# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5150 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.023 0.645 0.004 0.020 0.060 0.001 0.001 0.022 0.080 0.018 0.081 0.036 2 K 0.005 0.022 0.650 0.005 0.028 0.059 0.001 0.001 0.017 0.076 0.039 0.019 0.080 3 R 0.003 0.027 0.410 0.011 0.103 0.088 0.001 0.001 0.011 0.178 0.108 0.034 0.025 4 S 0.002 0.014 0.539 0.004 0.072 0.074 0.001 0.001 0.006 0.133 0.113 0.009 0.034 5 I 0.001 0.008 0.360 0.005 0.152 0.107 0.001 0.001 0.004 0.103 0.237 0.009 0.013 6 E 0.001 0.006 0.263 0.006 0.091 0.046 0.001 0.001 0.007 0.125 0.435 0.014 0.007 7 D 0.001 0.009 0.404 0.008 0.028 0.006 0.001 0.001 0.014 0.157 0.352 0.004 0.017 8 T 0.001 0.007 0.739 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.156 0.008 0.018 0.004 9 P 0.002 0.004 0.500 0.013 0.001 0.001 0.007 0.014 0.324 0.095 0.006 0.009 0.023 10 I 0.007 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.066 0.577 0.320 0.005 0.001 0.004 0.008 11 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.895 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.906 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.847 0.110 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.004 0.003 0.189 0.003 0.001 0.001 0.014 0.145 0.565 0.053 0.006 0.006 0.010 15 A 0.002 0.007 0.340 0.005 0.012 0.031 0.007 0.022 0.197 0.226 0.138 0.001 0.011 16 G 0.002 0.010 0.259 0.006 0.063 0.114 0.003 0.005 0.078 0.293 0.153 0.011 0.003 17 N 0.002 0.013 0.129 0.002 0.106 0.379 0.001 0.002 0.014 0.207 0.130 0.002 0.013 18 L 0.004 0.010 0.081 0.002 0.085 0.665 0.001 0.001 0.003 0.055 0.084 0.004 0.005 19 A 0.001 0.002 0.026 0.001 0.021 0.909 0.001 0.001 0.001 0.016 0.020 0.001 0.002 20 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 21 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 27 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 28 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 29 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.242 0.001 0.001 0.001 0.011 0.730 0.001 0.001 30 G 0.001 0.001 0.043 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.019 0.922 0.001 0.001 31 F 0.001 0.002 0.895 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.042 0.004 0.003 0.001 32 R 0.001 0.002 0.421 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.493 0.063 0.002 0.006 0.006 33 I 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.018 0.101 0.851 0.006 0.001 0.001 0.006 34 V 0.003 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.025 0.630 0.325 0.001 0.001 0.002 0.001 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.697 0.269 0.001 0.001 0.001 0.001 36 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.671 0.307 0.001 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.004 0.002 0.067 0.002 0.001 0.001 0.025 0.134 0.734 0.016 0.002 0.009 0.005 38 S 0.001 0.008 0.481 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 0.344 0.112 0.016 0.005 0.018 39 R 0.001 0.018 0.351 0.003 0.014 0.008 0.001 0.002 0.028 0.436 0.130 0.004 0.005 40 T 0.001 0.009 0.765 0.001 0.025 0.017 0.001 0.001 0.003 0.152 0.024 0.001 0.003 41 