# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 619 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.040 0.007 0.004 0.024 0.013 0.027 0.159 0.002 0.001 0.006 0.717 2 D 0.046 0.008 0.011 0.017 0.017 0.025 0.072 0.001 0.001 0.008 0.795 3 P 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.954 4 E 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.878 0.001 0.001 0.002 0.110 5 I 0.590 0.077 0.001 0.005 0.002 0.008 0.209 0.005 0.001 0.008 0.095 6 S 0.291 0.537 0.001 0.004 0.004 0.008 0.042 0.006 0.001 0.002 0.104 7 E 0.206 0.294 0.035 0.010 0.006 0.008 0.068 0.012 0.001 0.002 0.359 8 Q 0.135 0.274 0.017 0.007 0.005 0.011 0.084 0.020 0.001 0.004 0.443 9 D 0.143 0.239 0.006 0.006 0.007 0.008 0.121 0.031 0.001 0.004 0.436 10 E 0.042 0.264 0.011 0.004 0.004 0.007 0.065 0.006 0.001 0.002 0.595 11 E 0.047 0.117 0.006 0.005 0.004 0.007 0.458 0.010 0.001 0.004 0.342 12 K 0.412 0.170 0.009 0.008 0.007 0.010 0.148 0.009 0.001 0.012 0.216 13 K 0.141 0.571 0.010 0.011 0.020 0.022 0.031 0.006 0.001 0.005 0.182 14 K 0.090 0.304 0.026 0.025 0.024 0.029 0.065 0.013 0.001 0.004 0.420 15 Y 0.146 0.187 0.011 0.032 0.028 0.037 0.052 0.021 0.001 0.008 0.478 16 T 0.332 0.095 0.020 0.055 0.048 0.068 0.066 0.017 0.001 0.010 0.289 17 S 0.087 0.049 0.027 0.080 0.073 0.100 0.069 0.010 0.001 0.008 0.497 18 V 0.023 0.021 0.053 0.211 0.317 0.254 0.032 0.001 0.001 0.005 0.083 19 C 0.006 0.012 0.003 0.245 0.092 0.137 0.052 0.001 0.001 0.002 0.450 20 V 0.028 0.007 0.001 0.270 0.125 0.303 0.029 0.001 0.001 0.001 0.235 21 G 0.008 0.016 0.002 0.398 0.124 0.197 0.045 0.001 0.001 0.006 0.204 22 R 0.012 0.015 0.004 0.115 0.087 0.143 0.101 0.001 0.001 0.004 0.518 23 E 0.023 0.019 0.001 0.129 0.029 0.132 0.144 0.001 0.001 0.003 0.519 24 E 0.030 0.024 0.001 0.024 0.022 0.047 0.304 0.002 0.001 0.007 0.540 25 D 0.197 0.046 0.002 0.010 0.011 0.020 0.148 0.008 0.001 0.013 0.545 26 I 0.391 0.156 0.008 0.016 0.015 0.028 0.071 0.010 0.001 0.005 0.302 27 R 0.090 0.177 0.008 0.014 0.017 0.025 0.198 0.012 0.001 0.005 0.455 28 K 0.086 0.089 0.011 0.014 0.009 0.019 0.082 0.011 0.001 0.006 0.672 29 S 0.212 0.090 0.007 0.017 0.022 0.027 0.063 0.028 0.001 0.020 0.515 30 E 0.490 0.017 0.046 0.017 0.011 0.012 0.074 0.004 0.001 0.013 0.316 31 R 0.028 0.013 0.019 0.039 0.024 0.030 0.103 0.002 0.001 0.004 0.737 32 M 0.031 0.006 0.008 0.111 0.262 0.365 0.044 0.001 0.001 0.009 0.162 33 T 0.018 0.010 0.002 0.105 0.153 0.223 0.047 0.001 0.001 0.003 0.438 34 A 0.009 0.002 0.001 0.071 0.406 0.419 0.010 0.001 0.001 0.001 0.082 35 V 0.004 0.003 0.001 0.093 0.305 0.414 0.025 0.001 0.001 0.002 0.153 36 V 0.006 0.003 0.001 0.101 0.351 0.395 0.019 0.001 0.001 0.001 0.122 37 H 0.003 0.004 0.001 0.113 0.157 0.375 0.073 0.001 0.001 0.004 0.270 38 D 0.020 0.001 0.001 0.045 0.091 0.135 0.068 0.001 0.001 0.025 0.612 39 R 0.197 0.001 0.009 