# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 619 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.046 0.346 0.114 0.039 0.152 0.029 0.031 0.067 0.021 0.133 0.022 2 D 0.262 0.075 0.019 0.003 0.576 0.002 0.001 0.029 0.013 0.009 0.010 3 P 0.010 0.019 0.005 0.001 0.025 0.004 0.015 0.494 0.413 0.007 0.006 4 E 0.027 0.027 0.007 0.002 0.028 0.006 0.137 0.517 0.123 0.107 0.020 5 I 0.066 0.117 0.019 0.002 0.079 0.005 0.017 0.354 0.175 0.128 0.037 6 S 0.017 0.027 0.010 0.007 0.029 0.015 0.036 0.570 0.223 0.050 0.016 7 E 0.026 0.022 0.010 0.003 0.035 0.004 0.041 0.646 0.153 0.053 0.006 8 Q 0.024 0.087 0.028 0.004 0.060 0.008 0.069 0.451 0.107 0.147 0.015 9 D 0.086 0.199 0.068 0.006 0.169 0.007 0.013 0.262 0.091 0.065 0.034 10 E 0.026 0.025 0.010 0.004 0.032 0.008 0.028 0.542 0.260 0.048 0.016 11 E 0.029 0.076 0.024 0.004 0.060 0.007 0.050 0.507 0.166 0.067 0.010 12 K 0.078 0.068 0.020 0.005 0.098 0.009 0.052 0.352 0.130 0.153 0.035 13 K 0.087 0.140 0.066 0.016 0.145 0.021 0.035 0.264 0.100 0.089 0.037 14 K 0.092 0.094 0.041 0.024 0.130 0.027 0.070 0.282 0.120 0.083 0.036 15 Y 0.091 0.090 0.057 0.032 0.127 0.032 0.065 0.174 0.099 0.178 0.055 16 T 0.081 0.227 0.101 0.026 0.197 0.025 0.033 0.091 0.053 0.107 0.059 17 S 0.271 0.113 0.021 0.005 0.400 0.008 0.020 0.038 0.026 0.047 0.051 18 V 0.114 0.310 0.054 0.009 0.423 0.011 0.014 0.020 0.013 0.013 0.021 19 C 0.242 0.102 0.014 0.003 0.568 0.005 0.009 0.014 0.008 0.011 0.025 20 V 0.208 0.169 0.045 0.010 0.377 0.012 0.015 0.022 0.014 0.047 0.081 21 G 0.038 0.489 0.246 0.029 0.124 0.014 0.014 0.010 0.004 0.013 0.018 22 R 0.061 0.420 0.179 0.013 0.147 0.007 0.012 0.058 0.050 0.029 0.024 23 E 0.012 0.029 0.010 0.004 0.021 0.007 0.022 0.308 0.535 0.041 0.010 24 E 0.007 0.032 0.015 0.009 0.018 0.019 0.082 0.393 0.346 0.071 0.009 25 D 0.061 0.070 0.032 0.004 0.098 0.005 0.060 0.249 0.126 0.259 0.035 26 I 0.094 0.260 0.134 0.008 0.177 0.011 0.025 0.106 0.056 0.088 0.041 27 R 0.071 0.203 0.216 0.069 0.111 0.054 0.041 0.118 0.047 0.035 0.034 28 K 0.035 0.187 0.081 0.062 0.055 0.065 0.186 0.159 0.104 0.049 0.016 29 S 0.033 0.035 0.047 0.096 0.036 0.032 0.020 0.049 0.059 0.491 0.101 30 E 0.091 0.254 0.103 0.021 0.248 0.015 0.024 0.055 0.049 0.094 0.047 31 R 0.225 0.159 0.042 0.017 0.316 0.016 0.031 0.034 0.027 0.060 0.074 32 M 0.190 0.213 0.055 0.013 0.401 0.019 0.023 0.019 0.014 0.018 0.035 33 T 0.237 0.090 0.012 0.002 0.620 0.004 0.005 0.006 0.003 0.005 0.017 34 A 0.167 0.131 0.009 0.001 0.678 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 35 V 0.396 0.061 0.013 0.001 0.461 0.002 0.003 0.003 0.001 0.005 0.054 36 V 0.221 0.088 0.074 0.136 0.147 0.110 0.017 0.028 0.017 0.040 0.123 37 H 0.012 0.120 0.066 0.290 0.025 0.189 0.261 0.014 0.011 0.010 0.005 38 D 0.041 0.012 0.027 0.086 0.028 0.010 0.004 0.004 0.011 0.630 0.147 39 R 0.055 0.493 0.105 0.012 0.257 0.010 0.020 0.006 0.015 0.013 