# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 619 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.128 0.117 0.061 0.096 0.093 0.088 0.137 0.105 0.083 0.058 0.034 2 D 0.025 0.038 0.030 0.078 0.101 0.140 0.201 0.132 0.128 0.080 0.047 3 P 0.398 0.127 0.101 0.122 0.081 0.054 0.060 0.030 0.016 0.007 0.004 4 E 0.217 0.116 0.121 0.220 0.140 0.067 0.066 0.031 0.014 0.006 0.003 5 I 0.017 0.019 0.020 0.038 0.054 0.066 0.180 0.188 0.178 0.151 0.089 6 S 0.043 0.086 0.109 0.189 0.165 0.127 0.140 0.067 0.041 0.025 0.007 7 E 0.156 0.145 0.389 0.186 0.069 0.027 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 8 Q 0.122 0.189 0.195 0.194 0.112 0.069 0.065 0.032 0.012 0.007 0.003 9 D 0.069 0.082 0.052 0.084 0.090 0.114 0.209 0.134 0.090 0.055 0.022 10 E 0.455 0.179 0.169 0.113 0.045 0.017 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 11 E 0.201 0.131 0.299 0.181 0.084 0.044 0.035 0.015 0.006 0.003 0.001 12 K 0.075 0.086 0.101 0.137 0.123 0.115 0.157 0.101 0.056 0.036 0.014 13 K 0.046 0.064 0.084 0.118 0.117 0.148 0.183 0.116 0.066 0.043 0.014 14 K 0.039 0.091 0.324 0.221 0.123 0.086 0.058 0.032 0.013 0.008 0.003 15 Y 0.034 0.039 0.102 0.129 0.122 0.156 0.197 0.112 0.059 0.035 0.015 16 T 0.052 0.055 0.070 0.102 0.103 0.102 0.174 0.132 0.108 0.065 0.037 17 S 0.015 0.018 0.032 0.050 0.067 0.072 0.148 0.149 0.177 0.153 0.118 18 V 0.010 0.015 0.026 0.048 0.068 0.105 0.151 0.144 0.175 0.162 0.096 19 C 0.021 0.027 0.029 0.070 0.100 0.134 0.223 0.159 0.120 0.072 0.045 20 V 0.009 0.007 0.016 0.030 0.055 0.041 0.099 0.176 0.177 0.173 0.217 21 G 0.004 0.004 0.007 0.013 0.027 0.034 0.072 0.110 0.216 0.258 0.257 22 R 0.017 0.105 0.061 0.170 0.167 0.123 0.165 0.081 0.061 0.035 0.015 23 E 0.080 0.074 0.061 0.166 0.168 0.173 0.149 0.062 0.038 0.019 0.010 24 E 0.688 0.108 0.064 0.070 0.029 0.015 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 25 D 0.090 0.120 0.053 0.210 0.145 0.125 0.148 0.059 0.031 0.014 0.006 26 I 0.003 0.004 0.003 0.003 0.005 0.013 0.039 0.050 0.177 0.289 0.415 27 R 0.072 0.329 0.208 0.236 0.111 0.026 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 28 K 0.307 0.273 0.180 0.154 0.048 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 29 S 0.522 0.124 0.027 0.086 0.066 0.048 0.055 0.039 0.018 0.010 0.006 30 E 0.297 0.190 0.050 0.153 0.095 0.069 0.068 0.045 0.019 0.010 0.004 31 R 0.061 0.069 0.109 0.163 0.148 0.156 0.121 0.079 0.045 0.034 0.014 32 M 0.027 0.053 0.073 0.100 0.105 0.169 0.226 0.114 0.073 0.044 0.015 33 T 0.064 0.102 0.105 0.223 0.154 0.108 0.111 0.068 0.037 0.021 0.008 34 A 0.044 0.022 0.043 0.059 0.072 0.114 0.184 0.152 0.138 0.112 0.059 35 V 0.070 0.135 0.120 0.264 0.175 0.091 0.074 0.038 0.019 0.010 0.005 36 V 0.015 0.021 0.019 0.026 0.040 0.061 0.123 0.130 0.176 0.197 0.192 37 H 0.158 0.212 0.076 0.197 0.160 0.069 0.062 0.034 0.017 0.010 0.006 38 D 0.381 0.202 0.064 0.140 