# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 619 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.040 0.504 0.001 0.020 0.049 0.001 0.001 0.011 0.266 0.081 0.010 0.015 2 D 0.001 0.006 0.828 0.001 0.010 0.052 0.001 0.001 0.003 0.079 0.015 0.003 0.004 3 P 0.001 0.001 0.018 0.001 0.136 0.731 0.001 0.001 0.001 0.014 0.096 0.001 0.002 4 E 0.001 0.002 0.012 0.001 0.218 0.613 0.001 0.001 0.001 0.009 0.141 0.001 0.002 5 I 0.001 0.004 0.036 0.001 0.163 0.730 0.001 0.001 0.002 0.027 0.022 0.009 0.004 6 S 0.001 0.004 0.086 0.001 0.070 0.746 0.001 0.001 0.007 0.020 0.048 0.003 0.011 7 E 0.002 0.005 0.032 0.001 0.099 0.722 0.001 0.001 0.001 0.014 0.109 0.010 0.004 8 Q 0.002 0.003 0.041 0.001 0.060 0.715 0.001 0.001 0.001 0.029 0.135 0.002 0.011 9 D 0.001 0.005 0.211 0.001 0.045 0.522 0.001 0.001 0.001 0.122 0.058 0.026 0.006 10 E 0.001 0.003 0.134 0.001 0.091 0.608 0.001 0.001 0.002 0.032 0.118 0.001 0.010 11 E 0.001 0.004 0.093 0.002 0.110 0.484 0.001 0.001 0.002 0.040 0.253 0.006 0.004 12 K 0.002 0.010 0.102 0.002 0.161 0.395 0.001 0.001 0.007 0.073 0.220 0.006 0.021 13 K 0.005 0.020 0.326 0.009 0.076 0.248 0.001 0.002 0.017 0.108 0.110 0.040 0.037 14 K 0.005 0.018 0.296 0.010 0.061 0.165 0.002 0.002 0.033 0.118 0.210 0.028 0.053 15 Y 0.012 0.008 0.325 0.030 0.036 0.053 0.004 0.002 0.027 0.161 0.275 0.020 0.047 16 T 0.037 0.010 0.238 0.038 0.021 0.032 0.011 0.005 0.045 0.196 0.123 0.195 0.049 17 S 0.095 0.018 0.174 0.013 0.022 0.018 0.033 0.019 0.082 0.052 0.019 0.029 0.426 18 V 0.120 0.021 0.087 0.070 0.010 0.017 0.038 0.047 0.048 0.036 0.007 0.451 0.048 19 C 0.114 0.006 0.125 0.016 0.017 0.019 0.062 0.026 0.117 0.018 0.017 0.060 0.402 20 V 0.130 0.018 0.189 0.019 0.020 0.032 0.060 0.025 0.103 0.044 0.043 0.162 0.154 21 G 0.040 0.038 0.391 0.027 0.013 0.018 0.017 0.007 0.071 0.102 0.024 0.142 0.108 22 R 0.009 0.012 0.612 0.005 0.026 0.028 0.002 0.001 0.023 0.095 0.023 0.041 0.120 23 E 0.004 0.011 0.142 0.010 0.463 0.168 0.001 0.001 0.004 0.066 0.065 0.013 0.052 24 E 0.002 0.004 0.041 0.006 0.654 0.145 0.001 0.001 0.003 0.036 0.083 0.017 0.009 25 D 0.007 0.020 0.150 0.002 0.323 0.140 0.001 0.001 0.009 0.068 0.215 0.014 0.051 26 I 0.006 0.042 0.384 0.003 0.071 0.073 0.001 0.002 0.007 0.248 0.076 0.049 0.038 27 R 0.002 0.013 0.692 0.001 0.024 0.030 0.001 0.001 0.004 0.114 0.094 0.011 0.014 28 K 0.001 0.005 0.142 0.003 0.062 0.044 0.001 0.001 0.002 0.167 0.562 0.003 0.010 29 S 0.001 0.003 0.171 0.006 0.024 0.011 0.001 0.001 0.002 0.222 0.548 0.007 0.005 30 E 0.004 0.010 0.451 0.010 0.036 0.008 0.001 0.001 0.010 0.259 0.137 0.033 0.041 31 R 0.023 0.028 0.418 0.025 0.022 0.004 0.008 0.002 0.095 0.087 0.042 0.027 0.220 32 M 0.113 