# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5150 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.122 0.160 0.063 0.023 0.242 0.023 0.033 0.111 0.074 0.095 0.054 2 K 0.140 0.154 0.077 0.028 0.226 0.026 0.037 0.105 0.066 0.075 0.065 3 R 0.050 0.297 0.143 0.027 0.147 0.034 0.054 0.102 0.068 0.057 0.020 4 S 0.175 0.204 0.088 0.016 0.245 0.009 0.026 0.084 0.041 0.054 0.058 5 I 0.086 0.086 0.040 0.031 0.105 0.045 0.036 0.210 0.242 0.075 0.044 6 E 0.024 0.129 0.068 0.069 0.049 0.110 0.192 0.212 0.102 0.035 0.011 7 D 0.085 0.019 0.017 0.013 0.050 0.009 0.018 0.034 0.039 0.586 0.131 8 T 0.054 0.496 0.137 0.005 0.241 0.006 0.009 0.018 0.010 0.013 0.013 9 P 0.210 0.182 0.017 0.004 0.421 0.016 0.064 0.029 0.014 0.012 0.031 10 I 0.288 0.073 0.005 0.002 0.595 0.003 0.006 0.007 0.005 0.003 0.013 11 V 0.161 0.096 0.006 0.002 0.686 0.007 0.011 0.009 0.002 0.003 0.016 12 L 0.381 0.027 0.002 0.001 0.566 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 13 I 0.188 0.164 0.048 0.032 0.339 0.035 0.020 0.015 0.008 0.049 0.102 14 G 0.205 0.127 0.136 0.069 0.224 0.028 0.037 0.034 0.015 0.050 0.076 15 A 0.043 0.094 0.054 0.092 0.077 0.037 0.061 0.170 0.175 0.161 0.035 16 G 0.034 0.121 0.092 0.139 0.059 0.063 0.044 0.192 0.098 0.125 0.033 17 N 0.036 0.072 0.049 0.022 0.069 0.022 0.038 0.383 0.124 0.141 0.044 18 L 0.023 0.054 0.024 0.007 0.028 0.009 0.019 0.607 0.133 0.077 0.019 19 A 0.007 0.013 0.006 0.003 0.009 0.003 0.004 0.803 0.116 0.028 0.006 20 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.907 0.078 0.004 0.001 21 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.022 0.002 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.022 0.004 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.032 0.001 0.001 24 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.027 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.962 0.028 0.002 0.001 27 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.829 0.156 0.005 0.001 28 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.081 0.731 0.097 0.063 0.014 29 K 0.002 0.717 0.180 0.002 0.019 0.004 0.063 0.008 0.002 0.002 0.001 30 G 0.030 0.002 0.003 0.010 0.005 0.008 0.005 0.005 0.005 0.339 0.588 31 F 0.057 0.533 0.076 0.012 0.232 0.006 0.012 0.011 0.011 0.024 0.026 32 R 0.212 0.090 0.008 0.003 0.625 0.012 0.021 0.007 0.003 0.004 0.015 33 I 0.330 0.049 0.004 0.002 0.595 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 34 V 0.149 0.107 0.009 0.001 0.704 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.016 35 Q 0.295 0.066 0.006 0.001 0.592 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.032 36 V 0.326 0.099 0.011 0.005 0.375 0.004 0.005 0.009 0.010 0.021 0.135 37 Y 0.117 0.195 0.066 0.040 0.280 0.068 0.060 0.034 0.033 0.045 0.063 38 S 0.155 0.252 0.122 0.021 0.283 0.013 0.020 0.034 0.024 0.042 0.034 39 R 0.047 0.158 0.066 0.026 0.091 0.054 0.084 0.104 0.124 0.213 0.033 40 T 0.051 0.509 0.214 0.003 0.187 0.001 0.001 0.015 0.005 0.006 0.007 41 E 0.003 