0.071 0.045 0.044 0.025 0.015 0.009 0.004 39 R 0.080 0.070 0.039 0.151 0.152 0.136 0.156 0.102 0.059 0.036 0.018 40 E 0.042 0.092 0.048 0.175 0.153 0.146 0.155 0.092 0.053 0.031 0.013 41 V 0.001 0.002 0.006 0.012 0.020 0.061 0.101 0.108 0.223 0.268 0.198 42 V 0.001 0.003 0.007 0.017 0.032 0.091 0.144 0.113 0.213 0.232 0.147 43 I 0.001 0.001 0.004 0.008 0.016 0.029 0.057 0.079 0.216 0.313 0.276 44 F 0.002 0.003 0.009 0.020 0.045 0.095 0.149 0.130 0.211 0.201 0.134 45 Y 0.007 0.016 0.022 0.061 0.081 0.124 0.206 0.145 0.156 0.116 0.067 46 H 0.022 0.064 0.034 0.090 0.098 0.161 0.223 0.121 0.090 0.060 0.037 47 K 0.295 0.249 0.057 0.168 0.094 0.053 0.041 0.022 0.011 0.006 0.005 48 G 0.497 0.115 0.030 0.074 0.052 0.046 0.066 0.051 0.032 0.023 0.014 49 E 0.078 0.131 0.040 0.186 0.155 0.129 0.119 0.067 0.047 0.029 0.018 50 Y 0.005 0.007 0.008 0.015 0.023 0.051 0.083 0.115 0.206 0.239 0.248 51 H 0.014 0.036 0.044 0.129 0.161 0.196 0.175 0.100 0.074 0.041 0.030 52 A 0.003 0.005 0.013 0.018 0.029 0.028 0.070 0.127 0.196 0.211 0.300 53 M 0.004 0.005 0.010 0.027 0.053 0.068 0.120 0.139 0.207 0.191 0.176 54 D 0.039 0.052 0.061 0.142 0.137 0.111 0.149 0.105 0.099 0.067 0.038 55 I 0.026 0.027 0.041 0.088 0.100 0.141 0.191 0.141 0.118 0.080 0.048 56 R 0.085 0.098 0.060 0.149 0.119 0.105 0.142 0.096 0.073 0.048 0.027 57 C 0.037 0.030 0.023 0.051 0.055 0.087 0.151 0.146 0.171 0.147 0.102 58 Y 0.127 0.137 0.082 0.195 0.140 0.090 0.086 0.056 0.043 0.026 0.019 59 H 0.033 0.033 0.026 0.051 0.062 0.085 0.138 0.134 0.156 0.156 0.127 60 S 0.111 0.137 0.067 0.169 0.147 0.102 0.102 0.072 0.048 0.029 0.017 61 G 0.322 0.149 0.043 0.123 0.082 0.073 0.081 0.050 0.038 0.026 0.014 62 G 0.065 0.030 0.017 0.049 0.052 0.069 0.114 0.124 0.180 0.161 0.139 63 P 0.152 0.194 0.049 0.184 0.133 0.085 0.086 0.050 0.035 0.020 0.012 64 L 0.016 0.012 0.011 0.030 0.044 0.052 0.081 0.119 0.191 0.194 0.251 65 H 0.100 0.123 0.054 0.140 0.142 0.107 0.124 0.086 0.060 0.039 0.025 66 L 0.053 0.056 0.034 0.152 0.149 0.128 0.152 0.109 0.085 0.051 0.031 67 G 0.169 0.059 0.033 0.073 0.077 0.085 0.121 0.109 0.114 0.094 0.066 68 E 0.086 0.117 0.059 0.237 0.154 0.104 0.109 0.058 0.041 0.024 0.011 69 I 0.010 0.011 0.009 0.019 0.025 0.051 0.088 0.101 0.216 0.255 0.216 70 E 0.099 0.128 0.076 0.208 0.186 0.102 0.091 0.054 0.031 0.017 0.009 71 D 0.205 0.138 0.110 0.190 0.108 0.075 0.071 0.044 0.030 0.019 0.010 72 F 0.034 0.030 0.016 0.047 0.058 0.087 0.146 0.129 0.156 0.140 0.156 73 N 0.291 0.309 0.051 0.127 0.084 0.038 0.041 0.027 0.016 0.010 0.006 74 G 0.511 0.189 0.037 0.104 0.058 0.033 0.030 0.018 0.010 0.006 0.004 75 Q 0.599 0.159 0.033 0.080 0.044 0.026 0.023 0.015 0.010 0.007 0.005 76 S 0.331 0.154 0.031 0.118 0.089 0.070 0.086 0.057 0.035 0.018 0.010 77 C 0.050 0.075 0.032 0.120 0.124 0.139 0.141 0.112 0.097 0.064 0.045 78 I 0.031 0.027 0.020 0.044 0.060 0.084 0.142 0.149 