# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 619 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.014 0.010 0.010 0.026 0.124 0.007 0.805 2 D 0.573 0.179 0.002 0.004 0.003 0.012 0.182 0.045 3 P 0.107 0.320 0.009 0.007 0.008 0.075 0.114 0.359 4 E 0.033 0.208 0.011 0.010 0.016 0.104 0.059 0.558 5 I 0.108 0.260 0.031 0.007 0.014 0.083 0.168 0.329 6 S 0.345 0.379 0.007 0.005 0.003 0.029 0.105 0.127 7 E 0.065 0.266 0.007 0.006 0.008 0.056 0.052 0.541 8 Q 0.033 0.301 0.008 0.002 0.004 0.068 0.028 0.556 9 D 0.184 0.486 0.006 0.003 0.004 0.037 0.081 0.198 10 E 0.103 0.311 0.006 0.005 0.005 0.051 0.061 0.458 11 E 0.074 0.112 0.014 0.012 0.015 0.079 0.088 0.606 12 K 0.172 0.026 0.037 0.010 0.015 0.087 0.203 0.451 13 K 0.175 0.008 0.031 0.011 0.011 0.109 0.117 0.538 14 K 0.045 0.005 0.021 0.007 0.015 0.110 0.027 0.771 15 Y 0.030 0.004 0.039 0.010 0.020 0.134 0.025 0.738 16 T 0.009 0.006 0.163 0.054 0.095 0.133 0.036 0.504 17 S 0.009 0.008 0.138 0.057 0.117 0.098 0.066 0.507 18 V 0.013 0.015 0.216 0.143 0.182 0.071 0.061 0.299 19 C 0.012 0.019 0.344 0.108 0.175 0.050 0.067 0.225 20 V 0.010 0.015 0.193 0.149 0.141 0.075 0.082 0.334 21 G 0.011 0.025 0.304 0.085 0.167 0.071 0.047 0.290 22 R 0.356 0.162 0.036 0.016 0.021 0.048 0.159 0.202 23 E 0.326 0.176 0.017 0.009 0.013 0.052 0.083 0.323 24 E 0.033 0.094 0.011 0.016 0.017 0.097 0.036 0.697 25 D 0.035 0.044 0.029 0.019 0.038 0.122 0.093 0.620 26 I 0.181 0.018 0.017 0.020 0.017 0.098 0.126 0.523 27 R 0.485 0.014 0.004 0.012 0.007 0.045 0.075 0.359 28 K 0.030 0.004 0.002 0.001 0.003 0.075 0.011 0.875 29 S 0.037 0.005 0.010 0.005 0.007 0.151 0.039 0.746 30 E 0.013 0.005 0.046 0.053 0.148 0.125 0.062 0.548 31 R 0.010 0.004 0.041 0.072 0.095 0.084 0.050 0.645 32 M 0.006 0.003 0.087 0.278 0.344 0.042 0.036 0.204 33 T 0.006 0.003 0.144 0.114 0.262 0.050 0.061 0.360 34 A 0.003 0.001 0.162 0.370 0.270 0.026 0.029 0.140 35 V 0.009 0.001 0.157 0.188 0.355 0.039 0.025 0.226 36 V 0.277 0.001 0.061 0.058 0.056 0.083 0.062 0.402 37 H 0.089 0.002 0.047 0.013 0.032 0.144 0.072 0.602 38 D 0.018 0.001 0.017 0.008 0.029 0.162 0.023 0.741 39 R 0.001 0.001 0.052 0.249 0.304 0.102 0.021 0.270 40 E 0.001 0.001 0.091 0.168 0.599 0.019 0.056 0.066 41 V 0.001 0.001 0.022 0.261 0.636 0.008 0.039 0.032 42 V 0.001 0.001 0.015 0.464 0.507 0.001 0.005 0.008 43 I 0.001 0.001 0.036 0.513 0.376 0.006 0.035 0.034 44 F 0.001 0.001 0.025 0.466 0.479 0.005 0.007 0.018 45 Y 0.023 0.001 0.046 0.161 0.322 0.053 0.041 0.354 46 H 0.903 0.001 0.002 0.012 0.005 0.010 0.042 0.026 47 K 0.015 0.001 0.007 0.005 0.035 0.070 0.011 0.856 48 G 0.009 0.001 0.016 0.044 0.119 0.091 0.024 0.696 49 E 0.001 0.001 0.031 0.331 0.521 0.019 0.020 0.075 50 Y 0.003 0.006 0.073 0.305 0.246 0.035 0.075 0.256 51 H 0.003 0.004 0.060 0.473 0.375 0.011 0.029 0.046 52 A 0.012 0.007 0.111 0.303 