# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2045 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.202 0.086 0.054 0.088 0.091 0.078 0.135 0.100 0.077 0.054 0.036 2 K 0.248 0.234 0.110 0.182 0.098 0.047 0.038 0.020 0.012 0.007 0.004 3 R 0.187 0.103 0.081 0.141 0.124 0.100 0.114 0.069 0.042 0.025 0.013 4 S 0.258 0.271 0.098 0.170 0.086 0.046 0.035 0.019 0.010 0.005 0.003 5 I 0.090 0.104 0.063 0.123 0.120 0.107 0.133 0.097 0.073 0.054 0.036 6 E 0.266 0.204 0.099 0.165 0.105 0.062 0.049 0.025 0.013 0.007 0.004 7 D 0.184 0.160 0.112 0.197 0.118 0.080 0.070 0.035 0.023 0.013 0.007 8 T 0.040 0.046 0.058 0.091 0.098 0.134 0.209 0.119 0.103 0.068 0.034 9 P 0.041 0.123 0.109 0.249 0.167 0.112 0.096 0.045 0.034 0.017 0.009 10 I 0.002 0.003 0.011 0.012 0.019 0.043 0.107 0.132 0.237 0.243 0.190 11 V 0.003 0.014 0.025 0.068 0.095 0.106 0.190 0.179 0.150 0.102 0.068 12 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.007 0.023 0.074 0.173 0.268 0.444 13 I 0.001 0.001 0.006 0.011 0.027 0.034 0.090 0.198 0.195 0.213 0.223 14 G 0.001 0.002 0.011 0.016 0.024 0.030 0.088 0.148 0.260 0.246 0.175 15 A 0.001 0.001 0.007 0.011 0.021 0.022 0.069 0.156 0.210 0.205 0.298 16 G 0.007 0.010 0.026 0.044 0.058 0.084 0.151 0.145 0.192 0.160 0.123 17 N 0.011 0.019 0.044 0.087 0.116 0.117 0.226 0.156 0.108 0.067 0.050 18 L 0.003 0.007 0.019 0.031 0.054 0.048 0.115 0.191 0.177 0.180 0.174 19 A 0.003 0.007 0.014 0.024 0.036 0.053 0.126 0.137 0.204 0.218 0.176 20 T 0.023 0.030 0.068 0.137 0.165 0.168 0.191 0.084 0.068 0.037 0.029 21 N 0.010 0.014 0.041 0.064 0.095 0.088 0.189 0.178 0.130 0.108 0.082 22 L 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 0.018 0.054 0.088 0.209 0.286 0.318 23 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.026 0.072 0.093 0.224 0.278 0.291 24 K 0.009 0.019 0.182 0.195 0.200 0.155 0.129 0.050 0.035 0.017 0.008 25 A 0.004 0.009 0.049 0.088 0.119 0.153 0.291 0.146 0.072 0.044 0.026 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.019 0.148 0.306 0.515 27 Y 0.003 0.004 0.008 0.029 0.081 0.145 0.338 0.154 0.122 0.080 0.037 28 R 0.004 0.091 0.533 0.198 0.079 0.054 0.018 0.007 0.006 0.007 0.003 29 K 0.011 0.025 0.031 0.064 0.112 0.271 0.293 0.108 0.049 0.026 0.012 30 G 0.689 0.158 0.018 0.047 0.018 0.015 0.020 0.015 0.010 0.007 0.004 31 F 0.012 0.007 0.009 0.020 0.028 0.056 0.122 0.127 0.217 0.195 0.209 32 R 0.057 0.204 0.104 0.263 0.200 0.079 0.049 0.023 0.011 0.006 0.004 33 I 0.001 0.002 0.005 0.007 0.015 0.027 0.064 0.110 0.216 0.234 0.320 34 V 0.006 0.008 0.011 0.036 0.071 0.113 0.192 0.199 0.150 0.121 0.093 35 Q 0.005 0.011 0.024 0.077 0.081 0.095 0.170 0.157 0.168 0.136 0.077 36 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.021 0.051 0.083 0.214 0.297 0.316 37 Y 0.003 0.004 0.006 0.022 0.040 0.076 0.183 0.158 0.220 0.178 0.109 38 S 0.046 0.053 0.112 0.166 0.140 0.110 0.140 0.086 0.071 0.050 0.026 39 R 0.015 0.026 0.026 0.060 0.088 0.192 0.251 0.130 0.105 0.070 0.037 40 T 0.047 0.308 0.044 0.100 0.072 0.090 0.144 0.076 0.058 0.042 0.019 41 E 0.411 