# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2619 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.199 0.250 0.062 0.111 0.088 0.072 0.091 0.054 0.036 0.024 0.012 2 D 0.112 0.284 0.045 0.129 0.125 0.095 0.108 0.053 0.026 0.015 0.007 3 P 0.736 0.090 0.037 0.051 0.027 0.022 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 4 E 0.531 0.157 0.101 0.138 0.047 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 5 I 0.010 0.024 0.021 0.052 0.054 0.084 0.200 0.176 0.178 0.125 0.076 6 S 0.007 0.023 0.035 0.074 0.126 0.171 0.271 0.144 0.081 0.048 0.020 7 E 0.120 0.096 0.605 0.119 0.032 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 8 Q 0.045 0.048 0.198 0.163 0.150 0.168 0.152 0.043 0.020 0.010 0.004 9 D 0.133 0.146 0.103 0.117 0.087 0.089 0.152 0.067 0.052 0.037 0.016 10 E 0.100 0.066 0.127 0.147 0.148 0.162 0.148 0.062 0.024 0.011 0.005 11 E 0.276 0.092 0.452 0.108 0.034 0.017 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 12 K 0.049 0.044 0.090 0.127 0.124 0.184 0.218 0.078 0.049 0.025 0.012 13 K 0.123 0.093 0.123 0.129 0.113 0.112 0.134 0.067 0.054 0.033 0.020 14 K 0.123 0.088 0.170 0.159 0.144 0.125 0.104 0.037 0.026 0.015 0.009 15 Y 0.109 0.087 0.173 0.132 0.112 0.098 0.113 0.066 0.052 0.033 0.025 16 T 0.136 0.127 0.076 0.152 0.127 0.117 0.131 0.056 0.043 0.023 0.013 17 S 0.099 0.057 0.048 0.103 0.099 0.111 0.153 0.111 0.101 0.071 0.048 18 V 0.017 0.023 0.021 0.054 0.072 0.128 0.188 0.146 0.157 0.120 0.073 19 C 0.014 0.032 0.027 0.076 0.086 0.128 0.205 0.160 0.128 0.089 0.056 20 V 0.005 0.007 0.013 0.017 0.017 0.025 0.082 0.132 0.185 0.261 0.256 21 G 0.004 0.006 0.009 0.014 0.015 0.026 0.074 0.144 0.190 0.270 0.248 22 R 0.016 0.099 0.073 0.149 0.122 0.137 0.145 0.085 0.068 0.064 0.042 23 E 0.062 0.065 0.032 0.191 0.188 0.174 0.145 0.070 0.037 0.021 0.014 24 E 0.559 0.126 0.067 0.103 0.071 0.024 0.022 0.010 0.008 0.007 0.003 25 D 0.092 0.199 0.034 0.210 0.214 0.085 0.081 0.044 0.024 0.012 0.005 26 I 0.001 0.003 0.003 0.007 0.006 0.021 0.059 0.081 0.225 0.267 0.326 27 R 0.127 0.261 0.147 0.281 0.127 0.030 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 28 K 0.298 0.379 0.098 0.119 0.060 0.020 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 29 S 0.520 0.114 0.021 0.075 0.071 0.065 0.054 0.028 0.024 0.018 0.012 30 E 0.243 0.278 0.054 0.158 0.107 0.065 0.057 0.019 0.012 0.005 0.002 31 R 0.111 0.100 0.103 0.206 0.168 0.096 0.087 0.061 0.037 0.021 0.010 32 M 0.034 0.049 0.055 0.109 0.125 0.165 0.196 0.118 0.078 0.047 0.024 33 T 0.036 0.094 0.070 0.266 0.167 0.128 0.122 0.053 0.037 0.020 0.009 34 A 0.010 0.011 0.013 0.024 0.031 0.059 0.140 0.177 0.221 0.181 0.133 35 V 0.065 0.105 0.079 0.256 0.208 0.111 0.086 0.035 0.029 0.019 0.009 36 V 0.017 0.020 0.021 0.037 0.031 0.053 0.110 0.106 0.172 0.196 0.238 37 H 0.135 0.198 0.050 0.235 0.169 0.075 0.068 0.029 0.020 0.012 0.009 38 D 0.378 