# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5150 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.412 0.201 0.160 0.133 0.076 0.017 0.001 2 K 0.572 0.254 0.119 0.042 0.012 0.002 0.001 3 R 0.600 0.260 0.099 0.033 0.007 0.001 0.001 4 S 0.582 0.299 0.087 0.026 0.005 0.001 0.001 5 I 0.202 0.164 0.270 0.256 0.096 0.013 0.001 6 E 0.634 0.284 0.059 0.016 0.006 0.001 0.001 7 D 0.472 0.405 0.083 0.028 0.010 0.002 0.001 8 T 0.068 0.184 0.244 0.293 0.169 0.039 0.002 9 P 0.008 0.053 0.226 0.382 0.235 0.090 0.006 10 I 0.001 0.002 0.006 0.017 0.127 0.587 0.259 11 V 0.001 0.002 0.008 0.027 0.088 0.366 0.507 12 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.153 0.826 13 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.132 0.848 14 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.146 0.833 15 A 0.001 0.002 0.005 0.015 0.044 0.216 0.717 16 G 0.003 0.013 0.026 0.071 0.164 0.366 0.357 17 N 0.004 0.018 0.044 0.103 0.281 0.359 0.191 18 L 0.003 0.007 0.012 0.038 0.142 0.417 0.380 19 A 0.003 0.009 0.018 0.043 0.139 0.390 0.399 20 T 0.008 0.031 0.104 0.183 0.204 0.273 0.197 21 N 0.003 0.012 0.043 0.078 0.204 0.335 0.325 22 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.246 0.723 23 A 0.001 0.001 0.003 0.012 0.065 0.361 0.558 24 K 0.004 0.047 0.163 0.288 0.226 0.207 0.065 25 A 0.002 0.019 0.087 0.214 0.362 0.275 0.041 26 L 0.001 0.002 0.005 0.018 0.155 0.674 0.145 27 Y 0.005 0.038 0.132 0.378 0.305 0.131 0.011 28 R 0.133 0.399 0.257 0.144 0.050 0.017 0.001 29 K 0.071 0.219 0.321 0.280 0.089 0.019 0.001 30 G 0.108 0.268 0.202 0.194 0.161 0.063 0.004 31 F 0.011 0.035 0.107 0.249 0.406 0.178 0.014 32 R 0.036 0.171 0.318 0.277 0.128 0.061 0.010 33 I 0.006 0.010 0.017 0.049 0.169 0.493 0.256 34 V 0.008 0.026 0.055 0.125 0.216 0.366 0.205 35 Q 0.008 0.016 0.029 0.061 0.168 0.387 0.333 36 V 0.009 0.027 0.043 0.078 0.165 0.367 0.310 37 Y 0.011 0.034 0.070 0.122 0.289 0.359 0.115 38 S 0.043 0.161 0.233 0.241 0.199 0.106 0.018 39 R 0.077 0.167 0.246 0.263 0.181 0.061 0.005 40 T 0.263 0.289 0.186 0.130 0.099 0.032 0.002 41 E 0.377 0.348 0.166 0.079 0.024 0.004 0.001 42 E 0.542 0.355 0.075 0.022 0.005 0.001 0.001 43 S 0.159 0.320 0.300 0.178 0.037 0.006 0.001 44 A 0.033 0.061 0.178 0.360 0.309 0.058 0.001 45 R 0.298 0.530 0.138 0.028 0.007 0.001 0.001 46 E 0.167 0.449 0.256 0.112 0.015 0.001 0.001 47 L 0.012 0.036 0.115 0.270 0.460 0.106 0.002 48 A 0.050 0.167 0.347 0.353 0.075 0.007 0.001 49 Q 0.550 0.405 0.036 0.006 0.002 0.001 0.001 50 K 0.225 0.363 0.246 0.147 0.017 0.002 0.001 51 V 0.066 0.098 0.276 0.330 0.198 0.032 0.001 52 E 0.251 0.438 0.224 0.070 0.014 0.003 0.001 53 A 0.097 0.098 0.198 0.284 0.256 0.064 0.004 