# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2619 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.024 0.044 0.007 0.005 0.006 0.076 0.018 0.822 2 D 0.384 0.346 0.003 0.003 0.002 0.016 0.206 0.039 3 P 0.117 0.519 0.007 0.003 0.003 0.047 0.075 0.228 4 E 0.153 0.492 0.007 0.003 0.005 0.035 0.058 0.246 5 I 0.110 0.390 0.012 0.006 0.008 0.080 0.076 0.318 6 S 0.074 0.453 0.008 0.005 0.012 0.077 0.081 0.290 7 E 0.057 0.533 0.007 0.004 0.005 0.054 0.038 0.301 8 Q 0.060 0.554 0.012 0.006 0.006 0.052 0.067 0.243 9 D 0.103 0.710 0.007 0.003 0.003 0.022 0.038 0.113 10 E 0.150 0.499 0.016 0.005 0.006 0.032 0.076 0.217 11 E 0.147 0.243 0.025 0.009 0.010 0.057 0.096 0.415 12 K 0.074 0.036 0.019 0.010 0.013 0.078 0.236 0.534 13 K 0.038 0.017 0.019 0.010 0.013 0.133 0.155 0.615 14 K 0.066 0.027 0.015 0.010 0.019 0.097 0.076 0.689 15 Y 0.041 0.017 0.019 0.012 0.024 0.124 0.028 0.734 16 T 0.029 0.035 0.065 0.040 0.102 0.130 0.054 0.545 17 S 0.014 0.021 0.082 0.050 0.102 0.103 0.053 0.576 18 V 0.015 0.023 0.194 0.191 0.153 0.075 0.058 0.291 19 C 0.029 0.058 0.219 0.096 0.109 0.064 0.077 0.347 20 V 0.050 0.081 0.184 0.090 0.080 0.075 0.075 0.366 21 G 0.029 0.073 0.205 0.069 0.064 0.072 0.075 0.413 22 R 0.150 0.322 0.027 0.022 0.026 0.046 0.060 0.347 23 E 0.309 0.342 0.025 0.015 0.016 0.033 0.068 0.192 24 E 0.103 0.200 0.016 0.023 0.023 0.068 0.054 0.514 25 D 0.043 0.038 0.031 0.025 0.028 0.075 0.107 0.652 26 I 0.171 0.026 0.018 0.016 0.016 0.117 0.071 0.564 27 R 0.567 0.013 0.009 0.006 0.006 0.041 0.042 0.316 28 K 0.062 0.005 0.003 0.002 0.005 0.053 0.011 0.860 29 S 0.014 0.003 0.010 0.004 0.011 0.079 0.032 0.848 30 E 0.025 0.009 0.037 0.054 0.100 0.151 0.073 0.551 31 R 0.011 0.006 0.048 0.066 0.103 0.071 0.046 0.648 32 M 0.008 0.004 0.105 0.226 0.285 0.051 0.025 0.296 33 T 0.004 0.001 0.107 0.233 0.350 0.026 0.054 0.223 34 A 0.002 0.001 0.115 0.431 0.278 0.019 0.032 0.123 35 V 0.042 0.001 0.152 0.192 0.248 0.037 0.045 0.284 36 V 0.256 0.001 0.042 0.114 0.088 0.053 0.055 0.392 37 H 0.019 0.001 0.024 0.012 0.040 0.082 0.009 0.813 38 D 0.015 0.001 0.023 0.017 0.079 0.100 0.018 0.747 39 R 0.004 0.001 0.066 0.142 0.231 0.126 0.038 0.393 40 E 0.001 0.001 0.113 0.202 0.459 0.028 0.037 0.161 41 V 0.001 0.001 0.112 0.369 0.432 0.008 0.019 0.060 42 V 0.001 0.001 0.136 0.487 0.345 0.003 0.005 0.023 43 I 0.001 0.001 0.140 0.384 0.431 0.004 0.006 0.034 44 F 0.001 0.001 0.191 0.343 0.406 0.008 0.014 0.037 45 Y 0.095 0.001 0.138 0.181 0.174 0.064 0.046 0.303 46 H 0.740 0.002 0.010 0.019 0.016 0.025 0.023 0.165 47 K 0.013 0.001 0.011 0.005 0.023 0.125 0.005 0.816 48 G 0.004 0.003 0.031 0.015 0.114 0.099 0.018 0.716 49 E 0.007 0.009 0.054 0.341 0.258 0.068 0.074 0.188 50 Y 0.004 0.012 0.101 0.267 0.216 0.036 0.056 0.309 51 H 0.005 0.009 0.188 0.340 0.330 0.014 0.049 0.067 52 A 0.005 0.009 0.278 