# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 619 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.581 0.202 0.093 0.065 0.041 0.016 0.002 2 D 0.518 0.217 0.133 0.082 0.038 0.012 0.001 3 P 0.561 0.259 0.104 0.052 0.019 0.005 0.001 4 E 0.400 0.326 0.156 0.081 0.029 0.007 0.001 5 I 0.142 0.131 0.213 0.274 0.195 0.043 0.001 6 S 0.409 0.312 0.173 0.073 0.029 0.004 0.001 7 E 0.616 0.294 0.063 0.021 0.005 0.001 0.001 8 Q 0.599 0.288 0.079 0.028 0.006 0.001 0.001 9 D 0.320 0.217 0.241 0.172 0.044 0.005 0.001 10 E 0.727 0.217 0.043 0.010 0.002 0.001 0.001 11 E 0.614 0.279 0.076 0.026 0.005 0.001 0.001 12 K 0.303 0.257 0.248 0.141 0.044 0.007 0.001 13 K 0.221 0.241 0.267 0.188 0.068 0.015 0.001 14 K 0.305 0.317 0.204 0.111 0.048 0.014 0.001 15 Y 0.093 0.150 0.243 0.278 0.160 0.069 0.007 16 T 0.056 0.114 0.156 0.217 0.239 0.181 0.037 17 S 0.024 0.047 0.076 0.155 0.248 0.324 0.126 18 V 0.017 0.037 0.063 0.124 0.252 0.365 0.142 19 C 0.012 0.044 0.087 0.134 0.257 0.348 0.118 20 V 0.012 0.032 0.078 0.168 0.231 0.324 0.154 21 G 0.011 0.033 0.078 0.186 0.301 0.307 0.086 22 R 0.038 0.133 0.233 0.259 0.221 0.106 0.010 23 E 0.111 0.248 0.270 0.231 0.107 0.032 0.001 24 E 0.362 0.436 0.124 0.055 0.019 0.003 0.001 25 D 0.090 0.273 0.324 0.236 0.065 0.012 0.001 26 I 0.054 0.063 0.204 0.348 0.283 0.047 0.001 27 R 0.530 0.372 0.075 0.018 0.004 0.001 0.001 28 K 0.747 0.223 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 29 S 0.638 0.272 0.065 0.021 0.004 0.001 0.001 30 E 0.582 0.316 0.072 0.025 0.005 0.001 0.001 31 R 0.290 0.278 0.257 0.129 0.040 0.006 0.001 32 M 0.170 0.253 0.278 0.208 0.076 0.014 0.001 33 T 0.105 0.228 0.274 0.230 0.126 0.036 0.002 34 A 0.056 0.108 0.182 0.244 0.275 0.127 0.008 35 V 0.051 0.204 0.299 0.273 0.133 0.038 0.002 36 V 0.038 0.078 0.173 0.309 0.297 0.099 0.006 37 H 0.172 0.305 0.245 0.160 0.097 0.020 0.001 38 D 0.305 0.426 0.140 0.076 0.040 0.012 0.001 39 R 0.051 0.152 0.246 0.306 0.172 0.067 0.006 40 E 0.010 0.056 0.198 0.374 0.232 0.121 0.010 41 V 0.002 0.004 0.012 0.034 0.174 0.595 0.180 42 V 0.002 0.004 0.011 0.030 0.119 0.448 0.387 43 I 0.001 0.003 0.008 0.015 0.058 0.383 0.532 44 F 0.003 0.014 0.052 0.153 0.248 0.294 0.236 45 Y 0.005 0.024 0.075 0.148 0.288 0.372 0.089 46 H 0.054 0.156 0.235 0.260 0.206 0.082 0.007 47 K 0.273 0.452 0.155 0.070 0.035 0.014 0.001 48 G 0.082 0.192 0.204 0.269 0.188 0.060 0.005 49 E 0.018 0.102 0.205 0.320 0.212 0.132 0.011 50 Y 0.011 0.023 0.046 0.113 0.305 0.428 0.074 51 H 0.016 0.061 0.158 0.264 0.252 0.206 0.044 