0.344 0.024 0.064 0.135 53 M 0.037 0.010 0.084 0.246 0.347 0.043 0.049 0.185 54 D 0.096 0.019 0.067 0.165 0.186 0.085 0.062 0.321 55 I 0.042 0.017 0.052 0.103 0.127 0.140 0.045 0.474 56 R 0.046 0.017 0.055 0.045 0.072 0.154 0.058 0.553 57 C 0.092 0.016 0.089 0.046 0.054 0.142 0.133 0.428 58 Y 0.174 0.014 0.029 0.016 0.030 0.132 0.042 0.563 59 H 0.211 0.013 0.018 0.016 0.021 0.112 0.057 0.551 60 S 0.020 0.011 0.023 0.012 0.029 0.176 0.022 0.707 61 G 0.053 0.031 0.027 0.021 0.040 0.137 0.053 0.638 62 G 0.062 0.038 0.057 0.103 0.089 0.142 0.086 0.424 63 P 0.096 0.033 0.056 0.046 0.073 0.112 0.104 0.479 64 L 0.202 0.017 0.029 0.046 0.063 0.113 0.062 0.468 65 H 0.104 0.019 0.038 0.066 0.128 0.105 0.057 0.485 66 L 0.031 0.007 0.012 0.032 0.101 0.108 0.038 0.671 67 G 0.021 0.005 0.027 0.204 0.246 0.086 0.031 0.381 68 E 0.013 0.003 0.017 0.182 0.337 0.055 0.029 0.364 69 I 0.065 0.002 0.014 0.135 0.128 0.087 0.066 0.504 70 E 0.004 0.001 0.021 0.174 0.343 0.049 0.018 0.391 71 D 0.033 0.001 0.006 0.031 0.063 0.058 0.034 0.775 72 F 0.625 0.001 0.003 0.022 0.009 0.038 0.048 0.256 73 N 0.034 0.001 0.005 0.005 0.014 0.067 0.018 0.856 74 G 0.030 0.001 0.008 0.014 0.040 0.110 0.015 0.783 75 Q 0.002 0.001 0.028 0.209 0.298 0.065 0.015 0.382 76 S 0.002 0.001 0.051 0.247 0.299 0.045 0.056 0.299 77 C 0.002 0.001 0.063 0.281 0.415 0.032 0.040 0.166 78 I 0.001 0.001 0.063 0.477 0.345 0.017 0.013 0.083 79 V 0.002 0.001 0.112 0.330 0.348 0.024 0.035 0.146 80 C 0.040 0.009 0.102 0.241 0.253 0.054 0.116 0.185 81 P 0.079 0.019 0.082 0.089 0.103 0.116 0.093 0.419 82 W 0.072 0.025 0.034 0.075 0.102 0.107 0.066 0.519 83 H 0.058 0.030 0.027 0.074 0.170 0.126 0.109 0.406 84 K 0.023 0.012 0.032 0.075 0.288 0.091 0.120 0.358 85 Y 0.004 0.010 0.032 0.292 0.462 0.033 0.029 0.140 86 K 0.006 0.015 0.028 0.302 0.329 0.041 0.044 0.236 87 I 0.005 0.005 0.071 0.356 0.298 0.032 0.084 0.149 88 T 0.047 0.011 0.073 0.158 0.237 0.042 0.235 0.196 89 L 0.262 0.009 0.037 0.118 0.106 0.067 0.053 0.346 90 A 0.158 0.006 0.069 0.101 0.127 0.072 0.040 0.426 91 T 0.026 0.006 0.019 0.015 0.052 0.079 0.032 0.771 92 G 0.072 0.010 0.032 0.055 0.062 0.129 0.043 0.596 93 E 0.032 0.012 0.041 0.198 0.142 0.103 0.034 0.438 94 G 0.079 0.017 0.046 0.044 0.082 0.096 0.049 0.586 95 L 0.049 0.011 0.051 0.104 0.180 0.111 0.040 0.455 96 Y 0.051 0.013 0.047 0.044 0.075 0.105 0.053 0.610 97 Q 0.128 0.018 0.026 0.040 0.048 0.099 0.057 0.584 98 S 0.045 0.011 0.020 0.031 0.044 0.140 0.031 0.678 99 I 0.014 0.006 0.014 0.016 0.030 0.125 0.012 0.783 100 N 0.255 0.047 0.010 0.013 0.014 0.069 0.159 0.434 101 P 0.047 0.024 0.011 0.010 0.011 0.166 0.054 0.677 102 K 0.030 0.023 0.014 0.006 0.010 0.091 0.021 0.806 103 D 0.691 0.060 0.003 0.002 0.003 0.022 0.081 0.138 104 P 0.127 0.042 0.008 0.004 0.005 0.089 0.033 0.693 105 S 0.024 0.024 0.006 0.008 0.010 