0.194 0.293 0.021 0.086 0.114 53 M 0.023 0.017 0.238 0.257 0.280 0.023 0.073 0.090 54 D 0.079 0.025 0.102 0.175 0.236 0.053 0.084 0.247 55 I 0.035 0.027 0.057 0.063 0.119 0.115 0.053 0.532 56 R 0.023 0.010 0.053 0.042 0.088 0.127 0.069 0.587 57 C 0.049 0.011 0.075 0.084 0.078 0.131 0.142 0.431 58 Y 0.214 0.011 0.031 0.034 0.046 0.087 0.048 0.531 59 H 0.190 0.007 0.022 0.021 0.027 0.108 0.058 0.566 60 S 0.011 0.006 0.021 0.014 0.036 0.140 0.015 0.757 61 G 0.013 0.007 0.022 0.011 0.032 0.097 0.018 0.800 62 G 0.071 0.046 0.073 0.121 0.073 0.133 0.088 0.395 63 P 0.065 0.067 0.127 0.054 0.087 0.120 0.078 0.401 64 L 0.151 0.048 0.097 0.058 0.078 0.085 0.061 0.422 65 H 0.181 0.085 0.067 0.068 0.089 0.078 0.067 0.366 66 L 0.038 0.062 0.025 0.022 0.065 0.083 0.027 0.677 67 G 0.019 0.070 0.075 0.102 0.185 0.092 0.043 0.413 68 E 0.054 0.081 0.050 0.184 0.154 0.073 0.061 0.342 69 I 0.074 0.025 0.083 0.144 0.134 0.070 0.150 0.320 70 E 0.092 0.010 0.049 0.125 0.118 0.078 0.111 0.417 71 D 0.480 0.003 0.009 0.014 0.020 0.041 0.037 0.397 72 F 0.067 0.001 0.006 0.007 0.010 0.078 0.024 0.806 73 N 0.010 0.001 0.008 0.005 0.019 0.109 0.009 0.838 74 G 0.015 0.001 0.012 0.014 0.040 0.118 0.035 0.764 75 Q 0.008 0.001 0.040 0.108 0.103 0.132 0.049 0.559 76 S 0.004 0.001 0.219 0.159 0.324 0.038 0.051 0.204 77 C 0.002 0.001 0.124 0.176 0.234 0.034 0.038 0.390 78 I 0.001 0.001 0.405 0.272 0.208 0.019 0.010 0.084 79 V 0.006 0.003 0.209 0.116 0.204 0.055 0.044 0.362 80 C 0.110 0.024 0.182 0.196 0.110 0.066 0.105 0.207 81 P 0.166 0.049 0.058 0.034 0.051 0.114 0.043 0.485 82 W 0.074 0.037 0.055 0.022 0.061 0.106 0.076 0.570 83 H 0.077 0.035 0.050 0.090 0.197 0.108 0.090 0.353 84 K 0.029 0.012 0.029 0.081 0.187 0.083 0.129 0.450 85 Y 0.008 0.013 0.046 0.209 0.318 0.073 0.051 0.282 86 K 0.007 0.006 0.057 0.168 0.354 0.064 0.035 0.308 87 I 0.012 0.003 0.066 0.254 0.224 0.065 0.061 0.315 88 T 0.046 0.013 0.076 0.190 0.260 0.065 0.124 0.225 89 L 0.136 0.011 0.040 0.049 0.083 0.131 0.057 0.492 90 A 0.094 0.012 0.041 0.059 0.067 0.123 0.042 0.562 91 T 0.038 0.020 0.020 0.020 0.059 0.103 0.034 0.707 92 G 0.034 0.015 0.059 0.042 0.117 0.124 0.066 0.542 93 E 0.038 0.011 0.079 0.259 0.294 0.073 0.054 0.193 94 G 0.023 0.005 0.065 0.095 0.143 0.067 0.055 0.547 95 L 0.008 0.004 0.105 0.213 0.300 0.075 0.032 0.263 96 Y 0.014 0.004 0.080 0.099 0.208 0.068 0.045 0.481 97 Q 0.102 0.016 0.053 0.158 0.125 0.094 0.086 0.367 98 S 0.037 0.012 0.057 0.069 0.088 0.108 0.045 0.583 99 I 0.069 0.014 0.022 0.022 0.037 0.105 0.033 0.699 100 N 0.343 0.033 0.019 0.016 0.018 0.091 0.082 0.398 101 P 0.044 0.019 0.012 0.012 0.015 0.129 0.063 0.706 102 K 0.046 0.023 0.008 0.005 0.010 0.098 0.029 0.782 103 D 0.304 0.086 0.012 0.011 0.012 0.097 0.066 0.411 104 P 0.151 0.105 0.011 0.007 0.010 0.103 0.036 0.578 105 S 0.054 0.070 0.020 0.009 0.016 