0.045 0.084 0.068 0.161 0.001 0.001 0.052 0.383 40 E 0.035 0.001 0.005 0.084 0.154 0.178 0.278 0.001 0.001 0.023 0.242 41 V 0.004 0.001 0.001 0.067 0.284 0.516 0.034 0.001 0.001 0.004 0.090 42 V 0.001 0.001 0.001 0.071 0.368 0.542 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 43 I 0.001 0.001 0.001 0.043 0.415 0.493 0.005 0.001 0.001 0.001 0.042 44 F 0.001 0.001 0.001 0.035 0.350 0.585 0.003 0.001 0.001 0.001 0.026 45 Y 0.001 0.001 0.001 0.043 0.386 0.504 0.008 0.001 0.001 0.001 0.057 46 H 0.001 0.001 0.001 0.044 0.342 0.393 0.045 0.001 0.001 0.003 0.171 47 K 0.004 0.001 0.001 0.034 0.050 0.114 0.122 0.001 0.001 0.009 0.667 48 G 0.067 0.001 0.002 0.016 0.050 0.053 0.167 0.001 0.001 0.175 0.471 49 E 0.501 0.001 0.019 0.017 0.015 0.015 0.246 0.001 0.001 0.053 0.134 50 Y 0.003 0.001 0.002 0.044 0.053 0.063 0.119 0.001 0.001 0.004 0.710 51 H 0.001 0.001 0.001 0.090 0.290 0.578 0.012 0.001 0.001 0.004 0.024 52 A 0.006 0.003 0.001 0.098 0.166 0.353 0.047 0.001 0.001 0.001 0.326 53 M 0.005 0.002 0.001 0.131 0.253 0.508 0.020 0.001 0.001 0.001 0.081 54 D 0.005 0.005 0.001 0.108 0.151 0.309 0.072 0.001 0.001 0.005 0.343 55 I 0.019 0.009 0.001 0.127 0.097 0.175 0.073 0.001 0.001 0.004 0.494 56 R 0.043 0.010 0.002 0.096 0.040 0.099 0.243 0.003 0.001 0.011 0.454 57 C 0.096 0.014 0.007 0.053 0.056 0.107 0.176 0.003 0.001 0.017 0.471 58 Y 0.043 0.015 0.003 0.034 0.024 0.048 0.065 0.001 0.001 0.004 0.763 59 H 0.051 0.040 0.006 0.041 0.050 0.081 0.144 0.003 0.001 0.011 0.573 60 S 0.096 0.052 0.006 0.042 0.020 0.033 0.104 0.005 0.001 0.008 0.633 61 G 0.219 0.037 0.012 0.033 0.012 0.024 0.164 0.012 0.001 0.021 0.465 62 G 0.267 0.041 0.056 0.056 0.037 0.035 0.155 0.003 0.001 0.011 0.339 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 64 L 0.021 0.008 0.004 0.066 0.110 0.289 0.070 0.001 0.001 0.007 0.424 65 H 0.078 0.028 0.001 0.061 0.115 0.149 0.128 0.002 0.001 0.005 0.432 66 L 0.148 0.031 0.003 0.039 0.076 0.136 0.072 0.002 0.001 0.006 0.487 67 G 0.105 0.037 0.004 0.080 0.142 0.178 0.080 0.003 0.001 0.011 0.360 68 E 0.146 0.012 0.010 0.052 0.136 0.130 0.140 0.003 0.001 0.010 0.361 69 I 0.031 0.016 0.004 0.050 0.222 0.283 0.049 0.001 0.001 0.004 0.340 70 E 0.010 0.004 0.001 0.024 0.285 0.457 0.030 0.001 0.001 0.002 0.187 71 D 0.014 0.005 0.001 0.015 0.222 0.177 0.063 0.001 0.001 0.005 0.497 72 F 0.038 0.012 0.002 0.026 0.142 0.169 0.104 0.001 0.001 0.009 0.497 73 N 0.012 0.007 0.001 0.013 0.059 0.071 0.453 0.002 0.001 0.020 0.364 74 G 0.373 0.002 0.009 0.010 0.025 0.022 0.092 0.001 0.001 0.183 0.283 75 Q 0.304 0.003 0.034 0.009 0.013 0.007 0.287 0.001 0.001 0.038 0.305 76 S 0.008 0.001 0.002 0.018 0.026 0.030 0.140 0.001 0.001 0.009 0.766 77 C 0.008 0.001 0.001 0.050 0.187 0.290 0.112 0.001 0.001 0.009 0.342 78 I 0.004 0.001 0.001 0.123 0.298 0.433 0.055 0.001 0.001 0.002 0.084 79 