# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5150 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.050 0.003 0.024 0.028 0.044 0.109 0.009 0.001 0.064 0.576 2 K 0.082 0.036 0.003 0.017 0.028 0.034 0.096 0.007 0.002 0.057 0.637 3 R 0.052 0.011 0.005 0.013 0.024 0.030 0.098 0.004 0.004 0.057 0.703 4 S 0.141 0.006 0.002 0.010 0.013 0.019 0.101 0.004 0.002 0.063 0.640 5 I 0.168 0.001 0.001 0.011 0.007 0.008 0.110 0.002 0.001 0.042 0.649 6 E 0.026 0.001 0.001 0.024 0.003 0.007 0.142 0.001 0.001 0.024 0.774 7 D 0.005 0.001 0.001 0.049 0.004 0.009 0.135 0.001 0.001 0.044 0.753 8 T 0.004 0.001 0.001 0.262 0.029 0.025 0.140 0.001 0.001 0.119 0.419 9 P 0.001 0.001 0.001 0.718 0.019 0.027 0.027 0.001 0.001 0.087 0.121 10 I 0.001 0.001 0.001 0.897 0.014 0.016 0.007 0.001 0.001 0.031 0.035 11 V 0.001 0.001 0.001 0.965 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.011 0.008 12 L 0.001 0.001 0.001 0.936 0.010 0.011 0.005 0.001 0.001 0.015 0.021 13 I 0.002 0.001 0.001 0.936 0.004 0.006 0.013 0.001 0.001 0.012 0.026 14 G 0.029 0.041 0.002 0.548 0.012 0.028 0.104 0.005 0.001 0.079 0.153 15 A 0.063 0.209 0.003 0.101 0.006 0.012 0.171 0.013 0.001 0.114 0.308 16 G 0.026 0.153 0.002 0.046 0.004 0.010 0.098 0.003 0.001 0.505 0.154 17 N 0.007 0.210 0.002 0.016 0.003 0.007 0.060 0.001 0.001 0.620 0.074 18 L 0.007 0.774 0.002 0.003 0.002 0.001 0.020 0.004 0.001 0.138 0.048 19 A 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.006 20 T 0.002 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.009 21 N 0.002 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.031 0.011 22 L 0.004 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.016 0.004 23 A 0.003 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 0.003 24 K 0.008 0.925 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.027 0.028 25 A 0.024 0.791 0.009 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.003 0.111 0.044 26 L 0.014 0.024 0.471 0.001 0.001 0.001 0.016 0.016 0.226 0.208 0.021 27 Y 0.716 0.009 0.006 0.001 0.001 0.002 0.039 0.008 0.010 0.036 0.172 28 R 0.031 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.006 0.926 29 K 0.011 0.001 0.002 0.012 0.001 0.002 0.128 0.001 0.001 0.004 0.839 30 G 0.012 0.001 0.002 0.010 0.002 0.009 0.146 0.001 0.001 0.031 0.785 31 F 0.006 0.001 0.001 0.020 0.025 0.014 0.143 0.001 0.001 0.021 0.769 32 R 0.002 0.001 0.001 0.634 0.015 0.043 0.042 0.001 0.001 0.052 0.210 33 I 0.003 0.003 0.001 0.510 0.043 0.072 0.041 0.001 0.001 0.087 0.239 34 V 0.001 0.001 0.001 0.894 0.020 0.019 0.006 0.001 0.001 0.021 0.038 35 Q 0.004 0.002 0.001 0.725 0.048 0.056 0.017 0.001 0.001 0.053 0.094 36 V 0.010 0.005 0.002 0.657 0.039 0.059 0.040 0.002 0.001 0.064 0.120 37 Y 0.035 0.010 0.003 0.247 0.048 0.064 0.088 0.006 0.001 0.079 0.420 38 S 0.033 0.038 0.002 0.082 0.024 0.055 0.160 0.004 0.001 0.020 0.581 39 R 0.003 0.014 0.001 0.011 0.005 0.005 0.085 0.001 0.001 0.526 0.349 40 T 0.019 0.684 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.017 0.001 0.227 0.026 41 