# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5150 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.024 0.052 0.033 0.063 0.100 0.010 0.639 2 K 0.080 0.031 0.047 0.045 0.095 0.154 0.011 0.538 3 R 0.097 0.034 0.044 0.040 0.067 0.136 0.012 0.570 4 S 0.083 0.043 0.016 0.025 0.038 0.133 0.010 0.652 5 I 0.128 0.041 0.030 0.029 0.053 0.064 0.012 0.642 6 E 0.062 0.025 0.021 0.030 0.051 0.349 0.023 0.439 7 D 0.185 0.020 0.033 0.023 0.036 0.126 0.066 0.513 8 T 0.290 0.008 0.115 0.096 0.060 0.107 0.015 0.309 9 P 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.989 10 I 0.002 0.001 0.704 0.060 0.113 0.024 0.001 0.095 11 V 0.001 0.001 0.967 0.019 0.010 0.001 0.001 0.004 12 L 0.001 0.001 0.951 0.011 0.021 0.001 0.001 0.015 13 I 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 14 G 0.001 0.001 0.878 0.008 0.014 0.037 0.001 0.062 15 A 0.002 0.001 0.675 0.007 0.025 0.081 0.001 0.209 16 G 0.009 0.005 0.201 0.008 0.022 0.253 0.004 0.497 17 N 0.064 0.010 0.046 0.004 0.009 0.211 0.009 0.648 18 L 0.074 0.164 0.061 0.012 0.012 0.159 0.015 0.503 19 A 0.179 0.220 0.032 0.005 0.015 0.170 0.032 0.346 20 T 0.049 0.657 0.022 0.003 0.006 0.055 0.006 0.202 21 N 0.018 0.761 0.004 0.001 0.002 0.040 0.004 0.170 22 L 0.021 0.877 0.002 0.001 0.001 0.027 0.004 0.068 23 A 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 24 K 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 25 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 26 L 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 27 Y 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 28 R 0.018 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 29 K 0.157 0.678 0.009 0.002 0.001 0.001 0.139 0.015 30 G 0.739 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.214 0.021 31 F 0.054 0.006 0.852 0.012 0.006 0.012 0.013 0.044 32 R 0.004 0.002 0.502 0.079 0.066 0.048 0.004 0.294 33 I 0.002 0.001 0.252 0.020 0.045 0.028 0.001 0.650 34 V 0.001 0.001 0.904 0.046 0.031 0.005 0.001 0.013 35 Q 0.001 0.001 0.835 0.041 0.030 0.009 0.001 0.083 36 V 0.001 0.001 0.801 0.048 0.092 0.005 0.001 0.052 37 Y 0.003 0.001 0.675 0.059 0.116 0.040 0.001 0.105 38 S 0.011 0.004 0.336 0.095 0.133 0.081 0.006 0.336 39 R 0.027 0.002 0.198 0.013 0.038 0.179 0.005 0.538 40 T 0.018 0.001 0.008 0.001 0.005 0.807 0.002 0.157 41 E 0.028 0.003 0.004 0.001 0.004 0.052 0.002 0.905 42 E 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.400 0.001 0.580 43 S 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.956 0.001 0.036 44 A 0.037 0.877 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.079 45 R 0.002 0.863 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.114 46 E 0.009 0.885 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.085 47 L 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 48 A 0.005 0.982 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 49 Q 0.027 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.025 50 K 0.127 0.808 0.005 0.001 0.001 0.002 0.032 0.025 51 V 0.106 0.775 0.018 0.005 0.003 0.003 0.040 0.050 52 E 0.123 0.282 0.092 0.016 0.011 0.028 0.076 0.372 