# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2619 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.050 0.475 0.002 0.006 0.013 0.001 0.001 0.008 0.359 0.054 0.010 0.021 2 D 0.001 0.012 0.806 0.001 0.006 0.036 0.001 0.001 0.002 0.120 0.009 0.002 0.006 3 P 0.001 0.002 0.028 0.001 0.230 0.583 0.001 0.001 0.001 0.016 0.139 0.001 0.001 4 E 0.001 0.004 0.039 0.001 0.320 0.426 0.001 0.001 0.001 0.015 0.191 0.002 0.002 5 I 0.001 0.004 0.088 0.001 0.340 0.486 0.001 0.001 0.001 0.025 0.042 0.002 0.009 6 S 0.003 0.014 0.153 0.002 0.092 0.556 0.001 0.001 0.002 0.051 0.113 0.008 0.006 7 E 0.002 0.012 0.109 0.001 0.088 0.610 0.001 0.001 0.001 0.039 0.124 0.003 0.010 8 Q 0.001 0.009 0.140 0.002 0.070 0.597 0.001 0.001 0.002 0.048 0.116 0.005 0.010 9 D 0.001 0.004 0.205 0.002 0.082 0.564 0.001 0.001 0.001 0.040 0.087 0.005 0.009 10 E 0.001 0.004 0.114 0.002 0.105 0.616 0.001 0.001 0.001 0.028 0.117 0.005 0.007 11 E 0.001 0.004 0.089 0.002 0.092 0.577 0.001 0.001 0.001 0.035 0.186 0.005 0.007 12 K 0.002 0.010 0.144 0.002 0.102 0.473 0.001 0.001 0.003 0.050 0.191 0.007 0.015 13 K 0.004 0.020 0.257 0.005 0.073 0.310 0.001 0.001 0.008 0.090 0.185 0.019 0.028 14 K 0.004 0.016 0.379 0.008 0.055 0.097 0.001 0.001 0.010 0.095 0.270 0.023 0.043 15 Y 0.003 0.008 0.283 0.030 0.044 0.065 0.001 0.001 0.010 0.190 0.320 0.016 0.029 16 T 0.004 0.008 0.242 0.019 0.016 0.041 0.002 0.001 0.028 0.293 0.254 0.077 0.016 17 S 0.013 0.015 0.385 0.007 0.013 0.028 0.009 0.014 0.060 0.078 0.089 0.008 0.282 18 V 0.023 0.009 0.184 0.018 0.004 0.012 0.010 0.016 0.103 0.052 0.007 0.545 0.017 19 C 0.044 0.014 0.104 0.003 0.005 0.010 0.032 0.022 0.194 0.023 0.010 0.020 0.518 20 V 0.060 0.049 0.287 0.060 0.021 0.024 0.030 0.023 0.147 0.052 0.021 0.169 0.057 21 G 0.019 0.022 0.438 0.021 0.009 0.016 0.010 0.005 0.100 0.120 0.020 0.061 0.158 22 R 0.007 0.016 0.569 0.008 0.050 0.054 0.002 0.001 0.022 0.105 0.050 0.023 0.092 23 E 0.004 0.006 0.101 0.008 0.486 0.205 0.001 0.001 0.005 0.034 0.127 0.009 0.014 24 E 0.003 0.004 0.048 0.003 0.614 0.125 0.001 0.001 0.002 0.031 0.155 0.009 0.006 25 D 0.003 0.020 0.103 0.001 0.406 0.155 0.001 0.001 0.002 0.048 0.240 0.004 0.017 26 I 0.004 0.078 0.493 0.002 0.096 0.063 0.001 0.001 0.005 0.154 0.070 0.013 0.022 27 R 0.001 0.011 0.771 0.002 0.029 0.017 0.001 0.001 0.002 0.101 0.043 0.010 0.013 28 K 0.001 0.002 0.038 0.002 0.104 0.012 0.001 0.001 0.001 0.033 0.803 0.001 0.003 29 S 0.001 0.001 0.044 0.004 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.104 0.813 0.002 0.001 30 E 0.003 0.013 0.533 0.009 0.023 0.005 0.001 0.001 0.017 0.263 0.044 0.064 0.025 31 R 0.023 0.026 0.306 0.008 0.004 0.003 0.009 0.004 0.096 0.036 0.023 0.013 0.450 32 M 0.063 