# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2619 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.005 0.038 0.001 0.012 0.007 0.009 0.084 0.001 0.001 0.024 0.818 2 D 0.272 0.344 0.001 0.002 0.005 0.002 0.040 0.049 0.001 0.248 0.037 3 P 0.068 0.695 0.002 0.003 0.003 0.003 0.034 0.013 0.001 0.043 0.137 4 E 0.033 0.631 0.006 0.004 0.005 0.010 0.027 0.002 0.001 0.071 0.209 5 I 0.092 0.425 0.007 0.018 0.010 0.023 0.063 0.016 0.002 0.084 0.259 6 S 0.082 0.549 0.014 0.014 0.012 0.015 0.053 0.016 0.003 0.048 0.193 7 E 0.063 0.465 0.003 0.006 0.008 0.009 0.026 0.005 0.001 0.016 0.398 8 Q 0.072 0.602 0.005 0.005 0.005 0.005 0.035 0.009 0.001 0.014 0.246 9 D 0.169 0.578 0.009 0.006 0.006 0.008 0.031 0.027 0.002 0.025 0.138 10 E 0.224 0.323 0.012 0.006 0.008 0.011 0.046 0.015 0.003 0.037 0.316 11 E 0.191 0.139 0.010 0.012 0.017 0.022 0.065 0.011 0.003 0.048 0.483 12 K 0.123 0.041 0.007 0.021 0.019 0.031 0.090 0.006 0.003 0.094 0.565 13 K 0.073 0.019 0.004 0.018 0.023 0.031 0.109 0.003 0.001 0.074 0.644 14 K 0.034 0.013 0.002 0.015 0.021 0.034 0.104 0.003 0.001 0.033 0.739 15 Y 0.030 0.011 0.002 0.017 0.028 0.045 0.132 0.003 0.001 0.037 0.696 16 T 0.018 0.020 0.002 0.037 0.082 0.155 0.127 0.004 0.001 0.047 0.509 17 S 0.011 0.018 0.001 0.045 0.091 0.226 0.085 0.004 0.001 0.044 0.473 18 V 0.011 0.021 0.002 0.064 0.229 0.231 0.052 0.002 0.001 0.051 0.336 19 C 0.020 0.023 0.002 0.106 0.198 0.224 0.052 0.002 0.001 0.048 0.324 20 V 0.018 0.028 0.002 0.105 0.163 0.231 0.074 0.002 0.001 0.023 0.352 21 G 0.027 0.049 0.025 0.073 0.181 0.161 0.058 0.008 0.013 0.031 0.373 22 R 0.555 0.154 0.002 0.009 0.025 0.037 0.022 0.035 0.001 0.020 0.141 23 E 0.361 0.125 0.002 0.009 0.023 0.031 0.050 0.030 0.001 0.040 0.329 24 E 0.039 0.032 0.005 0.028 0.039 0.048 0.071 0.002 0.001 0.062 0.672 25 D 0.048 0.012 0.008 0.014 0.020 0.049 0.120 0.006 0.005 0.142 0.577 26 I 0.090 0.006 0.002 0.011 0.040 0.024 0.099 0.005 0.002 0.043 0.677 27 R 0.704 0.004 0.001 0.005 0.007 0.006 0.025 0.003 0.001 0.025 0.219 28 K 0.012 0.003 0.001 0.005 0.002 0.007 0.076 0.001 0.001 0.008 0.887 29 S 0.025 0.004 0.001 0.008 0.008 0.028 0.180 0.002 0.001 0.030 0.714 30 E 0.007 0.005 0.001 0.037 0.227 0.253 0.110 0.003 0.001 0.045 0.311 31 R 0.008 0.007 0.001 0.032 0.054 0.127 0.079 0.001 0.001 0.068 0.624 32 M 0.003 0.004 0.001 0.044 0.330 0.414 0.026 0.001 0.001 0.039 0.137 33 T 0.006 0.004 0.001 0.049 0.216 0.277 0.035 0.001 0.001 0.055 0.355 34 A 0.001 0.001 0.003 0.046 0.420 0.403 0.011 0.001 0.003 0.031 0.082 35 V 0.040 0.001 0.001 0.036 0.203 0.253 0.038 0.001 0.001 0.062 0.363 36 V 0.599 0.001 0.001 0.014 0.065 0.047 0.028 0.003 0.001 0.053 0.188 37 H 0.015 0.001 0.001 0.010 0.014 0.025 0.086 0.001 0.001 0.009 0.840 38 D 0.004 0.001 0.001 0.007 0.005 0.032 0.128 0.001 0.001 0.009 0.813 39 R 0.002 0.001 0.001 0.032 0.393 0.209 0.085 