# TARGET T0392 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0392.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 317 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.015 0.009 0.014 0.031 0.017 0.869 2 H 0.218 0.049 0.029 0.056 0.056 0.076 0.515 3 H 0.242 0.033 0.045 0.089 0.171 0.101 0.319 4 H 0.195 0.017 0.091 0.137 0.090 0.151 0.318 5 H 0.146 0.019 0.099 0.157 0.119 0.304 0.157 6 H 0.166 0.030 0.099 0.139 0.094 0.237 0.235 7 H 0.142 0.041 0.107 0.125 0.162 0.148 0.275 8 S 0.156 0.037 0.068 0.130 0.183 0.149 0.278 9 S 0.111 0.043 0.055 0.085 0.185 0.202 0.318 10 G 0.070 0.060 0.023 0.050 0.260 0.106 0.432 11 V 0.044 0.030 0.021 0.040 0.170 0.095 0.599 12 D 0.026 0.016 0.089 0.115 0.162 0.316 0.276 13 L 0.028 0.015 0.121 0.105 0.170 0.308 0.254 14 G 0.043 0.018 0.165 0.106 0.164 0.216 0.288 15 T 0.059 0.033 0.118 0.110 0.182 0.184 0.314 16 E 0.052 0.032 0.085 0.090 0.206 0.134 0.400 17 N 0.046 0.016 0.088 0.098 0.178 0.214 0.359 18 L 0.064 0.018 0.078 0.063 0.178 0.250 0.349 19 Y 0.069 0.031 0.069 0.036 0.214 0.130 0.450 20 F 0.068 0.032 0.049 0.023 0.184 0.110 0.535 21 Q 0.073 0.021 0.035 0.013 0.239 0.154 0.466 22 S 0.095 0.017 0.018 0.006 0.283 0.081 0.500 23 M 0.136 0.017 0.007 0.003 0.206 0.019 0.613 24 P 0.396 0.012 0.006 0.002 0.079 0.015 0.490 25 R 0.832 0.010 0.004 0.001 0.026 0.005 0.123 26 S 0.942 0.004 0.002 0.001 0.006 0.002 0.045 27 I 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 28 R 0.965 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 29 F 0.912 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.074 30 T 0.726 0.015 0.002 0.001 0.050 0.016 0.191 31 A 0.294 0.019 0.009 0.001 0.200 0.112 0.364 32 E 0.043 0.006 0.020 0.001 0.318 0.448 0.164 33 E 0.041 0.013 0.034 0.001 0.386 0.396 0.129 34 G 0.113 0.010 0.021 0.001 0.440 0.137 0.277 35 D 0.351 0.035 0.018 0.001 0.112 0.068 0.414 36 L 0.589 0.022 0.013 0.001 0.088 0.048 0.239 37 G 0.820 0.011 0.005 0.001 0.042 0.023 0.099 38 F 0.899 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.084 39 T 0.927 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.056 40 L 0.860 0.015 0.001 0.001 0.005 0.003 0.115 41 R 0.572 0.014 0.007 0.001 0.070 0.127 0.209 42 G 0.061 0.007 0.011 0.002 0.312 0.505 0.101 43 N 0.025 0.003 0.008 0.001 0.491 0.296 0.176 44 A 0.087 0.012 0.005 0.001 0.507 0.039 0.350 45 P 0.503 0.044 0.002 0.001 0.064 0.017 0.369 46 V 0.756 0.014 0.002 0.001 0.021 0.004 0.202 47 Q 0.938 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.043 48 V 0.940 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.049 49 H 0.952 0.001 0.002 0.001 0.007 0.002 0.037 50 F 0.927 0.006 0.001 0.001 0.009 0.002 0.054 51 L 0.679 0.041 0.002 0.001 0.032 0.004 0.242 52 D 0.157 0.006 0.006 0.001 0.051 0.014 0.765 53 P 0.003 0.002 0.009 0.001 0.122 0.831 0.032 54 Y 0.002 0.003 0.006 0.001 0.271 0.673 0.044 55 C 0.007 0.016 0.002 0.008 0.361 0.008 0.598 56 S 0.003 0.011 0.068 0.737 0.042 0.054 0.085 57 A 0.006 0.006 0.183 0.678 0.017 0.081 0.029 58 S 0.005 0.002 0.345 0.521 0.015 0.090 0.022 59 V 0.017 0.005 0.216 0.581 0.030 0.110 0.041 60 A 0.026 0.003 0.117 0.188 0.082 0.466 0.117 61 G 0.017 0.005 0.032 0.030 0.007 0.818 0.091 62 A 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.987 63 R 0.033 0.013 0.014 0.002 0.014 0.004 0.919 64 E 0.022 0.007 0.128 0.005 0.164 0.605 0.069 65 G 0.014 0.001 0.042 0.001 0.051 0.864 0.027 66 D 0.266 0.005 0.023 0.001 0.067 0.028 0.610 67 Y 0.887 0.004 0.001 0.001 0.011 0.002 0.096 68 I 0.978 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 69 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 70 S 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 71 I 0.882 0.002 0.002 0.001 0.010 0.025 0.077 72 Q 0.045 0.001 0.008 0.001 0.045 0.891 0.010 73 L 0.023 0.001 0.008 0.001 0.139 0.809 0.020 74 V 0.635 0.025 0.001 0.001 0.072 0.011 0.255 75 D 0.697 0.119 0.001 0.001 0.007 0.002 0.174 76 C 0.739 0.031 0.019 0.006 0.031 0.031 0.143 77 K 0.246 0.005 0.071 0.020 0.121 0.453 0.085 78 W 0.096 0.003 0.082 0.032 0.214 0.502 0.071 79 L 0.184 0.033 0.015 0.036 0.200 0.061 0.470 80 T 0.103 0.071 0.003 0.046 0.113 0.025 0.639 81 L 0.002 0.001 0.009 0.965 0.008 0.009 0.007 82 S 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.004 0.001 83 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 84 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 85 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 86 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 87 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.007 0.001 88 L 0.001 0.001 0.006 0.977 0.002 0.012 0.002 89 K 0.001 0.001 0.011 0.898 0.004 0.081 0.003 90 S 0.002 0.001 0.009 0.645 0.038 0.288 0.017 91 F 0.005 0.004 0.021 0.187 0.239 0.291 0.252 92 G 0.006 0.005 0.031 0.021 0.262 0.485 0.190 93 E 0.029 0.004 0.041 0.009 0.354 0.320 0.243 94 D 0.255 0.013 0.020 0.004 0.233 0.038 0.437 95 E 0.594 0.007 0.004 0.001 0.030 0.006 0.359 96 I 0.922 0.003 0.002 0.001 0.014 0.002 0.057 97 E 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 98 M 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 99 K 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 100 V 0.933 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.059 101 V 0.753 0.009 0.001 0.001 0.038 0.003 0.194 102 S 0.326 0.017 0.006 0.002 0.105 0.025 0.519 103 L 0.062 0.011 0.053 0.006 0.200 0.307 0.362 104 L 0.032 0.011 0.083 0.008 0.299 0.240 0.327 105 D 0.030 0.006 0.085 0.011 0.372 0.215 0.282 106 E 0.096 0.015 0.061 0.025 0.243 0.258 0.303 107 V 0.215 0.060 0.021 0.023 0.151 0.047 0.482 108 T 0.252 0.056 0.007 0.018 0.032 0.023 0.613 109 F 0.041 0.009 0.004 0.019 0.012 0.006 0.908