# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 619 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.133 0.125 0.258 0.130 0.125 0.071 0.041 0.029 0.036 0.051 0.001 2 D 0.166 0.062 0.536 0.031 0.031 0.084 0.011 0.001 0.065 0.009 0.003 3 P 0.972 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.973 0.001 0.003 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 I 0.890 0.012 0.006 0.085 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 6 S 0.930 0.012 0.010 0.034 0.003 0.002 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 7 E 0.901 0.012 0.011 0.057 0.004 0.004 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 8 Q 0.724 0.022 0.043 0.185 0.005 0.006 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 9 D 0.324 0.066 0.311 0.147 0.013 0.043 0.024 0.001 0.068 0.002 0.001 10 E 0.916 0.004 0.052 0.018 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.856 0.011 0.031 0.080 0.004 0.009 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 12 K 0.671 0.037 0.075 0.178 0.008 0.014 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 13 K 0.599 0.093 0.162 0.079 0.013 0.018 0.013 0.001 0.020 0.001 0.001 14 K 0.632 0.082 0.132 0.084 0.012 0.020 0.022 0.001 0.011 0.002 0.002 15 Y 0.328 0.092 0.124 0.319 0.041 0.023 0.045 0.008 0.015 0.004 0.001 16 T 0.213 0.244 0.213 0.151 0.062 0.028 0.051 0.007 0.026 0.003 0.001 17 S 0.114 0.395 0.283 0.073 0.042 0.047 0.022 0.001 0.021 0.001 0.002 18 V 0.063 0.647 0.150 0.029 0.059 0.028 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 19 C 0.067 0.380 0.384 0.026 0.026 0.096 0.004 0.001 0.015 0.001 0.002 20 V 0.084 0.689 0.117 0.032 0.034 0.016 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 21 G 0.057 0.173 0.200 0.031 0.363 0.049 0.025 0.024 0.029 0.049 0.001 22 R 0.039 0.195 0.598 0.018 0.026 0.077 0.005 0.001 0.039 0.001 0.002 23 E 0.793 0.015 0.157 0.012 0.006 0.005 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 24 E 0.941 0.004 0.019 0.021 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 25 D 0.273 0.014 0.016 0.673 0.004 0.005 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 26 I 0.342 0.162 0.342 0.055 0.014 0.012 0.043 0.003 0.025 0.002 0.001 27 R 0.257 0.182 0.404 0.034 0.010 0.051 0.017 0.001 0.035 0.002 0.006 28 K 0.495 0.024 0.275 0.157 0.006 0.011 0.018 0.001 0.006 0.002 0.006 29 S 0.123 0.030 0.088 0.178 0.052 0.018 0.105 0.338 0.009 0.057 0.001 30 E 0.064 0.251 0.501 0.060 0.032 0.020 0.027 0.003 0.036 0.002 0.001 31 R 0.045 0.303 0.526 0.036 0.026 0.029 0.010 0.001 0.018 0.001 0.004 32 M 0.022 0.518 0.317 0.029 0.067 0.027 0.005 0.001 0.012 0.001 0.002 33 T 0.006 0.809 0.097 0.005 0.062 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 34 A 0.002 0.873 0.065 0.001 0.040 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 35 V 0.003 0.696 0.218 0.001 0.010 0.067 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 36 V 0.024 0.784 0.093 0.010 0.030 0.031 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 37 H 0.045 0.181 0.167 0.102 0.151 0.036 0.253 0.011 0.026 0.026 0.001 38 D 0.010 0.031 