0.009 0.127 0.050 0.006 0.001 0.021 0.004 0.048 0.036 0.007 0.505 0.072 33 T 0.315 0.005 0.033 0.022 0.003 0.001 0.053 0.014 0.047 0.007 0.002 0.091 0.408 34 A 0.416 0.004 0.010 0.009 0.001 0.001 0.066 0.025 0.023 0.002 0.001 0.328 0.115 35 V 0.490 0.012 0.017 0.019 0.003 0.001 0.035 0.017 0.027 0.003 0.002 0.091 0.285 36 V 0.135 0.006 0.162 0.013 0.006 0.002 0.015 0.005 0.031 0.022 0.016 0.315 0.273 37 H 0.012 0.003 0.071 0.117 0.008 0.001 0.005 0.001 0.016 0.107 0.528 0.061 0.070 38 D 0.003 0.002 0.045 0.044 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.217 0.646 0.015 0.017 39 R 0.021 0.007 0.244 0.049 0.004 0.001 0.002 0.001 0.010 0.363 0.043 0.184 0.070 40 E 0.170 0.015 0.092 0.015 0.002 0.001 0.016 0.001 0.033 0.044 0.004 0.113 0.494 41 V 0.517 0.003 0.021 0.027 0.001 0.001 0.116 0.014 0.046 0.003 0.001 0.122 0.129 42 V 0.688 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.132 0.011 0.004 0.001 0.001 0.111 0.028 43 I 0.807 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.080 0.014 0.002 0.001 0.001 0.023 0.070 44 F 0.774 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.039 0.014 0.007 0.001 0.001 0.101 0.056 45 Y 0.381 0.005 0.020 0.009 0.001 0.001 0.017 0.005 0.027 0.005 0.003 0.087 0.440 46 H 0.030 0.004 0.117 0.038 0.004 0.001 0.006 0.001 0.020 0.192 0.084 0.311 0.192 47 K 0.001 0.001 0.006 0.127 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.759 0.011 0.006 48 G 0.006 0.002 0.025 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.782 0.014 0.009 49 E 0.122 0.035 0.213 0.007 0.007 0.001 0.011 0.001 0.013 0.124 0.011 0.278 0.177 50 Y 0.350 0.030 0.039 0.008 0.001 0.001 0.044 0.005 0.018 0.007 0.001 0.044 0.453 51 H 0.437 0.006 0.007 0.057 0.001 0.001 0.080 0.012 0.008 0.002 0.001 0.351 0.041 52 A 0.419 0.001 0.008 0.015 0.001 0.001 0.078 0.010 0.007 0.001 0.001 0.028 0.429 53 M 0.512 0.003 0.034 0.066 0.004 0.005 0.029 0.009 0.020 0.005 0.005 0.184 0.124 54 D 0.274 0.006 0.079 0.046 0.033 0.026 0.013 0.004 0.033 0.029 0.025 0.115 0.316 55 I 0.118 0.015 0.122 0.025 0.082 0.068 0.012 0.004 0.026 0.099 0.155 0.098 0.177 56 R 0.053 0.045 0.200 0.033 0.064 0.062 0.009 0.005 0.022 0.169 0.180 0.073 0.087 57 C 0.027 0.042 0.278 0.010 0.073 0.091 0.006 0.005 0.020 0.153 0.105 0.105 0.084 58 Y 0.011 0.031 0.243 0.008 0.105 0.109 0.003 0.003 0.011 0.121 0.266 0.019 0.071 59 H 0.007 0.013 0.238 0.017 0.106 0.100 0.002 0.001 0.006 0.206 0.248 0.032 0.023 60 S 0.004 0.008 0.096 0.012 0.087 0.053 0.001 0.001 0.004 0.167 0.533 0.017 0.018 61 G 0.007 0.025 0.194 0.008 0.039 0.029 0.001 0.001 0.006 0.265 0.372 0.014 0.038 62 G 0.005 0.037 0.449 0.005 0.018 0.018 0.001 0.001 0.006 0.275 0.020 0.138 0.028 63 P 