0.007 0.001 0.001 0.005 0.002 0.006 0.642 0.323 0.010 0.002 42 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.895 0.077 0.006 0.001 43 S 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.875 0.042 0.064 0.005 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.040 0.003 0.001 45 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.050 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.967 0.027 0.002 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.096 0.003 0.001 49 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.883 0.087 0.005 0.001 50 K 0.007 0.004 0.005 0.001 0.006 0.005 0.103 0.652 0.091 0.110 0.019 51 V 0.019 0.642 0.134 0.006 0.084 0.008 0.027 0.037 0.011 0.022 0.010 52 E 0.059 0.021 0.011 0.017 0.027 0.024 0.030 0.076 0.041 0.382 0.312 53 A 0.092 0.264 0.081 0.017 0.246 0.007 0.014 0.100 0.079 0.060 0.039 54 E 0.101 0.172 0.053 0.012 0.264 0.035 0.048 0.173 0.074 0.030 0.036 55 Y 0.151 0.112 0.037 0.014 0.261 0.017 0.040 0.160 0.097 0.060 0.050 56 T 0.122 0.148 0.061 0.019 0.212 0.018 0.029 0.135 0.070 0.117 0.070 57 T 0.037 0.259 0.161 0.038 0.094 0.057 0.075 0.120 0.053 0.083 0.024 58 D 0.079 0.441 0.194 0.008 0.184 0.003 0.004 0.026 0.010 0.028 0.024 59 L 0.006 0.008 0.001 0.001 0.010 0.002 0.004 0.490 0.460 0.016 0.003 60 A 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.004 0.016 0.699 0.257 0.011 0.001 61 E 0.005 0.006 0.002 0.001 0.008 0.002 0.013 0.772 0.119 0.069 0.004 62 V 0.032 0.020 0.006 0.003 0.019 0.004 0.043 0.506 0.151 0.189 0.027 63 N 0.051 0.061 0.055 0.012 0.086 0.022 0.012 0.412 0.225 0.051 0.012 64 P 0.004 0.057 0.014 0.006 0.009 0.028 0.168 0.508 0.191 0.013 0.002 65 Y 0.040 0.008 0.010 0.005 0.033 0.006 0.058 0.109 0.078 0.603 0.050 66 A 0.187 0.210 0.035 0.004 0.366 0.008 0.013 0.036 0.027 0.051 0.063 67 K 0.160 0.082 0.010 0.009 0.178 0.070 0.264 0.039 0.025 0.097 0.067 68 L 0.283 0.045 0.004 0.002 0.641 0.003 0.006 0.003 0.002 0.004 0.007 69 Y 0.134 0.052 0.002 0.001 0.792 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.007 70 I 0.367 0.022 0.001 0.001 0.591 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 71 V 0.180 0.110 0.008 0.003 0.564 0.007 0.011 0.004 0.006 0.019 0.089 72 S 0.271 0.093 0.016 0.006 0.271 0.004 0.016 0.004 0.006 0.114 0.200 73 L 0.031 0.440 0.284 0.020 0.170 0.008 0.009 0.002 0.004 0.020 0.012 74 K 0.022 0.571 0.314 0.003 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 75 D 0.004 0.024 0.006 0.002 0.011 0.008 0.029 0.363 0.540 0.010 0.003 76 S 0.002 0.008 0.005 0.002 0.003 0.008 0.055 0.656 0.206 0.051 0.004 77 A 0.008 0.015 0.005 0.001 0.008 0.001 0.004 0.665 0.077 0.199 0.018 78 F 0.007 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.864 0.095 0.017 0.003 79 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.888 0.106 0.002 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.942 0.041 0.004 0.001 81 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.930 0.048 0.008 0.001 82 