# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 619 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.029 0.112 0.002 0.023 0.007 0.014 0.110 0.012 0.001 0.052 0.640 2 D 0.376 0.105 0.004 0.009 0.005 0.005 0.055 0.036 0.004 0.211 0.188 3 P 0.054 0.157 0.005 0.011 0.005 0.006 0.108 0.010 0.003 0.110 0.531 4 E 0.050 0.303 0.006 0.013 0.004 0.009 0.058 0.015 0.002 0.078 0.460 5 I 0.113 0.301 0.010 0.009 0.002 0.004 0.067 0.057 0.008 0.079 0.349 6 S 0.220 0.294 0.007 0.002 0.002 0.002 0.047 0.025 0.007 0.080 0.313 7 E 0.056 0.280 0.010 0.004 0.003 0.004 0.060 0.010 0.003 0.090 0.479 8 Q 0.043 0.448 0.008 0.002 0.001 0.002 0.064 0.012 0.003 0.040 0.375 9 D 0.200 0.499 0.007 0.002 0.001 0.002 0.041 0.028 0.005 0.039 0.175 10 E 0.139 0.379 0.006 0.002 0.001 0.003 0.043 0.013 0.006 0.033 0.376 11 E 0.132 0.187 0.015 0.005 0.003 0.008 0.074 0.009 0.004 0.055 0.507 12 K 0.097 0.032 0.021 0.010 0.006 0.014 0.115 0.007 0.007 0.204 0.487 13 K 0.222 0.026 0.012 0.024 0.009 0.013 0.120 0.007 0.005 0.098 0.465 14 K 0.033 0.029 0.003 0.027 0.015 0.024 0.115 0.003 0.001 0.030 0.720 15 Y 0.029 0.025 0.003 0.029 0.011 0.031 0.100 0.003 0.001 0.033 0.735 16 T 0.017 0.038 0.001 0.164 0.107 0.161 0.093 0.002 0.001 0.040 0.377 17 S 0.012 0.050 0.003 0.175 0.076 0.112 0.054 0.002 0.001 0.031 0.486 18 V 0.013 0.016 0.001 0.167 0.296 0.229 0.052 0.001 0.001 0.036 0.187 19 C 0.056 0.070 0.001 0.275 0.067 0.149 0.043 0.004 0.001 0.032 0.306 20 V 0.015 0.009 0.001 0.195 0.076 0.116 0.114 0.001 0.001 0.064 0.408 21 G 0.002 0.010 0.005 0.252 0.101 0.165 0.090 0.001 0.001 0.035 0.339 22 R 0.372 0.274 0.001 0.027 0.025 0.026 0.032 0.021 0.001 0.018 0.205 23 E 0.611 0.173 0.001 0.003 0.007 0.006 0.022 0.016 0.001 0.035 0.126 24 E 0.018 0.208 0.004 0.004 0.008 0.022 0.091 0.003 0.001 0.040 0.602 25 D 0.051 0.093 0.025 0.021 0.019 0.065 0.085 0.006 0.004 0.186 0.444 26 I 0.156 0.034 0.019 0.020 0.044 0.042 0.139 0.016 0.010 0.139 0.380 27 R 0.415 0.024 0.006 0.003 0.015 0.020 0.050 0.008 0.004 0.039 0.415 28 K 0.062 0.008 0.003 0.003 0.007 0.015 0.073 0.002 0.001 0.023 0.803 29 S 0.034 0.005 0.004 0.012 0.008 0.019 0.133 0.001 0.001 0.055 0.729 30 E 0.014 0.004 0.002 0.058 0.068 0.096 0.162 0.001 0.001 0.055 0.540 31 R 0.006 0.003 0.001 0.036 0.047 0.083 0.125 0.001 0.001 0.029 0.669 32 M 0.003 0.002 0.001 0.094 0.198 0.301 0.065 0.001 0.001 0.030 0.307 33 T 0.004 0.002 0.001 0.135 0.112 0.271 0.047 0.001 0.001 0.063 0.365 34 A 0.001 0.001 0.001 0.067 0.345 0.384 0.034 0.001 0.001 0.028 0.139 35 V 0.062 0.001 0.003 0.060 0.172 0.255 0.042 0.001 0.001 0.077 0.327 36 V 0.402 0.001 0.001 0.018 0.053 0.048 0.056 0.001 0.001 0.111 0.308 37 H 0.033 0.001 0.001 0.018 0.013 0.024 0.121 0.001 0.001 0.035 0.755 38 D 0.003 0.001 0.001 0.012 0.015 0.029 0.094 0.001 0.001 0.023 0.822 39 R 0.002 0.001 0.001 0.053 