0.015 40 E 0.228 0.168 0.014 0.005 0.534 0.011 0.018 0.002 0.002 0.005 0.013 41 V 0.276 0.054 0.002 0.001 0.660 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 42 V 0.225 0.011 0.001 0.001 0.761 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 43 I 0.231 0.036 0.002 0.001 0.706 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 44 F 0.333 0.077 0.006 0.001 0.470 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.102 45 Y 0.254 0.170 0.143 0.033 0.231 0.019 0.011 0.008 0.004 0.026 0.101 46 H 0.036 0.068 0.121 0.393 0.035 0.180 0.034 0.051 0.024 0.032 0.025 47 K 0.004 0.150 0.076 0.410 0.010 0.137 0.171 0.017 0.012 0.010 0.003 48 G 0.018 0.014 0.030 0.094 0.013 0.019 0.007 0.008 0.018 0.618 0.160 49 E 0.085 0.457 0.043 0.004 0.325 0.004 0.008 0.017 0.017 0.018 0.023 50 Y 0.378 0.070 0.006 0.003 0.491 0.006 0.010 0.009 0.004 0.004 0.019 51 H 0.162 0.254 0.046 0.013 0.425 0.017 0.015 0.017 0.006 0.009 0.036 52 A 0.408 0.052 0.006 0.002 0.446 0.005 0.005 0.020 0.006 0.013 0.037 53 M 0.194 0.164 0.030 0.013 0.346 0.020 0.026 0.076 0.037 0.034 0.058 54 D 0.139 0.112 0.045 0.026 0.187 0.029 0.046 0.166 0.103 0.065 0.080 55 I 0.061 0.064 0.018 0.006 0.085 0.012 0.064 0.327 0.231 0.101 0.032 56 R 0.055 0.100 0.049 0.019 0.093 0.029 0.107 0.199 0.126 0.184 0.039 57 C 0.103 0.234 0.110 0.012 0.201 0.013 0.027 0.116 0.076 0.070 0.037 58 Y 0.053 0.073 0.054 0.020 0.068 0.027 0.087 0.259 0.218 0.100 0.041 59 H 0.064 0.176 0.137 0.033 0.117 0.030 0.077 0.152 0.082 0.101 0.032 60 S 0.055 0.179 0.080 0.036 0.104 0.033 0.076 0.146 0.098 0.140 0.054 61 G 0.065 0.071 0.084 0.109 0.074 0.050 0.041 0.071 0.059 0.286 0.090 62 G 0.027 0.347 0.286 0.055 0.104 0.023 0.023 0.051 0.032 0.038 0.015 63 P 0.159 0.135 0.064 0.012 0.287 0.009 0.028 0.109 0.094 0.066 0.037 64 L 0.114 0.165 0.080 0.013 0.202 0.017 0.041 0.144 0.123 0.060 0.041 65 H 0.080 0.164 0.099 0.051 0.137 0.056 0.077 0.150 0.064 0.067 0.054 66 L 0.060 0.158 0.075 0.081 0.079 0.057 0.113 0.128 0.082 0.112 0.056 67 G 0.028 0.091 0.118 0.189 0.049 0.054 0.030 0.072 0.056 0.238 0.073 68 E 0.226 0.154 0.039 0.006 0.383 0.005 0.011 0.053 0.029 0.055 0.039 69 I 0.194 0.122 0.035 0.011 0.286 0.015 0.027 0.115 0.070 0.056 0.070 70 E 0.092 0.197 0.065 0.045 0.227 0.056 0.074 0.118 0.042 0.041 0.041 71 D 0.251 0.082 0.084 0.014 0.247 0.008 0.022 0.082 0.032 0.094 0.084 72 F 0.085 0.072 0.098 0.079 0.091 0.071 0.056 0.222 0.087 0.088 0.051 73 N 0.017 0.180 0.102 0.223 0.033 0.141 0.215 0.049 0.017 0.016 0.008 74 G 0.044 0.017 0.036 0.188 0.027 0.034 0.010 0.025 0.026 0.443 0.150 75 Q 0.069 0.264 0.121 0.065 0.141 0.044 0.050 0.055 0.061 0.080 0.050 76 S 0.114 0.257 0.100 0.053 0.201 0.029 0.026 0.032 0.022 0.083 0.082 77 C 0.237 0.149 0.020 0.005 0.501 0.004 0.005 0.012 0.007 0.019 0.041 78 I 0.316 0.060 0.010 0.003 0.552 0.006 0.005 0.009 0.004 0.012 0.024 79 V 0.131 0.310 0.076 0.023 