# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5150 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.131 0.068 0.081 0.124 0.153 0.161 0.112 0.074 0.045 0.031 0.013 0.005 0.002 0.001 2 K 0.249 0.181 0.181 0.150 0.115 0.054 0.034 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 3 R 0.421 0.158 0.137 0.120 0.079 0.042 0.020 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 4 S 0.356 0.219 0.164 0.125 0.080 0.030 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 I 0.101 0.092 0.106 0.228 0.202 0.127 0.064 0.042 0.023 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 6 E 0.261 0.294 0.185 0.135 0.064 0.030 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 D 0.147 0.213 0.203 0.162 0.113 0.079 0.038 0.021 0.012 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 8 T 0.010 0.025 0.047 0.106 0.176 0.186 0.180 0.114 0.075 0.044 0.024 0.008 0.004 0.002 9 P 0.002 0.006 0.012 0.033 0.067 0.112 0.139 0.208 0.155 0.114 0.099 0.028 0.018 0.009 10 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.021 0.042 0.083 0.151 0.161 0.198 0.191 0.087 0.052 11 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.064 0.124 0.170 0.242 0.223 0.106 0.050 12 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.044 0.081 0.156 0.225 0.215 0.174 0.096 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.031 0.066 0.143 0.181 0.250 0.164 0.155 14 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.027 0.090 0.138 0.204 0.176 0.136 0.096 0.113 15 A 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.027 0.052 0.085 0.128 0.156 0.177 0.151 0.091 0.113 16 G 0.005 0.009 0.015 0.031 0.046 0.085 0.166 0.160 0.145 0.123 0.097 0.051 0.032 0.035 17 N 0.015 0.032 0.046 0.080 0.114 0.166 0.191 0.114 0.097 0.059 0.044 0.019 0.009 0.012 18 L 0.014 0.017 0.026 0.048 0.088 0.168 0.177 0.165 0.134 0.071 0.048 0.023 0.013 0.006 19 A 0.017 0.021 0.032 0.060 0.109 0.158 0.207 0.185 0.115 0.051 0.025 0.011 0.006 0.002 20 T 0.063 0.104 0.132 0.153 0.167 0.137 0.109 0.068 0.034 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 21 N 0.091 0.111 0.132 0.147 0.160 0.137 0.098 0.065 0.032 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 22 L 0.008 0.009 0.021 0.056 0.101 0.153 0.280 0.268 0.069 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 23 A 0.006 0.010 0.030 0.052 0.111 0.201 0.249 0.186 0.101 0.041 0.008 0.003 0.001 0.001 24 K 0.145 0.230 0.214 0.157 0.152 0.054 0.023 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.054 0.105 0.153 0.228 0.189 0.119 0.084 0.050 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 26 L 0.008 0.008 0.023 0.091 0.174 0.214 0.220 0.173 0.069 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.048 0.085 0.156 0.296 0.203 0.105 0.063 0.023 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 28 R 0.518 0.255 0.122 0.058 0.025 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 K 0.086 0.146 0.186 0.235 0.164 0.103 0.045 0.019 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 30 G 0.122 0.138 0.151 0.150 0.156 0.120 0.077 0.043 0.028 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 31 F 0.019 0.028 0.041 0.095 0.165 0.187 0.160 0.133 0.083 0.049 0.022 0.008 0.006 0.003 32 R 0.017 0.026 0.041 0.081 0.110 0.131 0.156 0.142 0.112 0.069 0.062 0.028 0.014 0.010 33 I 0.002 0.002 0.005 0.009 0.019 0.036 0.052 0.072 0.134 0.174 0.190 0.162 0.086 0.056 34 V 0.002 0.002 0.003 0.007 0.012 0.022 0.053 0.092 0.133 0.149 0.176 0.171 0.102 0.076 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.016 0.028 0.072 0.102 0.159 0.233 0.167 0.126 0.085 36 V 0.002 0.001 0.002 0.005 0.010 0.019 0.041 0.079 0.117 0.156 0.207 0.192 0.110 0.060 37 Y 0.005 0.007 0.012 0.032 0.050 0.097 0.135 0.164 0.132 0.140 0.117 0.057 0.034 0.020 38 S 0.049 0.067 0.073 0.128 0.166 0.139 0.125 0.086 0.085 0.033 0.031 0.011 0.003 0.003 39 R 0.041 0.087 0.120 0.203 0.161 0.143 0.105 0.062 0.044 0.019 0.010 0.002 0.001 0.001 40 T 0.219 0.245 0.163 0.122 0.098 0.073 0.033 0.018 0.023 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 41 E 0.260 