0.159 0.055 0.140 0.103 0.060 0.045 0.016 0.007 0.003 0.002 42 E 0.926 0.036 0.019 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.016 0.112 0.054 0.194 0.171 0.174 0.157 0.064 0.033 0.018 0.006 44 A 0.001 0.002 0.003 0.006 0.021 0.065 0.178 0.196 0.229 0.193 0.105 45 R 0.035 0.032 0.582 0.194 0.095 0.039 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 46 E 0.004 0.017 0.684 0.191 0.073 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.011 0.043 0.083 0.244 0.350 0.263 48 A 0.001 0.002 0.010 0.020 0.057 0.136 0.324 0.191 0.130 0.107 0.022 49 Q 0.001 0.008 0.898 0.071 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 K 0.006 0.017 0.213 0.111 0.154 0.215 0.199 0.058 0.015 0.008 0.004 51 V 0.006 0.005 0.007 0.005 0.008 0.030 0.100 0.152 0.275 0.245 0.166 52 E 0.291 0.201 0.102 0.190 0.109 0.039 0.037 0.019 0.008 0.003 0.002 53 A 0.051 0.015 0.076 0.043 0.057 0.057 0.121 0.113 0.146 0.150 0.172 54 E 0.143 0.206 0.127 0.182 0.144 0.084 0.064 0.027 0.014 0.007 0.004 55 Y 0.029 0.041 0.026 0.067 0.085 0.123 0.202 0.166 0.128 0.080 0.053 56 T 0.039 0.037 0.033 0.070 0.087 0.096 0.144 0.140 0.131 0.106 0.118 57 T 0.198 0.089 0.070 0.152 0.132 0.095 0.119 0.066 0.043 0.024 0.013 58 D 0.110 0.191 0.096 0.211 0.138 0.086 0.075 0.042 0.027 0.016 0.009 59 L 0.013 0.015 0.012 0.037 0.060 0.076 0.160 0.162 0.187 0.154 0.123 60 A 0.233 0.085 0.080 0.163 0.131 0.098 0.101 0.054 0.030 0.017 0.007 61 E 0.045 0.095 0.183 0.254 0.164 0.121 0.075 0.031 0.017 0.009 0.005 62 V 0.004 0.006 0.010 0.013 0.023 0.037 0.100 0.136 0.213 0.220 0.238 63 N 0.012 0.014 0.015 0.041 0.076 0.099 0.193 0.153 0.156 0.145 0.097 64 P 0.099 0.178 0.377 0.227 0.076 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 65 Y 0.070 0.071 0.065 0.215 0.207 0.140 0.138 0.056 0.022 0.010 0.007 66 A 0.002 0.003 0.004 0.007 0.013 0.022 0.073 0.109 0.214 0.223 0.329 67 K 0.017 0.073 0.102 0.260 0.254 0.125 0.094 0.039 0.020 0.010 0.006 68 L 0.001 0.001 0.011 0.009 0.018 0.041 0.108 0.116 0.234 0.260 0.201 69 Y 0.001 0.001 0.003 0.007 0.013 0.024 0.083 0.118 0.240 0.258 0.251 70 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.025 0.065 0.199 0.292 0.403 71 V 0.001 0.001 0.006 0.009 0.022 0.029 0.078 0.166 0.197 0.222 0.269 72 S 0.001 0.001 0.006 0.009 0.017 0.022 0.067 0.142 0.225 0.260 0.250 73 L 0.001 0.001 0.003 0.007 0.016 0.027 0.076 0.151 0.231 0.246 0.239 74 K 0.025 0.127 0.091 0.205 0.154 0.133 0.125 0.057 0.046 0.024 0.013 75 D 0.071 0.079 0.065 0.151 0.156 0.158 0.175 0.073 0.040 0.017 0.013 76 S 0.606 0.125 0.051 0.087 0.051 0.029 0.027 0.013 0.006 0.003 0.002 77 A 0.116 0.148 0.048 0.143 0.131 0.100 0.131 0.079 0.048 0.032 0.024 78 F 0.005 0.011 0.010 0.019 0.036 0.057 0.116 0.132 0.198 0.215 0.201 79 A 0.058 0.055 0.113 0.202 0.207 0.159 0.123 0.045 0.023 0.011 0.005 80 E 0.070 0.114 0.351 0.283 0.108 0.041 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 81 L 0.001 0.002 0.004 0.008 0.016 0.035 0.090 0.127 0.243 0.234 0.241 82 L 0.001 0.002 0.003 0.009 0.022 0.047 0.142 0.161 0.222 0.238 