0.329 0.160 0.070 0.001 0.001 0.055 0.332 40 E 0.001 0.001 0.001 0.096 0.333 0.440 0.020 0.001 0.001 0.045 0.065 41 V 0.001 0.001 0.001 0.067 0.382 0.409 0.011 0.001 0.001 0.020 0.110 42 V 0.001 0.001 0.001 0.100 0.482 0.373 0.004 0.001 0.001 0.011 0.031 43 I 0.001 0.001 0.001 0.031 0.413 0.496 0.005 0.001 0.001 0.013 0.041 44 F 0.001 0.001 0.001 0.028 0.340 0.526 0.018 0.001 0.001 0.020 0.065 45 Y 0.215 0.001 0.002 0.039 0.111 0.146 0.058 0.002 0.001 0.079 0.346 46 H 0.496 0.001 0.001 0.013 0.016 0.017 0.061 0.002 0.001 0.039 0.354 47 K 0.003 0.001 0.001 0.005 0.007 0.010 0.086 0.001 0.001 0.014 0.873 48 G 0.005 0.002 0.002 0.024 0.120 0.086 0.072 0.001 0.001 0.037 0.652 49 E 0.003 0.003 0.001 0.036 0.371 0.327 0.045 0.001 0.001 0.053 0.160 50 Y 0.002 0.005 0.001 0.058 0.288 0.316 0.023 0.001 0.001 0.068 0.239 51 H 0.003 0.005 0.001 0.067 0.368 0.406 0.014 0.001 0.001 0.044 0.091 52 A 0.008 0.006 0.001 0.074 0.263 0.400 0.026 0.001 0.001 0.048 0.172 53 M 0.024 0.012 0.001 0.083 0.264 0.290 0.054 0.003 0.001 0.058 0.209 54 D 0.051 0.021 0.002 0.077 0.120 0.183 0.097 0.004 0.001 0.104 0.338 55 I 0.040 0.031 0.002 0.057 0.047 0.104 0.142 0.004 0.001 0.062 0.510 56 R 0.031 0.018 0.005 0.051 0.048 0.072 0.140 0.003 0.001 0.107 0.523 57 C 0.060 0.015 0.029 0.085 0.061 0.086 0.109 0.011 0.006 0.180 0.359 58 Y 0.344 0.020 0.004 0.044 0.021 0.028 0.080 0.014 0.002 0.048 0.395 59 H 0.318 0.006 0.002 0.013 0.014 0.020 0.071 0.005 0.001 0.033 0.516 60 S 0.004 0.004 0.001 0.028 0.013 0.031 0.144 0.001 0.001 0.016 0.758 61 G 0.027 0.011 0.001 0.019 0.010 0.020 0.107 0.001 0.001 0.025 0.779 62 G 0.047 0.009 0.002 0.044 0.160 0.109 0.158 0.003 0.001 0.041 0.426 63 P 0.096 0.018 0.005 0.029 0.023 0.042 0.117 0.006 0.002 0.051 0.610 64 L 0.145 0.005 0.002 0.027 0.086 0.130 0.108 0.002 0.001 0.044 0.450 65 H 0.099 0.021 0.001 0.044 0.023 0.062 0.080 0.003 0.001 0.015 0.654 66 L 0.023 0.004 0.001 0.018 0.063 0.112 0.109 0.001 0.001 0.023 0.645 67 G 0.003 0.001 0.001 0.011 0.198 0.326 0.083 0.001 0.001 0.018 0.359 68 E 0.018 0.002 0.001 0.026 0.196 0.404 0.047 0.001 0.001 0.024 0.281 69 I 0.020 0.001 0.001 0.014 0.211 0.250 0.074 0.001 0.001 0.043 0.387 70 E 0.006 0.001 0.001 0.015 0.197 0.348 0.055 0.001 0.001 0.024 0.354 71 D 0.198 0.001 0.001 0.008 0.040 0.057 0.034 0.001 0.001 0.029 0.631 72 F 0.542 0.001 0.001 0.003 0.024 0.011 0.041 0.001 0.001 0.045 0.331 73 N 0.017 0.001 0.001 0.008 0.014 0.011 0.078 0.001 0.001 0.029 0.841 74 G 0.010 0.001 0.001 0.012 0.037 0.027 0.054 0.001 0.001 0.025 0.834 75 Q 0.003 0.001 0.001 0.014 0.332 0.159 0.069 0.001 0.001 0.038 0.385 76 S 0.001 0.001 0.001 0.042 0.297 0.369 0.032 0.001 0.001 0.034 0.225 77 C 0.001 0.001 0.001 0.039 0.346 0.434 0.019 0.001 0.001 0.027 0.134 78 I 0.001 0.001 0.001 0.074 0.382 0.368 0.022 0.001 0.001 0.012 0.142 79 V 0.007 0.002 