0.001 0.001 0.031 0.246 40 E 0.001 0.001 0.001 0.115 0.155 0.447 0.026 0.001 0.001 0.071 0.183 41 V 0.001 0.001 0.001 0.051 0.323 0.409 0.014 0.001 0.001 0.064 0.135 42 V 0.001 0.001 0.001 0.110 0.401 0.417 0.005 0.001 0.001 0.030 0.036 43 I 0.001 0.001 0.001 0.067 0.485 0.357 0.005 0.001 0.001 0.028 0.057 44 F 0.001 0.001 0.001 0.131 0.380 0.391 0.010 0.001 0.001 0.030 0.055 45 Y 0.116 0.001 0.001 0.100 0.188 0.222 0.042 0.003 0.001 0.089 0.236 46 H 0.567 0.001 0.001 0.014 0.022 0.029 0.052 0.004 0.001 0.050 0.260 47 K 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.011 0.111 0.001 0.001 0.006 0.861 48 G 0.003 0.003 0.001 0.032 0.049 0.103 0.140 0.001 0.001 0.033 0.637 49 E 0.001 0.002 0.001 0.032 0.417 0.378 0.025 0.001 0.001 0.034 0.109 50 Y 0.003 0.004 0.001 0.071 0.311 0.279 0.028 0.001 0.001 0.040 0.262 51 H 0.002 0.004 0.001 0.074 0.422 0.399 0.012 0.001 0.001 0.024 0.062 52 A 0.008 0.007 0.002 0.126 0.268 0.338 0.025 0.002 0.001 0.061 0.161 53 M 0.019 0.011 0.002 0.135 0.275 0.325 0.035 0.004 0.001 0.051 0.142 54 D 0.046 0.017 0.002 0.096 0.178 0.231 0.055 0.004 0.001 0.081 0.288 55 I 0.019 0.018 0.002 0.101 0.172 0.233 0.076 0.004 0.001 0.059 0.315 56 R 0.037 0.023 0.002 0.090 0.107 0.147 0.099 0.005 0.002 0.071 0.418 57 C 0.046 0.013 0.019 0.076 0.094 0.103 0.122 0.007 0.010 0.106 0.403 58 Y 0.174 0.011 0.002 0.064 0.030 0.058 0.115 0.009 0.002 0.053 0.483 59 H 0.305 0.006 0.001 0.025 0.012 0.026 0.088 0.006 0.001 0.071 0.458 60 S 0.010 0.006 0.001 0.038 0.014 0.031 0.131 0.001 0.001 0.024 0.744 61 G 0.014 0.014 0.001 0.021 0.015 0.039 0.120 0.002 0.001 0.036 0.736 62 G 0.040 0.017 0.002 0.040 0.164 0.062 0.127 0.004 0.001 0.051 0.493 63 P 0.098 0.031 0.008 0.065 0.046 0.084 0.115 0.009 0.004 0.097 0.443 64 L 0.155 0.017 0.002 0.033 0.019 0.042 0.121 0.006 0.001 0.052 0.552 65 H 0.230 0.034 0.003 0.048 0.036 0.094 0.109 0.010 0.001 0.063 0.375 66 L 0.024 0.022 0.001 0.028 0.018 0.058 0.119 0.003 0.001 0.032 0.696 67 G 0.021 0.047 0.002 0.070 0.111 0.236 0.089 0.003 0.001 0.062 0.359 68 E 0.037 0.052 0.001 0.047 0.195 0.249 0.071 0.005 0.001 0.068 0.274 69 I 0.044 0.031 0.004 0.119 0.127 0.203 0.081 0.005 0.004 0.073 0.309 70 E 0.097 0.008 0.054 0.025 0.076 0.149 0.062 0.009 0.069 0.162 0.288 71 D 0.183 0.002 0.001 0.013 0.011 0.031 0.068 0.004 0.001 0.026 0.661 72 F 0.625 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.030 0.002 0.001 0.022 0.305 73 N 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.078 0.001 0.001 0.004 0.901 74 G 0.007 0.002 0.001 0.010 0.009 0.025 0.105 0.001 0.001 0.021 0.821 75 Q 0.011 0.001 0.001 0.024 0.382 0.141 0.083 0.001 0.001 0.040 0.317 76 S 0.008 0.001 0.001 0.139 0.071 0.148 0.084 0.001 0.001 0.059 0.489 77 C 0.008 0.001 0.001 0.082 0.159 0.261 0.047 0.001 0.001 0.075 0.366 78 I 0.001 0.001 0.001 0.193 0.232 0.230 0.047 0.001 