0.009 0.084 0.059 0.001 0.001 0.008 0.004 0.062 0.026 0.003 0.660 0.019 33 T 0.167 0.002 0.023 0.011 0.001 0.001 0.035 0.009 0.058 0.003 0.001 0.024 0.666 34 A 0.457 0.002 0.012 0.016 0.001 0.001 0.097 0.020 0.036 0.001 0.001 0.279 0.077 35 V 0.381 0.003 0.025 0.006 0.001 0.001 0.074 0.028 0.042 0.002 0.001 0.085 0.351 36 V 0.163 0.002 0.107 0.022 0.005 0.001 0.017 0.010 0.027 0.011 0.013 0.330 0.292 37 H 0.010 0.001 0.069 0.080 0.004 0.001 0.002 0.001 0.005 0.184 0.471 0.113 0.060 38 D 0.005 0.001 0.093 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.372 0.462 0.017 0.033 39 R 0.058 0.007 0.371 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.118 0.010 0.303 0.108 40 E 0.208 0.003 0.058 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.007 0.002 0.077 0.626 41 V 0.615 0.001 0.008 0.019 0.001 0.001 0.033 0.002 0.005 0.001 0.001 0.204 0.112 42 V 0.844 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.044 43 I 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.043 44 F 0.828 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.075 0.065 45 Y 0.591 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.004 0.001 0.001 0.082 0.291 46 H 0.094 0.001 0.113 0.035 0.002 0.001 0.004 0.001 0.007 0.054 0.080 0.382 0.227 47 K 0.002 0.001 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.851 0.008 0.016 48 G 0.003 0.001 0.067 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.500 0.383 0.032 0.005 49 E 0.101 0.027 0.342 0.011 0.002 0.001 0.007 0.001 0.008 0.129 0.018 0.174 0.178 50 Y 0.311 0.009 0.035 0.004 0.001 0.002 0.086 0.021 0.022 0.006 0.003 0.033 0.466 51 H 0.416 0.004 0.007 0.210 0.001 0.002 0.103 0.037 0.010 0.003 0.001 0.183 0.024 52 A 0.470 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.194 0.054 0.031 0.001 0.001 0.039 0.199 53 M 0.489 0.002 0.009 0.038 0.002 0.003 0.205 0.090 0.034 0.002 0.002 0.049 0.076 54 D 0.285 0.004 0.083 0.047 0.017 0.016 0.076 0.056 0.086 0.029 0.020 0.151 0.131 55 I 0.093 0.010 0.195 0.022 0.048 0.046 0.017 0.015 0.074 0.120 0.145 0.086 0.129 56 R 0.047 0.037 0.272 0.017 0.083 0.049 0.010 0.010 0.038 0.170 0.160 0.040 0.066 57 C 0.008 0.032 0.501 0.006 0.038 0.030 0.003 0.003 0.035 0.210 0.060 0.038 0.037 58 Y 0.005 0.027 0.321 0.005 0.098 0.065 0.001 0.001 0.007 0.149 0.263 0.008 0.048 59 H 0.003 0.013 0.191 0.010 0.116 0.057 0.001 0.001 0.002 0.176 0.401 0.019 0.010 60 S 0.002 0.009 0.125 0.005 0.098 0.048 0.001 0.001 0.002 0.185 0.501 0.007 0.016 61 G 0.003 0.019 0.221 0.004 0.036 0.018 0.001 0.001 0.003 0.320 0.343 0.012 0.019 62 G 0.008 0.034 0.581 0.004 0.008 0.007 0.001 0.001 0.008 0.217 0.039 0.067 0.025 63 P 0.017 0.076 0.464 0.004 0.022 0.016 0.003 0.002 0.012 0.077 0.051 0.028 0.228 