018 0.033 0.364 0.118 0.128 0.026 127 R 0.039 0.108 0.041 0.013 0.077 0.014 0.027 0.404 0.143 0.104 0.031 128 E 0.053 0.040 0.013 0.005 0.064 0.007 0.022 0.496 0.186 0.086 0.028 129 V 0.027 0.059 0.018 0.007 0.050 0.015 0.050 0.556 0.156 0.048 0.013 130 D 0.062 0.061 0.030 0.009 0.072 0.014 0.069 0.408 0.119 0.125 0.031 131 F 0.074 0.068 0.027 0.008 0.087 0.013 0.032 0.370 0.161 0.119 0.041 132 K 0.034 0.103 0.049 0.025 0.066 0.036 0.086 0.408 0.118 0.050 0.023 133 E 0.064 0.063 0.039 0.017 0.071 0.019 0.055 0.262 0.100 0.247 0.063 134 I 0.093 0.266 0.058 0.007 0.211 0.006 0.015 0.185 0.068 0.053 0.038 135 P 0.121 0.086 0.017 0.006 0.206 0.014 0.038 0.363 0.102 0.021 0.025 136 F 0.095 0.145 0.021 0.004 0.174 0.011 0.030 0.384 0.072 0.044 0.021 137 F 0.191 0.094 0.008 0.002 0.233 0.006 0.026 0.286 0.065 0.056 0.033 138 I 0.098 0.100 0.023 0.011 0.178 0.024 0.050 0.325 0.115 0.038 0.036 139 E 0.066 0.067 0.028 0.019 0.103 0.040 0.107 0.300 0.143 0.084 0.043 140 A 0.070 0.161 0.092 0.016 0.159 0.015 0.044 0.145 0.061 0.175 0.062 141 S 0.049 0.322 0.165 0.023 0.120 0.018 0.024 0.070 0.030 0.134 0.046 142 S 0.020 0.543 0.251 0.008 0.071 0.003 0.005 0.052 0.024 0.014 0.010 143 T 0.004 0.013 0.004 0.001 0.006 0.002 0.008 0.673 0.275 0.010 0.003 144 E 0.001 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.011 0.854 0.109 0.010 0.001 145 D 0.003 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.848 0.080 0.053 0.002 146 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.080 0.007 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.040 0.001 0.001 148 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.012 0.007 0.001 149 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.023 0.002 0.001 150 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 152 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.021 0.005 0.001 153 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.901 0.094 0.002 0.001 154 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.812 0.161 0.005 0.001 155 T 0.010 0.020 0.012 0.001 0.011 0.002 0.115 0.615 0.118 0.092 0.004 156 L 0.050 0.199 0.085 0.014 0.081 0.023 0.064 0.205 0.108 0.130 0.040 157 S 0.073 0.112 0.056 0.054 0.104 0.046 0.083 0.127 0.088 0.174 0.084 158 N 0.124 0.135 0.072 0.025 0.189 0.025 0.055 0.052 0.057 0.200 0.065 159 R 0.069 0.346 0.088 0.005 0.431 0.004 0.011 0.010 0.009 0.012 0.014 160 V 0.334 0.045 0.004 0.001 0.595 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.011 161 Y 0.054 0.523 0.156 0.007 0.228 0.004 0.004 0.002 0.001 0.003 0.017 162 D 0.186 0.246 0.135 0.022 0.237 0.013 0.014 0.026 0.020 0.021 0.081 163 A 0.033 0.098 0.042 0.093 0.056 0.099 0.147 0.136 0.171 0.096 0.028 164 D 0.070 0.097 0.114 0.094 0.121 0.027 0.025 0.040 0.040 0.310 0.060