# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 619 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.391 0.158 0.118 0.107 0.088 0.059 0.040 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 2 D 0.279 0.171 0.142 0.138 0.107 0.069 0.046 0.024 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 3 P 0.294 0.128 0.121 0.130 0.125 0.085 0.051 0.033 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 4 E 0.270 0.184 0.147 0.151 0.107 0.066 0.038 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 5 I 0.072 0.044 0.090 0.153 0.181 0.184 0.123 0.094 0.032 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 6 S 0.330 0.174 0.136 0.158 0.084 0.055 0.041 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.708 0.119 0.067 0.052 0.025 0.014 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 Q 0.675 0.117 0.076 0.066 0.034 0.015 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 D 0.531 0.122 0.121 0.124 0.059 0.024 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.857 0.069 0.033 0.023 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.708 0.128 0.086 0.045 0.017 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.299 0.160 0.182 0.154 0.102 0.057 0.031 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 K 0.219 0.170 0.180 0.144 0.123 0.085 0.051 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 K 0.260 0.188 0.163 0.114 0.103 0.072 0.056 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 15 Y 0.061 0.059 0.085 0.133 0.177 0.153 0.107 0.101 0.060 0.031 0.017 0.010 0.005 0.001 16 T 0.025 0.029 0.051 0.091 0.143 0.148 0.141 0.130 0.098 0.068 0.039 0.022 0.011 0.005 17 S 0.016 0.012 0.020 0.033 0.060 0.096 0.127 0.156 0.151 0.136 0.092 0.052 0.032 0.017 18 V 0.011 0.010 0.013 0.020 0.037 0.057 0.086 0.121 0.166 0.168 0.146 0.091 0.049 0.024 19 C 0.011 0.010 0.013 0.026 0.042 0.059 0.091 0.129 0.149 0.161 0.143 0.104 0.038 0.024 20 V 0.008 0.008 0.011 0.016 0.029 0.041 0.062 0.095 0.127 0.182 0.186 0.141 0.057 0.037 21 G 0.012 0.018 0.026 0.037 0.066 0.091 0.107 0.138 0.166 0.133 0.099 0.058 0.035 0.015 22 R 0.026 0.038 0.062 0.108 0.135 0.154 0.168 0.135 0.079 0.051 0.023 0.012 0.005 0.003 23 E 0.059 0.092 0.128 0.152 0.133 0.122 0.116 0.079 0.057 0.037 0.015 0.005 0.002 0.002 24 E 0.347 0.231 0.149 0.108 0.076 0.040 0.022 0.011 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 D 0.249 0.269 0.163 0.128 0.092 0.049 0.026 0.011 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.077 0.074 0.158 0.205 0.169 0.156 0.102 0.040 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.636 0.172 0.083 0.056 0.030 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.712 0.142 0.064 0.043 0.022 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 S 0.516 0.166 0.120 0.109 0.043 0.024 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.514 0.192 0.133 0.063 0.041 0.024 0.023 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.236 0.151 0.144 0.140 0.132 0.091 0.052 0.028 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 32 M 0.075 0.052 0.081 0.119 0.176 0.159 0.131 0.095 0.054 0.029 0.015 0.008 0.004 0.001 33 T 0.060 0.055 0.077 0.119 0.174 0.144 0.124 0.109 0.061 0.040 0.021 0.009 0.005 0.002 34 A 0.076 0.046 0.055 0.063 0.099 0.107 0.092 0.113 0.119 0.098 0.071 0.037 0.019 0.006 35 V 0.098 0.091 0.114 0.181 0.173 0.124 0.076 0.060 0.040 0.022 0.013 0.005 0.003 0.001 36 V 0.022 0.018 0.034 0.074 0.135 0.172 0.165 0.134 0.103 0.070 0.036 0.024 0.008 0.004 37 H 0.075 0.145 0.163 0.192 0.125 0.118 0.086 0.046 0.023 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 38 D 0.182 0.258 0.161 0.133 0.079 0.055 0.053 0.028 0.026 0.012 0.008 0.002 0.002 0.001 39 R 0.011 0.029 0.057 0.135 0.168 0.182 0.160 0.117 0.084 0.027 0.015 0.010 0.005 0.002 40 E 0.006 0.010 0.028 0.069 0.159 0.163 