# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2045 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.025 0.021 0.040 0.061 0.091 0.058 0.615 2 K 0.097 0.015 0.007 0.028 0.039 0.084 0.026 0.705 3 R 0.029 0.005 0.014 0.019 0.027 0.092 0.024 0.790 4 S 0.239 0.013 0.021 0.038 0.036 0.082 0.091 0.481 5 I 0.250 0.004 0.012 0.009 0.014 0.077 0.050 0.585 6 E 0.019 0.002 0.051 0.012 0.020 0.146 0.022 0.729 7 D 0.008 0.003 0.012 0.009 0.014 0.145 0.016 0.793 8 T 0.005 0.012 0.154 0.081 0.089 0.166 0.065 0.427 9 P 0.003 0.017 0.422 0.094 0.162 0.056 0.075 0.171 10 I 0.001 0.006 0.607 0.139 0.132 0.016 0.038 0.062 11 V 0.001 0.003 0.839 0.058 0.071 0.005 0.012 0.011 12 L 0.003 0.007 0.712 0.097 0.102 0.011 0.035 0.034 13 I 0.013 0.015 0.662 0.055 0.093 0.024 0.064 0.073 14 G 0.052 0.061 0.475 0.045 0.064 0.064 0.091 0.148 15 A 0.056 0.112 0.168 0.019 0.033 0.116 0.094 0.401 16 G 0.065 0.190 0.081 0.012 0.022 0.105 0.224 0.301 17 N 0.042 0.261 0.048 0.012 0.011 0.084 0.314 0.227 18 L 0.027 0.613 0.022 0.004 0.006 0.041 0.123 0.164 19 A 0.015 0.935 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.023 20 T 0.007 0.896 0.001 0.001 0.001 0.004 0.072 0.017 21 N 0.004 0.856 0.002 0.001 0.001 0.003 0.122 0.012 22 L 0.009 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.006 23 A 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 24 K 0.009 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.023 25 A 0.013 0.774 0.004 0.001 0.001 0.010 0.127 0.068 26 L 0.079 0.129 0.133 0.009 0.003 0.025 0.572 0.051 27 Y 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.061 28 R 0.049 0.001 0.005 0.001 0.001 0.045 0.007 0.891 29 K 0.003 0.001 0.069 0.001 0.003 0.130 0.005 0.789 30 G 0.012 0.002 0.044 0.008 0.007 0.178 0.027 0.722 31 F 0.001 0.001 0.048 0.007 0.008 0.115 0.006 0.815 32 R 0.003 0.002 0.768 0.038 0.069 0.023 0.043 0.056 33 I 0.002 0.001 0.247 0.031 0.027 0.067 0.020 0.605 34 V 0.001 0.001 0.840 0.047 0.039 0.013 0.017 0.043 35 Q 0.012 0.003 0.634 0.079 0.125 0.025 0.037 0.086 36 V 0.011 0.005 0.573 0.063 0.081 0.036 0.061 0.169 37 Y 0.027 0.009 0.335 0.078 0.085 0.090 0.030 0.346 38 S 0.021 0.010 0.103 0.042 0.103 0.145 0.062 0.514 39 R 0.004 0.013 0.139 0.008 0.012 0.109 0.068 0.647 40 T 0.106 0.756 0.001 0.001 0.001 0.009 0.087 0.038 41 E 0.080 0.862 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.027 42 E 0.003 0.916 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.049 43 S 0.005 0.898 0.001 0.001 0.001 0.003 0.076 0.017 44 A 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 45 R 0.008 0.870 0.001 0.001 0.001 0.004 0.098 0.018 46 E 0.011 0.892 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.048 47 L 0.051 0.675 0.018 0.002 0.002 0.013 0.185 0.055 48 A 0.145 0.058 0.103 0.008 0.002 0.049 0.462 0.173 49 Q 0.279 0.039 0.004 0.001 0.001 0.027 0.019 0.631 50 K 0.056 0.010 0.020 0.001 0.002 0.084 0.014 0.812 51 V 0.044 0.016 0.050 0.003 0.006 0.113 0.018 0.749 52 E 0.025 0.007 0.034 0.004 0.008 0.126 0.047 0.749 53 A 0.008 0.004 0.146 