0.372 0.017 0.014 0.009 0.004 0.013 0.032 80 C 0.279 0.146 0.039 0.005 0.482 0.004 0.004 0.008 0.005 0.009 0.019 81 P 0.098 0.135 0.066 0.012 0.175 0.019 0.053 0.150 0.224 0.030 0.038 82 W 0.106 0.048 0.034 0.037 0.084 0.058 0.133 0.141 0.111 0.171 0.077 83 H 0.035 0.517 0.148 0.027 0.108 0.030 0.049 0.025 0.019 0.025 0.016 84 K 0.055 0.050 0.041 0.084 0.047 0.038 0.026 0.036 0.048 0.325 0.250 85 Y 0.149 0.293 0.044 0.004 0.429 0.005 0.009 0.021 0.012 0.014 0.019 86 K 0.289 0.076 0.011 0.005 0.514 0.009 0.013 0.022 0.006 0.015 0.040 87 I 0.199 0.223 0.038 0.007 0.453 0.008 0.009 0.019 0.005 0.009 0.030 88 T 0.232 0.125 0.024 0.005 0.513 0.007 0.008 0.026 0.007 0.014 0.038 89 L 0.188 0.078 0.056 0.015 0.178 0.014 0.028 0.224 0.094 0.043 0.083 90 A 0.044 0.033 0.034 0.097 0.043 0.150 0.190 0.225 0.058 0.088 0.039 91 T 0.022 0.387 0.142 0.166 0.049 0.066 0.077 0.025 0.011 0.038 0.016 92 G 0.032 0.029 0.045 0.165 0.025 0.032 0.012 0.019 0.028 0.400 0.212 93 E 0.080 0.404 0.107 0.019 0.228 0.013 0.017 0.035 0.035 0.036 0.026 94 G 0.256 0.139 0.029 0.012 0.348 0.011 0.026 0.050 0.039 0.039 0.051 95 L 0.170 0.110 0.048 0.031 0.229 0.047 0.081 0.074 0.060 0.078 0.074 96 Y 0.165 0.180 0.099 0.034 0.269 0.027 0.028 0.035 0.024 0.081 0.059 97 Q 0.120 0.255 0.129 0.026 0.238 0.017 0.020 0.045 0.047 0.060 0.043 98 S 0.118 0.162 0.092 0.019 0.223 0.017 0.042 0.097 0.109 0.071 0.050 99 I 0.078 0.140 0.058 0.023 0.138 0.027 0.066 0.119 0.129 0.172 0.049 100 N 0.105 0.271 0.138 0.019 0.260 0.012 0.017 0.032 0.031 0.077 0.038 101 P 0.073 0.173 0.093 0.020 0.149 0.019 0.037 0.171 0.170 0.058 0.037 102 K 0.047 0.098 0.063 0.038 0.090 0.048 0.103 0.165 0.121 0.191 0.035 103 D 0.125 0.233 0.135 0.012 0.316 0.006 0.009 0.041 0.030 0.063 0.028 104 P 0.041 0.102 0.046 0.017 0.088 0.028 0.042 0.256 0.273 0.074 0.033 105 S 0.058 0.163 0.109 0.027 0.133 0.021 0.056 0.178 0.118 0.102 0.034 106 A 0.076 0.098 0.056 0.013 0.105 0.016 0.045 0.183 0.125 0.225 0.058 107 K 0.052 0.288 0.192 0.032 0.136 0.022 0.026 0.104 0.058 0.060 0.031 108 P 0.045 0.137 0.072 0.036 0.081 0.036 0.052 0.246 0.181 0.084 0.029 109 K 0.044 0.115 0.075 0.027 0.092 0.021 0.046 0.205 0.158 0.172 0.045 110 W 0.090 0.164 0.078 0.015 0.187 0.016 0.042 0.129 0.064 0.163 0.052 111 C 0.081 0.279 0.265 0.022 0.165 0.013 0.020 0.045 0.024 0.050 0.037 112 S 0.070 0.201 0.218 0.065 0.114 0.040 0.025 0.137 0.067 0.033 0.029 113 K 0.011 0.182 0.072 0.061 0.027 0.074 0.203 0.206 0.126 0.031 0.008 114 G 0.030 0.021 0.026 0.060 0.026 0.017 0.011 0.032 0.043 0.583 0.150 115 V 0.097 0.340 0.083 0.010 0.277 0.011 0.017 0.049 0.040 0.043 0.031 116 K 0.207 0.141 0.045 0.026 0.300 0.026 0.040 0.043 0.037 0.061 0.074 117 Q 0.211 0.211 0.062 0.015 0.357 0.018 0.019 0.020 0.018 0.034 0.033 118 R 0.157 0.175 0.044 0.008 0.533 0.009 0.014 0.014 0.009 0.014 0.024 119 I 0.368 0.088 0.018 0.006 0.371 0.008 0.014 