# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2045 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.165 0.075 0.008 0.038 0.039 0.072 0.094 0.004 0.001 0.005 0.500 2 K 0.041 0.031 0.003 0.028 0.022 0.045 0.059 0.002 0.001 0.002 0.768 3 R 0.108 0.024 0.004 0.020 0.025 0.065 0.069 0.003 0.001 0.003 0.680 4 S 0.097 0.022 0.003 0.030 0.033 0.063 0.127 0.004 0.001 0.004 0.618 5 I 0.090 0.008 0.005 0.010 0.014 0.034 0.030 0.002 0.001 0.002 0.804 6 E 0.043 0.007 0.003 0.024 0.009 0.023 0.377 0.001 0.001 0.003 0.512 7 D 0.272 0.003 0.007 0.027 0.012 0.017 0.115 0.002 0.001 0.013 0.531 8 T 0.605 0.005 0.018 0.041 0.030 0.033 0.047 0.001 0.001 0.007 0.213 9 P 0.008 0.001 0.001 0.202 0.005 0.007 0.109 0.001 0.001 0.001 0.669 10 I 0.030 0.001 0.002 0.686 0.064 0.089 0.020 0.001 0.001 0.001 0.108 11 V 0.001 0.001 0.001 0.948 0.019 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 12 L 0.001 0.001 0.001 0.919 0.020 0.035 0.005 0.001 0.001 0.001 0.020 13 I 0.001 0.001 0.001 0.984 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 14 G 0.001 0.001 0.001 0.871 0.007 0.018 0.022 0.001 0.001 0.001 0.081 15 A 0.001 0.001 0.001 0.719 0.004 0.011 0.086 0.001 0.001 0.001 0.177 16 G 0.007 0.003 0.001 0.241 0.007 0.022 0.297 0.001 0.001 0.007 0.415 17 N 0.051 0.013 0.001 0.039 0.003 0.006 0.211 0.001 0.001 0.009 0.666 18 L 0.034 0.159 0.004 0.011 0.003 0.006 0.241 0.001 0.001 0.003 0.538 19 A 0.038 0.315 0.002 0.006 0.002 0.007 0.209 0.002 0.001 0.003 0.415 20 T 0.040 0.522 0.002 0.002 0.001 0.002 0.045 0.003 0.001 0.001 0.382 21 N 0.015 0.704 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.002 0.001 0.001 0.236 22 L 0.011 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.063 23 A 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 24 K 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 25 A 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 26 L 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.004 27 Y 0.001 0.988 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 28 R 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.003 29 K 0.100 0.727 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.001 0.001 0.011 30 G 0.574 0.117 0.027 0.001 0.002 0.002 0.002 0.206 0.001 0.001 0.068 31 F 0.007 0.001 0.973 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 32 R 0.011 0.001 0.007 0.396 0.132 0.074 0.110 0.002 0.001 0.001 0.264 33 I 0.002 0.001 0.002 0.113 0.021 0.028 0.012 0.001 0.001 0.001 0.821 34 V 0.001 0.001 0.001 0.937 0.017 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 35 Q 0.001 0.001 0.001 0.627 0.029 0.075 0.039 0.001 0.001 0.001 0.226 36 V 0.001 0.001 0.001 0.918 0.020 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.026 37 Y 0.006 0.002 0.001 0.592 0.040 0.064 0.078 0.001 0.001 0.004 0.213 38 S 0.037 0.004 0.002 0.216 0.052 0.083 0.090 0.001 0.001 0.010 0.506 39 R 0.037 0.007 0.003 0.113 0.019 0.044 0.290 0.001 0.001 0.007 0.478 40 T 0.020 0.004 0.002 0.018 0.008 0.012 0.604 0.001 0.001 0.007 0.324 41 E 0.018 