0.010 0.063 0.428 0.005 0.052 0.033 0.002 0.001 0.015 0.102 0.061 0.020 0.208 64 L 0.013 0.030 0.280 0.033 0.136 0.072 0.004 0.003 0.017 0.115 0.168 0.064 0.065 65 H 0.025 0.010 0.192 0.076 0.146 0.040 0.007 0.001 0.019 0.105 0.250 0.046 0.084 66 L 0.023 0.010 0.114 0.065 0.086 0.034 0.007 0.002 0.027 0.139 0.391 0.034 0.069 67 G 0.076 0.015 0.199 0.054 0.026 0.017 0.012 0.003 0.025 0.099 0.167 0.218 0.090 68 E 0.223 0.018 0.086 0.012 0.007 0.005 0.016 0.002 0.016 0.022 0.010 0.159 0.425 69 I 0.289 0.028 0.042 0.009 0.003 0.003 0.019 0.004 0.016 0.010 0.005 0.272 0.299 70 E 0.239 0.082 0.094 0.038 0.005 0.003 0.013 0.003 0.013 0.019 0.012 0.168 0.311 71 D 0.018 0.013 0.547 0.005 0.007 0.002 0.002 0.001 0.006 0.079 0.020 0.136 0.164 72 F 0.002 0.004 0.078 0.022 0.036 0.006 0.001 0.001 0.002 0.080 0.725 0.013 0.032 73 N 0.001 0.002 0.018 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.903 0.004 0.002 74 G 0.003 0.009 0.190 0.008 0.028 0.001 0.001 0.001 0.003 0.449 0.252 0.033 0.022 75 Q 0.005 0.028 0.480 0.025 0.008 0.001 0.002 0.001 0.016 0.195 0.142 0.027 0.071 76 S 0.053 0.043 0.307 0.021 0.008 0.001 0.014 0.003 0.035 0.084 0.025 0.266 0.140 77 C 0.148 0.019 0.108 0.038 0.003 0.001 0.070 0.011 0.076 0.022 0.004 0.069 0.431 78 I 0.215 0.011 0.021 0.014 0.001 0.001 0.050 0.008 0.023 0.004 0.001 0.571 0.081 79 V 0.199 0.045 0.049 0.016 0.002 0.001 0.040 0.012 0.033 0.006 0.003 0.043 0.552 80 C 0.015 0.009 0.428 0.015 0.002 0.001 0.003 0.002 0.024 0.066 0.005 0.352 0.078 81 P 0.017 0.008 0.179 0.043 0.084 0.014 0.003 0.001 0.012 0.110 0.244 0.030 0.255 82 W 0.018 0.007 0.080 0.042 0.131 0.014 0.002 0.001 0.006 0.167 0.448 0.046 0.040 83 H 0.055 0.014 0.136 0.105 0.062 0.010 0.006 0.001 0.006 0.267 0.159 0.100 0.079 84 K 0.185 0.015 0.157 0.047 0.030 0.016 0.015 0.003 0.017 0.076 0.098 0.099 0.241 85 Y 0.397 0.008 0.053 0.021 0.009 0.009 0.043 0.007 0.027 0.016 0.016 0.187 0.206 86 K 0.625 0.004 0.010 0.016 0.001 0.003 0.036 0.007 0.013 0.003 0.002 0.109 0.170 87 I 0.629 0.005 0.009 0.008 0.001 0.002 0.033 0.006 0.006 0.002 0.001 0.164 0.134 88 T 0.277 0.009 0.099 0.014 0.002 0.006 0.027 0.006 0.023 0.008 0.006 0.148 0.374 89 L 0.076 0.011 0.210 0.033 0.045 0.052 0.008 0.004 0.024 0.045 0.167 0.077 0.248 90 A 0.009 0.004 0.110 0.025 0.053 0.032 0.002 0.001 0.009 0.095 0.611 0.027 0.022 91 T 0.003 0.007 0.112 0.005 0.047 0.014 0.001 0.001 0.005 0.229 0.553 0.010 0.016 92 G 0.003 0.018 0.308 0.007 0.021 0.017 0.001 0.001 0.006 0.350 0.228 0.021 0.019 93 E 0.009 0.037 0.515 0.006 0.030 0.031 0.002 0.001 0.009 0.181 0.075 0.049 0.056 94 G 0.025 0.040 0.337 0.013 0.073 0.073 0.006 0.002 0.020 0.104 0.089 0.041 0.177 95 L 0.038 0.032 