E 0.041 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.010 0.011 42 E 0.005 0.905 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.032 0.045 43 S 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.015 44 A 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.004 45 R 0.007 0.900 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.050 0.033 46 E 0.015 0.867 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.030 0.064 47 L 0.112 0.669 0.047 0.002 0.001 0.001 0.016 0.064 0.012 0.047 0.029 48 A 0.243 0.103 0.175 0.005 0.003 0.003 0.049 0.017 0.101 0.116 0.184 49 Q 0.406 0.034 0.003 0.005 0.002 0.003 0.054 0.005 0.001 0.013 0.474 50 K 0.027 0.014 0.003 0.013 0.001 0.003 0.070 0.003 0.001 0.012 0.854 51 V 0.098 0.010 0.011 0.018 0.009 0.010 0.156 0.003 0.001 0.030 0.655 52 E 0.021 0.007 0.001 0.016 0.006 0.013 0.096 0.002 0.001 0.044 0.793 53 A 0.021 0.004 0.001 0.040 0.015 0.013 0.123 0.001 0.001 0.037 0.744 54 E 0.017 0.014 0.002 0.268 0.025 0.054 0.110 0.003 0.001 0.067 0.439 55 Y 0.035 0.018 0.001 0.070 0.013 0.018 0.090 0.003 0.001 0.050 0.703 56 T 0.074 0.046 0.002 0.160 0.014 0.019 0.108 0.005 0.001 0.053 0.519 57 T 0.027 0.090 0.003 0.044 0.013 0.018 0.115 0.004 0.001 0.022 0.662 58 D 0.204 0.398 0.008 0.011 0.007 0.009 0.034 0.033 0.002 0.035 0.259 59 L 0.415 0.280 0.002 0.003 0.007 0.006 0.032 0.065 0.001 0.030 0.159 60 A 0.115 0.059 0.006 0.006 0.011 0.010 0.052 0.004 0.001 0.153 0.580 61 E 0.048 0.031 0.005 0.008 0.012 0.016 0.103 0.003 0.002 0.137 0.634 62 V 0.049 0.033 0.005 0.006 0.006 0.006 0.132 0.012 0.006 0.074 0.671 63 N 0.743 0.003 0.010 0.002 0.005 0.002 0.040 0.003 0.005 0.048 0.138 64 P 0.035 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.080 0.001 0.001 0.010 0.862 65 Y 0.008 0.001 0.001 0.016 0.002 0.005 0.133 0.001 0.001 0.013 0.822 66 A 0.009 0.001 0.003 0.155 0.026 0.025 0.254 0.001 0.001 0.079 0.448 67 K 0.001 0.001 0.001 0.366 0.012 0.033 0.080 0.001 0.001 0.128 0.379 68 L 0.001 0.001 0.001 0.817 0.016 0.030 0.011 0.001 0.001 0.059 0.067 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.942 0.016 0.018 0.002 0.001 0.001 0.014 0.008 70 I 0.001 0.001 0.001 0.912 0.018 0.018 0.003 0.001 0.001 0.026 0.024 71 V 0.001 0.001 0.001 0.953 0.013 0.017 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 72 S 0.003 0.001 0.001 0.589 0.037 0.097 0.061 0.001 0.001 0.044 0.167 73 L 0.008 0.007 0.001 0.265 0.034 0.059 0.168 0.002 0.001 0.027 0.428 74 K 0.390 0.188 0.001 0.012 0.004 0.005 0.057 0.024 0.001 0.058 0.262 75 D 0.138 0.420 0.001 0.005 0.001 0.002 0.057 0.012 0.001 0.046 0.318 76 S 0.018 0.501 0.002 0.007 0.004 0.006 0.050 0.002 0.001 0.041 0.370 77 A 0.011 0.821 0.001 0.003 0.006 0.003 0.013 0.002 0.001 0.043 0.096 78 F 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.005 0.007 79 A 0.014 0.861 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.086 0.025 80 E 0.008 0.861 0.014 0.002 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.052 0.047 81 L 0.106 0.758 0.016 0.002 0.001 0.001 0.011 0.033 