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 0.003 0.905 42 E 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.581 0.001 0.001 0.007 0.399 43 S 0.192 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.628 0.001 0.001 0.007 0.148 44 A 0.042 0.861 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.070 45 R 0.004 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.084 46 E 0.011 0.779 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.194 47 L 0.034 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.034 48 A 0.010 0.970 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.011 49 Q 0.008 0.964 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.008 50 K 0.081 0.858 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.026 51 V 0.100 0.819 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.023 52 E 0.138 0.424 0.026 0.007 0.009 0.010 0.019 0.103 0.001 0.001 0.264 53 A 0.060 0.218 0.344 0.039 0.007 0.010 0.025 0.019 0.001 0.003 0.275 54 E 0.075 0.159 0.019 0.173 0.035 0.036 0.074 0.014 0.001 0.004 0.410 55 Y 0.087 0.062 0.011 0.068 0.026 0.028 0.066 0.005 0.001 0.005 0.643 56 T 0.162 0.071 0.024 0.276 0.041 0.101 0.038 0.009 0.001 0.011 0.267 57 T 0.164 0.054 0.011 0.151 0.021 0.056 0.131 0.006 0.001 0.015 0.392 58 D 0.100 0.031 0.005 0.087 0.011 0.018 0.285 0.003 0.001 0.008 0.453 59 L 0.045 0.025 0.002 0.031 0.005 0.014 0.069 0.001 0.001 0.005 0.804 60 A 0.007 0.012 0.001 0.005 0.002 0.008 0.471 0.001 0.001 0.018 0.476 61 E 0.350 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.536 0.001 0.001 0.011 0.087 62 V 0.404 0.501 0.011 0.001 0.001 0.001 0.018 0.012 0.001 0.003 0.047 63 N 0.118 0.708 0.016 0.005 0.006 0.010 0.009 0.026 0.001 0.001 0.099 64 P 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.990 65 Y 0.468 0.040 0.010 0.040 0.016 0.029 0.034 0.015 0.001 0.002 0.347 66 A 0.331 0.043 0.029 0.232 0.033 0.024 0.075 0.011 0.001 0.010 0.211 67 K 0.038 0.014 0.020 0.309 0.217 0.218 0.050 0.006 0.001 0.005 0.123 68 L 0.005 0.001 0.008 0.832 0.011 0.021 0.018 0.001 0.001 0.001 0.103 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.983 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 70 I 0.001 0.001 0.001 0.957 0.011 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 71 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 72 S 0.001 0.001 0.001 0.812 0.013 0.026 0.015 0.001 0.001 0.001 0.131 73 L 0.004 0.001 0.002 0.584 0.054 0.096 0.084 0.001 0.001 0.002 0.172 74 K 0.001 0.001 0.001 0.118 0.016 0.041 0.204 0.001 0.001 0.001 0.619 75 D 0.024 0.001 0.001 0.032 0.014 0.045 0.051 0.001 0.001 0.003 0.829 76 S 0.026 0.005 0.001 0.007 0.002 0.006 0.213 0.001 0.001 0.009 0.731 77 A 0.060 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.614 0.001 0.001 0.010 0.303 78 F 0.212 0.190 0.003 0.002 0.002 0.005 0.202 0.001 0.001 0.010 0.373 79 A 0.048 0.371 0.004 0.003 0.004 0.012 0.071 0.002 0.001 0.002 0.483 80 E 0.036 0.576 0.002 0.003 0.001 0.001 0.063 0.003 0.001 0.001 0.316 81 L 0.037 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.067 82 L 0.013 