0.286 0.032 0.050 0.070 0.011 0.003 0.027 0.088 0.070 0.197 0.096 96 Y 0.030 0.030 0.366 0.015 0.045 0.066 0.008 0.003 0.034 0.082 0.050 0.042 0.230 97 Q 0.008 0.018 0.509 0.013 0.045 0.062 0.004 0.003 0.034 0.130 0.037 0.085 0.053 98 S 0.008 0.016 0.365 0.005 0.118 0.104 0.004 0.001 0.037 0.073 0.169 0.021 0.080 99 I 0.004 0.028 0.311 0.005 0.069 0.086 0.003 0.002 0.023 0.135 0.288 0.017 0.028 100 N 0.001 0.020 0.625 0.003 0.020 0.015 0.001 0.001 0.009 0.182 0.101 0.012 0.009 101 P 0.001 0.014 0.496 0.001 0.040 0.033 0.001 0.001 0.005 0.130 0.268 0.003 0.008 102 K 0.001 0.020 0.194 0.002 0.049 0.034 0.001 0.001 0.002 0.201 0.490 0.003 0.004 103 D 0.001 0.015 0.404 0.001 0.039 0.017 0.001 0.001 0.001 0.357 0.153 0.009 0.004 104 P 0.001 0.012 0.270 0.001 0.108 0.045 0.001 0.001 0.002 0.350 0.204 0.003 0.006 105 S 0.001 0.017 0.311 0.002 0.060 0.040 0.001 0.001 0.003 0.199 0.359 0.006 0.002 106 A 0.001 0.028 0.290 0.003 0.140 0.049 0.001 0.001 0.004 0.247 0.220 0.005 0.013 107 K 0.001 0.017 0.462 0.004 0.078 0.048 0.001 0.001 0.005 0.204 0.157 0.018 0.006 108 P 0.002 0.028 0.328 0.007 0.159 0.068 0.001 0.001 0.007 0.161 0.194 0.007 0.041 109 K 0.003 0.033 0.363 0.008 0.106 0.066 0.001 0.001 0.011 0.187 0.135 0.070 0.017 110 W 0.007 0.082 0.360 0.003 0.089 0.053 0.001 0.001 0.015 0.117 0.092 0.025 0.155 111 C 0.004 0.051 0.578 0.006 0.052 0.025 0.001 0.001 0.007 0.125 0.036 0.079 0.036 112 S 0.003 0.012 0.498 0.005 0.168 0.062 0.001 0.001 0.006 0.066 0.129 0.009 0.040 113 K 0.001 0.002 0.029 0.027 0.111 0.048 0.001 0.001 0.001 0.077 0.693 0.006 0.003 114 G 0.002 0.006 0.120 0.004 0.075 0.023 0.001 0.001 0.006 0.114 0.631 0.008 0.010 115 V 0.004 0.016 0.730 0.003 0.020 0.010 0.001 0.001 0.021 0.095 0.023 0.036 0.039 116 K 0.008 0.059 0.496 0.010 0.009 0.006 0.003 0.002 0.068 0.142 0.047 0.054 0.096 117 Q 0.019 0.020 0.472 0.029 0.012 0.005 0.009 0.005 0.068 0.120 0.031 0.065 0.145 118 R 0.028 0.011 0.289 0.057 0.010 0.002 0.017 0.005 0.090 0.088 0.021 0.262 0.119 119 I 0.035 0.010 0.156 0.024 0.012 0.001 0.018 0.009 0.167 0.052 0.012 0.024 0.478 120 H 0.029 0.005 0.170 0.085 0.002 0.001 0.011 0.004 0.062 0.057 0.008 0.539 0.026 121 T 0.062 0.004 0.208 0.012 0.004 0.001 0.030 0.004 0.101 0.031 0.011 0.074 0.458 122 V 0.147 0.012 0.145 0.019 0.001 0.001 0.062 0.007 0.064 0.031 0.004 0.321 0.186 123 K 0.191 0.034 0.043 0.014 0.002 0.001 0.023 0.005 0.024 0.012 0.002 0.423 0.228 124 V 0.061 0.021 0.086 0.005 0.004 0.001 0.010 0.002 0.019 0.012 0.005 0.137 0.638 125 D 0.023 0.010 0.193 0.068 0.009 0.001 0.008 0.001 0.018 0.078 0.069 0.317 0.206 126 N 0.005 0.001 0.023 0.280 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.147 0.443 