0.001 0.026 0.269 79 V 0.003 0.004 0.001 0.199 0.189 0.206 0.044 0.001 0.001 0.032 0.321 80 C 0.104 0.017 0.003 0.127 0.129 0.094 0.062 0.008 0.002 0.102 0.354 81 P 0.093 0.026 0.002 0.081 0.077 0.092 0.104 0.009 0.001 0.052 0.462 82 W 0.075 0.016 0.004 0.035 0.032 0.076 0.129 0.005 0.002 0.039 0.588 83 H 0.041 0.017 0.003 0.067 0.105 0.213 0.123 0.006 0.001 0.052 0.373 84 K 0.038 0.012 0.002 0.046 0.059 0.176 0.104 0.004 0.001 0.091 0.469 85 Y 0.008 0.008 0.001 0.060 0.267 0.309 0.049 0.001 0.001 0.048 0.247 86 K 0.008 0.009 0.001 0.062 0.133 0.264 0.056 0.002 0.001 0.051 0.413 87 I 0.006 0.005 0.001 0.082 0.306 0.309 0.043 0.001 0.001 0.048 0.198 88 T 0.028 0.013 0.007 0.077 0.186 0.267 0.054 0.004 0.005 0.128 0.233 89 L 0.260 0.009 0.001 0.036 0.039 0.061 0.080 0.008 0.001 0.073 0.432 90 A 0.140 0.008 0.002 0.026 0.036 0.048 0.100 0.005 0.001 0.051 0.583 91 T 0.011 0.008 0.001 0.032 0.017 0.054 0.118 0.001 0.001 0.017 0.741 92 G 0.020 0.014 0.002 0.039 0.059 0.127 0.108 0.004 0.001 0.063 0.566 93 E 0.028 0.009 0.001 0.055 0.285 0.163 0.071 0.003 0.001 0.058 0.327 94 G 0.030 0.006 0.001 0.069 0.076 0.148 0.091 0.002 0.001 0.071 0.504 95 L 0.015 0.006 0.002 0.075 0.118 0.183 0.094 0.002 0.001 0.053 0.451 96 Y 0.028 0.008 0.002 0.048 0.073 0.161 0.103 0.005 0.001 0.066 0.506 97 Q 0.055 0.004 0.001 0.037 0.081 0.092 0.102 0.003 0.001 0.078 0.546 98 S 0.017 0.003 0.001 0.029 0.038 0.067 0.129 0.002 0.001 0.050 0.662 99 I 0.018 0.003 0.001 0.022 0.022 0.035 0.116 0.002 0.001 0.027 0.754 100 N 0.304 0.005 0.001 0.010 0.018 0.019 0.097 0.004 0.001 0.090 0.452 101 P 0.009 0.002 0.001 0.007 0.007 0.010 0.134 0.001 0.001 0.026 0.803 102 K 0.023 0.008 0.001 0.007 0.005 0.008 0.113 0.002 0.001 0.022 0.811 103 D 0.317 0.017 0.002 0.009 0.022 0.013 0.104 0.013 0.001 0.077 0.424 104 P 0.110 0.009 0.001 0.008 0.004 0.007 0.113 0.002 0.001 0.038 0.709 105 S 0.018 0.010 0.001 0.011 0.009 0.016 0.115 0.001 0.001 0.023 0.796 106 A 0.034 0.023 0.001 0.018 0.014 0.014 0.130 0.003 0.001 0.019 0.744 107 K 0.300 0.100 0.002 0.011 0.013 0.014 0.082 0.024 0.001 0.064 0.388 108 P 0.106 0.057 0.001 0.015 0.019 0.024 0.108 0.006 0.001 0.052 0.612 109 K 0.041 0.043 0.003 0.026 0.017 0.039 0.113 0.003 0.001 0.078 0.637 110 W 0.054 0.022 0.008 0.031 0.039 0.035 0.127 0.006 0.004 0.066 0.607 111 C 0.487 0.032 0.003 0.016 0.013 0.015 0.064 0.014 0.002 0.037 0.316 112 S 0.286 0.011 0.002 0.009 0.007 0.010 0.059 0.005 0.001 0.034 0.575 113 K 0.038 0.007 0.001 0.017 0.008 0.020 0.108 0.001 0.001 0.017 0.784 114 G 0.017 0.006 0.001 0.018 0.020 0.047 0.096 0.002 0.001 0.027 0.766 115 V 0.025 0.003 0.002 0.024 0.139 0.078 0.116 0.001 0.001 0.032 0.580 116 K 0.015 0.003 0.001 0.046 0.116 0.202 0.067 0.001 0.001 0.035 0.513 117 Q 0.013 0.002 0.001 0.033 0.111 0.165 0.085 0.001 0.001 0.035 0.554 118 R 0.003 0.002 0.001 0.091 0.198 