# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2045 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.202 0.238 0.265 0.105 0.094 0.022 0.029 0.007 0.030 0.007 0.001 2 K 0.290 0.148 0.291 0.109 0.030 0.045 0.048 0.007 0.019 0.007 0.006 3 R 0.255 0.225 0.212 0.162 0.064 0.029 0.022 0.005 0.022 0.003 0.002 4 S 0.192 0.203 0.362 0.057 0.045 0.052 0.028 0.006 0.045 0.007 0.003 5 I 0.442 0.122 0.297 0.076 0.016 0.017 0.007 0.001 0.016 0.002 0.003 6 E 0.438 0.154 0.178 0.134 0.024 0.013 0.036 0.004 0.012 0.003 0.003 7 D 0.103 0.119 0.149 0.246 0.096 0.054 0.150 0.056 0.017 0.007 0.001 8 T 0.025 0.428 0.387 0.008 0.085 0.012 0.006 0.001 0.047 0.002 0.001 9 P 0.152 0.040 0.708 0.011 0.011 0.054 0.004 0.001 0.003 0.002 0.014 10 I 0.041 0.776 0.093 0.024 0.033 0.014 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 11 V 0.040 0.653 0.154 0.008 0.112 0.017 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 12 L 0.021 0.756 0.125 0.006 0.022 0.044 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 13 I 0.065 0.642 0.174 0.027 0.016 0.033 0.010 0.001 0.034 0.001 0.001 14 G 0.096 0.053 0.107 0.034 0.274 0.039 0.028 0.083 0.020 0.266 0.002 15 A 0.239 0.169 0.243 0.193 0.043 0.026 0.052 0.003 0.026 0.004 0.003 16 G 0.260 0.035 0.094 0.055 0.234 0.012 0.033 0.098 0.005 0.171 0.002 17 N 0.619 0.053 0.126 0.107 0.024 0.035 0.013 0.006 0.011 0.005 0.001 18 L 0.692 0.051 0.065 0.146 0.014 0.013 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 19 A 0.855 0.020 0.039 0.022 0.023 0.010 0.009 0.007 0.004 0.010 0.001 20 T 0.985 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.990 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Y 0.994 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 R 0.974 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 K 0.290 0.002 0.006 0.674 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 30 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.294 0.693 0.001 0.007 0.001 31 F 0.017 0.180 0.680 0.026 0.020 0.047 0.022 0.003 0.003 0.002 0.001 32 R 0.022 0.175 0.611 0.031 0.004 0.147 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 33 I 0.020 0.511 0.258 0.020 0.013 0.168 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 34 V 0.059 0.711 0.083 0.031 0.078 0.025 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 35 Q 0.009 0.490 0.121 0.008 0.319 0.021 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 36 V 0.030 0.738 0.111 0.008 0.052 0.035 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 37 Y 0.046 0.477 0.192 0.069 0.153 0.032 0.008 0.001 0.017 0.004 0.001 38 S 0.078 0.234 0.216 0.120 0.148 0.062 0.075 0.014 0.033 0.017 0.002 39 R 0.241 0.167 0.200 0.229 0.071 0.036 0.025 0.007 0.015 0.007 0.003 40 T 0.109 0.153 0.407 0.069 0.060 0.067 0.016 0.002 0.108 0.009 0.001 41 E 0.929 0.002 0.050 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.971 0.004 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 S 0.931 0.010 0.013 0.033 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 44 A 0.993 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 A 0.996 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 Q 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 K 0.911 0.002 0.004 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.216 0.007 0.021 0.740 0.002 0.003 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 52 E 0.092 0.016 0.037 0.068 0.015 0.011 0.685 0.052 0.009 0.014 0.001 53 A 0.214 0.137 0.424 0.109 0.041 0.034 0.017 0.009 0.008 0.005 0.001 54 E 0.226 0.295 0.303 0.095 0.020 0.035 0.006 0.002 0.016 0.001 0.002 55 Y 0.113 0.363 0.291 0.070 0.058 0.063 0.017 0.002 0.022 0.001 0.001 56 T 0.179 0.372 0.206 0.078 0.070 0.049 0.024 0.005 0.013 0.003 0.002 57 T 0.154 0.277 0.289 0.117 0.096 0.028 0.011 0.003 0.019 0.004 0.001 