64 L 0.024 0.069 0.447 0.027 0.058 0.020 0.005 0.004 0.014 0.086 0.101 0.072 0.072 65 H 0.021 0.020 0.325 0.049 0.063 0.021 0.003 0.002 0.015 0.145 0.160 0.098 0.079 66 L 0.013 0.014 0.147 0.022 0.072 0.018 0.002 0.001 0.006 0.121 0.413 0.022 0.149 67 G 0.012 0.008 0.221 0.015 0.017 0.006 0.001 0.001 0.004 0.275 0.201 0.204 0.033 68 E 0.075 0.042 0.288 0.005 0.017 0.016 0.004 0.001 0.015 0.053 0.020 0.200 0.263 69 I 0.114 0.071 0.162 0.007 0.025 0.023 0.010 0.003 0.014 0.024 0.017 0.108 0.422 70 E 0.073 0.041 0.244 0.059 0.043 0.031 0.008 0.002 0.009 0.042 0.048 0.292 0.109 71 D 0.036 0.034 0.195 0.014 0.065 0.023 0.003 0.001 0.004 0.064 0.158 0.053 0.350 72 F 0.015 0.007 0.202 0.026 0.072 0.014 0.001 0.001 0.001 0.111 0.378 0.086 0.084 73 N 0.002 0.002 0.044 0.009 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.106 0.771 0.015 0.015 74 G 0.002 0.006 0.097 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.326 0.526 0.016 0.014 75 Q 0.010 0.025 0.598 0.011 0.004 0.002 0.002 0.001 0.011 0.186 0.040 0.063 0.046 76 S 0.046 0.026 0.395 0.017 0.004 0.004 0.016 0.009 0.054 0.090 0.024 0.097 0.217 77 C 0.210 0.014 0.091 0.038 0.004 0.004 0.077 0.032 0.077 0.028 0.006 0.212 0.206 78 I 0.295 0.008 0.036 0.018 0.002 0.002 0.140 0.044 0.107 0.007 0.002 0.127 0.212 79 V 0.256 0.017 0.075 0.016 0.003 0.003 0.131 0.044 0.083 0.013 0.004 0.166 0.188 80 C 0.045 0.015 0.396 0.010 0.003 0.004 0.017 0.016 0.087 0.058 0.009 0.149 0.191 81 P 0.018 0.013 0.415 0.019 0.022 0.014 0.005 0.004 0.026 0.139 0.115 0.047 0.163 82 W 0.009 0.010 0.161 0.020 0.091 0.024 0.002 0.002 0.009 0.137 0.475 0.023 0.034 83 H 0.010 0.009 0.139 0.034 0.132 0.027 0.002 0.001 0.006 0.258 0.326 0.026 0.029 84 K 0.048 0.012 0.230 0.018 0.100 0.036 0.003 0.001 0.006 0.168 0.227 0.039 0.112 85 Y 0.207 0.016 0.185 0.018 0.063 0.050 0.009 0.002 0.009 0.062 0.061 0.127 0.190 86 K 0.300 0.017 0.080 0.015 0.021 0.040 0.021 0.003 0.013 0.019 0.016 0.242 0.213 87 I 0.355 0.019 0.066 0.012 0.006 0.013 0.020 0.004 0.012 0.009 0.005 0.223 0.257 88 T 0.213 0.019 0.142 0.032 0.007 0.024 0.013 0.003 0.016 0.017 0.013 0.247 0.255 89 L 0.078 0.017 0.187 0.033 0.042 0.039 0.008 0.002 0.010 0.039 0.165 0.054 0.326 90 A 0.020 0.004 0.076 0.045 0.035 0.020 0.002 0.001 0.004 0.109 0.520 0.136 0.030 91 T 0.008 0.006 0.075 0.009 0.023 0.009 0.001 0.001 0.003 0.173 0.555 0.019 0.118 92 G 0.005 0.007 0.213 0.008 0.006 0.004 0.001 0.002 0.003 0.371 0.299 0.055 0.026 93 E 0.032 0.049 0.352 0.013 0.011 0.017 0.005 0.004 0.024 0.122 0.051 0.236 0.083 94 G 0.057 0.062 0.132 0.011 0.020 0.022 0.019 0.010 0.039 0.038 0.030 0.034 0.526 95 L 0.069 0.029 0.150 0.130 0.023 0.021 0.018 0.007 0.031 0.050 0.030 0.383 0.058 96 