0.183 0.149 0.112 79 V 0.056 0.106 0.072 0.206 0.152 0.112 0.116 0.075 0.054 0.034 0.016 80 C 0.009 0.009 0.011 0.029 0.044 0.060 0.107 0.155 0.201 0.194 0.181 81 P 0.108 0.088 0.048 0.142 0.139 0.095 0.115 0.104 0.078 0.052 0.031 82 W 0.027 0.036 0.033 0.099 0.114 0.109 0.169 0.139 0.126 0.090 0.057 83 H 0.017 0.020 0.021 0.053 0.076 0.089 0.173 0.169 0.159 0.134 0.088 84 K 0.128 0.132 0.092 0.214 0.141 0.094 0.081 0.045 0.037 0.024 0.012 85 Y 0.015 0.013 0.018 0.032 0.045 0.078 0.162 0.157 0.193 0.169 0.118 86 K 0.016 0.037 0.036 0.154 0.184 0.143 0.158 0.109 0.080 0.052 0.032 87 I 0.005 0.003 0.008 0.008 0.013 0.024 0.066 0.101 0.220 0.274 0.277 88 T 0.015 0.065 0.080 0.236 0.224 0.138 0.112 0.056 0.038 0.021 0.015 89 L 0.003 0.003 0.006 0.009 0.016 0.020 0.053 0.087 0.191 0.251 0.360 90 A 0.098 0.111 0.068 0.182 0.179 0.124 0.110 0.059 0.037 0.020 0.012 91 T 0.116 0.159 0.081 0.184 0.118 0.090 0.106 0.061 0.044 0.026 0.016 92 G 0.106 0.047 0.022 0.059 0.064 0.086 0.136 0.115 0.138 0.122 0.105 93 E 0.281 0.290 0.060 0.182 0.083 0.039 0.031 0.016 0.010 0.005 0.003 94 G 0.034 0.024 0.019 0.041 0.050 0.072 0.099 0.118 0.185 0.184 0.176 95 L 0.046 0.064 0.033 0.133 0.151 0.137 0.145 0.115 0.085 0.055 0.038 96 Y 0.044 0.061 0.044 0.108 0.098 0.123 0.161 0.129 0.113 0.081 0.039 97 Q 0.062 0.054 0.041 0.112 0.111 0.133 0.152 0.111 0.103 0.071 0.050 98 S 0.195 0.109 0.054 0.139 0.101 0.077 0.102 0.078 0.067 0.051 0.027 99 I 0.068 0.040 0.025 0.078 0.082 0.126 0.168 0.124 0.135 0.100 0.054 100 N 0.145 0.154 0.052 0.137 0.103 0.093 0.111 0.076 0.063 0.042 0.025 101 P 0.143 0.095 0.042 0.129 0.115 0.100 0.127 0.100 0.070 0.047 0.031 102 K 0.472 0.184 0.055 0.114 0.065 0.032 0.032 0.022 0.012 0.008 0.005 103 D 0.183 0.124 0.038 0.136 0.110 0.096 0.105 0.082 0.058 0.041 0.027 104 P 0.211 0.120 0.033 0.108 0.104 0.084 0.104 0.089 0.066 0.047 0.035 105 S 0.289 0.124 0.044 0.126 0.106 0.071 0.085 0.063 0.043 0.029 0.019 106 A 0.143 0.106 0.041 0.112 0.103 0.096 0.111 0.093 0.084 0.065 0.046 107 K 0.176 0.151 0.038 0.153 0.133 0.082 0.098 0.074 0.047 0.030 0.018 108 P 0.184 0.098 0.034 0.133 0.126 0.100 0.113 0.089 0.059 0.039 0.025 109 K 0.217 0.110 0.059 0.150 0.125 0.086 0.095 0.066 0.045 0.030 0.017 110 W 0.053 0.051 0.030 0.102 0.107 0.133 0.160 0.114 0.113 0.088 0.050 111 C 0.021 0.032 0.014 0.047 0.059 0.096 0.149 0.127 0.174 0.155 0.126 112 S 0.175 0.181 0.060 0.160 0.145 0.077 0.083 0.054 0.032 0.021 0.012 113 K 0.396 0.160 0.057 0.151 0.092 0.046 0.043 0.028 0.014 0.008 0.005 114 G 0.327 0.125 0.037 0.135 0.104 0.072 0.077 0.051 0.034 0.024 0.015 115 V 0.043 0.039 0.018 0.061 0.077 0.102 0.149 0.143 0.153 0.120 0.096 116 K 0.058 0.109 0.053 0.193 0.189 0.127 0.123 0.072 0.041 0.022 0.013 117 Q 0.031 0.022 0.031 0.048 0.064 0.074 0.118 0.119 0.166 0.170 0.156 118 R 0.045 0.089 0.069 0.188 0.186 0.130 0.132 0.077 0.046 