0.324 0.040 0.106 0.072 0.023 0.023 0.013 0.010 0.006 0.005 39 R 0.067 0.076 0.020 0.132 0.194 0.178 0.145 0.078 0.055 0.033 0.022 40 E 0.144 0.146 0.049 0.226 0.161 0.125 0.084 0.030 0.020 0.009 0.005 41 V 0.001 0.002 0.003 0.012 0.020 0.037 0.104 0.243 0.220 0.210 0.147 42 V 0.001 0.004 0.007 0.021 0.028 0.034 0.112 0.247 0.210 0.195 0.141 43 I 0.001 0.002 0.006 0.008 0.008 0.016 0.058 0.126 0.232 0.300 0.243 44 F 0.002 0.005 0.017 0.026 0.024 0.057 0.147 0.131 0.204 0.196 0.193 45 Y 0.004 0.005 0.010 0.031 0.037 0.086 0.192 0.167 0.181 0.158 0.129 46 H 0.040 0.085 0.029 0.128 0.133 0.178 0.160 0.098 0.073 0.043 0.034 47 K 0.299 0.371 0.036 0.136 0.094 0.025 0.018 0.010 0.005 0.004 0.002 48 G 0.417 0.131 0.018 0.084 0.094 0.059 0.067 0.054 0.036 0.024 0.015 49 E 0.096 0.227 0.041 0.243 0.209 0.075 0.048 0.024 0.020 0.012 0.006 50 Y 0.006 0.007 0.008 0.022 0.023 0.047 0.128 0.138 0.225 0.207 0.190 51 H 0.012 0.046 0.027 0.159 0.209 0.169 0.185 0.102 0.056 0.024 0.013 52 A 0.002 0.007 0.012 0.021 0.017 0.024 0.062 0.100 0.222 0.268 0.267 53 M 0.004 0.005 0.011 0.027 0.030 0.050 0.135 0.157 0.211 0.178 0.193 54 D 0.021 0.043 0.072 0.140 0.120 0.128 0.144 0.108 0.104 0.076 0.046 55 I 0.028 0.027 0.039 0.102 0.110 0.151 0.184 0.126 0.106 0.079 0.046 56 R 0.042 0.041 0.047 0.127 0.122 0.120 0.157 0.112 0.110 0.078 0.044 57 C 0.022 0.022 0.020 0.038 0.042 0.057 0.126 0.175 0.196 0.173 0.128 58 Y 0.062 0.080 0.086 0.176 0.140 0.119 0.125 0.074 0.063 0.047 0.027 59 H 0.037 0.031 0.036 0.056 0.056 0.077 0.131 0.132 0.164 0.155 0.126 60 S 0.075 0.087 0.047 0.146 0.132 0.147 0.145 0.081 0.067 0.046 0.026 61 G 0.254 0.138 0.052 0.146 0.098 0.084 0.083 0.050 0.044 0.030 0.021 62 G 0.035 0.024 0.015 0.035 0.049 0.060 0.121 0.160 0.187 0.172 0.142 63 P 0.122 0.144 0.047 0.180 0.167 0.096 0.102 0.059 0.042 0.025 0.016 64 L 0.010 0.008 0.010 0.017 0.015 0.026 0.065 0.090 0.210 0.293 0.256 65 H 0.056 0.106 0.048 0.173 0.161 0.126 0.138 0.071 0.060 0.036 0.026 66 L 0.082 0.099 0.036 0.134 0.120 0.102 0.135 0.098 0.087 0.060 0.046 67 G 0.204 0.083 0.039 0.105 0.111 0.101 0.110 0.076 0.071 0.060 0.040 68 E 0.096 0.165 0.059 0.224 0.203 0.087 0.082 0.038 0.025 0.014 0.007 69 I 0.011 0.012 0.011 0.032 0.028 0.045 0.113 0.139 0.211 0.196 0.201 70 E 0.081 0.118 0.085 0.245 0.219 0.094 0.080 0.037 0.022 0.013 0.006 71 D 0.225 0.251 0.128 0.183 0.093 0.047 0.036 0.017 0.010 0.006 0.003 72 F 0.106 0.054 0.027 0.086 0.097 0.150 0.184 0.109 0.085 0.058 0.044 73 N 0.486 0.240 0.054 0.096 0.047 0.026 0.023 0.012 0.008 0.005 0.002 74 G 0.281 0.159 0.064 0.142 0.108 0.072 0.074 0.044 0.028 0.018 0.011 75 Q 0.150 0.107 0.054 0.133 0.140 0.124 0.113 0.070 0.054 0.034 0.022 76 S 0.199 0.159 0.068 0.188 0.126 0.099 0.085 0.033 0.024 0.012 0.006 77 C 0.044 0.053 0.048 0.131 0.139 0.139 0.159 0.107 0.087 0.053 0.040 78 I 0.012 0.012 0.014 0.027 0.033 0.060 