0.014 0.011 0.130 0.040 0.646 54 E 0.027 0.019 0.388 0.021 0.039 0.075 0.147 0.284 55 Y 0.036 0.016 0.161 0.013 0.011 0.091 0.030 0.641 56 T 0.045 0.023 0.069 0.013 0.017 0.124 0.039 0.669 57 T 0.024 0.054 0.133 0.014 0.026 0.112 0.038 0.599 58 D 0.218 0.341 0.036 0.007 0.012 0.055 0.117 0.214 59 L 0.346 0.225 0.010 0.008 0.006 0.055 0.139 0.211 60 A 0.092 0.049 0.015 0.013 0.015 0.085 0.099 0.631 61 E 0.028 0.037 0.040 0.011 0.030 0.105 0.048 0.700 62 V 0.041 0.021 0.039 0.014 0.013 0.120 0.032 0.721 63 N 0.300 0.023 0.021 0.020 0.011 0.094 0.079 0.452 64 P 0.117 0.007 0.012 0.003 0.005 0.076 0.020 0.760 65 Y 0.015 0.005 0.032 0.003 0.007 0.117 0.029 0.792 66 A 0.002 0.008 0.183 0.018 0.030 0.174 0.047 0.537 67 K 0.001 0.007 0.428 0.063 0.132 0.091 0.056 0.222 68 L 0.001 0.002 0.620 0.080 0.107 0.037 0.040 0.114 69 Y 0.001 0.002 0.851 0.056 0.044 0.006 0.028 0.012 70 I 0.001 0.002 0.884 0.031 0.027 0.007 0.025 0.024 71 V 0.002 0.003 0.815 0.048 0.050 0.012 0.021 0.049 72 S 0.007 0.002 0.505 0.047 0.088 0.076 0.038 0.237 73 L 0.011 0.006 0.411 0.032 0.049 0.133 0.060 0.299 74 K 0.176 0.170 0.019 0.005 0.007 0.092 0.076 0.456 75 D 0.228 0.446 0.003 0.001 0.001 0.036 0.080 0.205 76 S 0.018 0.642 0.003 0.002 0.001 0.025 0.046 0.262 77 A 0.031 0.815 0.003 0.001 0.002 0.012 0.033 0.103 78 F 0.029 0.926 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.019 79 A 0.025 0.876 0.002 0.002 0.002 0.007 0.046 0.041 80 E 0.041 0.706 0.005 0.003 0.005 0.012 0.151 0.076 81 L 0.131 0.659 0.006 0.004 0.005 0.016 0.077 0.103 82 L 0.191 0.498 0.011 0.006 0.006 0.035 0.067 0.186 83 Q 0.034 0.507 0.005 0.004 0.004 0.030 0.017 0.397 84 G 0.092 0.523 0.018 0.006 0.011 0.040 0.057 0.255 85 I 0.198 0.270 0.040 0.021 0.012 0.061 0.102 0.296 86 V 0.321 0.051 0.026 0.009 0.014 0.045 0.073 0.461 87 E 0.153 0.015 0.019 0.005 0.009 0.056 0.018 0.725 88 G 0.029 0.005 0.053 0.007 0.012 0.098 0.034 0.763 89 K 0.094 0.002 0.032 0.007 0.006 0.096 0.019 0.743 90 R 0.498 0.006 0.009 0.001 0.002 0.044 0.020 0.420 91 E 0.005 0.001 0.036 0.002 0.003 0.142 0.014 0.798 92 E 0.001 0.004 0.246 0.018 0.037 0.141 0.044 0.509 93 A 0.001 0.001 0.761 0.042 0.079 0.024 0.018 0.074 94 L 0.001 0.001 0.917 0.034 0.025 0.003 0.005 0.016 95 M 0.001 0.001 0.937 0.023 0.025 0.002 0.007 0.006 96 V 0.001 0.001 0.957 0.009 0.012 0.003 0.006 0.011 97 H 0.038 0.004 0.748 0.023 0.037 0.026 0.041 0.083 98 T 0.104 0.009 0.359 0.018 0.028 0.101 0.049 0.331 99 A 0.063 0.016 0.177 0.013 0.031 0.146 0.078 0.475 100 G 0.034 0.034 0.077 0.013 0.021 0.153 0.042 0.626 101 S 0.064 0.043 0.040 0.018 0.018 0.149 0.090 0.577 102 I 0.051 0.133 0.028 0.020 0.014 0.105 0.096 0.554 103 P 0.105 0.425 0.007 0.004 0.009 0.042 0.068 0.340 104 M 0.063 0.744 0.003 0.005 0.003 0.020 0.028 0.135 105 N 0.098 0.646 0.005 0.006 0.006 0.018 0.066 0.156 106 V 0.178 0.354 0.015 0.010 0.013 0.041 0.091 0.296 107 W 0.531 0.249 0.010 0.005 0.009 0.021 0.033 0.142 108 E 0.308 0.017 0.008 0.005 0.009 0.066 0.071 0.517 109 G 0.010 0.023 0.009 0.007 