0.174 0.145 0.130 0.057 0.029 0.015 0.010 0.005 41 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.019 0.059 0.094 0.144 0.216 0.213 0.147 0.068 0.027 42 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.015 0.038 0.099 0.207 0.242 0.202 0.125 0.058 43 I 0.002 0.002 0.003 0.004 0.008 0.011 0.022 0.047 0.102 0.180 0.214 0.226 0.119 0.062 44 F 0.002 0.004 0.005 0.007 0.015 0.019 0.028 0.054 0.130 0.215 0.204 0.129 0.120 0.068 45 Y 0.006 0.013 0.025 0.063 0.100 0.130 0.172 0.175 0.130 0.078 0.048 0.034 0.014 0.012 46 H 0.012 0.028 0.046 0.079 0.106 0.133 0.139 0.124 0.110 0.108 0.062 0.030 0.012 0.011 47 K 0.097 0.210 0.163 0.161 0.110 0.077 0.066 0.040 0.042 0.017 0.011 0.004 0.001 0.001 48 G 0.047 0.108 0.155 0.197 0.159 0.123 0.086 0.048 0.046 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 49 E 0.021 0.038 0.084 0.127 0.196 0.189 0.161 0.092 0.062 0.018 0.007 0.002 0.002 0.001 50 Y 0.007 0.007 0.013 0.026 0.057 0.101 0.182 0.195 0.160 0.110 0.077 0.042 0.018 0.006 51 H 0.010 0.011 0.016 0.034 0.061 0.077 0.088 0.138 0.158 0.149 0.128 0.077 0.032 0.021 52 A 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.011 0.021 0.041 0.084 0.170 0.230 0.260 0.112 0.056 53 M 0.003 0.004 0.005 0.005 0.009 0.018 0.036 0.060 0.116 0.182 0.201 0.163 0.154 0.046 54 D 0.016 0.018 0.025 0.050 0.074 0.077 0.107 0.149 0.170 0.111 0.088 0.058 0.034 0.021 55 I 0.008 0.009 0.012 0.025 0.050 0.063 0.099 0.123 0.137 0.169 0.139 0.088 0.040 0.039 56 R 0.019 0.037 0.063 0.107 0.131 0.142 0.128 0.137 0.090 0.064 0.043 0.023 0.010 0.007 57 C 0.021 0.031 0.057 0.083 0.117 0.137 0.126 0.140 0.119 0.083 0.047 0.024 0.011 0.004 58 Y 0.075 0.086 0.105 0.120 0.140 0.138 0.114 0.092 0.067 0.033 0.017 0.007 0.003 0.002 59 H 0.121 0.083 0.106 0.121 0.137 0.127 0.102 0.082 0.054 0.033 0.018 0.010 0.004 0.002 60 S 0.184 0.129 0.123 0.133 0.122 0.098 0.073 0.052 0.039 0.023 0.013 0.006 0.003 0.002 61 G 0.187 0.115 0.110 0.115 0.113 0.105 0.086 0.061 0.044 0.027 0.017 0.010 0.005 0.003 62 G 0.086 0.072 0.094 0.126 0.142 0.138 0.117 0.088 0.057 0.037 0.023 0.013 0.006 0.003 63 P 0.106 0.076 0.091 0.123 0.146 0.132 0.104 0.090 0.060 0.034 0.020 0.010 0.005 0.003 64 L 0.043 0.027 0.038 0.059 0.091 0.125 0.136 0.147 0.117 0.084 0.067 0.042 0.017 0.007 65 H 0.069 0.054 0.069 0.099 0.114 0.123 0.123 0.112 0.083 0.066 0.045 0.026 0.010 0.006 66 L 0.048 0.042 0.055 0.079 0.092 0.110 0.118 0.128 0.103 0.097 0.066 0.038 0.016 0.008 67 G 0.072 0.066 0.083 0.083 0.103 0.111 0.107 0.103 0.091 0.080 0.050 0.030 0.015 0.006 68 E 0.085 0.090 0.103 0.152 0.156 0.123 0.097 0.087 0.052 0.030 0.015 0.006 0.004 0.002 69 I 0.031 0.030 0.063 0.094 0.128 0.164 0.157 0.145 0.078 0.061 0.029 0.012 0.005 0.002 70 E 0.201 0.167 0.147 0.157 0.132 0.084 0.050 0.030 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 71 D 0.474 0.217 0.101 0.076 0.052 0.032 0.022 0.010 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 F 0.281 0.142 0.151 0.155 0.114 0.077 0.050 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 N 0.547 0.209 0.107 0.069 0.035 0.015 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 G 0.461 0.188 0.127 0.097 0.060 0.032 0.020 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.326 0.201 0.146 0.125 0.080 0.053 0.043 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 S 0.118 0.122 0.140 0.139 0.138 0.120 0.095 0.059 0.041 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 77 C 0.030 0.025 0.046 0.080 0.142 0.172 0.161 0.140 0.091 0.049 0.033 0.018 0.009 0.003 78 I 0.014 0.014 0.020 0.026 0.051 0.073 0.101 0.135 0.133 0.165 0.128 0.079 0.045 0.016 79 V 0.025 0.024 0.034 0.055 0.088 0.091 0.094 0.133 0.136 0.126 0.094 0.056 0.030 0.015 80 C 0.021 0.018 0.022 0.032 0.052 0.064 0.074 0.111 0.155 0.157 0.133 0.091 0.045 0.024 81 P 0.038 0.044 