0.001 0.029 0.041 82 L 0.106 0.764 0.009 0.002 0.001 0.002 0.014 0.021 0.002 0.026 0.053 83 Q 0.045 0.455 0.005 0.004 0.002 0.003 0.036 0.003 0.001 0.055 0.390 84 G 0.062 0.400 0.033 0.009 0.003 0.005 0.066 0.013 0.005 0.079 0.326 85 I 0.258 0.262 0.024 0.004 0.005 0.004 0.061 0.068 0.010 0.069 0.234 86 V 0.454 0.101 0.017 0.004 0.005 0.004 0.048 0.023 0.008 0.035 0.302 87 E 0.145 0.026 0.002 0.006 0.002 0.004 0.063 0.004 0.001 0.026 0.721 88 G 0.052 0.007 0.013 0.011 0.004 0.008 0.102 0.003 0.007 0.053 0.739 89 K 0.121 0.003 0.002 0.014 0.006 0.007 0.135 0.002 0.001 0.024 0.685 90 R 0.173 0.002 0.001 0.026 0.003 0.005 0.106 0.002 0.001 0.040 0.640 91 E 0.006 0.001 0.001 0.064 0.003 0.007 0.137 0.001 0.001 0.027 0.755 92 E 0.002 0.001 0.001 0.357 0.012 0.038 0.098 0.001 0.001 0.089 0.403 93 A 0.001 0.001 0.001 0.599 0.065 0.069 0.028 0.001 0.001 0.111 0.125 94 L 0.001 0.001 0.001 0.883 0.029 0.029 0.005 0.001 0.001 0.025 0.029 95 M 0.001 0.001 0.001 0.808 0.061 0.043 0.007 0.001 0.001 0.032 0.046 96 V 0.002 0.001 0.001 0.823 0.047 0.046 0.011 0.001 0.001 0.021 0.047 97 H 0.039 0.004 0.005 0.469 0.043 0.088 0.061 0.005 0.004 0.090 0.190 98 T 0.148 0.004 0.001 0.164 0.018 0.052 0.159 0.006 0.001 0.061 0.385 99 A 0.066 0.003 0.001 0.067 0.014 0.035 0.180 0.004 0.001 0.055 0.574 100 G 0.011 0.004 0.001 0.074 0.012 0.035 0.176 0.001 0.001 0.025 0.661 101 S 0.022 0.016 0.001 0.034 0.021 0.042 0.164 0.002 0.001 0.057 0.640 102 I 0.033 0.060 0.002 0.034 0.059 0.031 0.151 0.004 0.001 0.034 0.590 103 P 0.173 0.494 0.001 0.011 0.008 0.012 0.042 0.016 0.001 0.035 0.210 104 M 0.086 0.640 0.002 0.005 0.008 0.011 0.038 0.012 0.001 0.025 0.173 105 N 0.052 0.613 0.007 0.013 0.012 0.020 0.040 0.006 0.002 0.051 0.185 106 V 0.158 0.340 0.042 0.016 0.022 0.032 0.045 0.021 0.012 0.110 0.201 107 W 0.438 0.178 0.011 0.009 0.012 0.015 0.045 0.052 0.004 0.045 0.191 108 E 0.251 0.031 0.004 0.009 0.014 0.017 0.053 0.006 0.001 0.086 0.526 109 G 0.016 0.022 0.002 0.017 0.009 0.021 0.105 0.001 0.001 0.038 0.768 110 H 0.024 0.034 0.003 0.017 0.008 0.015 0.111 0.005 0.002 0.053 0.728 111 V 0.454 0.009 0.027 0.007 0.021 0.008 0.096 0.011 0.012 0.111 0.245 112 P 0.139 0.005 0.001 0.016 0.004 0.009 0.094 0.004 0.001 0.022 0.706 113 H 0.082 0.004 0.001 0.020 0.003 0.008 0.097 0.002 0.001 0.025 0.758 114 Y 0.017 0.003 0.001 0.087 0.014 0.023 0.163 0.002 0.001 0.042 0.649 115 G 0.008 0.003 0.001 0.066 0.012 0.028 0.122 0.001 0.001 0.085 0.673 116 V 0.006 0.003 0.001 0.265 0.119 0.077 0.085 0.001 0.001 0.052 0.390 117 F 0.010 0.005 0.001 0.443 0.042 0.074 0.057 0.002 0.001 0.056 0.310 118 Y 0.041 0.007 0.002 0.293 0.074 0.071 0.077 0.004 0.001 0.108 0.324 119 P 0.019 0.007 0.001 0.335 0.040 0.082 0.104 0.003 0.001 0.057 0.351 120 M 0.038 0.011 0.002 0.119 0.033 0.086 0.144 0.005 0.001 0.071 0.490 121 Q 0.051 0.010 0.002 0.099 0.054 0.070 0.163 0.004 0.001 0.077 0.469 122 T 0.037 0.012 0.002 0.054 0.026 0.055 0.190 0.003 0.001 0.059 0.562 123 F 0.029 0.024 0.002 0.047 0.025 0.039 0.162 0.003 0.001 