# TARGET T0393 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0393.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2045 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.598 0.186 0.130 0.060 0.021 0.005 0.001 2 K 0.763 0.165 0.056 0.013 0.003 0.001 0.001 3 R 0.553 0.231 0.121 0.069 0.021 0.004 0.001 4 S 0.596 0.255 0.105 0.031 0.009 0.002 0.001 5 I 0.301 0.253 0.196 0.165 0.071 0.013 0.001 6 E 0.428 0.310 0.143 0.086 0.027 0.006 0.001 7 D 0.268 0.299 0.226 0.132 0.055 0.018 0.002 8 T 0.080 0.166 0.231 0.265 0.184 0.067 0.007 9 P 0.021 0.088 0.220 0.312 0.239 0.099 0.020 10 I 0.003 0.008 0.020 0.056 0.212 0.489 0.212 11 V 0.001 0.004 0.009 0.027 0.088 0.411 0.459 12 L 0.001 0.001 0.002 0.008 0.030 0.213 0.746 13 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 0.161 0.814 14 G 0.001 0.002 0.004 0.018 0.048 0.172 0.755 15 A 0.001 0.002 0.004 0.012 0.041 0.220 0.721 16 G 0.004 0.013 0.027 0.072 0.158 0.319 0.408 17 N 0.007 0.029 0.054 0.123 0.222 0.297 0.269 18 L 0.002 0.006 0.012 0.032 0.097 0.336 0.516 19 A 0.001 0.005 0.011 0.031 0.091 0.339 0.522 20 T 0.004 0.023 0.071 0.164 0.253 0.283 0.203 21 N 0.002 0.015 0.052 0.135 0.294 0.304 0.196 22 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.356 0.607 23 A 0.001 0.001 0.005 0.020 0.113 0.432 0.429 24 K 0.003 0.048 0.149 0.264 0.238 0.200 0.099 25 A 0.003 0.037 0.149 0.334 0.295 0.148 0.033 26 L 0.001 0.003 0.009 0.038 0.255 0.575 0.120 27 Y 0.008 0.055 0.146 0.315 0.344 0.124 0.009 28 R 0.117 0.375 0.291 0.153 0.050 0.013 0.001 29 K 0.157 0.370 0.253 0.141 0.062 0.016 0.002 30 G 0.125 0.400 0.189 0.182 0.065 0.034 0.006 31 F 0.011 0.043 0.096 0.260 0.439 0.142 0.008 32 R 0.041 0.159 0.267 0.326 0.142 0.054 0.010 33 I 0.003 0.007 0.019 0.045 0.182 0.555 0.188 34 V 0.008 0.022 0.047 0.108 0.211 0.388 0.217 35 Q 0.008 0.022 0.042 0.104 0.165 0.327 0.332 36 V 0.009 0.013 0.026 0.048 0.128 0.443 0.332 37 Y 0.014 0.032 0.067 0.178 0.267 0.331 0.112 38 S 0.055 0.157 0.226 0.201 0.188 0.148 0.026 39 R 0.032 0.078 0.213 0.337 0.203 0.127 0.010 40 T 0.170 0.336 0.206 0.155 0.086 0.044 0.003 41 E 0.283 0.359 0.206 0.107 0.038 0.006 0.001 42 E 0.482 0.377 0.084 0.047 0.008 0.002 0.001 43 S 0.119 0.232 0.328 0.207 0.100 0.014 0.001 44 A 0.015 0.030 0.108 0.368 0.379 0.099 0.002 45 R 0.274 0.411 0.260 0.046 0.008 0.001 0.001 46 E 0.149 0.492 0.250 0.086 0.020 0.003 0.001 47 L 0.014 0.028 0.076 0.274 0.487 0.119 0.002 48 A 0.059 0.204 0.310 0.334 0.077 0.015 0.001 49 Q 0.613 0.278 0.093 0.013 0.003 0.001 0.001 50 K 0.302 0.428 0.179 0.069 0.018 0.003 0.001 51 V 0.035 0.088 0.148 0.339 0.302 0.085 0.003 52 E 0.185 0.399 0.260 0.114 0.030 0.011 0.001 53 A 0.031 0.059 0.110 0.256 0.353 0.178 0.013 54 