58 D 0.061 0.135 0.404 0.024 0.052 0.156 0.013 0.001 0.148 0.005 0.001 59 L 0.942 0.002 0.036 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 A 0.963 0.014 0.009 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.899 0.027 0.012 0.051 0.005 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 62 V 0.874 0.017 0.033 0.066 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 63 N 0.400 0.158 0.252 0.013 0.008 0.019 0.027 0.001 0.119 0.002 0.001 64 P 0.941 0.001 0.040 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.052 0.009 0.012 0.882 0.004 0.003 0.031 0.005 0.002 0.001 0.001 66 A 0.034 0.166 0.658 0.040 0.045 0.024 0.015 0.005 0.011 0.001 0.001 67 K 0.151 0.347 0.212 0.213 0.021 0.018 0.029 0.001 0.008 0.001 0.002 68 L 0.001 0.859 0.048 0.002 0.081 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 69 Y 0.001 0.847 0.064 0.001 0.064 0.017 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 70 I 0.001 0.672 0.267 0.001 0.018 0.031 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 71 V 0.005 0.899 0.036 0.002 0.017 0.029 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 72 S 0.006 0.552 0.234 0.006 0.117 0.057 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 73 L 0.020 0.511 0.283 0.015 0.049 0.067 0.007 0.001 0.045 0.001 0.001 74 K 0.075 0.113 0.608 0.021 0.053 0.069 0.006 0.001 0.039 0.012 0.004 75 D 0.585 0.024 0.230 0.099 0.011 0.023 0.009 0.002 0.008 0.007 0.003 76 S 0.871 0.011 0.040 0.049 0.007 0.004 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 77 A 0.898 0.014 0.027 0.044 0.005 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 78 F 0.982 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.994 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Q 0.960 0.003 0.004 0.028 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 84 G 0.940 0.002 0.004 0.027 0.006 0.001 0.005 0.013 0.001 0.002 0.001 85 I 0.889 0.006 0.023 0.076 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 V 0.804 0.037 0.068 0.049 0.006 0.009 0.010 0.001 0.016 0.001 0.001 87 E 0.683 0.020 0.110 0.145 0.004 0.007 0.019 0.001 0.004 0.002 0.004 88 G 0.296 0.025 0.079 0.122 0.073 0.018 0.064 0.264 0.012 0.044 0.002 89 K 0.338 0.103 0.356 0.136 0.008 0.026 0.012 0.001 0.015 0.001 0.003 90 R 0.135 0.194 0.437 0.030 0.056 0.026 0.015 0.002 0.091 0.012 0.002 91 E 0.562 0.028 0.315 0.057 0.005 0.008 0.007 0.001 0.004 0.003 0.011 92 E 0.066 0.031 0.048 0.493 0.048 0.018 0.189 0.097 0.006 0.003 0.001 93 A 0.016 0.409 0.385 0.023 0.097 0.016 0.032 0.004 0.016 0.001 0.001 94 L 0.012 0.512 0.409 0.009 0.009 0.040 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 95 M 0.008 0.706 0.190 0.008 0.017 0.061 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 96 V 0.010 0.805 0.087 0.008 0.050 0.026 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 97 H 0.034 0.361 0.297 0.023 0.092 0.140 0.012 0.001 0.034 0.003 0.002 98 T 0.122 0.390 0.177 0.090 0.113 0.039 0.017 0.003 0.045 0.004 0.002 99 A 0.140 0.292 0.199 0.085 0.152 0.017 0.044 0.009 0.042 0.018 0.003 100 G 0.127 0.101 0.184 0.103 0.235 0.024 0.085 0.053 0.020 0.061 0.006 101 S 0.161 0.216 0.275 0.134 0.076 0.040 0.055 0.016 0.017 0.006 0.004 102 I 0.091 0.454 0.290 0.009 0.054 0.021 0.010 0.001 0.068 0.003 0.001 103 P 0.152 0.021 0.703 0.010 0.010 0.077 0.003 0.001 0.006 0.005 0.012 104 M 0.650 0.057 0.155 0.084 0.014 0.020 0.005 0.004 0.008 0.003 0.001 105 N 0.787 0.043 0.087 0.032 0.009 0.015 0.015 0.005 0.004 0.002 0.001 106 V 0.869 0.061 0.030 0.019 0.005 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 107 W 0.857 0.025 0.047 0.050 0.005 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 108 E 0.886 0.028 0.038 0.033 0.001 0.003 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 109 G 0.837 0.009 0.015 0.047 0.027 