54 E 0.185 0.406 0.220 0.125 0.051 0.013 0.001 55 Y 0.052 0.126 0.189 0.260 0.241 0.123 0.009 56 T 0.069 0.173 0.259 0.272 0.172 0.052 0.004 57 T 0.208 0.356 0.243 0.129 0.053 0.011 0.001 58 D 0.092 0.213 0.266 0.246 0.139 0.040 0.004 59 L 0.020 0.054 0.116 0.246 0.352 0.200 0.013 60 A 0.124 0.342 0.298 0.167 0.055 0.013 0.001 61 E 0.135 0.402 0.279 0.144 0.035 0.006 0.001 62 V 0.007 0.020 0.051 0.159 0.410 0.326 0.027 63 N 0.010 0.050 0.155 0.405 0.270 0.104 0.005 64 P 0.156 0.489 0.234 0.082 0.029 0.008 0.001 65 Y 0.016 0.116 0.321 0.388 0.127 0.029 0.004 66 A 0.001 0.002 0.008 0.037 0.318 0.554 0.080 67 K 0.002 0.027 0.126 0.331 0.290 0.201 0.023 68 L 0.001 0.002 0.006 0.022 0.107 0.484 0.379 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.277 0.680 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.163 0.822 71 V 0.001 0.001 0.003 0.008 0.042 0.209 0.737 72 S 0.001 0.003 0.009 0.029 0.089 0.379 0.490 73 L 0.002 0.009 0.024 0.082 0.243 0.456 0.184 74 K 0.017 0.073 0.150 0.218 0.287 0.220 0.035 75 D 0.087 0.224 0.257 0.217 0.148 0.062 0.005 76 S 0.247 0.382 0.212 0.105 0.041 0.011 0.001 77 A 0.058 0.133 0.208 0.278 0.233 0.083 0.007 78 F 0.024 0.060 0.109 0.212 0.357 0.222 0.016 79 A 0.066 0.271 0.329 0.220 0.089 0.024 0.001 80 E 0.092 0.333 0.326 0.191 0.050 0.007 0.001 81 L 0.003 0.011 0.031 0.094 0.360 0.458 0.043 82 L 0.004 0.024 0.076 0.259 0.376 0.248 0.013 83 Q 0.134 0.508 0.244 0.084 0.026 0.006 0.001 84 G 0.039 0.219 0.369 0.309 0.059 0.006 0.001 85 I 0.003 0.010 0.026 0.080 0.429 0.437 0.015 86 V 0.020 0.122 0.319 0.401 0.123 0.015 0.001 87 E 0.364 0.524 0.090 0.017 0.004 0.001 0.001 88 G 0.075 0.215 0.339 0.294 0.071 0.007 0.001 89 K 0.093 0.145 0.264 0.286 0.192 0.020 0.001 90 R 0.294 0.423 0.191 0.066 0.023 0.003 0.001 91 E 0.434 0.422 0.098 0.034 0.010 0.001 0.001 92 E 0.145 0.327 0.252 0.188 0.073 0.014 0.001 93 A 0.008 0.050 0.204 0.417 0.237 0.080 0.004 94 L 0.003 0.007 0.023 0.060 0.238 0.559 0.110 95 M 0.001 0.002 0.007 0.021 0.062 0.359 0.548 96 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.190 0.773 97 H 0.001 0.003 0.008 0.021 0.062 0.188 0.718 98 T 0.001 0.003 0.005 0.012 0.049 0.285 0.645 99 A 0.008 0.024 0.045 0.089 0.180 0.352 0.303 100 G 0.021 0.075 0.118 0.185 0.224 0.273 0.105 101 S 0.035 0.067 0.114 0.186 0.276 0.260 0.061 102 I 0.060 0.122 0.186 0.232 0.226 0.144 0.029 103 P 0.137 0.227 0.202 0.179 0.145 0.092 0.018 104 M 0.074 0.122 0.190 0.270 0.225 0.107 0.012 105 N 0.302 0.408 0.165 0.080 0.034 0.010 0.001 106 V 0.060 0.177 0.258 0.296 0.159 0.047 0.004 107 W 0.025 0.046 0.079 0.189 0.387 0.253 0.020 108 E 0.075 0.248 0.308 0.267 0.082 0.019 0.001 109 G 0.299 0.428 