V 0.006 0.001 0.001 0.079 0.118 0.293 0.052 0.001 0.001 0.003 0.447 80 C 0.004 0.001 0.001 0.194 0.254 0.395 0.031 0.001 0.001 0.001 0.120 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 82 W 0.003 0.001 0.001 0.097 0.102 0.324 0.082 0.001 0.001 0.004 0.387 83 H 0.070 0.001 0.001 0.067 0.037 0.094 0.086 0.001 0.001 0.007 0.636 84 K 0.113 0.004 0.001 0.050 0.060 0.105 0.091 0.001 0.001 0.013 0.562 85 Y 0.168 0.010 0.003 0.101 0.111 0.119 0.109 0.001 0.001 0.007 0.370 86 K 0.068 0.017 0.002 0.099 0.135 0.226 0.075 0.001 0.001 0.006 0.369 87 I 0.032 0.016 0.006 0.156 0.258 0.293 0.031 0.001 0.001 0.003 0.206 88 T 0.013 0.010 0.001 0.070 0.288 0.378 0.036 0.001 0.001 0.002 0.201 89 L 0.025 0.020 0.008 0.113 0.162 0.301 0.049 0.001 0.001 0.004 0.316 90 A 0.007 0.011 0.001 0.057 0.090 0.132 0.385 0.002 0.001 0.004 0.312 91 T 0.098 0.007 0.004 0.043 0.042 0.097 0.192 0.003 0.001 0.055 0.458 92 G 0.226 0.026 0.010 0.059 0.040 0.043 0.086 0.002 0.001 0.022 0.487 93 E 0.059 0.010 0.027 0.034 0.031 0.031 0.388 0.001 0.001 0.014 0.405 94 G 0.044 0.014 0.004 0.080 0.031 0.055 0.124 0.001 0.001 0.012 0.635 95 L 0.061 0.029 0.004 0.076 0.143 0.254 0.090 0.001 0.001 0.006 0.336 96 Y 0.042 0.035 0.004 0.049 0.071 0.119 0.091 0.003 0.001 0.006 0.582 97 Q 0.075 0.040 0.005 0.065 0.075 0.126 0.077 0.003 0.001 0.003 0.532 98 S 0.026 0.020 0.001 0.024 0.018 0.042 0.045 0.003 0.001 0.002 0.819 99 I 0.079 0.024 0.007 0.035 0.022 0.054 0.093 0.005 0.001 0.010 0.671 100 N 0.182 0.029 0.008 0.027 0.026 0.035 0.229 0.007 0.001 0.007 0.450 101 P 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 102 K 0.018 0.012 0.003 0.015 0.010 0.026 0.339 0.002 0.001 0.004 0.572 103 D 0.322 0.012 0.003 0.008 0.010 0.012 0.200 0.004 0.001 0.010 0.418 104 P 0.063 0.032 0.001 0.007 0.002 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.880 105 S 0.034 0.015 0.003 0.008 0.009 0.011 0.579 0.004 0.001 0.005 0.332 106 A 0.646 0.012 0.019 0.011 0.003 0.004 0.073 0.002 0.001 0.021 0.210 107 K 0.147 0.070 0.008 0.029 0.012 0.018 0.172 0.004 0.001 0.004 0.538 108 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 109 K 0.049 0.024 0.002 0.046 0.040 0.078 0.138 0.002 0.001 0.006 0.615 110 W 0.224 0.032 0.006 0.025 0.032 0.042 0.060 0.003 0.001 0.004 0.571 111 C 0.124 0.092 0.004 0.039 0.080 0.123 0.094 0.003 0.001 0.004 0.439 112 S 0.042 0.056 0.004 0.024 0.042 0.058 0.087 0.003 0.001 0.006 0.678 113 K 0.085 0.043 0.002 0.020 0.019 0.026 0.090 0.004 0.001 0.009 0.703 114 G 0.333 0.021 0.007 0.021 0.012 0.019 0.163 0.008 0.001 0.028 0.389 115 V 0.431 0.023 0.060 0.042 0.034 0.035 0.122 0.003 0.001 0.020 0.232 116 K 0.020 0.009 0.004 0.059 0.072 0.094 0.044 0.002 0.001 0.004 0.692 117 Q 0.023 0.005 0.007 0.066 0.179 0.243 0.031 0.001 0.001 0.004 0.440 118 R 0.013 0.003 0.001 0.124 0.254 0.361 0.064 0.001 0.001 0.002 