0.269 0.233 0.130 0.064 0.023 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.782 0.167 0.042 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.134 0.211 0.195 0.194 0.177 0.060 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.019 0.024 0.039 0.142 0.210 0.196 0.182 0.113 0.062 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 45 R 0.546 0.344 0.080 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.526 0.331 0.127 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.006 0.008 0.026 0.100 0.293 0.317 0.152 0.076 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 48 A 0.106 0.151 0.212 0.254 0.191 0.043 0.026 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.874 0.109 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 K 0.277 0.297 0.193 0.116 0.079 0.025 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.067 0.047 0.121 0.172 0.224 0.178 0.105 0.059 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 52 E 0.507 0.219 0.138 0.051 0.045 0.024 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 A 0.187 0.067 0.072 0.157 0.181 0.127 0.081 0.055 0.030 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 54 E 0.272 0.227 0.145 0.149 0.100 0.050 0.029 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 55 Y 0.102 0.075 0.101 0.144 0.165 0.176 0.101 0.058 0.039 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 56 T 0.097 0.078 0.110 0.145 0.172 0.171 0.115 0.054 0.036 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 57 T 0.391 0.192 0.151 0.110 0.074 0.041 0.019 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 58 D 0.261 0.237 0.182 0.134 0.095 0.045 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.038 0.030 0.048 0.108 0.172 0.206 0.161 0.124 0.081 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 60 A 0.194 0.236 0.200 0.176 0.098 0.051 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.461 0.294 0.156 0.048 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 V 0.023 0.033 0.061 0.162 0.223 0.196 0.163 0.102 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 63 N 0.013 0.031 0.077 0.134 0.208 0.216 0.187 0.090 0.030 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 64 P 0.135 0.213 0.189 0.172 0.135 0.069 0.044 0.027 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.024 0.065 0.113 0.200 0.179 0.183 0.129 0.055 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 66 A 0.004 0.009 0.027 0.051 0.113 0.173 0.230 0.142 0.127 0.065 0.033 0.017 0.007 0.003 67 K 0.003 0.011 0.021 0.055 0.083 0.139 0.190 0.205 0.126 0.084 0.046 0.016 0.012 0.008 68 L 0.001 0.001 0.003 0.007 0.016 0.036 0.057 0.065 0.152 0.131 0.209 0.166 0.087 0.068 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.025 0.064 0.128 0.193 0.227 0.158 0.116 0.072 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.039 0.075 0.123 0.195 0.237 0.179 0.134 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.017 0.078 0.100 0.184 0.213 0.159 0.147 0.089 72 S 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.020 0.043 0.099 0.145 0.193 0.174 0.158 0.080 0.066 73 L 0.002 0.005 0.007 0.022 0.037 0.096 0.130 0.174 0.164 0.152 0.118 0.052 0.024 0.016 74 K 0.012 0.035 0.052 0.097 0.179 0.178 0.145 0.105 0.112 0.040 0.026 0.011 0.003 0.004 75 D 0.036 0.105 0.143 0.176 0.171 0.133 0.102 0.064 0.041 0.017 0.010 0.002 0.001 0.001 76 S 0.301 0.324 0.174 0.087 0.052 0.031 0.015 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 A 0.096 0.149 0.185 0.159 0.150 0.123 0.076 0.040 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 78 F 0.025 0.030 0.059 0.105 0.209 0.201 0.173 0.113 0.065 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 79 A 0.277 0.318 0.218 0.095 0.054 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.420 0.343 0.164 0.043 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.008 0.013 0.028 0.108 0.195 0.234 0.206 0.160 0.036 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 82 L 0.006 0.017 0.041 0.143 0.207 0.202 0.196 0.093 0.069 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 83 Q 0.566 0.310 