E 0.063 0.246 0.271 0.249 0.118 0.048 0.005 55 Y 0.014 0.048 0.094 0.213 0.342 0.256 0.033 56 T 0.023 0.059 0.156 0.246 0.275 0.204 0.037 57 T 0.069 0.265 0.273 0.227 0.111 0.047 0.008 58 D 0.026 0.146 0.278 0.309 0.183 0.050 0.009 59 L 0.004 0.008 0.021 0.078 0.310 0.524 0.056 60 A 0.023 0.169 0.328 0.313 0.126 0.038 0.004 61 E 0.035 0.246 0.311 0.275 0.103 0.027 0.003 62 V 0.007 0.020 0.051 0.180 0.413 0.311 0.019 63 N 0.012 0.054 0.125 0.310 0.327 0.158 0.014 64 P 0.135 0.432 0.274 0.115 0.035 0.008 0.001 65 Y 0.032 0.243 0.306 0.254 0.118 0.038 0.008 66 A 0.001 0.014 0.049 0.218 0.412 0.288 0.019 67 K 0.003 0.041 0.187 0.335 0.297 0.119 0.018 68 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.077 0.589 0.322 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.377 0.602 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.138 0.854 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.137 0.856 72 S 0.001 0.001 0.002 0.014 0.063 0.318 0.602 73 L 0.001 0.002 0.008 0.040 0.164 0.471 0.314 74 K 0.009 0.055 0.137 0.178 0.223 0.298 0.100 75 D 0.018 0.078 0.184 0.299 0.238 0.159 0.023 76 S 0.156 0.325 0.255 0.146 0.072 0.040 0.005 77 A 0.024 0.096 0.224 0.279 0.267 0.100 0.010 78 F 0.007 0.015 0.033 0.113 0.319 0.464 0.048 79 A 0.028 0.184 0.388 0.273 0.103 0.022 0.002 80 E 0.048 0.335 0.354 0.186 0.056 0.018 0.002 81 L 0.002 0.009 0.042 0.169 0.489 0.270 0.020 82 L 0.002 0.006 0.035 0.150 0.437 0.332 0.037 83 Q 0.130 0.431 0.357 0.065 0.014 0.003 0.001 84 G 0.032 0.268 0.368 0.246 0.077 0.009 0.001 85 I 0.005 0.012 0.034 0.130 0.468 0.340 0.011 86 V 0.035 0.157 0.298 0.335 0.145 0.030 0.001 87 E 0.278 0.542 0.141 0.031 0.006 0.001 0.001 88 G 0.057 0.189 0.270 0.343 0.120 0.020 0.001 89 K 0.147 0.270 0.265 0.221 0.084 0.013 0.001 90 R 0.270 0.414 0.165 0.120 0.027 0.003 0.001 91 E 0.509 0.280 0.170 0.032 0.007 0.001 0.001 92 E 0.095 0.304 0.349 0.169 0.065 0.017 0.001 93 A 0.002 0.031 0.131 0.381 0.369 0.082 0.004 94 L 0.001 0.001 0.003 0.016 0.139 0.679 0.162 95 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.273 0.708 96 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.157 0.834 97 H 0.001 0.001 0.002 0.017 0.051 0.140 0.789 98 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.182 0.796 99 A 0.001 0.003 0.008 0.027 0.083 0.358 0.518 100 G 0.007 0.030 0.052 0.130 0.206 0.364 0.210 101 S 0.018 0.041 0.088 0.166 0.261 0.302 0.124 102 I 0.051 0.119 0.168 0.226 0.201 0.183 0.051 103 P 0.069 0.134 0.155 0.192 0.224 0.179 0.046 104 M 0.037 0.054 0.143 0.253 0.307 0.180 0.026 105 N 0.216 0.376 0.246 0.112 0.032 0.015 0.003 106 V 0.043 0.151 0.298 0.302 0.164 0.038 0.003 107 W 0.015 0.017 0.034 0.131 0.456 0.326 0.021 108 E 0.084 0.244 0.368 0.233 