53 A 0.089 0.118 0.352 0.016 0.018 0.039 0.023 0.345 54 E 0.077 0.094 0.312 0.045 0.040 0.081 0.014 0.337 55 Y 0.016 0.024 0.098 0.011 0.015 0.043 0.004 0.790 56 T 0.041 0.055 0.411 0.042 0.051 0.076 0.010 0.315 57 T 0.040 0.029 0.169 0.021 0.021 0.142 0.007 0.570 58 D 0.056 0.038 0.041 0.014 0.033 0.298 0.007 0.512 59 L 0.065 0.068 0.030 0.007 0.050 0.090 0.005 0.686 60 A 0.029 0.038 0.008 0.002 0.008 0.413 0.006 0.496 61 E 0.051 0.023 0.001 0.001 0.001 0.830 0.006 0.088 62 V 0.262 0.649 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.070 63 N 0.030 0.788 0.007 0.007 0.015 0.013 0.006 0.136 64 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 65 Y 0.148 0.163 0.008 0.025 0.063 0.072 0.047 0.475 66 A 0.633 0.056 0.023 0.030 0.020 0.030 0.064 0.144 67 K 0.132 0.042 0.366 0.186 0.073 0.062 0.029 0.110 68 L 0.063 0.005 0.322 0.073 0.131 0.118 0.006 0.282 69 Y 0.002 0.001 0.836 0.089 0.064 0.004 0.001 0.004 70 I 0.001 0.001 0.723 0.130 0.112 0.005 0.001 0.027 71 V 0.001 0.001 0.935 0.025 0.036 0.001 0.001 0.003 72 S 0.001 0.001 0.854 0.038 0.048 0.007 0.001 0.052 73 L 0.001 0.001 0.797 0.054 0.067 0.018 0.001 0.062 74 K 0.001 0.001 0.221 0.020 0.074 0.132 0.001 0.549 75 D 0.003 0.001 0.042 0.003 0.032 0.070 0.002 0.847 76 S 0.013 0.001 0.004 0.001 0.003 0.160 0.002 0.815 77 A 0.054 0.006 0.002 0.001 0.001 0.518 0.006 0.411 78 F 0.158 0.142 0.008 0.003 0.007 0.319 0.009 0.354 79 A 0.018 0.761 0.007 0.002 0.006 0.024 0.002 0.180 80 E 0.014 0.723 0.003 0.002 0.003 0.049 0.003 0.204 81 L 0.043 0.862 0.002 0.001 0.002 0.010 0.005 0.076 82 L 0.015 0.959 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.018 83 Q 0.014 0.931 0.003 0.001 0.002 0.004 0.006 0.038 84 G 0.182 0.672 0.004 0.001 0.001 0.004 0.031 0.104 85 I 0.116 0.745 0.019 0.002 0.004 0.005 0.021 0.089 86 V 0.033 0.703 0.024 0.005 0.014 0.020 0.013 0.189 87 E 0.044 0.517 0.016 0.006 0.009 0.034 0.020 0.353 88 G 0.278 0.298 0.021 0.008 0.006 0.032 0.055 0.301 89 K 0.353 0.289 0.055 0.013 0.013 0.036 0.048 0.193 90 R 0.100 0.147 0.112 0.034 0.046 0.108 0.044 0.409 91 E 0.027 0.033 0.041 0.019 0.022 0.057 0.014 0.788 92 E 0.116 0.023 0.080 0.039 0.029 0.100 0.069 0.544 93 A 0.589 0.002 0.145 0.022 0.017 0.078 0.031 0.115 94 L 0.004 0.001 0.862 0.042 0.027 0.014 0.001 0.050 95 M 0.002 0.001 0.587 0.132 0.206 0.013 0.001 0.060 96 V 0.001 0.001 0.773 0.076 0.105 0.004 0.001 0.040 97 H 0.001 0.001 0.669 0.114 0.146 0.015 0.001 0.055 98 T 0.002 0.001 0.574 0.057 0.136 0.043 0.001 0.186 99 A 0.008 0.003 0.226 0.075 0.193 0.157 0.003 0.335 100 G 0.037 0.003 0.086 0.041 0.073 0.171 0.017 0.574 101 S 0.099 0.004 0.043 0.016 0.026 0.074 0.021 0.717 102 I 0.095 0.007 0.055 0.048 0.051 0.122 0.007 0.615 103 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 104 M 0.007 0.008 0.019 0.025 0.122 0.060 0.001 0.757 105 N 0.055 0.030 0.020 0.018 0.029 0.085 0.006 0.757 106 V 0.123 0.088 0.011 0.013 0.029 0.109 0.006 0.620 107 W 0.163 0.471 0.020 0.017 0.035 0.055 0.006 0.231 108 E 0.095 0.529 0.015 0.013 0.031 0.040 0.014 0.262 109 G 0.209 0.338 0.009 0.010 0.014 0.027 0.036 