0.001 0.059 0.407 0.290 0.025 0.001 0.001 0.034 0.175 80 C 0.106 0.005 0.003 0.080 0.230 0.205 0.055 0.004 0.001 0.101 0.212 81 P 0.082 0.015 0.002 0.058 0.033 0.058 0.154 0.004 0.001 0.044 0.551 82 W 0.051 0.008 0.004 0.048 0.041 0.108 0.111 0.003 0.001 0.047 0.579 83 H 0.030 0.010 0.002 0.074 0.081 0.163 0.123 0.003 0.001 0.035 0.480 84 K 0.024 0.006 0.002 0.055 0.104 0.201 0.103 0.002 0.001 0.085 0.417 85 Y 0.002 0.003 0.001 0.049 0.293 0.320 0.065 0.001 0.001 0.020 0.248 86 K 0.013 0.010 0.001 0.063 0.155 0.334 0.055 0.001 0.001 0.044 0.323 87 I 0.003 0.002 0.001 0.043 0.303 0.255 0.073 0.001 0.001 0.056 0.265 88 T 0.052 0.013 0.004 0.151 0.135 0.207 0.058 0.004 0.001 0.135 0.240 89 L 0.109 0.015 0.002 0.061 0.090 0.088 0.105 0.004 0.001 0.049 0.476 90 A 0.058 0.015 0.003 0.057 0.036 0.068 0.117 0.005 0.001 0.073 0.567 91 T 0.047 0.025 0.004 0.050 0.036 0.057 0.106 0.003 0.001 0.061 0.610 92 G 0.065 0.040 0.003 0.056 0.056 0.067 0.102 0.006 0.001 0.055 0.549 93 E 0.043 0.026 0.003 0.032 0.104 0.140 0.110 0.007 0.001 0.063 0.470 94 G 0.052 0.014 0.003 0.045 0.080 0.130 0.099 0.003 0.001 0.106 0.467 95 L 0.014 0.009 0.002 0.057 0.138 0.168 0.092 0.002 0.001 0.060 0.457 96 Y 0.034 0.011 0.003 0.043 0.079 0.127 0.102 0.004 0.001 0.076 0.521 97 Q 0.070 0.007 0.002 0.032 0.106 0.090 0.121 0.004 0.001 0.060 0.508 98 S 0.028 0.006 0.002 0.028 0.042 0.053 0.108 0.002 0.001 0.056 0.675 99 I 0.014 0.006 0.001 0.026 0.025 0.044 0.123 0.002 0.001 0.031 0.729 100 N 0.148 0.008 0.002 0.017 0.014 0.019 0.116 0.004 0.001 0.057 0.614 101 P 0.012 0.002 0.001 0.012 0.015 0.017 0.155 0.001 0.001 0.038 0.746 102 K 0.026 0.010 0.001 0.013 0.005 0.010 0.091 0.002 0.001 0.024 0.818 103 D 0.345 0.018 0.001 0.010 0.004 0.005 0.075 0.010 0.001 0.036 0.495 104 P 0.072 0.008 0.002 0.008 0.003 0.005 0.129 0.003 0.001 0.039 0.730 105 S 0.014 0.010 0.002 0.016 0.007 0.014 0.096 0.001 0.001 0.026 0.815 106 A 0.061 0.033 0.002 0.010 0.005 0.008 0.084 0.003 0.001 0.019 0.775 107 K 0.272 0.076 0.002 0.013 0.010 0.013 0.096 0.014 0.001 0.036 0.467 108 P 0.121 0.033 0.002 0.005 0.004 0.011 0.084 0.004 0.001 0.039 0.697 109 K 0.025 0.011 0.001 0.031 0.018 0.038 0.142 0.001 0.001 0.055 0.678 110 W 0.016 0.011 0.007 0.032 0.025 0.051 0.115 0.002 0.001 0.059 0.683 111 C 0.201 0.016 0.002 0.020 0.033 0.036 0.114 0.006 0.001 0.035 0.537 112 S 0.358 0.017 0.002 0.007 0.010 0.013 0.054 0.005 0.001 0.027 0.507 113 K 0.020 0.008 0.001 0.011 0.014 0.028 0.098 0.001 0.001 0.014 0.805 114 G 0.055 0.007 0.004 0.016 0.022 0.045 0.091 0.001 0.001 0.032 0.726 115 V 0.013 0.001 0.001 0.012 0.148 0.160 0.139 0.001 0.001 0.021 0.504 116 K 0.019 0.002 0.001 0.052 0.070 0.148 0.079 0.001 0.001 0.030 0.598 117 Q 0.018 0.001 0.001 0.020 0.089 0.109 0.103 0.001 0.001 0.033 0.626 118 R 0.002 0.001 0.001 0.139 0.253 0.295 0.062 0.001 