0.026 0.013 119 I 0.042 0.065 0.053 0.145 0.144 0.126 0.137 0.105 0.085 0.062 0.035 120 H 0.037 0.023 0.022 0.045 0.060 0.101 0.181 0.153 0.165 0.128 0.087 121 T 0.153 0.243 0.098 0.286 0.122 0.042 0.030 0.014 0.007 0.003 0.002 122 V 0.010 0.004 0.006 0.009 0.016 0.024 0.061 0.090 0.196 0.250 0.333 123 K 0.073 0.211 0.105 0.286 0.186 0.063 0.038 0.020 0.010 0.005 0.003 124 V 0.034 0.035 0.038 0.071 0.085 0.113 0.178 0.146 0.124 0.106 0.070 125 D 0.151 0.265 0.094 0.197 0.122 0.069 0.050 0.027 0.012 0.008 0.004 126 N 0.208 0.142 0.040 0.149 0.107 0.094 0.106 0.068 0.044 0.028 0.013 127 G 0.251 0.098 0.044 0.122 0.101 0.083 0.116 0.082 0.051 0.034 0.018 128 N 0.045 0.085 0.055 0.203 0.170 0.150 0.133 0.068 0.049 0.029 0.015 129 I 0.001 0.002 0.004 0.006 0.010 0.027 0.057 0.082 0.232 0.288 0.290 130 Y 0.004 0.015 0.015 0.082 0.145 0.159 0.181 0.129 0.121 0.083 0.068 131 V 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.012 0.030 0.067 0.186 0.286 0.404 132 T 0.011 0.024 0.033 0.147 0.224 0.167 0.169 0.099 0.065 0.040 0.021 133 L 0.002 0.003 0.004 0.009 0.015 0.029 0.083 0.117 0.240 0.262 0.235 134 S 0.102 0.217 0.063 0.229 0.152 0.084 0.074 0.036 0.022 0.012 0.008 135 K 0.404 0.222 0.055 0.127 0.066 0.042 0.039 0.021 0.012 0.007 0.004 136 E 0.555 0.163 0.026 0.096 0.056 0.036 0.031 0.018 0.009 0.006 0.004 137 P 0.212 0.194 0.039 0.135 0.095 0.076 0.087 0.064 0.044 0.036 0.018 138 F 0.037 0.034 0.017 0.052 0.071 0.177 0.187 0.116 0.137 0.111 0.061 139 K 0.154 0.290 0.127 0.209 0.104 0.048 0.033 0.018 0.009 0.006 0.003 140 C 0.026 0.021 0.015 0.042 0.053 0.149 0.200 0.137 0.161 0.130 0.066 141 D 0.315 0.283 0.047 0.143 0.078 0.040 0.039 0.025 0.015 0.010 0.005 142 S 0.146 0.097 0.036 0.136 0.115 0.121 0.125 0.096 0.065 0.042 0.021 143 D 0.420 0.206 0.049 0.130 0.076 0.040 0.034 0.021 0.011 0.007 0.004 144 Y 0.038 0.032 0.018 0.066 0.077 0.116 0.166 0.150 0.146 0.120 0.071 145 Y 0.078 0.104 0.052 0.144 0.142 0.153 0.127 0.086 0.058 0.038 0.019 146 A 0.055 0.073 0.045 0.112 0.105 0.123 0.169 0.116 0.097 0.066 0.039 147 T 0.078 0.059 0.040 0.091 0.102 0.103 0.133 0.110 0.114 0.093 0.078 148 G 0.313 0.140 0.056 0.140 0.108 0.068 0.075 0.046 0.029 0.016 0.008 149 E 0.174 0.186 0.071 0.204 0.122 0.073 0.074 0.045 0.028 0.015 0.009 150 F 0.031 0.023 0.015 0.041 0.056 0.080 0.156 0.152 0.168 0.149 0.127 151 K 0.286 0.257 0.123 0.184 0.081 0.031 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 152 V 0.122 0.118 0.076 0.180 0.151 0.097 0.110 0.075 0.038 0.020 0.013 153 I 0.089 0.057 0.034 0.073 0.079 0.069 0.132 0.141 0.133 0.110 0.083 154 Q 0.229 0.161 0.082 0.160 0.110 0.079 0.085 0.046 0.028 0.014 0.006 155 S 0.221 0.246 0.163 0.175 0.087 0.042 0.032 0.018 0.009 0.005 0.003 156 S 0.309 0.178 0.056 0.108 0.091 0.057 0.087 0.056 0.032 0.017 0.010 157 S 0.534 0.161 0.043 0.089 0.052 0.032 0.039 0.024 0.015 0.007 0.003