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.842 0.135 0.010 0.002 83 Q 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.026 0.847 0.109 0.003 0.001 84 G 0.006 0.010 0.008 0.004 0.010 0.005 0.090 0.676 0.079 0.105 0.009 85 I 0.037 0.021 0.008 0.003 0.034 0.002 0.017 0.510 0.211 0.126 0.030 86 V 0.025 0.051 0.024 0.005 0.045 0.012 0.028 0.488 0.273 0.036 0.014 87 E 0.010 0.064 0.032 0.012 0.023 0.026 0.173 0.391 0.214 0.045 0.009 88 G 0.056 0.043 0.027 0.012 0.073 0.010 0.078 0.205 0.125 0.327 0.044 89 K 0.096 0.182 0.089 0.015 0.181 0.016 0.026 0.077 0.094 0.175 0.047 90 R 0.083 0.218 0.419 0.020 0.162 0.018 0.014 0.022 0.014 0.014 0.015 91 E 0.014 0.047 0.019 0.013 0.026 0.031 0.189 0.307 0.327 0.019 0.007 92 E 0.025 0.029 0.014 0.012 0.025 0.019 0.072 0.058 0.047 0.634 0.065 93 A 0.152 0.226 0.013 0.001 0.508 0.003 0.013 0.018 0.009 0.024 0.033 94 L 0.162 0.058 0.002 0.001 0.747 0.003 0.006 0.008 0.003 0.003 0.008 95 M 0.304 0.052 0.003 0.002 0.604 0.003 0.004 0.006 0.002 0.003 0.017 96 V 0.271 0.082 0.011 0.005 0.567 0.009 0.005 0.006 0.002 0.006 0.035 97 H 0.241 0.186 0.068 0.017 0.355 0.012 0.014 0.013 0.006 0.027 0.063 98 T 0.156 0.072 0.036 0.028 0.153 0.019 0.041 0.086 0.113 0.150 0.147 99 A 0.032 0.221 0.135 0.119 0.083 0.067 0.090 0.063 0.082 0.090 0.018 100 G 0.050 0.126 0.079 0.114 0.104 0.044 0.053 0.067 0.080 0.212 0.069 101 S 0.082 0.159 0.094 0.032 0.138 0.014 0.022 0.057 0.070 0.252 0.080 102 I 0.029 0.408 0.271 0.014 0.119 0.012 0.015 0.070 0.027 0.019 0.015 103 P 0.091 0.348 0.123 0.008 0.143 0.006 0.011 0.156 0.063 0.028 0.023 104 M 0.007 0.020 0.005 0.002 0.014 0.005 0.010 0.636 0.278 0.018 0.005 105 N 0.009 0.011 0.006 0.002 0.014 0.005 0.018 0.804 0.107 0.018 0.005 106 V 0.007 0.010 0.004 0.001 0.010 0.001 0.008 0.840 0.085 0.029 0.004 107 W 0.015 0.006 0.002 0.002 0.012 0.003 0.013 0.793 0.122 0.026 0.007 108 E 0.004 0.011 0.006 0.004 0.009 0.009 0.015 0.706 0.222 0.012 0.002 109 G 0.005 0.009 0.006 0.003 0.010 0.006 0.065 0.693 0.143 0.054 0.005 110 H 0.030 0.039 0.024 0.005 0.038 0.006 0.073 0.370 0.172 0.221 0.021 111 V 0.090 0.228 0.090 0.011 0.229 0.011 0.017 0.153 0.084 0.059 0.028 112 P 0.024 0.081 0.046 0.018 0.030 0.036 0.126 0.400 0.187 0.037 0.015 113 H 0.032 0.035 0.038 0.026 0.047 0.029 0.141 0.214 0.142 0.254 0.042 114 Y 0.063 0.315 0.109 0.048 0.121 0.029 0.044 0.058 0.054 0.112 0.046 115 G 0.064 0.071 0.059 0.069 0.073 0.037 0.034 0.058 0.056 0.315 0.163 116 V 0.102 0.284 0.079 0.014 0.329 0.010 0.022 0.047 0.034 0.049 0.030 117 F 0.227 0.169 0.036 0.011 0.352 0.016 0.019 0.032 0.027 0.039 0.072 118 Y 0.174 0.217 0.107 0.028 0.326 0.024 0.016 0.026 0.020 0.021 0.041 119 P 0.120 0.209 0.079 0.025 0.256 0.036 0.048 0.085 0.062 0.037 0.041 120 M 0.119 0.094 0.047 0.023 0.131 0.021 0.055 0.079 0.124 0.222 0.085 121 Q 0.077 0.304 0.165 0.022 0.244 0.017 0.020 0.042 0.038 0.043 0.027 122 T 0.108 0.235 0.065 0.014 0.240 0.015 0.037 0.109 0.085 0.051 0.041 123 F 0.090 0.096 0.048 0.030 