0.010 0.013 0.038 0.066 120 H 0.059 0.440 0.145 0.014 0.292 0.011 0.009 0.005 0.003 0.007 0.014 121 T 0.361 0.057 0.008 0.001 0.527 0.002 0.004 0.005 0.004 0.008 0.023 122 V 0.081 0.327 0.032 0.001 0.540 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.008 123 K 0.271 0.092 0.006 0.001 0.606 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 124 V 0.313 0.115 0.101 0.025 0.202 0.023 0.014 0.031 0.016 0.033 0.127 125 D 0.015 0.015 0.031 0.455 0.015 0.322 0.075 0.029 0.012 0.019 0.013 126 N 0.016 0.266 0.139 0.377 0.036 0.060 0.064 0.005 0.004 0.026 0.006 127 G 0.014 0.028 0.038 0.131 0.016 0.028 0.011 0.005 0.020 0.530 0.180 128 N 0.083 0.494 0.031 0.003 0.368 0.002 0.004 0.001 0.003 0.004 0.007 129 I 0.293 0.028 0.001 0.001 0.673 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 130 Y 0.247 0.055 0.006 0.001 0.668 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 131 V 0.374 0.076 0.009 0.002 0.467 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.060 132 T 0.104 0.414 0.145 0.006 0.289 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.031 133 L 0.147 0.235 0.057 0.029 0.195 0.034 0.050 0.034 0.068 0.068 0.082 134 S 0.073 0.355 0.222 0.026 0.204 0.011 0.011 0.014 0.018 0.046 0.021 135 K 0.054 0.108 0.055 0.030 0.080 0.040 0.072 0.128 0.259 0.133 0.042 136 E 0.048 0.295 0.214 0.035 0.133 0.023 0.046 0.050 0.068 0.064 0.023 137 P 0.068 0.128 0.060 0.021 0.109 0.024 0.051 0.113 0.194 0.174 0.058 138 F 0.062 0.228 0.148 0.029 0.147 0.023 0.037 0.060 0.072 0.141 0.052 139 K 0.090 0.238 0.139 0.032 0.192 0.024 0.035 0.065 0.051 0.090 0.043 140 C 0.054 0.330 0.208 0.031 0.155 0.017 0.026 0.055 0.039 0.063 0.023 141 D 0.104 0.198 0.110 0.016 0.247 0.011 0.015 0.097 0.101 0.067 0.034 142 S 0.021 0.099 0.038 0.009 0.055 0.015 0.040 0.317 0.354 0.035 0.015 143 D 0.041 0.050 0.029 0.011 0.059 0.018 0.090 0.250 0.192 0.221 0.039 144 Y 0.075 0.225 0.087 0.009 0.173 0.011 0.022 0.128 0.091 0.130 0.048 145 Y 0.066 0.208 0.136 0.029 0.138 0.029 0.051 0.144 0.074 0.079 0.045 146 A 0.101 0.217 0.117 0.022 0.167 0.017 0.034 0.112 0.066 0.109 0.038 147 T 0.038 0.226 0.112 0.038 0.088 0.029 0.052 0.195 0.131 0.063 0.028 148 G 0.022 0.061 0.063 0.062 0.038 0.049 0.066 0.276 0.182 0.147 0.034 149 E 0.109 0.152 0.049 0.008 0.199 0.006 0.027 0.153 0.091 0.163 0.043 150 F 0.133 0.140 0.035 0.008 0.239 0.013 0.030 0.188 0.117 0.054 0.044 151 K 0.064 0.156 0.059 0.027 0.146 0.041 0.061 0.259 0.108 0.050 0.031 152 V 0.180 0.101 0.025 0.005 0.223 0.007 0.026 0.213 0.073 0.110 0.037 153 I 0.095 0.113 0.037 0.012 0.163 0.014 0.036 0.279 0.124 0.085 0.042 154 Q 0.068 0.082 0.037 0.032 0.111 0.045 0.090 0.269 0.131 0.088 0.047 155 S 0.099 0.084 0.058 0.025 0.139 0.019 0.039 0.164 0.078 0.229 0.065 156 S 0.089 0.202 0.105 0.020 0.195 0.017 0.027 0.105 0.061 0.136 0.043 157 S 0.083 0.275 0.130 0.017 0.200 0.012 0.021 0.114 0.074 0.043 0.030