Y 0.059 0.023 0.205 0.019 0.016 0.013 0.011 0.003 0.020 0.056 0.039 0.050 0.486 97 Q 0.050 0.022 0.338 0.023 0.025 0.017 0.006 0.002 0.012 0.102 0.045 0.249 0.109 98 S 0.028 0.032 0.395 0.011 0.048 0.028 0.005 0.002 0.014 0.113 0.111 0.060 0.153 99 I 0.009 0.042 0.486 0.005 0.057 0.023 0.002 0.001 0.009 0.178 0.105 0.032 0.050 100 N 0.002 0.015 0.596 0.004 0.046 0.022 0.001 0.001 0.005 0.182 0.094 0.014 0.019 101 P 0.001 0.014 0.257 0.002 0.084 0.031 0.001 0.001 0.002 0.177 0.418 0.006 0.008 102 K 0.001 0.022 0.253 0.002 0.068 0.019 0.001 0.001 0.002 0.243 0.378 0.005 0.006 103 D 0.001 0.020 0.611 0.001 0.041 0.012 0.001 0.001 0.003 0.243 0.054 0.007 0.008 104 P 0.001 0.031 0.492 0.002 0.090 0.032 0.001 0.001 0.005 0.164 0.163 0.005 0.013 105 S 0.001 0.062 0.445 0.002 0.085 0.038 0.001 0.001 0.006 0.130 0.209 0.011 0.009 106 A 0.001 0.053 0.548 0.003 0.069 0.035 0.001 0.001 0.008 0.173 0.081 0.007 0.021 107 K 0.001 0.023 0.693 0.002 0.047 0.029 0.001 0.001 0.007 0.141 0.033 0.013 0.011 108 P 0.001 0.015 0.212 0.003 0.322 0.128 0.001 0.001 0.004 0.084 0.216 0.003 0.012 109 K 0.001 0.023 0.148 0.002 0.232 0.154 0.001 0.001 0.004 0.085 0.336 0.009 0.005 110 W 0.002 0.042 0.260 0.001 0.202 0.188 0.001 0.001 0.006 0.122 0.146 0.006 0.024 111 C 0.001 0.038 0.516 0.002 0.071 0.094 0.001 0.001 0.004 0.134 0.112 0.012 0.015 112 S 0.001 0.010 0.216 0.008 0.227 0.125 0.001 0.001 0.002 0.136 0.258 0.006 0.011 113 K 0.001 0.004 0.037 0.004 0.173 0.073 0.001 0.001 0.001 0.069 0.634 0.002 0.003 114 G 0.002 0.008 0.163 0.006 0.169 0.042 0.001 0.001 0.003 0.099 0.487 0.005 0.016 115 V 0.010 0.021 0.545 0.011 0.041 0.030 0.002 0.001 0.020 0.166 0.052 0.058 0.042 116 K 0.016 0.026 0.498 0.012 0.009 0.010 0.004 0.001 0.039 0.097 0.051 0.102 0.134 117 Q 0.047 0.021 0.398 0.051 0.012 0.006 0.009 0.004 0.066 0.044 0.025 0.060 0.256 118 R 0.030 0.006 0.183 0.049 0.002 0.002 0.006 0.002 0.080 0.048 0.007 0.519 0.065 119 I 0.039 0.003 0.072 0.006 0.001 0.001 0.011 0.002 0.045 0.005 0.004 0.009 0.803 120 H 0.041 0.001 0.041 0.037 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 0.006 0.001 0.826 0.015 121 T 0.115 0.001 0.027 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.034 0.002 0.001 0.062 0.740 122 V 0.286 0.003 0.046 0.017 0.001 0.001 0.017 0.004 0.024 0.002 0.001 0.325 0.275 123 K 0.313 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.018 0.002 0.014 0.001 0.001 0.424 0.212 124 V 0.162 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.048 0.765 125 D 0.047 0.001 0.021 0.212 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.024 0.094 0.532 0.063 126 N 0.013 0.001 0.019 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.649 0.027 0.124 127 G 0.043 