52 A 0.006 0.010 0.021 0.041 0.129 0.413 0.380 53 M 0.004 0.008 0.016 0.037 0.103 0.338 0.494 54 D 0.027 0.077 0.131 0.204 0.215 0.202 0.143 55 I 0.023 0.062 0.096 0.163 0.245 0.288 0.123 56 R 0.048 0.104 0.140 0.216 0.240 0.200 0.052 57 C 0.040 0.066 0.097 0.156 0.268 0.300 0.074 58 Y 0.117 0.174 0.168 0.203 0.182 0.122 0.034 59 H 0.130 0.125 0.144 0.186 0.203 0.166 0.046 60 S 0.203 0.231 0.203 0.183 0.104 0.062 0.014 61 G 0.376 0.268 0.160 0.108 0.053 0.029 0.007 62 G 0.184 0.134 0.150 0.199 0.179 0.123 0.031 63 P 0.219 0.251 0.199 0.158 0.101 0.058 0.013 64 L 0.107 0.088 0.117 0.226 0.229 0.183 0.050 65 H 0.183 0.274 0.194 0.151 0.134 0.057 0.007 66 L 0.151 0.245 0.224 0.203 0.122 0.049 0.005 67 G 0.192 0.216 0.200 0.187 0.146 0.053 0.005 68 E 0.102 0.220 0.253 0.253 0.127 0.043 0.003 69 I 0.097 0.115 0.229 0.252 0.223 0.082 0.004 70 E 0.329 0.339 0.196 0.102 0.030 0.005 0.001 71 D 0.564 0.332 0.073 0.023 0.007 0.001 0.001 72 F 0.213 0.159 0.277 0.264 0.075 0.011 0.001 73 N 0.701 0.225 0.056 0.015 0.003 0.001 0.001 74 G 0.705 0.215 0.057 0.019 0.003 0.001 0.001 75 Q 0.636 0.294 0.052 0.014 0.004 0.001 0.001 76 S 0.388 0.376 0.114 0.080 0.035 0.007 0.001 77 C 0.038 0.149 0.259 0.338 0.159 0.054 0.003 78 I 0.035 0.051 0.085 0.149 0.286 0.336 0.058 79 V 0.028 0.081 0.174 0.275 0.242 0.169 0.033 80 C 0.023 0.045 0.077 0.120 0.257 0.351 0.127 81 P 0.029 0.074 0.131 0.214 0.254 0.226 0.070 82 W 0.037 0.087 0.140 0.202 0.264 0.206 0.064 83 H 0.050 0.110 0.185 0.223 0.221 0.166 0.044 84 K 0.139 0.299 0.281 0.163 0.070 0.037 0.010 85 Y 0.026 0.054 0.101 0.218 0.327 0.233 0.042 86 K 0.036 0.141 0.211 0.300 0.193 0.106 0.014 87 I 0.014 0.019 0.027 0.073 0.209 0.522 0.136 88 T 0.021 0.112 0.237 0.360 0.176 0.082 0.012 89 L 0.016 0.030 0.055 0.125 0.283 0.397 0.095 90 A 0.064 0.185 0.252 0.245 0.168 0.075 0.011 91 T 0.125 0.228 0.171 0.200 0.158 0.098 0.020 92 G 0.054 0.085 0.160 0.239 0.269 0.160 0.033 93 E 0.146 0.274 0.250 0.188 0.085 0.047 0.009 94 G 0.069 0.078 0.105 0.173 0.270 0.236 0.069 95 L 0.101 0.150 0.167 0.207 0.204 0.136 0.034 96 Y 0.116 0.154 0.159 0.189 0.196 0.151 0.036 97 Q 0.154 0.171 0.158 0.185 0.177 0.121 0.035 98 S 0.203 0.211 0.168 0.171 0.141 0.086 0.019 99 I 0.164 0.162 0.199 0.206 0.160 0.093 0.017 100 N 0.256 0.217 0.182 0.181 0.106 0.052 0.006 101 P 0.418 0.259 0.154 0.094 0.052 0.021 0.002 102 K 0.437 0.241 0.155 0.109 0.042 0.015 0.001 103 D 0.506 0.233 0.127 0.079 0.041 0.014 0.001 104 P 0.403 0.230 0.169 0.122 0.056 0.019 0.001 105 S 0.582 0.252 0.093 