0.357 110 H 0.389 0.229 0.022 0.010 0.012 0.027 0.073 0.237 111 V 0.189 0.289 0.037 0.035 0.047 0.033 0.027 0.342 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 113 H 0.018 0.030 0.022 0.028 0.051 0.133 0.010 0.711 114 Y 0.422 0.036 0.036 0.012 0.010 0.053 0.040 0.392 115 G 0.358 0.033 0.094 0.030 0.020 0.055 0.030 0.380 116 V 0.069 0.012 0.542 0.062 0.048 0.044 0.010 0.214 117 F 0.020 0.008 0.282 0.057 0.093 0.059 0.007 0.474 118 Y 0.018 0.005 0.416 0.100 0.142 0.041 0.004 0.274 119 P 0.001 0.001 0.040 0.008 0.012 0.010 0.001 0.929 120 M 0.009 0.005 0.210 0.047 0.129 0.088 0.004 0.509 121 Q 0.084 0.009 0.203 0.049 0.072 0.118 0.010 0.456 122 T 0.026 0.007 0.042 0.026 0.034 0.057 0.005 0.803 123 F 0.078 0.012 0.104 0.031 0.066 0.119 0.009 0.582 124 S 0.060 0.018 0.039 0.021 0.034 0.228 0.009 0.591 125 K 0.077 0.021 0.026 0.014 0.032 0.108 0.013 0.709 126 Q 0.085 0.027 0.018 0.009 0.019 0.363 0.009 0.470 127 R 0.153 0.066 0.023 0.015 0.023 0.328 0.015 0.377 128 E 0.091 0.266 0.025 0.024 0.043 0.085 0.008 0.458 129 V 0.060 0.280 0.049 0.053 0.110 0.076 0.012 0.360 130 D 0.069 0.236 0.026 0.052 0.079 0.090 0.017 0.431 131 F 0.191 0.160 0.026 0.032 0.073 0.050 0.031 0.437 132 K 0.260 0.129 0.044 0.045 0.065 0.114 0.044 0.299 133 E 0.145 0.073 0.044 0.031 0.035 0.094 0.074 0.504 134 I 0.152 0.025 0.119 0.046 0.056 0.073 0.019 0.509 135 P 0.001 0.001 0.009 0.005 0.005 0.007 0.001 0.973 136 F 0.013 0.007 0.190 0.088 0.167 0.062 0.005 0.467 137 F 0.041 0.017 0.319 0.085 0.131 0.046 0.005 0.356 138 I 0.034 0.029 0.231 0.121 0.242 0.056 0.004 0.284 139 E 0.065 0.028 0.145 0.065 0.164 0.137 0.008 0.389 140 A 0.147 0.039 0.093 0.048 0.058 0.129 0.024 0.463 141 S 0.271 0.023 0.055 0.016 0.019 0.167 0.026 0.422 142 S 0.138 0.018 0.038 0.008 0.017 0.205 0.015 0.561 143 T 0.013 0.012 0.009 0.002 0.008 0.055 0.002 0.900 144 E 0.010 0.019 0.003 0.001 0.003 0.324 0.002 0.637 145 D 0.021 0.071 0.001 0.001 0.001 0.681 0.002 0.222 146 A 0.014 0.924 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.053 147 A 0.002 0.953 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.035 148 F 0.009 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.033 149 L 0.026 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 150 K 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 151 A 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 152 I 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 153 A 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 154 S 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 155 T 0.101 0.839 0.003 0.001 0.001 0.002 0.025 0.029 156 L 0.077 0.833 0.019 0.002 0.002 0.003 0.029 0.035 157 S 0.097 0.625 0.039 0.010 0.010 0.023 0.060 0.136 158 N 0.105 0.376 0.139 0.017 0.012 0.029 0.065 0.256 159 R 0.346 0.093 0.186 0.029 0.024 0.065 0.063 0.193 160 V 0.031 0.043 0.251 0.028 0.025 0.037 0.007 0.578 161 Y 0.009 0.024 0.448 0.109 0.104 0.046 0.006 0.254 162 D 0.014 0.019 0.137 0.081 0.089 0.068 0.005 0.588 163 A 0.030 0.020 0.178 0.076 0.150 0.060 0.007 0.479 164 D 0.020 0.009 0.036 0.024 0.047 0.343 0.006 0.513