# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 619 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.246 0.044 0.050 0.010 0.018 0.157 0.033 0.443 2 D 0.167 0.059 0.066 0.015 0.028 0.153 0.009 0.504 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 4 E 0.010 0.014 0.008 0.003 0.009 0.566 0.003 0.386 5 I 0.512 0.046 0.016 0.003 0.005 0.175 0.012 0.232 6 S 0.204 0.428 0.010 0.005 0.009 0.055 0.005 0.285 7 E 0.177 0.337 0.007 0.003 0.008 0.063 0.011 0.394 8 Q 0.257 0.334 0.007 0.004 0.007 0.097 0.031 0.265 9 D 0.163 0.482 0.010 0.006 0.011 0.047 0.026 0.255 10 E 0.046 0.427 0.009 0.004 0.007 0.039 0.008 0.459 11 E 0.049 0.392 0.010 0.005 0.006 0.104 0.013 0.420 12 K 0.123 0.501 0.013 0.008 0.009 0.077 0.017 0.252 13 K 0.097 0.624 0.013 0.014 0.013 0.047 0.013 0.179 14 K 0.096 0.483 0.020 0.011 0.013 0.038 0.022 0.316 15 Y 0.172 0.323 0.043 0.021 0.029 0.024 0.068 0.320 16 T 0.370 0.096 0.090 0.037 0.034 0.061 0.077 0.235 17 S 0.066 0.025 0.220 0.077 0.056 0.058 0.022 0.477 18 V 0.009 0.004 0.404 0.273 0.185 0.038 0.003 0.083 19 C 0.008 0.007 0.159 0.093 0.101 0.063 0.003 0.566 20 V 0.007 0.005 0.253 0.143 0.378 0.021 0.002 0.190 21 G 0.010 0.010 0.234 0.152 0.241 0.064 0.003 0.286 22 R 0.014 0.015 0.064 0.075 0.139 0.105 0.006 0.581 23 E 0.029 0.024 0.058 0.048 0.206 0.100 0.006 0.529 24 E 0.018 0.024 0.005 0.010 0.017 0.245 0.007 0.674 25 D 0.215 0.053 0.007 0.012 0.024 0.248 0.030 0.412 26 I 0.326 0.321 0.011 0.012 0.022 0.084 0.010 0.215 27 R 0.130 0.274 0.007 0.022 0.026 0.169 0.015 0.356 28 K 0.082 0.148 0.007 0.009 0.021 0.032 0.018 0.683 29 S 0.176 0.147 0.023 0.020 0.033 0.088 0.050 0.464 30 E 0.457 0.027 0.030 0.029 0.018 0.098 0.050 0.292 31 R 0.054 0.026 0.101 0.052 0.045 0.068 0.011 0.643 32 M 0.023 0.007 0.145 0.327 0.282 0.061 0.005 0.151 33 T 0.015 0.006 0.124 0.163 0.210 0.054 0.004 0.426 34 A 0.005 0.002 0.140 0.374 0.373 0.013 0.001 0.091 35 V 0.003 0.002 0.109 0.312 0.372 0.021 0.002 0.180 36 V 0.003 0.002 0.086 0.338 0.409 0.024 0.002 0.135 37 H 0.005 0.004 0.058 0.175 0.248 0.088 0.005 0.417 38 D 0.019 0.002 0.036 0.067 0.111 0.099 0.015 0.649 39 R 0.166 0.002 0.064 0.126 0.138 0.113 0.031 0.360 40 E 0.057 0.001 0.061 0.133 0.153 0.143 0.008 0.444 41 V 0.006 0.001 0.073 0.286 0.410 0.063 0.001 0.161 42 V 0.001 0.001 0.111 0.386 0.443 0.013 0.001 0.045 43 I 0.001 0.001 0.102 0.331 0.492 0.010 0.001 0.063 44 F 0.001 0.001 0.150 0.298 0.504 0.005 0.001 0.044 45 Y 0.001 0.001 0.080 0.476 0.369 0.017 0.001 0.056 46 H 0.001 0.001 0.050 0.256 0.255 0.102 0.002 0.333 47 K 0.002 0.001 0.024 0.034 0.083 0.298 0.005 0.552 48 G 0.212 0.001 0.026 0.038 0.106 0.209 0.152 0.256 49 E 0.587 0.001 0.021 0.033 0.025 0.197 0.030 0.107 50 Y 0.007 0.001 0.048 0.264 0.216 0.153 0.002 0.309 51 H 0.001 0.001 0.036 0.395 0.512 0.019 0.001 0.036 52 A 0.007 0.003 0.076 0.114 0.402 