0.001 0.011 0.236 119 I 0.002 0.001 0.001 0.021 0.102 0.219 0.067 0.001 0.001 0.009 0.579 120 H 0.001 0.001 0.001 0.015 0.409 0.379 0.048 0.001 0.001 0.004 0.144 121 T 0.005 0.001 0.001 0.063 0.135 0.351 0.038 0.001 0.001 0.035 0.371 122 V 0.001 0.001 0.001 0.010 0.269 0.348 0.072 0.001 0.001 0.022 0.278 123 K 0.081 0.001 0.003 0.067 0.093 0.198 0.051 0.001 0.001 0.088 0.415 124 V 0.360 0.001 0.001 0.019 0.022 0.018 0.041 0.001 0.001 0.085 0.453 125 D 0.070 0.001 0.001 0.021 0.014 0.015 0.088 0.001 0.001 0.047 0.743 126 N 0.002 0.001 0.001 0.014 0.023 0.025 0.068 0.001 0.001 0.022 0.844 127 G 0.002 0.001 0.001 0.057 0.348 0.133 0.052 0.001 0.001 0.053 0.354 128 N 0.001 0.001 0.001 0.055 0.402 0.397 0.020 0.001 0.001 0.058 0.067 129 I 0.001 0.001 0.001 0.124 0.412 0.342 0.008 0.001 0.001 0.023 0.090 130 Y 0.001 0.001 0.001 0.109 0.483 0.305 0.009 0.001 0.001 0.022 0.070 131 V 0.001 0.001 0.001 0.075 0.436 0.346 0.018 0.001 0.001 0.016 0.107 132 T 0.026 0.002 0.001 0.150 0.198 0.238 0.055 0.002 0.001 0.071 0.258 133 L 0.043 0.002 0.001 0.061 0.050 0.054 0.161 0.002 0.001 0.060 0.565 134 S 0.032 0.007 0.002 0.040 0.016 0.023 0.150 0.003 0.001 0.042 0.685 135 K 0.079 0.013 0.002 0.010 0.008 0.011 0.095 0.005 0.001 0.026 0.752 136 E 0.109 0.022 0.003 0.015 0.012 0.016 0.122 0.010 0.001 0.059 0.631 137 P 0.096 0.033 0.002 0.006 0.004 0.010 0.090 0.010 0.001 0.036 0.711 138 F 0.092 0.014 0.001 0.008 0.009 0.015 0.115 0.003 0.001 0.065 0.677 139 K 0.013 0.015 0.003 0.010 0.009 0.015 0.112 0.002 0.001 0.046 0.774 140 C 0.112 0.081 0.004 0.010 0.010 0.014 0.100 0.011 0.002 0.045 0.611 141 D 0.521 0.081 0.003 0.005 0.003 0.004 0.045 0.020 0.003 0.034 0.283 142 S 0.126 0.097 0.003 0.007 0.004 0.008 0.086 0.011 0.001 0.026 0.631 143 D 0.043 0.024 0.003 0.013 0.005 0.015 0.108 0.003 0.001 0.095 0.689 144 Y 0.030 0.019 0.004 0.034 0.016 0.022 0.174 0.002 0.001 0.088 0.609 145 Y 0.051 0.056 0.002 0.018 0.013 0.015 0.122 0.005 0.001 0.047 0.669 146 A 0.152 0.092 0.005 0.015 0.007 0.012 0.092 0.027 0.004 0.048 0.546 147 T 0.203 0.072 0.006 0.012 0.005 0.009 0.093 0.008 0.003 0.071 0.518 148 G 0.070 0.073 0.003 0.026 0.013 0.023 0.101 0.006 0.001 0.033 0.651 149 E 0.061 0.076 0.003 0.026 0.010 0.027 0.133 0.007 0.001 0.054 0.602 150 F 0.078 0.057 0.003 0.028 0.014 0.026 0.141 0.007 0.002 0.064 0.580 151 K 0.057 0.050 0.004 0.066 0.027 0.052 0.120 0.005 0.001 0.108 0.509 152 V 0.049 0.025 0.005 0.074 0.019 0.039 0.120 0.007 0.002 0.127 0.533 153 I 0.142 0.024 0.004 0.114 0.027 0.030 0.141 0.010 0.002 0.114 0.392 154 Q 0.049 0.020 0.004 0.064 0.021 0.034 0.127 0.006 0.001 0.087 0.587 155 S 0.038 0.026 0.003 0.053 0.012 0.023 0.153 0.005 0.001 0.074 0.614 156 S 0.122 0.063 0.005 0.037 0.013 0.019 0.143 0.013 0.002 0.080 0.503 157 S 0.158 0.090 0.006 0.026 0.011 0.017 0.127 0.018 0.003 0.072 0.469