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.116 0.808 0.001 0.001 0.001 0.018 0.039 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.075 0.864 0.001 0.001 0.001 0.004 0.048 0.001 0.001 43 S 0.001 0.001 0.013 0.001 0.037 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 49 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 50 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.949 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.023 0.001 0.007 0.534 0.001 0.001 0.001 0.021 0.414 0.001 0.001 52 E 0.001 0.002 0.168 0.002 0.021 0.178 0.001 0.001 0.009 0.052 0.562 0.003 0.002 53 A 0.001 0.006 0.594 0.003 0.010 0.086 0.001 0.002 0.068 0.149 0.063 0.005 0.012 54 E 0.002 0.007 0.489 0.005 0.008 0.056 0.002 0.013 0.190 0.155 0.035 0.027 0.012 55 Y 0.004 0.013 0.181 0.002 0.021 0.045 0.013 0.030 0.472 0.089 0.066 0.005 0.059 56 T 0.002 0.025 0.486 0.008 0.025 0.038 0.003 0.012 0.241 0.095 0.035 0.019 0.010 57 T 0.001 0.029 0.521 0.002 0.010 0.029 0.002 0.005 0.161 0.183 0.022 0.017 0.018 58 D 0.001 0.011 0.811 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 0.023 0.107 0.005 0.002 0.012 59 L 0.001 0.002 0.061 0.001 0.268 0.594 0.001 0.001 0.002 0.023 0.046 0.001 0.002 60 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.614 0.300 0.001 0.001 0.001 0.003 0.078 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.622 0.266 0.001 0.001 0.001 0.007 0.093 0.001 0.001 62 V 0.001 0.009 0.059 0.001 0.368 0.380 0.001 0.001 0.001 0.039 0.137 0.001 0.004 63 N 0.001 0.010 0.271 0.003 0.205 0.189 0.001 0.001 0.001 0.169 0.143 0.006 0.003 64 P 0.001 0.004 0.063 0.002 0.371 0.061 0.001 0.001 0.001 0.035 0.459 0.001 0.003 65 Y 0.001 0.004 0.059 0.004 0.193 0.014 0.001 0.001 0.005 0.037 0.680 0.001 0.003 66 A 0.001 0.004 0.687 0.010 0.027 0.005 0.001 0.001 0.058 0.160 0.032 0.006 0.008 67 K 0.005 0.005 0.327 0.084 0.005 0.002 0.004 0.011 0.267 0.217 0.032 0.028 0.015 68 L 0.024 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.080 0.383 0.457 0.012 0.002 0.005 0.025 69 Y 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.873 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.906 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.756 0.149 0.001 0.001 0.005 0.001 72 S 0.047 0.004 0.071 0.006 0.001 0.001 0.093 0.209 0.493 0.018 0.005 0.008 0.044 73 L 0.007 0.012 0.432 0.004 0.002 0.001 0.010 0.009 0.348 0.113 0.010 0.041 0.013 74 K 0.001 0.011 0.679 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.043 0.200 0.027 0.003 0.025 75 D 0.001 0.007 0.303 0.003 0.052 0.249 0.001 0.001 0.002 0.234 0.145 0.002 0.003 76 S 0.001 0.002 0.028 0.001 0.111 0.623 0.001 0.001 0.001 0.039 0.194 0.001 0.001 77 A 0.001 0.003 0.032 0.001 0.151 0.775 0.001 0.001 0.001 0.014 0.021 0.001 0.003 78 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.036 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 83 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 84 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.862 0.001 0.001 0.001 0.004 0.115 0.001 0.001 85 I 0.001 0.001 0.043 0.001 0.036 0.836 0.001 0.001 0.001 0.023 0.058 0.001 0.001 86 V 0.001 0.003 0.135 0.001 0.167 