0.061 0.001 0.337 53 M 0.003 0.002 0.157 0.239 0.548 0.016 0.001 0.035 54 D 0.008 0.016 0.096 0.182 0.424 0.035 0.004 0.236 55 I 0.035 0.021 0.143 0.101 0.255 0.086 0.014 0.345 56 R 0.072 0.024 0.049 0.061 0.104 0.269 0.027 0.395 57 C 0.134 0.042 0.048 0.042 0.098 0.236 0.019 0.381 58 Y 0.073 0.076 0.031 0.034 0.066 0.145 0.009 0.566 59 H 0.083 0.077 0.030 0.025 0.055 0.129 0.012 0.589 60 S 0.271 0.056 0.027 0.022 0.043 0.111 0.035 0.435 61 G 0.297 0.042 0.032 0.020 0.031 0.060 0.052 0.465 62 G 0.240 0.021 0.075 0.073 0.050 0.112 0.014 0.416 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 64 L 0.021 0.004 0.103 0.124 0.264 0.105 0.003 0.376 65 H 0.079 0.015 0.094 0.117 0.149 0.136 0.009 0.402 66 L 0.111 0.023 0.075 0.077 0.151 0.069 0.016 0.478 67 G 0.109 0.017 0.133 0.118 0.185 0.102 0.020 0.315 68 E 0.133 0.005 0.083 0.198 0.153 0.148 0.020 0.260 69 I 0.017 0.006 0.034 0.204 0.267 0.055 0.004 0.412 70 E 0.006 0.003 0.040 0.294 0.480 0.033 0.002 0.142 71 D 0.014 0.007 0.023 0.104 0.146 0.117 0.005 0.585 72 F 0.055 0.013 0.065 0.170 0.298 0.120 0.012 0.268 73 N 0.026 0.008 0.021 0.047 0.057 0.323 0.016 0.502 74 G 0.130 0.003 0.031 0.022 0.040 0.110 0.089 0.575 75 Q 0.302 0.003 0.067 0.031 0.025 0.386 0.022 0.162 76 S 0.007 0.001 0.018 0.006 0.007 0.086 0.001 0.874 77 C 0.006 0.001 0.140 0.181 0.410 0.056 0.001 0.205 78 I 0.006 0.001 0.261 0.172 0.232 0.056 0.001 0.272 79 V 0.003 0.001 0.262 0.153 0.315 0.029 0.001 0.236 80 C 0.006 0.001 0.336 0.160 0.241 0.044 0.001 0.210 81 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 82 W 0.005 0.001 0.132 0.061 0.249 0.088 0.002 0.462 83 H 0.058 0.007 0.069 0.093 0.123 0.151 0.008 0.490 84 K 0.176 0.018 0.029 0.066 0.116 0.069 0.013 0.514 85 Y 0.193 0.033 0.050 0.117 0.154 0.094 0.012 0.347 86 K 0.147 0.020 0.042 0.156 0.217 0.063 0.012 0.343 87 I 0.050 0.017 0.056 0.279 0.303 0.054 0.005 0.237 88 T 0.011 0.011 0.039 0.247 0.270 0.089 0.004 0.328 89 L 0.023 0.022 0.113 0.117 0.332 0.059 0.005 0.329 90 A 0.006 0.011 0.028 0.028 0.034 0.582 0.009 0.302 91 T 0.225 0.007 0.049 0.013 0.025 0.211 0.130 0.339 92 G 0.414 0.057 0.078 0.019 0.032 0.098 0.055 0.248 93 E 0.062 0.011 0.146 0.049 0.036 0.464 0.010 0.222 94 G 0.011 0.006 0.044 0.032 0.058 0.110 0.004 0.735 95 L 0.023 0.003 0.098 0.145 0.486 0.043 0.003 0.198 96 Y 0.028 0.013 0.052 0.077 0.138 0.095 0.005 0.592 97 Q 0.060 0.019 0.126 0.090 0.133 0.064 0.007 0.502 98 S 0.044 0.012 0.031 0.046 0.074 0.047 0.007 0.739 99 I 0.086 0.016 0.054 0.066 0.110 0.090 0.014 0.563 100 N 0.077 0.020 0.035 0.060 0.080 0.226 0.008 0.493 101 P 0.004 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.001 0.977 102 K 0.024 0.006 0.013 0.016 0.030 0.317 0.008 0.587 103 D 0.353 0.008 0.014 0.017 0.020 0.143 0.022 0.424 104 P 0.009 0.005 0.002 0.001 0.002 0.011 0.001 0.968 105 S 0.010 0.008 0.004 0.006 