# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 715 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.116 0.061 0.099 0.147 0.192 0.170 0.111 0.059 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 2 K 0.292 0.211 0.159 0.146 0.095 0.048 0.029 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 R 0.677 0.179 0.070 0.037 0.019 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 S 0.243 0.195 0.170 0.171 0.119 0.056 0.029 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 I 0.028 0.028 0.078 0.158 0.236 0.203 0.151 0.071 0.029 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 6 E 0.270 0.269 0.190 0.149 0.058 0.034 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 D 0.247 0.299 0.187 0.118 0.059 0.036 0.030 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.007 0.019 0.047 0.127 0.183 0.211 0.168 0.123 0.068 0.022 0.012 0.007 0.004 0.001 9 P 0.004 0.009 0.024 0.054 0.128 0.144 0.173 0.165 0.142 0.077 0.039 0.021 0.014 0.007 10 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.043 0.080 0.145 0.219 0.214 0.148 0.082 0.041 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.019 0.075 0.169 0.227 0.236 0.171 0.090 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.019 0.067 0.143 0.204 0.261 0.181 0.110 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.025 0.080 0.158 0.196 0.204 0.179 0.137 14 G 0.001 0.003 0.004 0.008 0.014 0.027 0.063 0.108 0.150 0.163 0.164 0.132 0.092 0.069 15 A 0.001 0.003 0.004 0.012 0.025 0.050 0.096 0.149 0.193 0.194 0.144 0.067 0.032 0.031 16 G 0.005 0.019 0.041 0.065 0.112 0.136 0.165 0.148 0.128 0.079 0.052 0.028 0.012 0.010 17 N 0.049 0.102 0.153 0.145 0.142 0.132 0.106 0.078 0.051 0.023 0.010 0.004 0.003 0.001 18 L 0.016 0.023 0.040 0.075 0.112 0.183 0.207 0.169 0.106 0.042 0.016 0.006 0.003 0.001 19 A 0.023 0.022 0.033 0.066 0.106 0.193 0.230 0.175 0.099 0.037 0.011 0.003 0.001 0.001 20 T 0.108 0.151 0.208 0.183 0.155 0.098 0.055 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 21 N 0.144 0.116 0.151 0.166 0.154 0.129 0.072 0.041 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 22 L 0.018 0.012 0.020 0.050 0.085 0.198 0.268 0.213 0.091 0.030 0.010 0.004 0.001 0.001 23 A 0.023 0.029 0.044 0.084 0.147 0.196 0.218 0.156 0.071 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 24 K 0.211 0.249 0.232 0.138 0.086 0.045 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.071 0.074 0.152 0.237 0.237 0.129 0.057 0.027 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.022 0.015 0.038 0.090 0.169 0.238 0.190 0.148 0.068 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.096 0.140 0.174 0.196 0.180 0.118 0.059 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 28 R 0.491 0.267 0.121 0.060 0.031 0.014 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 K 0.178 0.206 0.223 0.203 0.102 0.052 0.023 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 G 0.183 0.208 0.185 0.151 0.123 0.065 0.052 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 F 0.041 0.039 0.065 0.114 0.201 0.202 0.162 0.106 0.041 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 32 R 0.061 0.076 0.094 0.146 0.162 0.135 0.117 0.087 0.065 0.030 0.016 0.006 0.003 0.002 33 I 0.012 0.008 0.014 0.033 0.056 0.090 0.129 0.167 0.162 0.124 0.102 0.061 0.027 0.015 34 V 0.005 0.005 0.006 0.008 0.016 0.031 0.051 0.068 0.136 0.181 0.207 0.163 0.083 0.038 35 Q 0.010 0.008 0.013 0.021 0.035 0.048 0.074 0.114 0.146 0.168 0.149 0.122 0.065 0.029 36 V 0.003 0.004 0.004 0.007 0.013 0.021 0.035 0.063 0.132 0.204 0.220 0.160 0.082 0.053 37 Y 0.010 0.016 0.020 0.028 0.051 0.073 0.120 0.148 0.154 0.135 0.111 0.071 0.042 0.021 38 S 0.055 0.064 0.083 0.123 0.146 0.115 0.130 0.092 0.081 0.052 0.030 0.016 0.007 0.004 39 R 0.036 0.061 0.089 0.153 0.191 0.155 0.106 0.086 0.067 0.031 0.014 0.005 0.003 0.002 40 T 0.086 0.093 0.095 0.135 0.145 0.160 0.141 0.070 0.045 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 41 E 0.061 0.143 0.229 0.238 0.161 0.092 0.041 0.017 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.754 0.161 