0.031 0.109 0.089 0.015 0.381 0.277 0.009 0.049 0.001 39 R 0.009 0.531 0.335 0.011 0.064 0.004 0.007 0.002 0.034 0.003 0.001 40 E 0.011 0.241 0.634 0.011 0.030 0.041 0.002 0.001 0.006 0.001 0.022 41 V 0.001 0.913 0.056 0.002 0.019 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 42 V 0.001 0.877 0.077 0.001 0.030 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 43 I 0.001 0.923 0.039 0.001 0.018 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 44 F 0.001 0.749 0.143 0.001 0.032 0.064 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 45 Y 0.007 0.732 0.160 0.005 0.045 0.032 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 46 H 0.063 0.486 0.181 0.033 0.091 0.057 0.031 0.001 0.048 0.006 0.003 47 K 0.079 0.053 0.175 0.266 0.062 0.017 0.297 0.012 0.016 0.021 0.002 48 G 0.005 0.005 0.008 0.008 0.029 0.001 0.082 0.770 0.001 0.090 0.001 49 E 0.024 0.331 0.544 0.024 0.044 0.015 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 50 Y 0.015 0.606 0.312 0.010 0.025 0.019 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 51 H 0.015 0.773 0.117 0.007 0.065 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 52 A 0.037 0.601 0.178 0.014 0.096 0.051 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 53 M 0.110 0.563 0.161 0.034 0.065 0.028 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 54 D 0.168 0.185 0.291 0.069 0.103 0.085 0.046 0.003 0.044 0.006 0.001 55 I 0.336 0.196 0.161 0.175 0.047 0.025 0.027 0.004 0.025 0.003 0.002 56 R 0.293 0.190 0.131 0.237 0.057 0.021 0.038 0.007 0.020 0.006 0.001 57 C 0.153 0.195 0.239 0.100 0.113 0.048 0.064 0.017 0.050 0.020 0.001 58 Y 0.354 0.177 0.264 0.126 0.021 0.028 0.008 0.001 0.015 0.003 0.004 59 H 0.168 0.164 0.223 0.195 0.065 0.064 0.034 0.007 0.062 0.017 0.001 60 S 0.266 0.095 0.258 0.225 0.041 0.017 0.058 0.006 0.019 0.011 0.004 61 G 0.034 0.015 0.064 0.115 0.061 0.013 0.126 0.397 0.004 0.169 0.001 62 G 0.028 0.123 0.431 0.008 0.146 0.010 0.015 0.024 0.082 0.133 0.001 63 P 0.186 0.013 0.728 0.014 0.003 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 64 L 0.265 0.200 0.335 0.095 0.040 0.037 0.007 0.003 0.017 0.002 0.001 65 H 0.276 0.210 0.230 0.094 0.089 0.035 0.014 0.003 0.040 0.007 0.003 66 L 0.195 0.130 0.302 0.242 0.048 0.015 0.044 0.002 0.019 0.002 0.002 67 G 0.040 0.024 0.056 0.017 0.113 0.007 0.048 0.466 0.006 0.221 0.001 68 E 0.160 0.297 0.387 0.055 0.050 0.032 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 69 I 0.140 0.434 0.248 0.064 0.038 0.036 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 70 E 0.270 0.326 0.183 0.090 0.070 0.023 0.008 0.001 0.025 0.003 0.001 71 D 0.129 0.138 0.296 0.119 0.136 0.072 0.051 0.008 0.035 0.013 0.001 72 F 0.443 0.210 0.133 0.138 0.018 0.017 0.007 0.002 0.026 0.003 0.003 73 N 0.133 0.052 0.162 0.356 0.025 0.023 0.210 0.010 0.014 0.016 0.001 74 G 0.014 0.005 0.011 0.025 0.022 0.005 0.121 0.693 0.002 0.101 0.001 75 Q 0.092 0.278 0.374 0.152 0.044 0.013 0.024 0.005 0.011 0.004 0.001 76 S 0.056 0.230 0.318 0.083 0.110 0.042 0.077 0.022 0.036 0.023 0.003 77 C 0.029 0.529 0.255 0.055 