0.178 119 I 0.013 0.001 0.001 0.051 0.108 0.226 0.025 0.001 0.001 0.003 0.573 120 H 0.004 0.001 0.001 0.132 0.362 0.448 0.011 0.001 0.001 0.001 0.040 121 T 0.001 0.001 0.001 0.043 0.075 0.130 0.009 0.001 0.001 0.001 0.740 122 V 0.005 0.001 0.001 0.048 0.355 0.510 0.007 0.001 0.001 0.001 0.075 123 K 0.003 0.001 0.001 0.026 0.369 0.484 0.011 0.001 0.001 0.001 0.107 124 V 0.005 0.001 0.001 0.024 0.406 0.380 0.010 0.001 0.001 0.001 0.174 125 D 0.003 0.002 0.001 0.037 0.322 0.362 0.102 0.001 0.001 0.003 0.169 126 N 0.027 0.002 0.001 0.020 0.089 0.130 0.074 0.001 0.001 0.033 0.623 127 G 0.219 0.001 0.005 0.024 0.082 0.056 0.140 0.001 0.001 0.127 0.345 128 N 0.347 0.001 0.042 0.018 0.034 0.035 0.312 0.001 0.001 0.093 0.118 129 I 0.003 0.001 0.003 0.074 0.338 0.352 0.119 0.001 0.001 0.009 0.101 130 Y 0.001 0.001 0.001 0.018 0.291 0.673 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 131 V 0.002 0.001 0.001 0.035 0.301 0.599 0.008 0.001 0.001 0.001 0.055 132 T 0.001 0.001 0.001 0.028 0.428 0.490 0.007 0.001 0.001 0.001 0.045 133 L 0.002 0.001 0.001 0.041 0.271 0.408 0.035 0.001 0.001 0.002 0.241 134 S 0.003 0.001 0.001 0.061 0.148 0.229 0.218 0.001 0.001 0.006 0.334 135 K 0.045 0.001 0.003 0.021 0.015 0.038 0.138 0.001 0.001 0.031 0.708 136 E 0.038 0.002 0.001 0.014 0.012 0.022 0.483 0.001 0.001 0.009 0.420 137 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.993 138 F 0.027 0.008 0.001 0.023 0.027 0.075 0.133 0.001 0.001 0.006 0.699 139 K 0.112 0.016 0.004 0.019 0.018 0.031 0.102 0.001 0.001 0.004 0.693 140 C 0.102 0.042 0.002 0.020 0.021 0.040 0.079 0.002 0.001 0.003 0.688 141 D 0.076 0.040 0.003 0.017 0.013 0.026 0.054 0.003 0.001 0.004 0.763 142 S 0.126 0.043 0.005 0.017 0.011 0.014 0.098 0.003 0.001 0.006 0.676 143 D 0.144 0.045 0.007 0.022 0.010 0.014 0.196 0.005 0.001 0.009 0.549 144 Y 0.250 0.074 0.015 0.045 0.020 0.035 0.124 0.006 0.001 0.012 0.420 145 Y 0.106 0.093 0.012 0.056 0.030 0.050 0.118 0.005 0.001 0.007 0.524 146 A 0.082 0.071 0.010 0.041 0.023 0.043 0.141 0.006 0.001 0.006 0.576 147 T 0.099 0.102 0.004 0.039 0.025 0.048 0.059 0.007 0.001 0.007 0.610 148 G 0.083 0.071 0.004 0.024 0.019 0.022 0.081 0.006 0.001 0.007 0.683 149 E 0.159 0.044 0.013 0.037 0.013 0.023 0.260 0.007 0.001 0.010 0.435 150 F 0.193 0.061 0.013 0.066 0.030 0.056 0.078 0.006 0.001 0.010 0.487 151 K 0.090 0.058 0.008 0.145 0.128 0.111 0.098 0.004 0.001 0.010 0.349 152 V 0.029 0.028 0.011 0.068 0.029 0.038 0.066 0.002 0.001 0.003 0.728 153 I 0.040 0.034 0.002 0.204 0.107 0.195 0.064 0.001 0.001 0.004 0.349 154 Q 0.035 0.044 0.003 0.131 0.068 0.118 0.143 0.004 0.001 0.009 0.444 155 S 0.047 0.048 0.006 0.104 0.072 0.111 0.125 0.003 0.001 0.007 0.476 156 S 0.081 0.026 0.008 0.067 0.032 0.068 0.178 0.003 0.001 0.015 0.521 157 S 0.071 0.017 0.006 0.026 0.030 0.036 0.224 0.002 0.001 0.025 0.563