0.002 0.115 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.321 0.187 0.239 0.075 128 N 0.372 0.004 0.076 0.004 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.009 0.002 0.187 0.327 129 I 0.547 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.056 0.005 0.006 0.001 0.001 0.187 0.184 130 Y 0.761 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 0.068 0.004 0.003 0.001 0.001 0.061 0.068 131 V 0.749 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.080 0.003 0.006 0.001 0.001 0.091 0.064 132 T 0.598 0.002 0.013 0.008 0.001 0.001 0.039 0.002 0.008 0.002 0.001 0.074 0.253 133 L 0.251 0.008 0.155 0.008 0.006 0.002 0.020 0.003 0.021 0.037 0.026 0.179 0.285 134 S 0.020 0.008 0.410 0.010 0.020 0.003 0.003 0.001 0.013 0.176 0.193 0.071 0.073 135 K 0.003 0.010 0.184 0.003 0.101 0.006 0.001 0.001 0.002 0.261 0.402 0.008 0.019 136 E 0.001 0.010 0.307 0.002 0.060 0.004 0.001 0.001 0.001 0.376 0.225 0.011 0.004 137 P 0.002 0.032 0.407 0.002 0.198 0.016 0.001 0.001 0.002 0.178 0.140 0.004 0.018 138 F 0.002 0.071 0.384 0.003 0.133 0.027 0.001 0.001 0.004 0.168 0.187 0.008 0.012 139 K 0.001 0.057 0.599 0.003 0.079 0.024 0.001 0.001 0.005 0.133 0.073 0.009 0.015 140 C 0.001 0.060 0.542 0.004 0.091 0.044 0.001 0.001 0.007 0.142 0.078 0.009 0.019 141 D 0.001 0.028 0.544 0.004 0.117 0.059 0.001 0.001 0.007 0.127 0.091 0.010 0.012 142 S 0.001 0.013 0.204 0.004 0.382 0.124 0.001 0.001 0.006 0.088 0.162 0.004 0.010 143 D 0.001 0.015 0.220 0.004 0.310 0.120 0.001 0.001 0.011 0.106 0.193 0.011 0.009 144 Y 0.002 0.025 0.228 0.002 0.245 0.197 0.001 0.001 0.016 0.095 0.155 0.007 0.025 145 Y 0.003 0.063 0.381 0.004 0.098 0.135 0.002 0.002 0.028 0.121 0.121 0.021 0.021 146 A 0.002 0.039 0.539 0.003 0.049 0.092 0.001 0.001 0.015 0.141 0.065 0.015 0.037 147 T 0.001 0.016 0.408 0.007 0.085 0.176 0.001 0.001 0.007 0.133 0.140 0.007 0.018 148 G 0.001 0.005 0.132 0.009 0.147 0.197 0.001 0.001 0.003 0.097 0.398 0.006 0.004 149 E 0.002 0.010 0.164 0.006 0.182 0.291 0.001 0.001 0.008 0.081 0.232 0.008 0.015 150 F 0.009 0.016 0.280 0.006 0.098 0.349 0.002 0.002 0.023 0.085 0.055 0.017 0.059 151 K 0.024 0.020 0.264 0.022 0.065 0.303 0.004 0.003 0.031 0.061 0.047 0.107 0.048 152 V 0.044 0.025 0.132 0.015 0.080 0.295 0.011 0.005 0.041 0.039 0.075 0.040 0.199 153 I 0.042 0.023 0.184 0.030 0.086 0.306 0.009 0.005 0.034 0.052 0.100 0.061 0.068 154 Q 0.026 0.014 0.276 0.016 0.084 0.241 0.005 0.002 0.024 0.072 0.117 0.040 0.082 155 S 0.009 0.012 0.359 0.009 0.053 0.126 0.002 0.001 0.017 0.127 0.176 0.056 0.053 156 S 0.004 0.015 0.376 0.005 0.032 0.062 0.001 0.001 0.009 0.205 0.233 0.016 0.040 157 S 0.002 0.013 0.660 0.003 0.014 0.025 0.001 0.001 0.009 0.185 0.055 0.023 0.013