0.078 0.027 0.006 0.002 0.016 0.001 0.002 78 I 0.012 0.780 0.147 0.008 0.027 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 79 V 0.018 0.707 0.193 0.010 0.024 0.034 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 80 C 0.005 0.328 0.318 0.002 0.103 0.019 0.003 0.001 0.220 0.003 0.001 81 P 0.358 0.014 0.528 0.021 0.011 0.022 0.002 0.001 0.006 0.003 0.036 82 W 0.335 0.164 0.177 0.180 0.051 0.041 0.025 0.008 0.016 0.003 0.001 83 H 0.146 0.103 0.165 0.408 0.034 0.023 0.082 0.011 0.018 0.007 0.002 84 K 0.061 0.115 0.125 0.119 0.161 0.020 0.210 0.130 0.017 0.040 0.001 85 Y 0.064 0.461 0.312 0.070 0.039 0.029 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 86 K 0.042 0.571 0.267 0.024 0.028 0.049 0.004 0.001 0.014 0.001 0.002 87 I 0.027 0.691 0.152 0.017 0.055 0.033 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 88 T 0.016 0.233 0.488 0.010 0.028 0.158 0.006 0.001 0.059 0.001 0.002 89 L 0.587 0.074 0.227 0.049 0.024 0.014 0.003 0.001 0.014 0.003 0.005 90 A 0.561 0.103 0.080 0.107 0.059 0.025 0.024 0.006 0.027 0.007 0.001 91 T 0.121 0.058 0.125 0.564 0.026 0.010 0.073 0.004 0.014 0.004 0.001 92 G 0.014 0.006 0.028 0.007 0.021 0.003 0.092 0.590 0.002 0.237 0.001 93 E 0.131 0.213 0.455 0.111 0.041 0.021 0.011 0.002 0.009 0.004 0.002 94 G 0.105 0.150 0.280 0.088 0.133 0.045 0.039 0.050 0.027 0.081 0.001 95 L 0.274 0.267 0.282 0.087 0.047 0.019 0.006 0.001 0.013 0.002 0.002 96 Y 0.147 0.257 0.249 0.144 0.091 0.059 0.018 0.003 0.025 0.003 0.003 97 Q 0.058 0.430 0.337 0.022 0.042 0.020 0.005 0.001 0.083 0.002 0.001 98 S 0.154 0.051 0.667 0.027 0.011 0.059 0.004 0.001 0.010 0.001 0.017 99 I 0.235 0.216 0.287 0.151 0.027 0.047 0.009 0.004 0.019 0.002 0.005 100 N 0.027 0.153 0.481 0.012 0.039 0.024 0.011 0.001 0.244 0.007 0.001 101 P 0.425 0.004 0.429 0.025 0.003 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.092 102 K 0.435 0.089 0.189 0.220 0.016 0.029 0.006 0.006 0.008 0.002 0.002 103 D 0.063 0.158 0.523 0.026 0.033 0.030 0.009 0.001 0.148 0.007 0.002 104 P 0.602 0.005 0.322 0.032 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 105 S 0.380 0.046 0.216 0.232 0.021 0.058 0.024 0.007 0.011 0.003 0.001 106 A 0.272 0.095 0.330 0.199 0.020 0.037 0.016 0.006 0.016 0.004 0.004 107 K 0.062 0.221 0.527 0.011 0.017 0.014 0.006 0.001 0.137 0.002 0.001 108 P 0.287 0.006 0.601 0.022 0.002 0.026 0.001 0.001 0.003 0.001 0.051 109 K 0.260 0.273 0.182 0.153 0.054 0.027 0.011 0.007 0.029 0.002 0.001 110 W 0.165 0.227 0.336 0.119 0.068 0.040 0.011 0.003 0.025 0.004 0.002 111 C 0.120 0.218 0.411 0.064 0.060 0.048 0.014 0.003 0.053 0.008 0.001 112 S 0.396 0.086 0.361 0.062 0.016 0.031 0.005 0.001 0.027 0.004 0.010 113 K 0.352 0.037 0.288 0.222 0.019 0.016 0.044 0.004 0.008 0.006 0.003 114 G 0.047 0.014 0.044 0.056 0.047 0.011 0.100 0.578 0.004 0.098 0.001 115 V 0.125 0.275 0.465 0.069 0.029 0.015 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 116 K 0.083 0.281 0.433 0.065 0.030 0.057 0.016 0.002 0.028 0.002 0.003 117 Q 0.056 0.510 0.296 0.027 0.056 0.018 0.004 0.001 0.028 0.001 0.002 118 R 0.047 0.359 