0.003 0.023 0.027 0.002 0.010 0.001 110 H 0.553 0.028 0.083 0.305 0.008 0.011 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 111 V 0.251 0.150 0.318 0.016 0.013 0.022 0.011 0.001 0.218 0.001 0.001 112 P 0.742 0.004 0.214 0.017 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 113 H 0.530 0.049 0.056 0.315 0.011 0.010 0.009 0.011 0.009 0.001 0.001 114 Y 0.173 0.096 0.149 0.429 0.033 0.007 0.088 0.005 0.018 0.001 0.001 115 G 0.034 0.028 0.078 0.020 0.130 0.010 0.118 0.472 0.005 0.103 0.002 116 V 0.044 0.591 0.252 0.031 0.046 0.018 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 117 F 0.022 0.509 0.324 0.035 0.032 0.052 0.002 0.001 0.021 0.001 0.002 118 Y 0.008 0.493 0.231 0.003 0.039 0.025 0.002 0.001 0.197 0.001 0.001 119 P 0.469 0.014 0.445 0.013 0.006 0.013 0.002 0.001 0.003 0.005 0.031 120 M 0.179 0.079 0.094 0.481 0.027 0.037 0.075 0.014 0.011 0.001 0.001 121 Q 0.045 0.387 0.274 0.031 0.178 0.013 0.012 0.003 0.054 0.004 0.001 122 T 0.135 0.120 0.567 0.030 0.012 0.087 0.013 0.002 0.013 0.005 0.015 123 F 0.163 0.308 0.207 0.156 0.071 0.050 0.013 0.005 0.023 0.003 0.001 124 S 0.181 0.177 0.219 0.219 0.087 0.036 0.023 0.012 0.029 0.014 0.003 125 K 0.129 0.092 0.203 0.208 0.080 0.052 0.143 0.045 0.025 0.020 0.004 126 Q 0.256 0.143 0.258 0.077 0.077 0.033 0.068 0.032 0.029 0.023 0.003 127 R 0.502 0.154 0.249 0.041 0.018 0.014 0.006 0.001 0.010 0.002 0.002 128 E 0.578 0.141 0.164 0.058 0.016 0.020 0.008 0.001 0.011 0.001 0.002 129 V 0.599 0.159 0.111 0.057 0.040 0.009 0.006 0.002 0.015 0.002 0.001 130 D 0.592 0.091 0.144 0.092 0.018 0.020 0.019 0.006 0.012 0.004 0.004 131 F 0.426 0.123 0.130 0.194 0.038 0.015 0.030 0.010 0.026 0.005 0.002 132 K 0.344 0.114 0.243 0.163 0.024 0.011 0.069 0.009 0.014 0.005 0.004 133 E 0.078 0.123 0.157 0.186 0.066 0.050 0.252 0.067 0.013 0.006 0.002 134 I 0.009 0.528 0.343 0.005 0.076 0.007 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 135 P 0.045 0.033 0.758 0.012 0.010 0.102 0.004 0.001 0.003 0.003 0.028 136 F 0.013 0.734 0.090 0.013 0.117 0.011 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 137 F 0.028 0.577 0.272 0.007 0.027 0.064 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 138 I 0.060 0.573 0.210 0.023 0.045 0.058 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 139 E 0.099 0.363 0.296 0.077 0.071 0.044 0.019 0.002 0.022 0.004 0.003 140 A 0.093 0.163 0.208 0.174 0.165 0.047 0.075 0.029 0.021 0.022 0.003 141 S 0.120 0.175 0.323 0.114 0.117 0.038 0.034 0.018 0.035 0.024 0.002 142 S 0.284 0.082 0.456 0.047 0.022 0.058 0.010 0.001 0.030 0.007 0.002 143 T 0.959 0.002 0.023 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 E 0.988 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 D 0.908 0.002 0.003 0.084 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 F 0.976 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 K 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 I 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 S 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 T 0.968 0.002 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 L 0.531 0.008 0.017 0.430 0.002 0.003 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 157 S 0.482 0.018 0.052 0.170 0.031 0.008 0.164 0.051 0.008 0.017 0.001 158 N 0.332 0.058 0.109 0.346 0.039 0.020 0.067 0.018 0.007 0.004 0.001 159 R 0.189 0.347 0.265 0.081 0.046 0.026 0.019 0.003 0.023 0.001 0.001 160 V 0.136 0.417 0.313 0.036 0.011 0.060 0.011 0.001 0.016 0.001 0.001 161 Y 0.107 0.590 0.167 0.042 0.049 0.024 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 162 D 0.046 0.271 0.374 0.031 0.066 0.120 0.022 0.002 0.059 0.005 0.003 163 A 0.251 0.210 0.284 0.122 0.056 0.033 0.012 0.003 0.018 0.006 0.004 164 D 0.140 0.147 0.214 0.120 0.089 0.053 0.123 0.038 0.043 0.030 0.003