0.046 0.021 0.007 0.001 106 A 0.392 0.248 0.170 0.120 0.050 0.018 0.002 107 K 0.400 0.230 0.172 0.121 0.055 0.020 0.002 108 P 0.383 0.232 0.183 0.126 0.056 0.020 0.002 109 K 0.399 0.296 0.157 0.089 0.042 0.014 0.001 110 W 0.143 0.191 0.205 0.234 0.152 0.070 0.004 111 C 0.115 0.168 0.207 0.251 0.165 0.090 0.004 112 S 0.275 0.237 0.237 0.160 0.064 0.026 0.002 113 K 0.537 0.265 0.111 0.055 0.024 0.007 0.001 114 G 0.354 0.306 0.173 0.101 0.047 0.017 0.002 115 V 0.072 0.118 0.208 0.307 0.202 0.086 0.008 116 K 0.123 0.310 0.264 0.173 0.084 0.042 0.004 117 Q 0.044 0.069 0.120 0.220 0.276 0.232 0.039 118 R 0.044 0.157 0.198 0.253 0.224 0.115 0.009 119 I 0.038 0.122 0.196 0.277 0.221 0.132 0.015 120 H 0.020 0.061 0.117 0.215 0.355 0.215 0.018 121 T 0.045 0.210 0.292 0.260 0.143 0.046 0.003 122 V 0.014 0.039 0.115 0.255 0.357 0.207 0.013 123 K 0.098 0.368 0.305 0.154 0.064 0.011 0.001 124 V 0.075 0.148 0.223 0.349 0.177 0.030 0.001 125 D 0.484 0.371 0.099 0.031 0.013 0.002 0.001 126 N 0.411 0.372 0.136 0.066 0.013 0.002 0.001 127 G 0.283 0.334 0.214 0.116 0.045 0.008 0.001 128 N 0.049 0.184 0.343 0.329 0.075 0.019 0.001 129 I 0.009 0.019 0.043 0.089 0.348 0.439 0.052 130 Y 0.014 0.041 0.108 0.218 0.272 0.291 0.057 131 V 0.006 0.022 0.046 0.088 0.224 0.481 0.133 132 T 0.015 0.080 0.237 0.324 0.233 0.097 0.013 133 L 0.014 0.047 0.115 0.232 0.344 0.231 0.016 134 S 0.180 0.329 0.223 0.153 0.094 0.020 0.001 135 K 0.432 0.354 0.125 0.063 0.022 0.004 0.001 136 E 0.412 0.351 0.143 0.070 0.020 0.003 0.001 137 P 0.427 0.330 0.152 0.067 0.021 0.004 0.001 138 F 0.218 0.212 0.284 0.205 0.071 0.010 0.001 139 K 0.575 0.285 0.101 0.031 0.008 0.001 0.001 140 C 0.352 0.238 0.210 0.146 0.045 0.009 0.001 141 D 0.602 0.257 0.090 0.036 0.012 0.002 0.001 142 S 0.476 0.270 0.141 0.080 0.026 0.007 0.001 143 D 0.393 0.336 0.148 0.078 0.034 0.010 0.001 144 Y 0.115 0.137 0.194 0.253 0.203 0.090 0.007 145 Y 0.174 0.233 0.232 0.190 0.113 0.053 0.006 146 A 0.132 0.167 0.196 0.207 0.175 0.109 0.014 147 T 0.137 0.133 0.179 0.229 0.195 0.110 0.017 148 G 0.310 0.306 0.177 0.115 0.066 0.023 0.003 149 E 0.293 0.311 0.173 0.125 0.065 0.029 0.004 150 F 0.132 0.133 0.218 0.279 0.171 0.062 0.005 151 K 0.513 0.324 0.103 0.041 0.015 0.005 0.001 152 V 0.254 0.246 0.226 0.174 0.073 0.026 0.002 153 I 0.190 0.113 0.171 0.241 0.204 0.076 0.006 154 Q 0.510 0.304 0.115 0.047 0.018 0.005 0.001 155 S 0.647 0.244 0.068 0.029 0.010 0.003 0.001 156 S 0.553 0.189 0.113 0.090 0.040 0.014 0.001 157 S 0.685 0.178 0.070 0.041 0.018 0.006 0.001