0.089 0.023 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 G 0.166 0.298 0.284 0.130 0.071 0.031 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 I 0.010 0.010 0.031 0.085 0.191 0.259 0.232 0.127 0.043 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 86 V 0.106 0.160 0.227 0.214 0.174 0.070 0.031 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.768 0.156 0.051 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 G 0.145 0.190 0.172 0.251 0.159 0.052 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 K 0.202 0.203 0.223 0.155 0.099 0.060 0.034 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.347 0.284 0.178 0.095 0.054 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 E 0.217 0.230 0.172 0.159 0.105 0.063 0.029 0.012 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 92 E 0.036 0.074 0.105 0.152 0.233 0.163 0.101 0.048 0.040 0.022 0.017 0.004 0.003 0.002 93 A 0.004 0.009 0.018 0.055 0.101 0.142 0.161 0.169 0.142 0.100 0.056 0.023 0.011 0.008 94 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.028 0.044 0.105 0.156 0.157 0.210 0.169 0.082 0.031 95 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.017 0.062 0.110 0.163 0.226 0.256 0.109 0.044 96 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.063 0.119 0.177 0.228 0.246 0.104 0.044 97 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.026 0.109 0.150 0.200 0.201 0.135 0.087 0.067 98 T 0.001 0.002 0.003 0.005 0.012 0.022 0.038 0.088 0.134 0.198 0.182 0.147 0.078 0.091 99 A 0.004 0.007 0.011 0.018 0.035 0.063 0.095 0.126 0.162 0.175 0.133 0.085 0.047 0.040 100 G 0.015 0.034 0.048 0.088 0.123 0.144 0.166 0.112 0.105 0.069 0.051 0.023 0.010 0.013 101 S 0.026 0.040 0.053 0.079 0.113 0.159 0.178 0.129 0.100 0.055 0.044 0.014 0.006 0.004 102 I 0.066 0.091 0.113 0.142 0.161 0.144 0.116 0.081 0.043 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 103 P 0.131 0.132 0.142 0.146 0.150 0.101 0.078 0.052 0.038 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 104 M 0.107 0.084 0.121 0.132 0.157 0.149 0.098 0.070 0.043 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 105 N 0.510 0.208 0.110 0.078 0.048 0.022 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 V 0.234 0.183 0.178 0.152 0.117 0.058 0.037 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 107 W 0.044 0.032 0.056 0.111 0.169 0.220 0.164 0.111 0.061 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 108 E 0.303 0.241 0.206 0.128 0.070 0.027 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 G 0.655 0.203 0.084 0.032 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 H 0.143 0.131 0.128 0.187 0.201 0.109 0.057 0.027 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 111 V 0.068 0.066 0.120 0.165 0.189 0.152 0.132 0.070 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 112 P 0.515 0.216 0.131 0.063 0.034 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 H 0.365 0.174 0.158 0.110 0.091 0.050 0.024 0.011 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 114 Y 0.131 0.102 0.110 0.155 0.180 0.122 0.078 0.057 0.031 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 115 G 0.119 0.103 0.100 0.126 0.139 0.129 0.100 0.081 0.047 0.028 0.016 0.007 0.003 0.002 116 V 0.057 0.042 0.052 0.089 0.112 0.135 0.131 0.116 0.099 0.077 0.049 0.026 0.011 0.005 117 F 0.040 0.027 0.038 0.059 0.081 0.114 0.116 0.116 0.118 0.098 0.097 0.058 0.025 0.013 118 Y 0.030 0.018 0.024 0.039 0.055 0.079 0.094 0.114 0.134 0.126 0.122 0.098 0.043 0.022 119 P 0.031 0.021 0.026 0.041 0.052 0.078 0.104 0.139 0.140 0.120 0.111 0.079 0.040 0.018 120 M 0.034 0.029 0.036 0.057 0.075 0.094 0.110 0.120 0.123 0.108 0.108 0.061 0.029 0.016 121 Q 0.046 0.043 0.053 0.078 0.094 0.115 0.128 0.104 0.106 0.089 0.077 0.040 0.017 0.011 122 T 0.068 0.057 0.068 0.094 0.116 0.136 0.134 0.098 0.087 0.059 0.046 0.022 0.009 0.006 123 F 0.064 0.066 0.083 0.123 0.143 0.138 0.129 0.096 0.069 0.042 0.028 0.012 0.005 0.002 124 S 0.102 0.080 0.094 0.117 0.135 0.144 0.112 0.084 0.059 0.037 0.021 0.009 0.004 0.001 125 K 0.212 0.150 0.142 0.144 