0.011 0.105 0.018 0.817 110 H 0.024 0.027 0.032 0.007 0.015 0.122 0.039 0.733 111 V 0.303 0.019 0.032 0.024 0.006 0.091 0.128 0.398 112 P 0.330 0.007 0.009 0.003 0.003 0.056 0.022 0.569 113 H 0.058 0.003 0.047 0.002 0.004 0.080 0.013 0.794 114 Y 0.012 0.004 0.081 0.006 0.011 0.114 0.026 0.745 115 G 0.004 0.002 0.126 0.030 0.044 0.141 0.033 0.619 116 V 0.003 0.004 0.267 0.073 0.120 0.093 0.026 0.414 117 F 0.012 0.005 0.407 0.068 0.140 0.059 0.031 0.280 118 Y 0.021 0.004 0.475 0.067 0.083 0.072 0.068 0.209 119 P 0.023 0.007 0.366 0.056 0.096 0.091 0.063 0.298 120 M 0.032 0.009 0.187 0.030 0.061 0.107 0.057 0.518 121 Q 0.044 0.016 0.193 0.044 0.064 0.131 0.110 0.399 122 T 0.035 0.019 0.059 0.031 0.044 0.168 0.067 0.577 123 F 0.055 0.029 0.036 0.020 0.031 0.145 0.051 0.633 124 S 0.102 0.089 0.028 0.021 0.034 0.113 0.086 0.527 125 K 0.055 0.122 0.014 0.017 0.024 0.109 0.061 0.598 126 Q 0.088 0.217 0.014 0.017 0.036 0.092 0.083 0.453 127 R 0.110 0.187 0.018 0.040 0.051 0.076 0.108 0.409 128 E 0.156 0.085 0.019 0.036 0.068 0.084 0.076 0.477 129 V 0.116 0.036 0.040 0.051 0.088 0.103 0.105 0.462 130 D 0.333 0.016 0.018 0.025 0.049 0.069 0.047 0.442 131 F 0.227 0.012 0.012 0.013 0.030 0.091 0.049 0.566 132 K 0.006 0.006 0.025 0.022 0.043 0.152 0.019 0.725 133 E 0.013 0.015 0.049 0.060 0.142 0.143 0.053 0.525 134 I 0.009 0.017 0.083 0.229 0.171 0.101 0.052 0.337 135 P 0.021 0.020 0.163 0.134 0.261 0.066 0.043 0.294 136 F 0.019 0.019 0.233 0.159 0.210 0.059 0.075 0.225 137 F 0.036 0.014 0.254 0.106 0.150 0.083 0.073 0.284 138 I 0.072 0.026 0.139 0.096 0.165 0.091 0.078 0.332 139 E 0.055 0.011 0.095 0.040 0.074 0.137 0.076 0.511 140 A 0.008 0.014 0.046 0.021 0.036 0.185 0.065 0.624 141 S 0.023 0.188 0.020 0.007 0.012 0.116 0.061 0.574 142 S 0.079 0.801 0.001 0.001 0.001 0.012 0.052 0.054 143 T 0.031 0.859 0.001 0.001 0.001 0.011 0.034 0.064 144 E 0.013 0.865 0.003 0.001 0.001 0.005 0.074 0.039 145 D 0.019 0.733 0.002 0.001 0.001 0.004 0.220 0.022 146 A 0.009 0.922 0.001 0.001 0.001 0.003 0.053 0.012 147 A 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.018 148 F 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 149 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 150 K 0.027 0.640 0.003 0.001 0.001 0.004 0.312 0.013 151 A 0.007 0.092 0.008 0.001 0.001 0.026 0.783 0.082 152 I 0.007 0.521 0.070 0.003 0.003 0.045 0.272 0.080 153 A 0.043 0.124 0.222 0.005 0.002 0.075 0.372 0.157 154 S 0.110 0.109 0.031 0.004 0.002 0.106 0.140 0.498 155 T 0.033 0.047 0.068 0.005 0.006 0.138 0.058 0.645 156 L 0.097 0.023 0.165 0.004 0.012 0.111 0.065 0.523 157 S 0.029 0.022 0.038 0.012 0.013 0.141 0.066 0.680 158 N 0.006 0.009 0.071 0.020 0.048 0.123 0.033 0.691 159 R 0.012 0.009 0.163 0.101 0.254 0.089 0.063 0.308 160 V 0.004 0.001 0.158 0.103 0.128 0.100 0.042 0.464 161 Y 0.022 0.002 0.254 0.106 0.180 0.074 0.054 0.309 162 D 0.261 0.005 0.060 0.035 0.064 0.085 0.075 0.415 163 A 0.027 0.002 0.027 0.016 0.024 0.118 0.018 0.766 164 D 0.028 0.006 0.009 0.020 0.039 0.126 0.026 0.746