0.086 0.024 0.819 106 A 0.063 0.050 0.013 0.009 0.015 0.109 0.043 0.699 107 K 0.233 0.074 0.009 0.016 0.017 0.081 0.082 0.487 108 P 0.080 0.047 0.009 0.015 0.019 0.083 0.052 0.696 109 K 0.023 0.040 0.024 0.018 0.030 0.123 0.038 0.703 110 W 0.026 0.027 0.064 0.027 0.041 0.113 0.055 0.647 111 C 0.336 0.040 0.024 0.020 0.019 0.065 0.079 0.416 112 S 0.298 0.039 0.010 0.009 0.011 0.060 0.074 0.499 113 K 0.022 0.013 0.010 0.007 0.013 0.107 0.024 0.805 114 G 0.049 0.013 0.024 0.017 0.033 0.104 0.064 0.696 115 V 0.046 0.012 0.032 0.126 0.068 0.111 0.058 0.548 116 K 0.026 0.006 0.043 0.044 0.105 0.078 0.050 0.647 117 Q 0.039 0.005 0.037 0.078 0.084 0.104 0.055 0.598 118 R 0.004 0.002 0.097 0.151 0.433 0.044 0.024 0.245 119 I 0.009 0.002 0.033 0.150 0.167 0.061 0.042 0.537 120 H 0.002 0.001 0.033 0.401 0.435 0.020 0.011 0.098 121 T 0.003 0.001 0.024 0.181 0.387 0.032 0.028 0.344 122 V 0.001 0.001 0.022 0.504 0.332 0.018 0.014 0.109 123 K 0.004 0.001 0.053 0.211 0.394 0.026 0.024 0.288 124 V 0.240 0.001 0.013 0.041 0.045 0.045 0.059 0.557 125 D 0.492 0.001 0.011 0.005 0.010 0.054 0.043 0.385 126 N 0.012 0.001 0.008 0.003 0.013 0.084 0.004 0.874 127 G 0.001 0.001 0.034 0.083 0.301 0.067 0.015 0.499 128 N 0.001 0.001 0.045 0.338 0.430 0.022 0.048 0.117 129 I 0.001 0.001 0.082 0.373 0.435 0.012 0.029 0.068 130 Y 0.001 0.001 0.047 0.537 0.353 0.006 0.023 0.033 131 V 0.001 0.001 0.103 0.465 0.344 0.010 0.025 0.052 132 T 0.018 0.002 0.119 0.240 0.395 0.041 0.050 0.137 133 L 0.065 0.005 0.094 0.152 0.144 0.114 0.052 0.373 134 S 0.110 0.020 0.037 0.075 0.087 0.108 0.081 0.482 135 K 0.106 0.028 0.017 0.019 0.027 0.111 0.045 0.647 136 E 0.205 0.043 0.014 0.034 0.030 0.107 0.067 0.499 137 P 0.133 0.027 0.008 0.011 0.019 0.097 0.039 0.667 138 F 0.083 0.017 0.007 0.015 0.017 0.105 0.040 0.716 139 K 0.019 0.015 0.009 0.014 0.021 0.127 0.035 0.761 140 C 0.042 0.035 0.010 0.006 0.009 0.104 0.027 0.767 141 D 0.502 0.116 0.006 0.006 0.005 0.037 0.084 0.245 142 S 0.107 0.085 0.008 0.005 0.007 0.089 0.037 0.662 143 D 0.067 0.056 0.018 0.008 0.013 0.108 0.061 0.669 144 Y 0.078 0.053 0.041 0.016 0.022 0.131 0.113 0.544 145 Y 0.078 0.050 0.034 0.021 0.021 0.128 0.049 0.619 146 A 0.155 0.071 0.023 0.015 0.022 0.077 0.061 0.576 147 T 0.154 0.045 0.022 0.007 0.012 0.113 0.068 0.579 148 G 0.067 0.040 0.037 0.017 0.021 0.136 0.046 0.636 149 E 0.073 0.058 0.033 0.012 0.029 0.100 0.063 0.631 150 F 0.079 0.037 0.048 0.019 0.024 0.135 0.052 0.607 151 K 0.042 0.041 0.118 0.049 0.077 0.114 0.050 0.509 152 V 0.072 0.026 0.097 0.027 0.052 0.108 0.093 0.523 153 I 0.115 0.013 0.130 0.036 0.043 0.126 0.079 0.458 154 Q 0.073 0.009 0.087 0.029 0.047 0.128 0.048 0.578 155 S 0.037 0.006 0.039 0.018 0.033 0.150 0.036 0.681 156 S 0.040 0.008 0.037 0.022 0.030 0.175 0.049 0.639 157 S 0.118 0.023 0.027 0.020 0.027 0.150 0.116 0.518