0.130 0.169 0.209 0.182 0.152 79 V 0.023 0.046 0.058 0.168 0.162 0.132 0.158 0.099 0.074 0.052 0.028 80 C 0.006 0.008 0.016 0.018 0.020 0.033 0.081 0.138 0.224 0.248 0.207 81 P 0.050 0.057 0.050 0.128 0.114 0.127 0.163 0.092 0.093 0.077 0.049 82 W 0.038 0.032 0.029 0.066 0.069 0.079 0.131 0.143 0.159 0.142 0.112 83 H 0.022 0.024 0.021 0.067 0.084 0.136 0.174 0.148 0.136 0.109 0.079 84 K 0.075 0.121 0.086 0.215 0.168 0.099 0.081 0.047 0.048 0.041 0.019 85 Y 0.012 0.012 0.013 0.029 0.036 0.073 0.133 0.180 0.194 0.169 0.150 86 K 0.030 0.067 0.058 0.248 0.199 0.136 0.105 0.053 0.049 0.036 0.019 87 I 0.004 0.007 0.010 0.013 0.016 0.027 0.079 0.146 0.235 0.243 0.219 88 T 0.039 0.104 0.075 0.230 0.223 0.102 0.104 0.050 0.036 0.025 0.012 89 L 0.005 0.006 0.009 0.018 0.015 0.034 0.074 0.097 0.204 0.275 0.262 90 A 0.111 0.226 0.073 0.264 0.168 0.072 0.044 0.017 0.012 0.007 0.004 91 T 0.268 0.329 0.044 0.169 0.102 0.034 0.027 0.013 0.008 0.004 0.002 92 G 0.166 0.048 0.016 0.060 0.078 0.079 0.122 0.106 0.117 0.102 0.105 93 E 0.161 0.295 0.048 0.253 0.160 0.040 0.025 0.009 0.006 0.002 0.001 94 G 0.014 0.012 0.015 0.029 0.019 0.031 0.082 0.094 0.221 0.235 0.248 95 L 0.018 0.033 0.022 0.134 0.158 0.145 0.187 0.105 0.098 0.059 0.041 96 Y 0.049 0.117 0.062 0.166 0.116 0.103 0.123 0.083 0.087 0.054 0.040 97 Q 0.033 0.027 0.026 0.072 0.093 0.105 0.172 0.133 0.135 0.120 0.084 98 S 0.102 0.085 0.052 0.127 0.096 0.106 0.144 0.096 0.086 0.062 0.042 99 I 0.033 0.029 0.026 0.076 0.082 0.088 0.150 0.157 0.144 0.121 0.092 100 N 0.092 0.125 0.066 0.150 0.141 0.102 0.121 0.080 0.055 0.041 0.026 101 P 0.203 0.130 0.064 0.147 0.124 0.090 0.093 0.061 0.042 0.029 0.017 102 K 0.500 0.177 0.049 0.103 0.063 0.035 0.031 0.018 0.012 0.008 0.005 103 D 0.155 0.097 0.035 0.106 0.102 0.116 0.135 0.095 0.076 0.052 0.032 104 P 0.282 0.150 0.048 0.115 0.100 0.081 0.092 0.052 0.040 0.025 0.014 105 S 0.216 0.129 0.067 0.139 0.114 0.090 0.099 0.056 0.044 0.028 0.017 106 A 0.136 0.089 0.049 0.107 0.100 0.105 0.145 0.098 0.083 0.053 0.034 107 K 0.140 0.125 0.048 0.151 0.133 0.102 0.127 0.068 0.053 0.033 0.019 108 P 0.086 0.050 0.031 0.099 0.105 0.145 0.179 0.120 0.095 0.056 0.035 109 K 0.207 0.146 0.095 0.179 0.111 0.092 0.077 0.034 0.030 0.019 0.009 110 W 0.034 0.045 0.028 0.070 0.079 0.101 0.181 0.178 0.121 0.100 0.062 111 C 0.026 0.037 0.028 0.074 0.082 0.117 0.180 0.156 0.118 0.099 0.083 112 S 0.246 0.257 0.107 0.164 0.093 0.048 0.035 0.020 0.013 0.010 0.006 113 K 0.524 0.213 0.058 0.107 0.051 0.021 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 114 G 0.468 0.129 0.025 0.136 0.096 0.057 0.041 0.021 0.015 0.008 0.004 115 V 0.015 0.019 0.012 0.034 0.036 0.069 0.128 0.140 0.197 0.191 0.159 116 K 0.092 0.199 0.080 0.278 0.163 0.088 0.065 0.018 0.010 0.005 0.002 117 Q 0.027 0.022 0.024 0.028 0.029 0.043 0.084 0.105 0.193 0.226 0.218 118 R 0.066 0.109 0.047 0.217 