0.114 0.045 0.073 0.101 0.122 0.206 0.075 124 S 0.069 0.325 0.222 0.021 0.234 0.017 0.016 0.038 0.020 0.021 0.016 125 K 0.036 0.078 0.032 0.014 0.046 0.030 0.080 0.233 0.230 0.191 0.029 126 Q 0.054 0.217 0.126 0.017 0.148 0.013 0.034 0.177 0.092 0.097 0.026 127 R 0.078 0.188 0.054 0.010 0.156 0.014 0.027 0.241 0.110 0.076 0.045 128 E 0.091 0.090 0.029 0.010 0.127 0.015 0.044 0.310 0.153 0.086 0.045 129 V 0.074 0.114 0.035 0.014 0.139 0.033 0.039 0.314 0.132 0.075 0.030 130 D 0.083 0.097 0.039 0.016 0.137 0.020 0.054 0.316 0.113 0.089 0.035 131 F 0.080 0.071 0.033 0.020 0.121 0.029 0.053 0.254 0.150 0.140 0.048 132 K 0.056 0.231 0.109 0.040 0.141 0.042 0.083 0.136 0.068 0.070 0.024 133 E 0.093 0.106 0.076 0.028 0.123 0.021 0.035 0.075 0.061 0.289 0.093 134 I 0.096 0.377 0.127 0.011 0.266 0.007 0.013 0.036 0.024 0.021 0.022 135 P 0.137 0.225 0.060 0.016 0.244 0.033 0.043 0.080 0.057 0.041 0.064 136 F 0.166 0.207 0.054 0.013 0.338 0.017 0.036 0.057 0.036 0.036 0.040 137 F 0.226 0.136 0.028 0.009 0.340 0.013 0.018 0.064 0.038 0.049 0.077 138 I 0.160 0.151 0.065 0.025 0.262 0.029 0.031 0.097 0.077 0.049 0.054 139 E 0.067 0.110 0.062 0.038 0.123 0.063 0.105 0.174 0.132 0.086 0.040 140 A 0.059 0.110 0.068 0.037 0.091 0.027 0.064 0.111 0.083 0.298 0.052 141 S 0.040 0.286 0.167 0.038 0.118 0.021 0.028 0.061 0.052 0.155 0.035 142 S 0.042 0.506 0.204 0.005 0.147 0.002 0.003 0.043 0.018 0.015 0.014 143 T 0.002 0.008 0.002 0.001 0.005 0.002 0.009 0.617 0.341 0.011 0.002 144 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.889 0.080 0.009 0.001 145 D 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.824 0.063 0.090 0.006 146 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.042 0.002 0.001 147 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 148 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 149 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 150 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.028 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 152 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.970 0.019 0.001 0.001 153 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.859 0.133 0.004 0.001 154 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.875 0.101 0.003 0.001 155 T 0.005 0.004 0.004 0.001 0.005 0.003 0.129 0.689 0.105 0.051 0.004 156 L 0.063 0.101 0.037 0.017 0.082 0.021 0.083 0.236 0.103 0.206 0.051 157 S 0.057 0.049 0.024 0.047 0.046 0.044 0.069 0.187 0.107 0.250 0.121 158 N 0.058 0.139 0.077 0.029 0.110 0.020 0.048 0.084 0.077 0.283 0.074 159 R 0.091 0.317 0.101 0.009 0.318 0.008 0.019 0.035 0.025 0.035 0.043 160 V 0.279 0.144 0.023 0.005 0.402 0.007 0.012 0.033 0.022 0.023 0.050 161 Y 0.114 0.260 0.071 0.020 0.324 0.036 0.035 0.044 0.023 0.027 0.046 162 D 0.262 0.149 0.103 0.020 0.304 0.016 0.016 0.027 0.013 0.030 0.061 163 A 0.050 0.147 0.084 0.061 0.102 0.066 0.081 0.168 0.135 0.078 0.027 164 D 0.075 0.150 0.158 0.092 0.133 0.042 0.040 0.094 0.057 0.120 0.038