0.064 0.090 0.110 0.118 0.122 0.111 0.095 0.084 0.060 0.034 0.018 0.011 82 W 0.019 0.024 0.038 0.070 0.109 0.135 0.130 0.140 0.121 0.094 0.062 0.035 0.015 0.008 83 H 0.034 0.045 0.056 0.078 0.130 0.145 0.130 0.128 0.099 0.071 0.047 0.023 0.010 0.006 84 K 0.080 0.161 0.135 0.141 0.116 0.096 0.092 0.066 0.050 0.028 0.019 0.008 0.006 0.002 85 Y 0.014 0.013 0.024 0.041 0.084 0.115 0.142 0.174 0.159 0.094 0.060 0.054 0.020 0.006 86 K 0.032 0.036 0.055 0.120 0.190 0.153 0.137 0.121 0.072 0.039 0.026 0.011 0.005 0.003 87 I 0.025 0.016 0.021 0.033 0.048 0.070 0.101 0.144 0.154 0.143 0.128 0.072 0.033 0.013 88 T 0.043 0.040 0.061 0.122 0.167 0.146 0.125 0.121 0.083 0.040 0.027 0.014 0.006 0.004 89 L 0.013 0.010 0.017 0.025 0.043 0.073 0.107 0.126 0.148 0.163 0.138 0.086 0.037 0.015 90 A 0.058 0.066 0.080 0.122 0.132 0.135 0.117 0.107 0.078 0.050 0.031 0.016 0.006 0.004 91 T 0.066 0.080 0.088 0.111 0.108 0.114 0.111 0.094 0.083 0.061 0.042 0.021 0.013 0.007 92 G 0.023 0.030 0.047 0.071 0.126 0.140 0.152 0.146 0.100 0.071 0.045 0.030 0.013 0.006 93 E 0.070 0.100 0.106 0.135 0.143 0.112 0.095 0.088 0.068 0.040 0.023 0.011 0.007 0.004 94 G 0.026 0.019 0.033 0.052 0.081 0.113 0.128 0.158 0.142 0.105 0.072 0.044 0.019 0.008 95 L 0.043 0.045 0.059 0.085 0.106 0.127 0.140 0.131 0.090 0.076 0.051 0.027 0.012 0.007 96 Y 0.046 0.042 0.059 0.083 0.101 0.115 0.116 0.135 0.102 0.089 0.058 0.032 0.014 0.007 97 Q 0.053 0.059 0.075 0.095 0.115 0.119 0.106 0.118 0.096 0.080 0.046 0.022 0.011 0.006 98 S 0.072 0.076 0.091 0.114 0.120 0.126 0.114 0.107 0.075 0.054 0.028 0.013 0.007 0.003 99 I 0.053 0.056 0.090 0.115 0.138 0.155 0.130 0.110 0.064 0.048 0.023 0.009 0.005 0.002 100 N 0.157 0.149 0.137 0.140 0.125 0.100 0.079 0.053 0.031 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 101 P 0.264 0.181 0.142 0.126 0.102 0.071 0.047 0.030 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 102 K 0.379 0.203 0.122 0.103 0.081 0.047 0.032 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 103 D 0.388 0.211 0.131 0.107 0.069 0.043 0.027 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 104 P 0.400 0.174 0.138 0.105 0.081 0.049 0.030 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 105 S 0.496 0.216 0.101 0.078 0.052 0.027 0.016 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 A 0.410 0.183 0.134 0.101 0.075 0.046 0.028 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 K 0.336 0.210 0.146 0.124 0.081 0.048 0.032 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 108 P 0.326 0.200 0.148 0.107 0.093 0.058 0.036 0.017 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.276 0.200 0.145 0.121 0.113 0.067 0.040 0.020 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 110 W 0.170 0.136 0.150 0.153 0.147 0.105 0.063 0.038 0.024 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 111 C 0.157 0.121 0.142 0.156 0.157 0.115 0.077 0.038 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 112 S 0.241 0.179 0.146 0.124 0.114 0.076 0.060 0.028 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 113 K 0.381 0.227 0.130 0.090 0.070 0.040 0.030 0.014 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 114 G 0.204 0.210 0.149 0.145 0.117 0.070 0.049 0.026 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 115 V 0.048 0.053 0.097 0.154 0.192 0.169 0.123 0.086 0.042 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 116 K 0.086 0.089 0.105 0.149 0.175 0.139 0.099 0.071 0.045 0.022 0.011 0.004 0.002 0.001 117 Q 0.039 0.034 0.044 0.076 0.109 0.135 0.124 0.140 0.128 0.076 0.052 0.027 0.012 0.005 118 R 0.029 0.031 0.042 0.073 0.098 0.112 0.129 0.132 0.122 0.093 0.070 0.043 0.018 0.009 119 I 0.014 0.013 0.019 0.028 0.048 0.065 0.080 0.111 0.135 0.156 0.146 0.110 0.053 0.022 120 H 0.013 0.014 0.018 0.022 0.038 0.058 0.091 0.130 0.139 0.166 