0.161 0.169 0.121 0.042 0.033 0.023 0.013 119 I 0.056 0.086 0.056 0.179 0.117 0.119 0.118 0.076 0.076 0.067 0.051 120 H 0.010 0.010 0.010 0.027 0.048 0.082 0.132 0.243 0.162 0.146 0.131 121 T 0.078 0.195 0.105 0.318 0.160 0.068 0.039 0.016 0.010 0.008 0.003 122 V 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.013 0.043 0.113 0.225 0.279 0.312 123 K 0.066 0.149 0.088 0.294 0.240 0.061 0.051 0.019 0.015 0.012 0.005 124 V 0.029 0.043 0.042 0.087 0.075 0.089 0.136 0.104 0.134 0.137 0.123 125 D 0.166 0.253 0.065 0.224 0.139 0.068 0.044 0.016 0.013 0.007 0.005 126 N 0.321 0.265 0.036 0.125 0.107 0.045 0.048 0.023 0.016 0.008 0.005 127 G 0.128 0.102 0.030 0.136 0.152 0.126 0.130 0.078 0.060 0.035 0.022 128 N 0.024 0.061 0.032 0.187 0.211 0.189 0.157 0.068 0.043 0.018 0.009 129 I 0.001 0.002 0.004 0.008 0.010 0.020 0.079 0.180 0.244 0.246 0.206 130 Y 0.004 0.013 0.017 0.071 0.086 0.097 0.186 0.168 0.165 0.112 0.083 131 V 0.001 0.002 0.005 0.007 0.006 0.014 0.040 0.094 0.225 0.289 0.317 132 T 0.006 0.018 0.030 0.095 0.117 0.122 0.194 0.144 0.115 0.099 0.059 133 L 0.003 0.008 0.010 0.021 0.024 0.047 0.113 0.202 0.197 0.214 0.162 134 S 0.064 0.191 0.052 0.224 0.194 0.098 0.078 0.043 0.025 0.022 0.010 135 K 0.491 0.202 0.046 0.106 0.070 0.027 0.025 0.015 0.009 0.006 0.003 136 E 0.525 0.201 0.033 0.109 0.068 0.027 0.018 0.009 0.006 0.004 0.002 137 P 0.105 0.092 0.034 0.111 0.086 0.092 0.132 0.091 0.110 0.090 0.057 138 F 0.040 0.058 0.029 0.094 0.101 0.175 0.214 0.115 0.090 0.052 0.032 139 K 0.271 0.229 0.125 0.179 0.085 0.045 0.032 0.014 0.010 0.006 0.003 140 C 0.067 0.045 0.031 0.071 0.086 0.120 0.161 0.154 0.117 0.085 0.063 141 D 0.212 0.208 0.062 0.152 0.116 0.068 0.068 0.038 0.032 0.027 0.016 142 S 0.068 0.050 0.039 0.103 0.101 0.133 0.164 0.125 0.099 0.068 0.049 143 D 0.283 0.180 0.119 0.178 0.103 0.054 0.038 0.019 0.014 0.009 0.004 144 Y 0.070 0.052 0.034 0.111 0.114 0.110 0.173 0.128 0.101 0.069 0.040 145 Y 0.034 0.038 0.027 0.066 0.065 0.093 0.144 0.135 0.162 0.143 0.093 146 A 0.080 0.156 0.082 0.174 0.130 0.117 0.118 0.053 0.043 0.030 0.017 147 T 0.147 0.141 0.070 0.150 0.137 0.095 0.100 0.067 0.044 0.028 0.020 148 G 0.475 0.132 0.041 0.087 0.070 0.056 0.055 0.031 0.024 0.018 0.010 149 E 0.156 0.219 0.058 0.226 0.151 0.075 0.057 0.024 0.017 0.010 0.005 150 F 0.019 0.012 0.011 0.031 0.039 0.060 0.124 0.198 0.193 0.153 0.161 151 K 0.111 0.144 0.104 0.251 0.173 0.093 0.061 0.028 0.018 0.012 0.004 152 V 0.039 0.070 0.089 0.145 0.110 0.114 0.131 0.103 0.094 0.067 0.038 153 I 0.031 0.027 0.031 0.062 0.069 0.093 0.162 0.152 0.150 0.135 0.088 154 Q 0.071 0.070 0.070 0.133 0.115 0.122 0.143 0.096 0.082 0.066 0.032 155 S 0.136 0.148 0.118 0.150 0.113 0.086 0.086 0.059 0.047 0.036 0.019 156 S 0.236 0.127 0.057 0.122 0.106 0.089 0.101 0.061 0.049 0.034 0.018 157 S 0.305 0.117 0.045 0.100 0.090 0.078 0.090 0.060 0.054 0.039 0.022