0.093 0.046 0.691 106 A 0.087 0.096 0.017 0.012 0.014 0.119 0.031 0.623 107 K 0.360 0.145 0.019 0.009 0.012 0.073 0.060 0.322 108 P 0.122 0.106 0.021 0.010 0.013 0.093 0.056 0.579 109 K 0.044 0.081 0.024 0.011 0.019 0.100 0.065 0.656 110 W 0.034 0.031 0.042 0.015 0.015 0.111 0.082 0.670 111 C 0.491 0.067 0.015 0.015 0.014 0.058 0.064 0.277 112 S 0.317 0.031 0.010 0.005 0.008 0.054 0.053 0.522 113 K 0.021 0.012 0.017 0.010 0.023 0.111 0.020 0.787 114 G 0.034 0.006 0.023 0.014 0.040 0.084 0.057 0.742 115 V 0.054 0.006 0.029 0.073 0.047 0.108 0.048 0.635 116 K 0.050 0.004 0.065 0.044 0.121 0.093 0.048 0.575 117 Q 0.013 0.001 0.040 0.046 0.083 0.070 0.039 0.708 118 R 0.007 0.001 0.128 0.192 0.295 0.073 0.029 0.274 119 I 0.005 0.001 0.041 0.055 0.142 0.048 0.027 0.679 120 H 0.010 0.002 0.073 0.360 0.279 0.044 0.024 0.208 121 T 0.010 0.002 0.086 0.206 0.302 0.039 0.037 0.317 122 V 0.004 0.001 0.052 0.313 0.302 0.038 0.041 0.249 123 K 0.007 0.001 0.098 0.230 0.335 0.042 0.056 0.232 124 V 0.170 0.001 0.041 0.081 0.077 0.067 0.082 0.481 125 D 0.293 0.002 0.027 0.045 0.052 0.070 0.046 0.465 126 N 0.010 0.001 0.017 0.009 0.051 0.097 0.010 0.806 127 G 0.003 0.001 0.092 0.063 0.389 0.116 0.020 0.316 128 N 0.001 0.001 0.079 0.330 0.453 0.019 0.032 0.087 129 I 0.001 0.001 0.177 0.396 0.343 0.010 0.020 0.054 130 Y 0.001 0.001 0.207 0.350 0.375 0.005 0.018 0.044 131 V 0.002 0.001 0.279 0.377 0.243 0.011 0.015 0.072 132 T 0.018 0.003 0.298 0.204 0.238 0.035 0.047 0.156 133 L 0.065 0.007 0.079 0.085 0.102 0.101 0.044 0.516 134 S 0.125 0.021 0.026 0.022 0.031 0.097 0.059 0.619 135 K 0.094 0.020 0.019 0.014 0.018 0.118 0.044 0.674 136 E 0.119 0.033 0.014 0.019 0.025 0.120 0.057 0.613 137 P 0.123 0.023 0.012 0.012 0.016 0.102 0.047 0.666 138 F 0.083 0.019 0.012 0.013 0.018 0.131 0.063 0.661 139 K 0.037 0.020 0.012 0.008 0.012 0.122 0.053 0.736 140 C 0.093 0.063 0.014 0.008 0.010 0.124 0.043 0.644 141 D 0.236 0.141 0.016 0.009 0.012 0.087 0.067 0.432 142 S 0.225 0.098 0.013 0.006 0.010 0.081 0.043 0.524 143 D 0.095 0.050 0.035 0.018 0.029 0.100 0.168 0.506 144 Y 0.048 0.033 0.028 0.015 0.025 0.141 0.089 0.621 145 Y 0.042 0.024 0.045 0.025 0.030 0.167 0.044 0.624 146 A 0.055 0.042 0.017 0.009 0.012 0.097 0.030 0.738 147 T 0.240 0.159 0.017 0.006 0.010 0.077 0.061 0.429 148 G 0.104 0.177 0.022 0.012 0.015 0.108 0.046 0.516 149 E 0.072 0.246 0.031 0.012 0.026 0.078 0.078 0.457 150 F 0.074 0.204 0.047 0.025 0.038 0.098 0.108 0.406 151 K 0.043 0.074 0.086 0.068 0.086 0.095 0.185 0.363 152 V 0.042 0.041 0.070 0.045 0.068 0.093 0.215 0.426 153 I 0.054 0.025 0.081 0.056 0.081 0.108 0.210 0.385 154 Q 0.070 0.013 0.039 0.038 0.059 0.105 0.083 0.593 155 S 0.081 0.013 0.015 0.020 0.030 0.095 0.059 0.686 156 S 0.038 0.013 0.015 0.016 0.029 0.132 0.040 0.719 157 S 0.046 0.014 0.018 0.022 0.044 0.135 0.046 0.675