0.130 0.080 0.056 0.037 0.025 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 126 Q 0.263 0.145 0.135 0.130 0.114 0.073 0.053 0.037 0.025 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 127 R 0.266 0.156 0.143 0.140 0.116 0.075 0.044 0.028 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 128 E 0.250 0.145 0.149 0.137 0.128 0.076 0.047 0.032 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 129 V 0.186 0.101 0.112 0.160 0.162 0.117 0.069 0.046 0.023 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 130 D 0.292 0.202 0.154 0.139 0.097 0.050 0.030 0.018 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 131 F 0.132 0.094 0.120 0.156 0.161 0.130 0.082 0.058 0.034 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 132 K 0.177 0.149 0.144 0.148 0.131 0.099 0.063 0.042 0.023 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 133 E 0.133 0.110 0.121 0.136 0.142 0.111 0.085 0.063 0.044 0.027 0.017 0.007 0.003 0.002 134 I 0.023 0.029 0.042 0.088 0.140 0.146 0.143 0.143 0.101 0.071 0.041 0.019 0.009 0.005 135 P 0.014 0.012 0.019 0.034 0.056 0.093 0.130 0.143 0.141 0.121 0.109 0.070 0.037 0.019 136 F 0.015 0.012 0.020 0.039 0.055 0.085 0.117 0.144 0.140 0.126 0.115 0.070 0.037 0.025 137 F 0.011 0.007 0.011 0.021 0.037 0.059 0.075 0.102 0.134 0.142 0.170 0.130 0.066 0.033 138 I 0.015 0.012 0.018 0.037 0.053 0.087 0.122 0.134 0.141 0.128 0.121 0.075 0.039 0.017 139 E 0.036 0.049 0.063 0.114 0.134 0.146 0.139 0.113 0.081 0.053 0.042 0.017 0.007 0.005 140 A 0.111 0.091 0.100 0.137 0.152 0.133 0.097 0.063 0.058 0.028 0.020 0.007 0.002 0.001 141 S 0.118 0.129 0.135 0.188 0.157 0.110 0.069 0.040 0.033 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 142 S 0.274 0.209 0.164 0.136 0.095 0.058 0.029 0.015 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 143 T 0.587 0.227 0.106 0.047 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 E 0.516 0.265 0.131 0.047 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 D 0.120 0.109 0.133 0.155 0.229 0.121 0.064 0.038 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 146 A 0.074 0.098 0.173 0.196 0.195 0.135 0.079 0.037 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 147 A 0.574 0.265 0.092 0.034 0.022 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 F 0.020 0.048 0.096 0.223 0.248 0.152 0.123 0.074 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 149 L 0.004 0.004 0.012 0.034 0.091 0.210 0.302 0.225 0.091 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 150 K 0.096 0.178 0.239 0.215 0.159 0.065 0.030 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.380 0.300 0.170 0.080 0.037 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 I 0.007 0.011 0.027 0.112 0.198 0.251 0.198 0.139 0.042 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 153 A 0.009 0.021 0.049 0.130 0.198 0.204 0.207 0.106 0.054 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 154 S 0.410 0.309 0.152 0.065 0.034 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 T 0.130 0.158 0.197 0.190 0.155 0.088 0.049 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 156 L 0.026 0.020 0.050 0.099 0.175 0.213 0.218 0.123 0.050 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 157 S 0.150 0.135 0.153 0.149 0.156 0.111 0.074 0.037 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 158 N 0.397 0.170 0.126 0.108 0.076 0.049 0.032 0.019 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 159 R 0.145 0.126 0.130 0.166 0.167 0.116 0.069 0.034 0.023 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 160 V 0.076 0.054 0.078 0.103 0.147 0.157 0.147 0.110 0.065 0.032 0.018 0.008 0.003 0.001 161 Y 0.127 0.088 0.101 0.148 0.148 0.147 0.100 0.071 0.035 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 162 D 0.241 0.127 0.122 0.133 0.132 0.092 0.054 0.034 0.032 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 163 A 0.203 0.093 0.098 0.129 0.135 0.119 0.080 0.047 0.040 0.031 0.015 0.007 0.003 0.001 164 D 0.442 0.222 0.144 0.084 0.048 0.026 0.017 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001