0.443 0.028 0.049 0.043 0.005 0.001 0.021 0.001 0.004 119 I 0.021 0.707 0.165 0.026 0.049 0.015 0.003 0.001 0.012 0.001 0.002 120 H 0.008 0.650 0.157 0.008 0.128 0.012 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 121 T 0.018 0.422 0.412 0.013 0.062 0.055 0.004 0.001 0.009 0.001 0.005 122 V 0.004 0.893 0.043 0.002 0.041 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 123 K 0.005 0.424 0.413 0.003 0.022 0.127 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 124 V 0.015 0.783 0.151 0.004 0.016 0.019 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 125 D 0.165 0.436 0.179 0.034 0.077 0.039 0.021 0.001 0.042 0.004 0.002 126 N 0.029 0.035 0.076 0.223 0.078 0.013 0.454 0.041 0.011 0.038 0.001 127 G 0.007 0.020 0.029 0.020 0.052 0.004 0.222 0.572 0.003 0.071 0.001 128 N 0.006 0.470 0.423 0.015 0.061 0.010 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 129 I 0.003 0.768 0.186 0.004 0.020 0.011 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 130 Y 0.002 0.764 0.172 0.002 0.028 0.026 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 131 V 0.001 0.906 0.050 0.001 0.022 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 132 T 0.002 0.396 0.381 0.003 0.044 0.139 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 133 L 0.077 0.435 0.286 0.039 0.073 0.035 0.005 0.001 0.044 0.003 0.003 134 S 0.089 0.188 0.293 0.092 0.128 0.072 0.074 0.004 0.046 0.012 0.002 135 K 0.267 0.104 0.203 0.265 0.060 0.026 0.024 0.010 0.019 0.011 0.011 136 E 0.068 0.249 0.473 0.021 0.037 0.014 0.010 0.002 0.119 0.006 0.001 137 P 0.231 0.010 0.660 0.018 0.003 0.019 0.001 0.001 0.004 0.001 0.052 138 F 0.174 0.200 0.419 0.097 0.023 0.049 0.008 0.003 0.026 0.001 0.002 139 K 0.197 0.166 0.479 0.066 0.025 0.036 0.005 0.001 0.020 0.002 0.004 140 C 0.146 0.190 0.441 0.063 0.038 0.058 0.014 0.001 0.043 0.003 0.002 141 D 0.323 0.082 0.399 0.083 0.027 0.041 0.009 0.001 0.026 0.004 0.006 142 S 0.548 0.075 0.225 0.076 0.025 0.019 0.008 0.002 0.016 0.003 0.002 143 D 0.511 0.065 0.197 0.142 0.020 0.034 0.014 0.002 0.011 0.001 0.002 144 Y 0.346 0.200 0.206 0.146 0.028 0.032 0.013 0.002 0.024 0.001 0.001 145 Y 0.293 0.230 0.307 0.071 0.028 0.033 0.009 0.001 0.024 0.002 0.001 146 A 0.305 0.149 0.341 0.061 0.029 0.059 0.011 0.001 0.038 0.003 0.003 147 T 0.440 0.085 0.243 0.167 0.017 0.013 0.016 0.002 0.012 0.002 0.002 148 G 0.168 0.033 0.107 0.053 0.116 0.018 0.084 0.261 0.009 0.151 0.001 149 E 0.335 0.147 0.288 0.152 0.030 0.023 0.009 0.001 0.012 0.002 0.001 150 F 0.238 0.271 0.319 0.067 0.033 0.025 0.013 0.002 0.029 0.002 0.001 151 K 0.292 0.189 0.356 0.056 0.038 0.036 0.011 0.001 0.018 0.001 0.003 152 V 0.191 0.332 0.283 0.071 0.043 0.041 0.007 0.001 0.029 0.001 0.002 153 I 0.191 0.328 0.312 0.058 0.035 0.038 0.006 0.001 0.030 0.001 0.002 154 Q 0.193 0.294 0.264 0.091 0.052 0.044 0.017 0.001 0.041 0.002 0.001 155 S 0.179 0.225 0.234 0.148 0.094 0.041 0.032 0.006 0.033 0.006 0.002 156 S 0.157 0.213 0.258 0.131 0.105 0.050 0.023 0.012 0.034 0.016 0.001 157 S 0.209 0.184 0.362 0.079 0.053 0.049 0.013 0.002 0.040 0.007 0.002