0.548 0.001 0.001 0.001 0.043 0.097 0.002 0.002 87 E 0.001 0.002 0.049 0.001 0.187 0.256 0.001 0.001 0.001 0.033 0.467 0.001 0.002 88 G 0.001 0.007 0.054 0.001 0.157 0.164 0.001 0.001 0.001 0.062 0.550 0.001 0.002 89 K 0.001 0.027 0.492 0.001 0.067 0.072 0.001 0.001 0.006 0.212 0.113 0.004 0.006 90 R 0.001 0.008 0.749 0.003 0.035 0.012 0.001 0.001 0.007 0.129 0.047 0.004 0.005 91 E 0.001 0.003 0.107 0.008 0.104 0.013 0.001 0.001 0.007 0.094 0.662 0.001 0.002 92 E 0.001 0.003 0.075 0.009 0.029 0.003 0.001 0.001 0.019 0.175 0.683 0.002 0.002 93 A 0.006 0.009 0.409 0.014 0.005 0.002 0.005 0.030 0.263 0.205 0.007 0.024 0.021 94 L 0.020 0.002 0.015 0.003 0.001 0.001 0.078 0.313 0.514 0.008 0.001 0.010 0.037 95 M 0.033 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.153 0.684 0.115 0.001 0.001 0.003 0.006 96 V 0.029 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.128 0.726 0.102 0.001 0.001 0.003 0.004 97 H 0.032 0.002 0.026 0.011 0.001 0.002 0.071 0.476 0.332 0.007 0.002 0.022 0.015 98 T 0.011 0.004 0.198 0.012 0.007 0.009 0.027 0.131 0.477 0.049 0.029 0.010 0.037 99 A 0.008 0.006 0.288 0.042 0.046 0.017 0.012 0.017 0.129 0.238 0.164 0.018 0.015 100 G 0.004 0.011 0.236 0.006 0.046 0.020 0.003 0.004 0.051 0.360 0.227 0.020 0.012 101 S 0.004 0.039 0.461 0.003 0.040 0.033 0.002 0.002 0.019 0.231 0.124 0.006 0.037 102 I 0.002 0.031 0.589 0.003 0.010 0.025 0.001 0.001 0.017 0.231 0.029 0.049 0.012 103 P 0.001 0.023 0.685 0.002 0.016 0.063 0.001 0.001 0.008 0.098 0.041 0.003 0.058 104 M 0.001 0.009 0.214 0.004 0.065 0.578 0.001 0.001 0.003 0.063 0.050 0.007 0.004 105 N 0.001 0.003 0.043 0.002 0.072 0.826 0.001 0.001 0.001 0.020 0.026 0.002 0.004 106 V 0.001 0.003 0.030 0.001 0.123 0.808 0.001 0.001 0.001 0.010 0.017 0.002 0.005 107 W 0.001 0.001 0.014 0.001 0.132 0.822 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.004 108 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.144 0.727 0.001 0.001 0.001 0.004 0.114 0.001 0.001 109 G 0.001 0.001 0.016 0.001 0.139 0.528 0.001 0.001 0.001 0.009 0.303 0.001 0.001 110 H 0.001 0.007 0.037 0.001 0.174 0.544 0.001 0.001 0.001 0.045 0.183 0.001 0.006 111 V 0.001 0.014 0.471 0.001 0.025 0.105 0.001 0.001 0.003 0.280 0.082 0.009 0.009 112 P 0.001 0.007 0.502 0.004 0.109 0.032 0.001 0.001 0.004 0.067 0.265 0.002 0.007 113 H 0.001 0.003 0.087 0.005 0.121 0.017 0.001 0.001 0.004 0.076 0.685 0.002 0.001 114 Y 0.001 0.005 0.225 0.006 0.116 0.014 0.001 0.001 0.022 0.209 0.391 0.002 0.007 115 G 0.005 0.016 0.446 0.019 0.032 0.007 0.004 0.011 0.100 0.250 0.063 0.026 0.023 116 V 0.014 0.024 0.145 0.005 0.004 0.004 0.024 0.052 0.557 0.052 0.008 0.064 0.048 117 F 0.020 0.033 0.080 0.007 0.003 0.003 0.054 0.173 0.492 0.016 0.007 0.011 0.101 118 Y 0.017 0.015 0.220 0.036 0.004 0.004 0.022 0.065 0.403 0.041 0.005 0.145 0.023 119 P 0.010 0.016 0.296 0.011 0.008 0.008 0.012 0.026 0.360 0.066 0.026 0.033 0.128 120 M 0.012 0.032 0.463 0.020 0.033 0.015 0.011 0.017 0.119 0.116 0.055 0.031 0.075 121 Q 0.008 0.018 0.490 0.012 0.031 0.016 0.005 0.005 0.097 0.156 0.041 0.079 0.043 122 T 0.006 0.036 0.404 0.004 0.068 0.034 0.002 0.002 0.025 