0.152 83 Q 0.016 0.057 0.522 0.238 0.108 0.036 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 84 G 0.119 0.066 0.158 0.196 0.173 0.121 0.109 0.039 0.012 0.005 0.003 85 I 0.004 0.004 0.005 0.007 0.009 0.017 0.056 0.098 0.231 0.268 0.300 86 V 0.027 0.037 0.026 0.090 0.145 0.166 0.246 0.131 0.070 0.043 0.019 87 E 0.117 0.172 0.388 0.212 0.070 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 88 G 0.201 0.056 0.052 0.087 0.104 0.121 0.188 0.093 0.052 0.029 0.018 89 K 0.120 0.103 0.032 0.084 0.070 0.082 0.148 0.115 0.106 0.094 0.047 90 R 0.045 0.255 0.082 0.175 0.133 0.123 0.090 0.041 0.027 0.019 0.009 91 E 0.384 0.236 0.077 0.145 0.080 0.034 0.021 0.012 0.006 0.003 0.002 92 E 0.529 0.117 0.038 0.092 0.057 0.049 0.057 0.030 0.017 0.009 0.004 93 A 0.025 0.050 0.046 0.165 0.158 0.175 0.170 0.087 0.064 0.040 0.019 94 L 0.001 0.005 0.010 0.017 0.026 0.091 0.160 0.130 0.241 0.202 0.118 95 M 0.001 0.004 0.012 0.022 0.035 0.059 0.126 0.124 0.221 0.178 0.218 96 V 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.009 0.031 0.080 0.193 0.268 0.406 97 H 0.002 0.007 0.017 0.054 0.092 0.091 0.156 0.185 0.164 0.132 0.100 98 T 0.001 0.002 0.006 0.011 0.019 0.020 0.058 0.169 0.192 0.225 0.297 99 A 0.003 0.004 0.007 0.017 0.027 0.034 0.073 0.156 0.208 0.233 0.238 100 G 0.016 0.023 0.029 0.083 0.103 0.093 0.179 0.169 0.148 0.091 0.065 101 S 0.024 0.022 0.036 0.060 0.075 0.083 0.139 0.138 0.160 0.133 0.130 102 I 0.062 0.076 0.064 0.136 0.139 0.121 0.152 0.094 0.075 0.047 0.033 103 P 0.122 0.194 0.068 0.152 0.115 0.085 0.111 0.063 0.045 0.027 0.017 104 M 0.073 0.047 0.029 0.077 0.097 0.098 0.148 0.116 0.123 0.094 0.098 105 N 0.449 0.156 0.088 0.132 0.073 0.037 0.033 0.016 0.009 0.005 0.003 106 V 0.063 0.083 0.059 0.182 0.165 0.139 0.139 0.075 0.050 0.029 0.018 107 W 0.008 0.015 0.012 0.020 0.030 0.041 0.098 0.131 0.200 0.222 0.223 108 E 0.070 0.086 0.083 0.214 0.202 0.131 0.107 0.050 0.031 0.018 0.008 109 G 0.209 0.123 0.257 0.202 0.094 0.050 0.032 0.016 0.009 0.005 0.002 110 H 0.058 0.069 0.048 0.143 0.127 0.152 0.173 0.094 0.069 0.044 0.023 111 V 0.011 0.016 0.008 0.017 0.023 0.039 0.103 0.128 0.215 0.224 0.217 112 P 0.182 0.198 0.151 0.222 0.137 0.051 0.029 0.015 0.008 0.005 0.003 113 H 0.285 0.138 0.134 0.159 0.093 0.067 0.056 0.031 0.018 0.013 0.007 114 Y 0.086 0.079 0.030 0.114 0.106 0.137 0.170 0.107 0.085 0.056 0.030 115 G 0.083 0.074 0.025 0.086 0.085 0.100 0.148 0.128 0.121 0.090 0.059 116 V 0.036 0.036 0.045 0.091 0.098 0.129 0.152 0.125 0.123 0.100 0.065 117 F 0.029 0.042 0.045 0.098 0.099 0.130 0.186 0.120 0.117 0.085 0.048 118 Y 0.006 0.009 0.010 0.030 0.042 0.063 0.119 0.151 0.204 0.188 0.178 119 P 0.021 0.026 0.021 0.058 0.080 0.088 0.145 0.157 0.170 0.139 0.095 120 M 0.020 0.028 0.027 0.083 0.092 0.090 0.150 0.145 0.154 0.130 0.082 121 Q 0.010 0.011 0.011 0.035 0.049 0.078 0.128 0.153 0.192 0.191 0.142 122 T 0.052 0.049 0.031 0.083 0.090 0.095 0.144 0.135 0.138 0.108 0.074 123 F 0.015 0.014 0.015 0.039 0.056 0.070 0.139 0.164 0.187 0.160 0.142 124 S 0.020 0.024 0.019 0.043 