# TARGET T0392 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0392.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 317 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.007 0.004 0.012 0.075 0.878 2 H 0.073 0.034 0.015 0.027 0.151 0.701 3 H 0.068 0.026 0.019 0.053 0.229 0.605 4 H 0.058 0.029 0.049 0.106 0.378 0.381 5 H 0.034 0.013 0.081 0.189 0.441 0.242 6 H 0.037 0.016 0.106 0.200 0.439 0.202 7 H 0.050 0.030 0.108 0.243 0.390 0.180 8 S 0.063 0.025 0.044 0.168 0.394 0.308 9 S 0.054 0.029 0.046 0.136 0.358 0.378 10 G 0.030 0.023 0.024 0.059 0.364 0.500 11 V 0.028 0.019 0.051 0.089 0.399 0.414 12 D 0.023 0.020 0.114 0.138 0.425 0.281 13 L 0.030 0.015 0.128 0.124 0.447 0.257 14 G 0.052 0.021 0.161 0.130 0.419 0.217 15 T 0.051 0.033 0.103 0.120 0.374 0.319 16 E 0.052 0.028 0.077 0.070 0.470 0.302 17 N 0.038 0.016 0.095 0.071 0.483 0.297 18 L 0.036 0.017 0.085 0.054 0.469 0.339 19 Y 0.050 0.023 0.067 0.041 0.475 0.344 20 F 0.093 0.024 0.038 0.022 0.379 0.445 21 Q 0.109 0.022 0.020 0.009 0.287 0.553 22 S 0.112 0.030 0.009 0.004 0.213 0.632 23 M 0.121 0.014 0.003 0.002 0.110 0.749 24 P 0.261 0.005 0.004 0.003 0.076 0.652 25 R 0.750 0.006 0.003 0.003 0.037 0.201 26 S 0.938 0.003 0.001 0.002 0.011 0.045 27 I 0.963 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 28 R 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 29 F 0.940 0.004 0.001 0.001 0.013 0.042 30 T 0.780 0.008 0.002 0.002 0.061 0.147 31 A 0.314 0.010 0.012 0.002 0.389 0.273 32 E 0.070 0.009 0.027 0.003 0.643 0.249 33 E 0.041 0.009 0.051 0.003 0.715 0.180 34 G 0.089 0.011 0.044 0.003 0.616 0.237 35 D 0.254 0.006 0.016 0.001 0.340 0.383 36 L 0.710 0.008 0.006 0.001 0.124 0.152 37 G 0.899 0.004 0.001 0.001 0.033 0.062 38 F 0.977 0.002 0.001 0.001 0.005 0.016 39 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 40 L 0.963 0.003 0.001 0.001 0.010 0.024 41 R 0.780 0.006 0.005 0.001 0.126 0.082 42 G 0.187 0.010 0.011 0.002 0.594 0.196 43 N 0.046 0.003 0.006 0.001 0.603 0.341 44 A 0.231 0.036 0.005 0.001 0.454 0.272 45 P 0.514 0.010 0.002 0.001 0.106 0.368 46 V 0.889 0.003 0.001 0.001 0.018 0.089 47 Q 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 48 V 0.975 0.002 0.001 0.001 0.004 0.019 49 H 0.963 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 50 F 0.913 0.002 0.001 0.001 0.019 0.065 51 L 0.685 0.030 0.001 0.002 0.069 0.213 52 D 0.182 0.034 0.003 0.004 0.703 0.074 53 P 0.015 0.005 0.009 0.009 0.907 0.054 54 Y 0.006 0.003 0.004 0.008 0.880 0.100 55 C 0.027 0.040 0.008 0.057 0.763 0.106 56 S 0.016 0.018 0.020 0.724 0.135 0.087 57 A 0.007 0.004 0.092 0.809 0.076 0.012 58 S 0.006 0.001 0.234 0.671 0.081 0.007 59 V 0.006 0.001 0.152 0.772 0.061 0.008 60 A 0.006 0.001 0.060 0.696 0.137 0.100 61 G 0.016 0.003 0.008 0.023 0.202 0.749 62 A 0.068 0.022 0.005 0.005 0.229 0.671 63 R 0.104 0.057 0.015 0.011 0.558 0.255 64 E 0.037 0.006 0.241 0.022 0.622 0.073 65 G 0.096 0.004 0.122 0.010 0.680 0.088 66 D 0.490 0.004 0.071 0.007 0.360 0.067 67 Y 0.920 0.005 0.002 0.002 0.020 0.051 68 I 0.984 0.003 0.001 0.001 0.004 0.008 69 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 70 S 0.979 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 71 I 0.912 0.004 0.002 0.001 0.050 0.031 72 Q 0.261 0.001 0.011 0.005 0.628 0.094 73 L 0.059 0.004 0.039 0.016 0.786 0.097 74 V 0.266 0.105 0.018 0.018 0.447 0.146 75 D 0.248 0.044 0.016 0.029 0.371 0.292 76 C 0.170 0.029 0.082 0.034 0.484 0.200 77 K 0.164 0.015 0.116 0.026 0.572 0.107 78 W 0.075 0.004 0.148 0.033 0.596 0.144 79 L 0.128 0.031 0.026 0.036 0.477 0.301 80 T 0.036 0.020 0.006 0.030 0.123 0.785 81 L 0.003 0.001 0.016 0.926 0.025 0.030 82 S 0.001 0.001 0.005 0.979 0.010 0.006 83 E 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 84 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 85 M 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 86 K 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 87 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.007 0.004 88 L 0.001 0.002 0.007 0.968 0.014 0.008 89 K 0.003 0.001 0.019 0.930 0.029 0.018 90 S 0.012 0.003 0.028 0.606 0.191 0.160 91 F 0.032 0.007 0.036 0.143 0.457 0.325 92 G 0.029 0.006 0.017 0.016 0.576 0.356 93 E 0.046 0.005 0.025 0.009 0.577 0.338 94 D 0.329 0.012 0.010 0.005 0.286 0.357 95 E 0.696 0.009 0.003 0.002 0.083 0.206 96 I 0.874 0.004 0.001 0.001 0.024 0.097 97 E 0.960 0.002 0.001 0.001 0.010 0.026 98 M 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 99 K 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 100 V 0.953 0.003 0.001 0.001 0.010 0.032 101 V 0.721 0.013 0.003 0.003 0.061 0.198 102 S 0.255 0.009 0.015 0.007 0.269 0.446 103 L 0.064 0.012 0.131 0.019 0.480 0.294 104 L 0.040 0.020 0.164 0.023 0.569 0.185 105 D 0.057 0.008 0.213 0.029 0.501 0.192 106 E 0.079 0.010 0.109 0.039 0.417 0.345 107 V 0.161 0.050 0.041 0.045 0.275 0.427 108 T 0.099 0.026 0.010 0.032 0.120 0.713 109 F 0.003 0.001 0.001 0.006 0.025 0.964