0.174 0.075 0.020 0.004 0.001 110 H 0.044 0.140 0.300 0.367 0.119 0.029 0.001 111 V 0.045 0.053 0.132 0.280 0.353 0.131 0.006 112 P 0.349 0.417 0.154 0.057 0.018 0.004 0.001 113 H 0.392 0.359 0.140 0.074 0.028 0.007 0.001 114 Y 0.115 0.219 0.243 0.246 0.130 0.042 0.005 115 G 0.065 0.141 0.187 0.236 0.237 0.116 0.017 116 V 0.036 0.079 0.127 0.199 0.271 0.224 0.062 117 F 0.025 0.043 0.071 0.136 0.234 0.327 0.165 118 Y 0.012 0.017 0.027 0.058 0.124 0.355 0.407 119 P 0.014 0.021 0.033 0.063 0.123 0.295 0.452 120 M 0.018 0.030 0.037 0.069 0.149 0.291 0.406 121 Q 0.024 0.042 0.047 0.082 0.158 0.340 0.306 122 T 0.040 0.083 0.102 0.163 0.226 0.266 0.120 123 F 0.049 0.093 0.133 0.207 0.244 0.210 0.064 124 S 0.102 0.123 0.167 0.224 0.216 0.139 0.028 125 K 0.336 0.287 0.185 0.115 0.052 0.021 0.003 126 Q 0.508 0.255 0.122 0.072 0.030 0.011 0.002 127 R 0.387 0.260 0.167 0.116 0.051 0.017 0.002 128 E 0.282 0.268 0.201 0.150 0.068 0.028 0.002 129 V 0.204 0.185 0.221 0.218 0.125 0.044 0.004 130 D 0.364 0.303 0.185 0.094 0.040 0.014 0.001 131 F 0.192 0.187 0.226 0.223 0.121 0.045 0.006 132 K 0.231 0.257 0.218 0.161 0.092 0.036 0.005 133 E 0.187 0.280 0.191 0.171 0.108 0.054 0.009 134 I 0.022 0.059 0.115 0.235 0.285 0.237 0.048 135 P 0.011 0.022 0.039 0.093 0.243 0.452 0.141 136 F 0.010 0.031 0.064 0.113 0.222 0.380 0.179 137 F 0.009 0.019 0.037 0.084 0.196 0.374 0.281 138 I 0.010 0.025 0.046 0.099 0.213 0.397 0.210 139 E 0.033 0.103 0.201 0.262 0.236 0.138 0.026 140 A 0.106 0.233 0.263 0.220 0.119 0.053 0.006 141 S 0.146 0.183 0.221 0.233 0.152 0.059 0.005 142 S 0.267 0.259 0.219 0.144 0.079 0.029 0.002 143 T 0.466 0.308 0.145 0.060 0.017 0.003 0.001 144 E 0.363 0.416 0.142 0.056 0.018 0.003 0.001 145 D 0.070 0.145 0.198 0.302 0.213 0.068 0.005 146 A 0.017 0.085 0.233 0.348 0.230 0.086 0.002 147 A 0.161 0.417 0.231 0.133 0.047 0.010 0.001 148 F 0.006 0.039 0.188 0.339 0.321 0.098 0.009 149 L 0.001 0.005 0.008 0.026 0.199 0.604 0.156 150 K 0.005 0.064 0.267 0.434 0.171 0.057 0.003 151 A 0.027 0.175 0.306 0.335 0.116 0.037 0.004 152 I 0.001 0.005 0.021 0.070 0.288 0.544 0.071 153 A 0.004 0.014 0.037 0.145 0.335 0.392 0.072 154 S 0.059 0.302 0.345 0.192 0.070 0.028 0.003 155 T 0.049 0.161 0.277 0.316 0.149 0.044 0.004 156 L 0.027 0.044 0.078 0.179 0.327 0.307 0.038 157 S 0.101 0.200 0.239 0.235 0.155 0.064 0.007 158 N 0.278 0.322 0.209 0.124 0.046 0.018 0.002 159 R 0.160 0.239 0.218 0.206 0.130 0.043 0.004 160 V 0.109 0.116 0.144 0.216 0.235 0.161 0.018 161 Y 0.139 0.172 0.227 0.236 0.156 0.065 0.006 162 D 0.386 0.279 0.181 0.099 0.039 0.015 0.002 163 A 0.484 0.198 0.140 0.114 0.048 0.015 0.002 164 D 0.786 0.170 0.029 0.010 0.004 0.001 0.001