0.143 0.095 0.056 0.017 121 T 0.026 0.033 0.049 0.103 0.136 0.109 0.107 0.145 0.120 0.080 0.050 0.022 0.013 0.006 122 V 0.015 0.016 0.023 0.037 0.071 0.086 0.112 0.145 0.145 0.144 0.109 0.057 0.025 0.012 123 K 0.074 0.100 0.119 0.183 0.170 0.138 0.090 0.058 0.036 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 124 V 0.068 0.066 0.101 0.133 0.149 0.155 0.137 0.085 0.054 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 125 D 0.240 0.210 0.142 0.136 0.103 0.066 0.047 0.025 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 126 N 0.255 0.190 0.148 0.156 0.101 0.061 0.040 0.019 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 127 G 0.127 0.110 0.116 0.163 0.136 0.117 0.105 0.050 0.045 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 128 N 0.032 0.040 0.072 0.120 0.183 0.170 0.151 0.109 0.065 0.027 0.014 0.008 0.005 0.003 129 I 0.004 0.004 0.006 0.009 0.019 0.048 0.113 0.147 0.144 0.179 0.168 0.103 0.044 0.014 130 Y 0.008 0.010 0.016 0.032 0.061 0.071 0.089 0.169 0.151 0.149 0.117 0.075 0.034 0.018 131 V 0.004 0.003 0.004 0.006 0.011 0.020 0.034 0.069 0.118 0.216 0.228 0.173 0.081 0.033 132 T 0.010 0.015 0.027 0.062 0.098 0.111 0.124 0.166 0.129 0.114 0.075 0.039 0.019 0.011 133 L 0.007 0.012 0.022 0.041 0.076 0.104 0.136 0.157 0.145 0.149 0.079 0.038 0.021 0.012 134 S 0.122 0.130 0.121 0.167 0.126 0.112 0.093 0.052 0.041 0.019 0.010 0.004 0.001 0.002 135 K 0.330 0.199 0.161 0.111 0.076 0.044 0.036 0.014 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 136 E 0.400 0.236 0.123 0.110 0.066 0.030 0.017 0.007 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 137 P 0.285 0.213 0.191 0.125 0.083 0.051 0.032 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 138 F 0.218 0.142 0.180 0.152 0.122 0.092 0.057 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 139 K 0.471 0.256 0.114 0.064 0.046 0.021 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 C 0.157 0.105 0.151 0.161 0.173 0.127 0.063 0.034 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 141 D 0.309 0.196 0.137 0.124 0.099 0.057 0.042 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 142 S 0.308 0.183 0.145 0.123 0.101 0.061 0.036 0.021 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 143 D 0.318 0.202 0.127 0.115 0.099 0.058 0.042 0.019 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 144 Y 0.095 0.067 0.103 0.138 0.176 0.152 0.108 0.081 0.041 0.021 0.010 0.005 0.003 0.001 145 Y 0.159 0.116 0.127 0.162 0.152 0.110 0.067 0.046 0.032 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 146 A 0.110 0.088 0.111 0.159 0.174 0.133 0.084 0.063 0.039 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 147 T 0.088 0.071 0.090 0.103 0.142 0.151 0.115 0.087 0.068 0.044 0.023 0.011 0.005 0.002 148 G 0.247 0.196 0.162 0.137 0.088 0.064 0.046 0.026 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 149 E 0.267 0.187 0.121 0.118 0.101 0.068 0.055 0.031 0.028 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 150 F 0.072 0.051 0.078 0.116 0.176 0.165 0.136 0.093 0.053 0.028 0.016 0.010 0.004 0.001 151 K 0.259 0.204 0.154 0.130 0.097 0.056 0.046 0.024 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 152 V 0.128 0.073 0.099 0.137 0.149 0.132 0.086 0.086 0.060 0.026 0.014 0.006 0.004 0.001 153 I 0.087 0.058 0.080 0.110 0.158 0.154 0.133 0.093 0.056 0.036 0.020 0.010 0.004 0.002 154 Q 0.230 0.150 0.145 0.143 0.114 0.083 0.052 0.035 0.023 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 155 S 0.276 0.149 0.123 0.117 0.110 0.081 0.060 0.036 0.026 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 156 S 0.208 0.119 0.118 0.134 0.143 0.107 0.080 0.043 0.024 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 157 S 0.400 0.170 0.126 0.105 0.082 0.049 0.033 0.016 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001