0.054 0.063 0.116 0.126 0.183 0.186 0.166 125 K 0.148 0.187 0.066 0.196 0.141 0.084 0.080 0.040 0.030 0.017 0.010 126 Q 0.267 0.136 0.046 0.135 0.107 0.085 0.083 0.053 0.041 0.028 0.019 127 R 0.206 0.114 0.042 0.141 0.118 0.100 0.114 0.070 0.046 0.031 0.018 128 E 0.159 0.161 0.058 0.169 0.122 0.100 0.102 0.055 0.035 0.025 0.013 129 V 0.036 0.030 0.023 0.044 0.053 0.102 0.145 0.114 0.170 0.162 0.121 130 D 0.142 0.169 0.077 0.182 0.125 0.087 0.086 0.050 0.039 0.027 0.016 131 F 0.060 0.080 0.056 0.132 0.118 0.132 0.149 0.092 0.081 0.061 0.038 132 K 0.148 0.134 0.068 0.180 0.149 0.101 0.088 0.057 0.036 0.023 0.016 133 E 0.087 0.076 0.043 0.127 0.117 0.118 0.151 0.114 0.083 0.056 0.028 134 I 0.015 0.027 0.022 0.073 0.093 0.121 0.175 0.147 0.146 0.110 0.073 135 P 0.007 0.010 0.012 0.027 0.038 0.060 0.119 0.137 0.212 0.208 0.170 136 F 0.004 0.008 0.013 0.032 0.047 0.071 0.134 0.160 0.203 0.183 0.146 137 F 0.002 0.003 0.007 0.013 0.021 0.027 0.066 0.123 0.216 0.239 0.282 138 I 0.003 0.004 0.008 0.020 0.035 0.040 0.091 0.151 0.211 0.212 0.224 139 E 0.025 0.024 0.031 0.087 0.119 0.132 0.205 0.141 0.120 0.073 0.043 140 A 0.084 0.070 0.063 0.144 0.135 0.110 0.155 0.100 0.069 0.042 0.027 141 S 0.082 0.101 0.040 0.100 0.095 0.115 0.171 0.101 0.092 0.066 0.037 142 S 0.161 0.303 0.059 0.136 0.087 0.077 0.090 0.037 0.027 0.016 0.008 143 T 0.534 0.161 0.071 0.113 0.058 0.028 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 144 E 0.566 0.176 0.060 0.101 0.049 0.021 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 145 D 0.012 0.064 0.034 0.085 0.100 0.146 0.212 0.140 0.102 0.077 0.028 146 A 0.013 0.013 0.024 0.057 0.124 0.248 0.281 0.121 0.067 0.038 0.014 147 A 0.083 0.063 0.610 0.170 0.047 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 148 F 0.004 0.013 0.054 0.125 0.143 0.235 0.269 0.088 0.044 0.019 0.006 149 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.041 0.177 0.305 0.458 150 K 0.003 0.017 0.296 0.240 0.268 0.112 0.042 0.013 0.005 0.002 0.001 151 A 0.009 0.021 0.648 0.148 0.087 0.043 0.028 0.011 0.003 0.002 0.001 152 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.044 0.131 0.145 0.257 0.233 0.170 153 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.024 0.104 0.143 0.252 0.269 0.191 154 S 0.009 0.027 0.489 0.228 0.135 0.059 0.029 0.011 0.007 0.004 0.002 155 T 0.015 0.025 0.148 0.101 0.127 0.180 0.234 0.088 0.043 0.026 0.014 156 L 0.002 0.004 0.004 0.006 0.010 0.027 0.076 0.109 0.244 0.255 0.263 157 S 0.077 0.060 0.036 0.100 0.123 0.104 0.165 0.128 0.094 0.067 0.046 158 N 0.097 0.077 0.192 0.195 0.131 0.101 0.084 0.047 0.038 0.025 0.014 159 R 0.087 0.111 0.073 0.175 0.155 0.126 0.141 0.067 0.035 0.018 0.012 160 V 0.015 0.014 0.011 0.023 0.031 0.045 0.093 0.137 0.197 0.205 0.230 161 Y 0.054 0.045 0.037 0.098 0.125 0.135 0.170 0.130 0.096 0.064 0.045 162 D 0.079 0.131 0.118 0.166 0.119 0.097 0.107 0.063 0.055 0.039 0.025 163 A 0.082 0.058 0.036 0.085 0.102 0.102 0.160 0.122 0.111 0.076 0.066 164 D 0.526 0.178 0.040 0.091 0.051 0.031 0.034 0.020 0.015 0.009 0.005