0.473 0.037 0.001 0.001 0.026 0.169 119 I 0.007 0.003 0.001 0.035 0.124 0.321 0.042 0.002 0.001 0.065 0.400 120 H 0.002 0.001 0.001 0.042 0.427 0.383 0.019 0.001 0.001 0.023 0.103 121 T 0.003 0.001 0.001 0.035 0.296 0.445 0.019 0.001 0.001 0.038 0.161 122 V 0.001 0.001 0.001 0.038 0.408 0.443 0.012 0.001 0.001 0.018 0.079 123 K 0.006 0.001 0.002 0.038 0.366 0.382 0.022 0.001 0.002 0.050 0.130 124 V 0.220 0.001 0.001 0.041 0.107 0.146 0.057 0.004 0.001 0.077 0.345 125 D 0.178 0.001 0.001 0.018 0.036 0.054 0.081 0.003 0.001 0.051 0.577 126 N 0.002 0.001 0.001 0.008 0.006 0.029 0.111 0.001 0.001 0.008 0.836 127 G 0.001 0.001 0.001 0.057 0.189 0.299 0.074 0.001 0.001 0.037 0.341 128 N 0.001 0.001 0.001 0.047 0.359 0.440 0.014 0.001 0.001 0.042 0.097 129 I 0.001 0.001 0.001 0.079 0.463 0.304 0.013 0.001 0.001 0.029 0.111 130 Y 0.001 0.001 0.001 0.108 0.336 0.420 0.012 0.001 0.001 0.041 0.080 131 V 0.002 0.001 0.001 0.136 0.325 0.368 0.018 0.001 0.001 0.033 0.116 132 T 0.011 0.001 0.001 0.099 0.227 0.346 0.045 0.001 0.001 0.069 0.198 133 L 0.011 0.002 0.001 0.069 0.119 0.154 0.095 0.002 0.001 0.051 0.496 134 S 0.073 0.006 0.001 0.033 0.052 0.070 0.112 0.006 0.001 0.065 0.581 135 K 0.057 0.006 0.001 0.013 0.020 0.021 0.131 0.003 0.001 0.038 0.710 136 E 0.052 0.011 0.001 0.011 0.008 0.014 0.134 0.004 0.001 0.035 0.730 137 P 0.092 0.017 0.001 0.010 0.014 0.018 0.107 0.006 0.001 0.041 0.695 138 F 0.103 0.016 0.001 0.011 0.014 0.017 0.135 0.003 0.001 0.070 0.630 139 K 0.030 0.022 0.002 0.015 0.014 0.022 0.140 0.003 0.001 0.056 0.696 140 C 0.078 0.048 0.002 0.016 0.011 0.013 0.137 0.006 0.001 0.030 0.658 141 D 0.314 0.111 0.004 0.015 0.012 0.013 0.085 0.025 0.002 0.048 0.371 142 S 0.155 0.088 0.004 0.014 0.008 0.014 0.096 0.014 0.001 0.039 0.569 143 D 0.134 0.035 0.003 0.021 0.013 0.029 0.096 0.006 0.001 0.106 0.556 144 Y 0.049 0.018 0.002 0.031 0.024 0.028 0.142 0.003 0.001 0.086 0.616 145 Y 0.028 0.020 0.002 0.044 0.019 0.028 0.154 0.002 0.001 0.036 0.666 146 A 0.069 0.061 0.002 0.022 0.021 0.024 0.104 0.006 0.001 0.033 0.658 147 T 0.231 0.159 0.002 0.014 0.010 0.013 0.086 0.015 0.001 0.040 0.430 148 G 0.124 0.193 0.004 0.022 0.015 0.024 0.111 0.009 0.001 0.052 0.445 149 E 0.069 0.224 0.004 0.032 0.022 0.044 0.094 0.008 0.001 0.062 0.438 150 F 0.087 0.172 0.004 0.042 0.038 0.058 0.097 0.015 0.001 0.071 0.415 151 K 0.058 0.100 0.006 0.064 0.068 0.088 0.089 0.009 0.002 0.132 0.382 152 V 0.047 0.031 0.004 0.043 0.055 0.085 0.087 0.004 0.001 0.165 0.478 153 I 0.041 0.022 0.005 0.046 0.035 0.051 0.132 0.006 0.002 0.146 0.513 154 Q 0.099 0.017 0.004 0.033 0.029 0.037 0.133 0.007 0.002 0.083 0.556 155 S 0.108 0.020 0.002 0.018 0.013 0.025 0.111 0.006 0.001 0.055 0.641 156 S 0.037 0.018 0.001 0.015 0.011 0.018 0.123 0.004 0.001 0.034 0.739 157 S 0.058 0.026 0.003 0.020 0.022 0.030 0.144 0.004 0.001 0.056 0.637