0.144 0.151 0.013 0.111 123 F 0.004 0.032 0.393 0.011 0.074 0.037 0.002 0.002 0.011 0.172 0.208 0.035 0.018 124 S 0.002 0.017 0.394 0.008 0.043 0.038 0.001 0.001 0.005 0.276 0.174 0.012 0.029 125 K 0.002 0.014 0.215 0.005 0.055 0.087 0.001 0.001 0.002 0.194 0.400 0.009 0.016 126 Q 0.006 0.021 0.344 0.013 0.099 0.121 0.001 0.001 0.005 0.131 0.208 0.020 0.030 127 R 0.018 0.028 0.332 0.010 0.086 0.161 0.003 0.002 0.014 0.117 0.072 0.082 0.076 128 E 0.038 0.038 0.246 0.015 0.095 0.180 0.008 0.003 0.020 0.061 0.074 0.040 0.182 129 V 0.043 0.030 0.197 0.053 0.113 0.149 0.009 0.003 0.019 0.085 0.096 0.128 0.075 130 D 0.031 0.021 0.268 0.025 0.083 0.098 0.006 0.003 0.019 0.087 0.124 0.066 0.169 131 F 0.027 0.016 0.229 0.035 0.117 0.118 0.006 0.003 0.014 0.098 0.166 0.052 0.121 132 K 0.014 0.010 0.231 0.044 0.074 0.060 0.004 0.002 0.020 0.137 0.251 0.113 0.042 133 E 0.015 0.016 0.269 0.029 0.043 0.031 0.005 0.003 0.025 0.155 0.256 0.021 0.131 134 I 0.013 0.016 0.447 0.021 0.008 0.017 0.004 0.004 0.073 0.180 0.033 0.152 0.031 135 P 0.029 0.017 0.389 0.018 0.008 0.015 0.016 0.016 0.104 0.075 0.025 0.031 0.256 136 F 0.069 0.022 0.145 0.032 0.010 0.019 0.036 0.044 0.177 0.056 0.014 0.315 0.060 137 F 0.064 0.016 0.106 0.014 0.010 0.023 0.082 0.117 0.228 0.028 0.015 0.023 0.274 138 I 0.043 0.022 0.313 0.033 0.027 0.028 0.034 0.059 0.152 0.066 0.037 0.137 0.050 139 E 0.013 0.015 0.352 0.008 0.037 0.024 0.009 0.011 0.106 0.158 0.134 0.032 0.102 140 A 0.003 0.019 0.369 0.003 0.036 0.015 0.002 0.002 0.019 0.262 0.228 0.015 0.027 141 S 0.001 0.022 0.374 0.001 0.018 0.012 0.001 0.001 0.007 0.416 0.128 0.012 0.009 142 S 0.001 0.018 0.616 0.001 0.016 0.062 0.001 0.001 0.002 0.228 0.050 0.001 0.006 143 T 0.001 0.001 0.016 0.001 0.021 0.925 0.001 0.001 0.001 0.014 0.021 0.001 0.001 144 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.045 0.925 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 145 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.041 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 148 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 149 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 152 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 154 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 155 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 0.852 0.001 0.001 0.001 0.008 0.110 0.001 0.001 156 L 0.001 0.002 0.051 0.002 0.022 0.616 0.001 0.001 0.002 0.058 0.241 0.002 0.003 157 S 0.002 0.004 0.171 0.008 0.040 0.201 0.001 0.001 0.011 0.095 0.451 0.009 0.007 158 N 0.005 0.008 0.328 0.023 0.033 0.080 0.001 0.003 0.034 0.205 0.239 0.015 0.026 159 R 0.008 0.010 0.316 0.017 0.010 0.050 0.004 0.010 0.154 0.239 0.069 0.088 0.024 160 V 0.024 0.018 0.241 0.006 0.008 0.025 0.023 0.054 0.241 0.062 0.036 0.015 0.246 161 Y 0.036 0.019 0.176 0.021 0.006 0.012 0.029 0.060 0.315 0.042 0.010 0.244 0.029 162 D 0.028 0.035 0.227 0.008 0.007 0.011 0.023 0.041 0.249 0.045 0.017 0.038 0.272 163 A 0.010 0.028 0.426 0.019 0.009 0.011 0.008 0.016 0.095 0.172 0.071 0.086 0.048 164 D 0.003 0.012 0.542 0.012 0.010 0.010 0.002 0.002 0.029 0.220 0.084 0.019 0.055