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.028 83 Q 0.032 0.874 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.074 84 G 0.155 0.663 0.005 0.002 0.001 0.001 0.009 0.031 0.001 0.001 0.132 85 I 0.116 0.781 0.028 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.001 0.001 0.046 86 V 0.043 0.715 0.018 0.006 0.003 0.007 0.012 0.021 0.001 0.001 0.174 87 E 0.071 0.256 0.008 0.009 0.003 0.008 0.024 0.019 0.001 0.002 0.600 88 G 0.442 0.196 0.011 0.011 0.004 0.006 0.019 0.043 0.001 0.003 0.265 89 K 0.500 0.172 0.062 0.018 0.007 0.010 0.034 0.031 0.001 0.004 0.162 90 R 0.076 0.060 0.021 0.071 0.025 0.031 0.172 0.015 0.001 0.003 0.526 91 E 0.044 0.015 0.011 0.064 0.013 0.016 0.066 0.003 0.001 0.007 0.763 92 E 0.099 0.007 0.010 0.150 0.023 0.044 0.221 0.002 0.001 0.055 0.389 93 A 0.486 0.001 0.011 0.179 0.013 0.013 0.163 0.001 0.001 0.009 0.124 94 L 0.006 0.001 0.002 0.897 0.017 0.015 0.022 0.001 0.001 0.001 0.040 95 M 0.001 0.001 0.001 0.788 0.072 0.094 0.010 0.001 0.001 0.001 0.034 96 V 0.001 0.001 0.001 0.935 0.013 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.028 97 H 0.001 0.001 0.001 0.854 0.027 0.052 0.011 0.001 0.001 0.001 0.056 98 T 0.001 0.001 0.001 0.727 0.015 0.031 0.046 0.001 0.001 0.001 0.179 99 A 0.004 0.002 0.001 0.556 0.029 0.054 0.135 0.001 0.001 0.005 0.215 100 G 0.018 0.004 0.001 0.160 0.018 0.029 0.193 0.001 0.001 0.014 0.562 101 S 0.079 0.011 0.007 0.080 0.019 0.043 0.133 0.002 0.001 0.016 0.610 102 I 0.068 0.011 0.006 0.030 0.022 0.026 0.163 0.002 0.001 0.009 0.663 103 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.982 104 M 0.021 0.006 0.001 0.020 0.013 0.057 0.043 0.001 0.001 0.001 0.837 105 N 0.067 0.028 0.001 0.012 0.005 0.016 0.092 0.001 0.001 0.004 0.774 106 V 0.175 0.128 0.003 0.018 0.004 0.008 0.137 0.001 0.001 0.003 0.522 107 W 0.245 0.247 0.005 0.014 0.009 0.024 0.027 0.004 0.001 0.003 0.421 108 E 0.172 0.285 0.004 0.014 0.008 0.027 0.021 0.007 0.001 0.001 0.460 109 G 0.246 0.203 0.005 0.018 0.004 0.010 0.036 0.014 0.001 0.002 0.463 110 H 0.525 0.218 0.018 0.007 0.003 0.005 0.013 0.034 0.001 0.002 0.174 111 V 0.242 0.184 0.031 0.011 0.016 0.021 0.021 0.022 0.001 0.002 0.449 112 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 113 H 0.099 0.015 0.007 0.045 0.013 0.037 0.095 0.002 0.001 0.002 0.684 114 Y 0.482 0.040 0.006 0.055 0.012 0.012 0.055 0.003 0.001 0.010 0.325 115 G 0.191 0.032 0.008 0.106 0.030 0.043 0.059 0.004 0.001 0.004 0.523 116 V 0.060 0.009 0.023 0.383 0.040 0.059 0.074 0.002 0.001 0.004 0.346 117 F 0.017 0.005 0.002 0.408 0.050 0.095 0.045 0.001 0.001 0.002 0.375 118 Y 0.019 0.005 0.002 0.359 0.131 0.120 0.045 0.001 0.001 0.002 0.315 119 P 0.001 0.001 0.001 0.081 0.008 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.889 120 M 0.012 0.001 0.002 0.185 0.069 0.201 0.073 0.001 0.001 0.004 0.453 121 Q 0.087 0.005 0.003 0.242 0.057 0.069 0.131 0.001 0.001 0.012 0.394 122 T 0.007 0.001 0.001 0.067 0.032 0.044 0.060 0.001 0.001 0.001 0.787 123 F 0.020 0.004 0.003 0.077 0.083 0.153 0.086 0.001 0.001 