0.034 0.634 124 S 0.195 0.119 0.003 0.028 0.020 0.029 0.118 0.013 0.001 0.055 0.418 125 K 0.119 0.184 0.002 0.017 0.016 0.029 0.117 0.011 0.001 0.040 0.464 126 Q 0.070 0.259 0.003 0.014 0.021 0.030 0.082 0.007 0.001 0.046 0.467 127 R 0.089 0.303 0.006 0.026 0.042 0.055 0.074 0.012 0.002 0.050 0.340 128 E 0.200 0.261 0.007 0.020 0.023 0.035 0.070 0.016 0.004 0.049 0.316 129 V 0.169 0.043 0.067 0.024 0.045 0.047 0.070 0.014 0.037 0.083 0.402 130 D 0.310 0.010 0.002 0.021 0.013 0.028 0.070 0.004 0.002 0.029 0.511 131 F 0.168 0.005 0.001 0.023 0.008 0.019 0.086 0.002 0.001 0.037 0.650 132 K 0.008 0.003 0.001 0.050 0.012 0.022 0.136 0.001 0.001 0.015 0.754 133 E 0.014 0.011 0.001 0.039 0.016 0.033 0.112 0.002 0.001 0.048 0.725 134 I 0.030 0.021 0.001 0.055 0.140 0.066 0.130 0.006 0.001 0.068 0.484 135 P 0.019 0.031 0.001 0.285 0.061 0.104 0.082 0.004 0.001 0.073 0.339 136 F 0.026 0.026 0.003 0.255 0.096 0.182 0.064 0.004 0.001 0.079 0.263 137 F 0.039 0.017 0.004 0.308 0.071 0.108 0.076 0.005 0.002 0.082 0.288 138 I 0.077 0.016 0.004 0.221 0.061 0.101 0.098 0.007 0.002 0.088 0.325 139 E 0.072 0.009 0.001 0.112 0.020 0.043 0.111 0.003 0.001 0.062 0.565 140 A 0.013 0.016 0.001 0.044 0.011 0.032 0.187 0.001 0.001 0.026 0.668 141 S 0.008 0.048 0.001 0.015 0.011 0.009 0.115 0.002 0.001 0.053 0.738 142 S 0.079 0.811 0.001 0.002 0.002 0.001 0.014 0.017 0.001 0.027 0.045 143 T 0.038 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.011 0.037 144 E 0.007 0.905 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.024 0.051 145 D 0.011 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.010 0.008 146 A 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.006 147 A 0.004 0.890 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.064 0.030 148 F 0.003 0.892 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.066 0.021 149 L 0.009 0.936 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.024 0.007 150 K 0.006 0.231 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.727 0.020 151 A 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.971 0.006 152 I 0.028 0.714 0.020 0.001 0.001 0.001 0.016 0.073 0.002 0.100 0.045 153 A 0.073 0.401 0.039 0.002 0.002 0.002 0.028 0.038 0.006 0.244 0.165 154 S 0.025 0.101 0.012 0.004 0.002 0.004 0.091 0.005 0.008 0.444 0.305 155 T 0.050 0.157 0.025 0.009 0.004 0.006 0.125 0.019 0.007 0.152 0.446 156 L 0.205 0.065 0.031 0.014 0.006 0.008 0.126 0.024 0.005 0.084 0.431 157 S 0.058 0.039 0.008 0.019 0.006 0.018 0.151 0.009 0.003 0.076 0.613 158 N 0.024 0.021 0.003 0.026 0.011 0.028 0.148 0.003 0.001 0.047 0.689 159 R 0.034 0.014 0.004 0.091 0.041 0.084 0.115 0.004 0.001 0.085 0.528 160 V 0.016 0.005 0.003 0.073 0.049 0.066 0.120 0.002 0.002 0.074 0.590 161 Y 0.015 0.004 0.001 0.192 0.050 0.070 0.099 0.001 0.001 0.035 0.531 162 D 0.126 0.010 0.002 0.083 0.030 0.053 0.099 0.005 0.001 0.084 0.508 163 A 0.039 0.007 0.001 0.045 0.013 0.021 0.133 0.003 0.001 0.035 0.702 164 D 0.052 0.016 0.001 0.026 0.010 0.021 0.121 0.003 0.001 0.038 0.711