0.050 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.165 0.187 0.201 0.202 0.127 0.064 0.039 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.018 0.014 0.033 0.083 0.190 0.236 0.197 0.152 0.057 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 45 R 0.233 0.371 0.226 0.111 0.036 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.498 0.349 0.107 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.010 0.011 0.040 0.130 0.275 0.251 0.155 0.090 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 48 A 0.036 0.061 0.137 0.222 0.277 0.147 0.069 0.032 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.784 0.169 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 K 0.192 0.291 0.245 0.137 0.067 0.035 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.049 0.037 0.079 0.143 0.249 0.191 0.143 0.070 0.027 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 52 E 0.299 0.307 0.147 0.090 0.085 0.032 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.235 0.078 0.099 0.142 0.155 0.122 0.066 0.054 0.029 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 54 E 0.219 0.169 0.139 0.171 0.129 0.069 0.051 0.024 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 55 Y 0.076 0.050 0.088 0.146 0.180 0.176 0.110 0.078 0.050 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 56 T 0.083 0.090 0.108 0.130 0.171 0.156 0.118 0.066 0.039 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 57 T 0.384 0.221 0.147 0.093 0.062 0.038 0.025 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 58 D 0.255 0.262 0.154 0.131 0.100 0.045 0.026 0.012 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.041 0.035 0.064 0.112 0.194 0.205 0.159 0.103 0.051 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 60 A 0.185 0.203 0.193 0.173 0.118 0.071 0.030 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.511 0.324 0.097 0.037 0.016 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.047 0.048 0.098 0.196 0.259 0.182 0.084 0.048 0.025 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 63 N 0.044 0.050 0.086 0.154 0.210 0.201 0.143 0.068 0.028 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 64 P 0.263 0.336 0.186 0.091 0.048 0.031 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.080 0.175 0.165 0.213 0.149 0.094 0.051 0.037 0.023 0.007 0.004 0.002 0.002 0.001 66 A 0.005 0.010 0.026 0.076 0.156 0.196 0.216 0.153 0.090 0.036 0.018 0.012 0.004 0.001 67 K 0.006 0.017 0.039 0.090 0.172 0.160 0.166 0.147 0.104 0.051 0.024 0.009 0.008 0.005 68 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.018 0.048 0.093 0.176 0.207 0.210 0.137 0.068 0.030 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.026 0.049 0.129 0.184 0.222 0.199 0.104 0.069 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.013 0.053 0.144 0.209 0.292 0.166 0.112 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.027 0.074 0.173 0.199 0.215 0.181 0.110 72 S 0.001 0.002 0.003 0.005 0.010 0.017 0.035 0.076 0.141 0.183 0.191 0.153 0.112 0.070 73 L 0.002 0.005 0.008 0.020 0.042 0.060 0.091 0.140 0.184 0.159 0.129 0.080 0.042 0.038 74 K 0.009 0.029 0.053 0.090 0.123 0.140 0.148 0.130 0.109 0.075 0.049 0.027 0.011 0.010 75 D 0.030 0.070 0.105 0.123 0.147 0.140 0.127 0.093 0.080 0.044 0.023 0.009 0.005 0.003 76 S 0.184 0.199 0.164 0.128 0.105 0.075 0.052 0.034 0.037 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 77 A 0.150 0.124 0.159 0.161 0.146 0.105 0.067 0.038 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 78 F 0.065 0.055 0.087 0.129 0.182 0.173 0.141 0.087 0.043 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 79 A 0.169 0.135 0.130 0.127 0.145 0.111 0.072 0.051 0.030 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 80 E 0.275 0.236 0.160 0.122 0.085 0.050 0.031 0.019 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 81 L 0.052 0.036 0.063 0.106 0.174 0.181 0.135 0.114 0.072 0.037 0.016 0.010 0.004 0.001 82 L 0.075 0.078 0.112 0.158 0.177 0.158 0.111 0.068 0.032 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 83 Q 0.530 0.239 0.100 0.055 