0.004 0.569 124 S 0.033 0.010 0.002 0.087 0.078 0.098 0.210 0.001 0.001 0.015 0.467 125 K 0.030 0.009 0.001 0.024 0.016 0.023 0.105 0.001 0.001 0.007 0.784 126 Q 0.024 0.026 0.004 0.029 0.018 0.042 0.393 0.001 0.001 0.017 0.446 127 R 0.098 0.021 0.002 0.013 0.016 0.027 0.285 0.001 0.001 0.016 0.519 128 E 0.096 0.140 0.005 0.011 0.016 0.027 0.150 0.003 0.001 0.009 0.543 129 V 0.102 0.193 0.008 0.019 0.026 0.056 0.110 0.006 0.001 0.007 0.474 130 D 0.150 0.232 0.008 0.019 0.029 0.057 0.084 0.009 0.001 0.005 0.407 131 F 0.186 0.217 0.009 0.018 0.028 0.039 0.068 0.014 0.001 0.005 0.417 132 K 0.286 0.130 0.024 0.022 0.032 0.050 0.073 0.016 0.001 0.007 0.359 133 E 0.219 0.039 0.036 0.024 0.019 0.030 0.076 0.012 0.001 0.006 0.540 134 I 0.200 0.013 0.038 0.065 0.055 0.048 0.077 0.004 0.001 0.003 0.497 135 P 0.003 0.001 0.001 0.022 0.006 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.945 136 F 0.014 0.002 0.003 0.302 0.145 0.188 0.062 0.001 0.001 0.002 0.282 137 F 0.023 0.005 0.002 0.400 0.085 0.119 0.054 0.001 0.001 0.004 0.308 138 I 0.013 0.007 0.002 0.505 0.088 0.149 0.043 0.001 0.001 0.002 0.191 139 E 0.015 0.007 0.001 0.409 0.068 0.150 0.063 0.001 0.001 0.003 0.284 140 A 0.069 0.009 0.002 0.238 0.050 0.122 0.073 0.002 0.001 0.008 0.427 141 S 0.144 0.019 0.005 0.147 0.033 0.081 0.208 0.004 0.001 0.011 0.347 142 S 0.049 0.010 0.004 0.027 0.009 0.014 0.336 0.002 0.001 0.005 0.543 143 T 0.017 0.009 0.002 0.005 0.002 0.004 0.136 0.001 0.001 0.004 0.820 144 E 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.589 0.001 0.001 0.009 0.389 145 D 0.133 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.700 0.001 0.001 0.006 0.122 146 A 0.051 0.858 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.001 0.001 0.063 147 A 0.004 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.082 148 F 0.019 0.821 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.144 149 L 0.030 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.042 150 K 0.005 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.024 151 A 0.005 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.067 152 I 0.018 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.026 153 A 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 154 S 0.006 0.971 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.010 155 T 0.036 0.911 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.022 156 L 0.098 0.833 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.024 157 S 0.121 0.603 0.032 0.008 0.004 0.004 0.013 0.067 0.001 0.001 0.147 158 N 0.115 0.294 0.145 0.023 0.008 0.009 0.025 0.037 0.001 0.003 0.341 159 R 0.122 0.142 0.051 0.078 0.031 0.029 0.097 0.023 0.001 0.008 0.419 160 V 0.143 0.063 0.051 0.075 0.031 0.042 0.077 0.009 0.001 0.006 0.503 161 Y 0.024 0.043 0.011 0.351 0.101 0.122 0.071 0.004 0.001 0.003 0.270 162 D 0.015 0.013 0.006 0.159 0.065 0.096 0.061 0.002 0.001 0.004 0.581 163 A 0.029 0.025 0.005 0.232 0.047 0.109 0.071 0.002 0.001 0.006 0.473 164 D 0.021 0.005 0.001 0.080 0.020 0.039 0.320 0.001 0.001 0.014 0.499