0.058 0.013 0.001 109 G 0.374 0.443 0.138 0.034 0.008 0.002 0.001 110 H 0.074 0.181 0.296 0.291 0.130 0.027 0.001 111 V 0.042 0.060 0.114 0.314 0.336 0.126 0.009 112 P 0.410 0.355 0.173 0.046 0.012 0.003 0.001 113 H 0.402 0.346 0.148 0.071 0.025 0.007 0.001 114 Y 0.107 0.194 0.235 0.226 0.157 0.072 0.009 115 G 0.059 0.115 0.159 0.242 0.233 0.158 0.034 116 V 0.047 0.092 0.135 0.192 0.241 0.228 0.065 117 F 0.021 0.044 0.078 0.144 0.223 0.308 0.183 118 Y 0.011 0.019 0.037 0.065 0.144 0.351 0.375 119 P 0.012 0.025 0.043 0.088 0.152 0.312 0.368 120 M 0.010 0.021 0.035 0.081 0.163 0.326 0.364 121 Q 0.006 0.011 0.025 0.052 0.140 0.353 0.412 122 T 0.017 0.049 0.080 0.127 0.189 0.337 0.201 123 F 0.019 0.043 0.098 0.200 0.278 0.275 0.087 124 S 0.027 0.040 0.067 0.160 0.305 0.316 0.085 125 K 0.163 0.275 0.267 0.162 0.083 0.041 0.008 126 Q 0.209 0.275 0.208 0.183 0.089 0.032 0.004 127 R 0.267 0.255 0.191 0.170 0.082 0.033 0.003 128 E 0.309 0.294 0.195 0.126 0.056 0.018 0.002 129 V 0.181 0.196 0.208 0.221 0.145 0.046 0.003 130 D 0.265 0.319 0.208 0.131 0.057 0.018 0.002 131 F 0.137 0.261 0.207 0.233 0.116 0.040 0.006 132 K 0.168 0.230 0.276 0.173 0.094 0.050 0.009 133 E 0.027 0.095 0.170 0.263 0.277 0.144 0.024 134 I 0.004 0.017 0.051 0.138 0.306 0.353 0.131 135 P 0.001 0.003 0.008 0.018 0.079 0.494 0.397 136 F 0.002 0.005 0.011 0.037 0.089 0.374 0.482 137 F 0.001 0.003 0.007 0.023 0.077 0.351 0.537 138 I 0.002 0.003 0.008 0.024 0.103 0.450 0.410 139 E 0.013 0.053 0.123 0.244 0.262 0.236 0.070 140 A 0.046 0.141 0.217 0.260 0.194 0.126 0.016 141 S 0.058 0.136 0.219 0.294 0.205 0.083 0.005 142 S 0.343 0.369 0.175 0.081 0.025 0.007 0.001 143 T 0.557 0.289 0.094 0.046 0.013 0.002 0.001 144 E 0.359 0.379 0.162 0.076 0.019 0.005 0.001 145 D 0.072 0.161 0.209 0.251 0.218 0.086 0.003 146 A 0.036 0.129 0.314 0.350 0.144 0.026 0.002 147 A 0.169 0.505 0.202 0.091 0.025 0.007 0.001 148 F 0.005 0.039 0.201 0.359 0.323 0.069 0.004 149 L 0.001 0.003 0.010 0.055 0.283 0.573 0.076 150 K 0.012 0.121 0.385 0.287 0.154 0.038 0.003 151 A 0.018 0.195 0.282 0.316 0.146 0.037 0.006 152 I 0.002 0.010 0.025 0.075 0.233 0.546 0.110 153 A 0.004 0.013 0.036 0.141 0.303 0.391 0.113 154 S 0.047 0.268 0.282 0.259 0.101 0.036 0.007 155 T 0.037 0.140 0.233 0.266 0.212 0.095 0.017 156 L 0.018 0.044 0.079 0.186 0.273 0.330 0.071 157 S 0.061 0.157 0.191 0.251 0.210 0.108 0.022 158 N 0.199 0.298 0.215 0.174 0.080 0.028 0.005 159 R 0.165 0.263 0.246 0.184 0.097 0.039 0.005 160 V 0.090 0.095 0.124 0.205 0.253 0.204 0.029 161 Y 0.185 0.207 0.200 0.217 0.134 0.052 0.006 162 D 0.418 0.297 0.157 0.084 0.032 0.010 0.001 163 A 0.387 0.234 0.164 0.132 0.064 0.017 0.002 164 D 0.666 0.225 0.069 0.028 0.008 0.003 0.001