0.031 0.017 0.013 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 84 G 0.223 0.206 0.160 0.152 0.122 0.065 0.034 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 85 I 0.051 0.041 0.086 0.139 0.203 0.187 0.150 0.083 0.035 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 86 V 0.172 0.152 0.178 0.188 0.148 0.083 0.041 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.589 0.229 0.085 0.048 0.026 0.011 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 G 0.278 0.194 0.166 0.153 0.104 0.059 0.030 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.255 0.186 0.183 0.146 0.109 0.060 0.043 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.308 0.265 0.164 0.121 0.075 0.034 0.019 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 E 0.249 0.261 0.150 0.155 0.088 0.046 0.027 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.054 0.104 0.131 0.154 0.150 0.148 0.136 0.062 0.039 0.012 0.005 0.002 0.002 0.001 93 A 0.007 0.011 0.025 0.054 0.115 0.154 0.188 0.178 0.134 0.059 0.037 0.021 0.013 0.004 94 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.024 0.052 0.093 0.142 0.210 0.210 0.154 0.067 0.026 95 M 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.011 0.022 0.051 0.108 0.197 0.212 0.183 0.131 0.074 96 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.031 0.094 0.166 0.208 0.211 0.186 0.078 97 H 0.002 0.002 0.004 0.009 0.017 0.025 0.053 0.098 0.179 0.172 0.170 0.132 0.079 0.059 98 T 0.001 0.002 0.003 0.007 0.013 0.024 0.053 0.079 0.118 0.170 0.201 0.167 0.076 0.085 99 A 0.002 0.004 0.007 0.011 0.024 0.046 0.078 0.123 0.161 0.180 0.153 0.113 0.057 0.040 100 G 0.007 0.018 0.037 0.063 0.092 0.120 0.131 0.164 0.142 0.105 0.062 0.035 0.016 0.007 101 S 0.019 0.031 0.051 0.076 0.118 0.128 0.131 0.138 0.138 0.087 0.047 0.021 0.010 0.005 102 I 0.057 0.068 0.100 0.135 0.164 0.148 0.110 0.091 0.060 0.033 0.019 0.009 0.004 0.002 103 P 0.108 0.120 0.144 0.161 0.156 0.114 0.088 0.048 0.033 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 104 M 0.087 0.072 0.108 0.126 0.161 0.151 0.118 0.084 0.050 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 105 N 0.463 0.245 0.116 0.075 0.048 0.023 0.015 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 V 0.226 0.153 0.161 0.161 0.126 0.083 0.040 0.023 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 107 W 0.097 0.080 0.121 0.167 0.184 0.156 0.110 0.051 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 108 E 0.294 0.208 0.164 0.132 0.092 0.052 0.030 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 109 G 0.584 0.217 0.087 0.053 0.030 0.014 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 H 0.192 0.157 0.167 0.172 0.144 0.083 0.049 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 111 V 0.121 0.086 0.135 0.166 0.177 0.143 0.093 0.045 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 112 P 0.467 0.246 0.115 0.074 0.045 0.023 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 H 0.295 0.187 0.142 0.130 0.102 0.061 0.036 0.022 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 114 Y 0.097 0.077 0.104 0.156 0.173 0.151 0.105 0.066 0.037 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 115 G 0.109 0.091 0.106 0.127 0.145 0.128 0.110 0.078 0.050 0.029 0.015 0.007 0.004 0.002 116 V 0.070 0.054 0.071 0.106 0.134 0.136 0.111 0.115 0.084 0.054 0.035 0.017 0.009 0.004 117 F 0.043 0.034 0.043 0.058 0.098 0.111 0.111 0.129 0.117 0.101 0.076 0.047 0.022 0.010 118 Y 0.059 0.048 0.057 0.080 0.100 0.112 0.112 0.118 0.107 0.084 0.063 0.036 0.018 0.008 119 P 0.071 0.055 0.063 0.095 0.109 0.108 0.105 0.107 0.099 0.073 0.055 0.033 0.017 0.010 120 M 0.033 0.027 0.035 0.048 0.080 0.106 0.132 0.139 0.119 0.116 0.082 0.048 0.022 0.012 121 Q 0.074 0.081 0.095 0.125 0.130 0.123 0.100 0.093 0.073 0.050 0.030 0.015 0.008 0.003 122 T 0.132 0.092 0.099 0.115 0.127 0.110 0.090 0.079 0.069 0.043 0.024 0.011 0.006 0.003 123 F 0.048 0.047 0.078 0.125 0.159 0.167 0.134 0.108 0.061 0.038 0.020 0.010 0.004 0.002 124 S 0.091 0.083 0.125 0.147 0.164 0.143 0.102 0.066 0.040 