0.032 0.055 127 G 0.013 0.002 0.097 0.097 0.005 0.001 0.003 0.001 0.007 0.219 0.471 0.070 0.016 128 N 0.256 0.014 0.196 0.015 0.003 0.001 0.033 0.002 0.027 0.050 0.005 0.131 0.267 129 I 0.591 0.004 0.011 0.004 0.001 0.001 0.139 0.006 0.017 0.002 0.001 0.094 0.131 130 Y 0.739 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.129 0.023 0.003 0.001 0.001 0.053 0.037 131 V 0.648 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.145 0.017 0.006 0.001 0.001 0.089 0.082 132 T 0.423 0.002 0.031 0.007 0.001 0.001 0.061 0.012 0.033 0.002 0.001 0.083 0.344 133 L 0.131 0.011 0.268 0.037 0.006 0.001 0.016 0.003 0.048 0.052 0.025 0.155 0.246 134 S 0.006 0.008 0.533 0.007 0.013 0.002 0.003 0.001 0.022 0.200 0.148 0.031 0.028 135 K 0.001 0.015 0.161 0.004 0.054 0.005 0.001 0.001 0.005 0.372 0.364 0.004 0.014 136 E 0.001 0.021 0.339 0.003 0.053 0.009 0.001 0.001 0.003 0.370 0.168 0.027 0.005 137 P 0.001 0.032 0.392 0.001 0.157 0.029 0.001 0.001 0.005 0.189 0.148 0.007 0.038 138 F 0.001 0.041 0.362 0.004 0.112 0.044 0.001 0.001 0.006 0.207 0.193 0.017 0.012 139 K 0.002 0.035 0.470 0.002 0.098 0.035 0.001 0.001 0.006 0.203 0.113 0.016 0.019 140 C 0.001 0.019 0.548 0.001 0.060 0.034 0.001 0.001 0.005 0.223 0.090 0.008 0.010 141 D 0.001 0.015 0.554 0.002 0.063 0.042 0.001 0.001 0.004 0.187 0.122 0.004 0.005 142 S 0.001 0.009 0.307 0.002 0.169 0.087 0.001 0.001 0.004 0.187 0.224 0.005 0.005 143 D 0.001 0.014 0.259 0.002 0.181 0.074 0.001 0.001 0.007 0.185 0.265 0.005 0.008 144 Y 0.001 0.033 0.409 0.002 0.104 0.062 0.001 0.001 0.011 0.247 0.101 0.016 0.012 145 Y 0.001 0.040 0.589 0.002 0.050 0.052 0.001 0.001 0.016 0.148 0.065 0.013 0.023 146 A 0.001 0.028 0.531 0.004 0.071 0.061 0.001 0.001 0.011 0.150 0.102 0.018 0.021 147 T 0.001 0.010 0.457 0.005 0.099 0.086 0.001 0.001 0.009 0.144 0.165 0.008 0.016 148 G 0.001 0.007 0.233 0.009 0.129 0.138 0.001 0.001 0.008 0.207 0.245 0.011 0.011 149 E 0.003 0.013 0.319 0.005 0.105 0.143 0.002 0.001 0.022 0.129 0.210 0.023 0.025 150 F 0.012 0.029 0.430 0.006 0.054 0.135 0.005 0.003 0.037 0.095 0.048 0.028 0.118 151 K 0.019 0.037 0.346 0.021 0.030 0.110 0.009 0.005 0.067 0.088 0.027 0.172 0.067 152 V 0.020 0.023 0.267 0.007 0.068 0.142 0.010 0.005 0.066 0.032 0.051 0.064 0.245 153 I 0.013 0.018 0.342 0.020 0.069 0.185 0.007 0.006 0.048 0.054 0.081 0.059 0.099 154 Q 0.008 0.015 0.326 0.015 0.086 0.106 0.003 0.002 0.037 0.145 0.171 0.043 0.044 155 S 0.004 0.015 0.356 0.001 0.050 0.070 0.002 0.001 0.018 0.148 0.292 0.014 0.030 156 S 0.001 0.023 0.499 0.001 0.012 0.019 0.001 0.001 0.006 0.311 0.105 0.013 0.008 157 S 0.001 0.006 0.822 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.002 0.103 0.046 0.002 0.003