0.010 0.697 0.004 0.261 106 A 0.522 0.010 0.009 0.005 0.009 0.097 0.045 0.304 107 K 0.200 0.099 0.021 0.028 0.037 0.285 0.010 0.320 108 P 0.004 0.005 0.002 0.002 0.002 0.029 0.001 0.953 109 K 0.053 0.070 0.013 0.020 0.055 0.128 0.009 0.653 110 W 0.246 0.100 0.025 0.030 0.050 0.064 0.017 0.469 111 C 0.080 0.140 0.055 0.081 0.112 0.099 0.012 0.421 112 S 0.060 0.142 0.040 0.049 0.065 0.105 0.010 0.529 113 K 0.032 0.056 0.011 0.011 0.020 0.031 0.009 0.831 114 G 0.119 0.053 0.042 0.021 0.029 0.245 0.043 0.448 115 V 0.440 0.036 0.049 0.034 0.026 0.127 0.044 0.245 116 K 0.064 0.055 0.050 0.040 0.046 0.102 0.010 0.633 117 Q 0.040 0.030 0.059 0.078 0.123 0.085 0.010 0.575 118 R 0.107 0.014 0.087 0.111 0.137 0.134 0.014 0.395 119 I 0.027 0.009 0.051 0.114 0.158 0.033 0.007 0.601 120 H 0.014 0.003 0.086 0.339 0.418 0.033 0.003 0.104 121 T 0.007 0.002 0.015 0.052 0.048 0.028 0.002 0.847 122 V 0.004 0.001 0.054 0.285 0.516 0.011 0.001 0.128 123 K 0.003 0.001 0.052 0.357 0.375 0.022 0.001 0.189 124 V 0.003 0.002 0.029 0.395 0.265 0.046 0.002 0.259 125 D 0.004 0.003 0.048 0.203 0.317 0.085 0.003 0.337 126 N 0.017 0.003 0.022 0.050 0.081 0.299 0.024 0.504 127 G 0.480 0.001 0.025 0.025 0.032 0.139 0.116 0.183 128 N 0.154 0.001 0.092 0.083 0.062 0.291 0.015 0.301 129 I 0.003 0.001 0.109 0.297 0.313 0.111 0.001 0.166 130 Y 0.001 0.001 0.081 0.275 0.512 0.033 0.001 0.098 131 V 0.001 0.001 0.215 0.197 0.414 0.027 0.001 0.146 132 T 0.001 0.001 0.276 0.163 0.339 0.048 0.001 0.173 133 L 0.002 0.001 0.263 0.070 0.168 0.085 0.002 0.411 134 S 0.003 0.001 0.219 0.038 0.095 0.321 0.003 0.319 135 K 0.022 0.001 0.055 0.010 0.022 0.117 0.012 0.760 136 E 0.065 0.008 0.043 0.017 0.027 0.339 0.007 0.495 137 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.980 138 F 0.044 0.022 0.009 0.011 0.034 0.200 0.004 0.676 139 K 0.255 0.046 0.013 0.010 0.021 0.074 0.010 0.571 140 C 0.178 0.096 0.018 0.015 0.030 0.067 0.010 0.587 141 D 0.189 0.102 0.027 0.015 0.031 0.097 0.015 0.523 142 S 0.091 0.077 0.011 0.006 0.011 0.074 0.011 0.718 143 D 0.111 0.074 0.018 0.006 0.008 0.183 0.020 0.580 144 Y 0.296 0.110 0.035 0.009 0.011 0.178 0.020 0.342 145 Y 0.147 0.214 0.035 0.012 0.015 0.171 0.011 0.396 146 A 0.085 0.248 0.027 0.012 0.025 0.090 0.011 0.502 147 T 0.086 0.291 0.025 0.009 0.023 0.060 0.013 0.493 148 G 0.094 0.180 0.025 0.011 0.014 0.097 0.018 0.560 149 E 0.145 0.193 0.039 0.014 0.018 0.161 0.026 0.403 150 F 0.184 0.307 0.047 0.016 0.025 0.078 0.019 0.323 151 K 0.114 0.282 0.051 0.022 0.028 0.087 0.015 0.401 152 V 0.080 0.208 0.068 0.019 0.027 0.067 0.015 0.518 153 I 0.103 0.275 0.129 0.040 0.072 0.048 0.013 0.320 154 Q 0.072 0.188 0.086 0.037 0.043 0.097 0.019 0.458 155 S 0.094 0.121 0.091 0.024 0.039 0.081 0.031 0.519 156 S 0.165 0.087 0.104 0.022 0.039 0.099 0.034 0.451 157 S 0.107 0.034 0.043 0.014 0.018 0.151 0.030 0.603