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 125 K 0.336 0.217 0.137 0.108 0.079 0.048 0.037 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 126 Q 0.409 0.197 0.133 0.101 0.071 0.041 0.026 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 127 R 0.365 0.192 0.147 0.118 0.088 0.045 0.025 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 128 E 0.346 0.200 0.139 0.122 0.096 0.047 0.026 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 129 V 0.416 0.154 0.129 0.125 0.081 0.049 0.026 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 130 D 0.460 0.214 0.134 0.091 0.051 0.023 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 F 0.128 0.103 0.141 0.184 0.190 0.127 0.066 0.033 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 132 K 0.276 0.197 0.170 0.150 0.087 0.063 0.033 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 E 0.388 0.233 0.134 0.090 0.061 0.038 0.028 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 134 I 0.067 0.050 0.079 0.140 0.195 0.176 0.112 0.087 0.051 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 135 P 0.056 0.042 0.062 0.094 0.163 0.159 0.147 0.117 0.071 0.047 0.023 0.012 0.005 0.002 136 F 0.146 0.091 0.095 0.112 0.123 0.111 0.088 0.084 0.064 0.043 0.025 0.011 0.006 0.002 137 F 0.101 0.072 0.088 0.138 0.154 0.127 0.092 0.085 0.063 0.036 0.023 0.012 0.006 0.002 138 I 0.043 0.032 0.046 0.068 0.116 0.145 0.151 0.143 0.104 0.080 0.041 0.020 0.008 0.003 139 E 0.152 0.153 0.143 0.166 0.135 0.097 0.062 0.041 0.027 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 140 A 0.293 0.181 0.137 0.123 0.101 0.066 0.044 0.024 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 141 S 0.111 0.103 0.145 0.190 0.182 0.132 0.076 0.032 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 142 S 0.213 0.154 0.161 0.156 0.139 0.087 0.054 0.020 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 143 T 0.612 0.216 0.084 0.044 0.024 0.010 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 E 0.615 0.217 0.083 0.046 0.023 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 D 0.265 0.166 0.126 0.143 0.122 0.082 0.060 0.019 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.061 0.074 0.158 0.257 0.227 0.136 0.054 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 147 A 0.764 0.157 0.050 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 F 0.071 0.112 0.165 0.229 0.207 0.126 0.050 0.025 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 149 L 0.018 0.012 0.018 0.050 0.134 0.221 0.220 0.203 0.088 0.030 0.005 0.002 0.001 0.001 150 K 0.103 0.294 0.288 0.188 0.073 0.038 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.500 0.280 0.129 0.052 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 I 0.013 0.014 0.038 0.120 0.261 0.249 0.165 0.095 0.034 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 153 A 0.050 0.047 0.080 0.135 0.218 0.197 0.134 0.086 0.038 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 154 S 0.479 0.344 0.110 0.039 0.015 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 T 0.170 0.147 0.197 0.201 0.142 0.078 0.036 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 156 L 0.046 0.034 0.066 0.130 0.216 0.199 0.173 0.082 0.033 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 157 S 0.270 0.221 0.154 0.130 0.104 0.054 0.035 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 158 N 0.364 0.169 0.123 0.112 0.086 0.061 0.036 0.024 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 159 R 0.131 0.079 0.098 0.150 0.169 0.131 0.103 0.063 0.039 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 160 V 0.105 0.061 0.091 0.125 0.151 0.147 0.115 0.089 0.053 0.032 0.018 0.008 0.004 0.002 161 Y 0.158 0.100 0.114 0.131 0.145 0.124 0.081 0.063 0.038 0.022 0.013 0.006 0.003 0.001 162 D 0.199 0.132 0.129 0.136 0.132 0.099 0.073 0.045 0.028 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 163 A 0.199 0.125 0.124 0.139 0.136 0.106 0.075 0.042 0.027 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 164 D 0.528 0.213 0.104 0.062 0.038 0.021 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001