# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2619 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.055 0.010 0.010 0.019 0.021 0.046 0.151 0.003 0.001 0.003 0.682 2 D 0.097 0.005 0.002 0.027 0.023 0.073 0.090 0.001 0.001 0.007 0.676 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.974 4 E 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.711 0.001 0.001 0.005 0.267 5 I 0.560 0.052 0.001 0.004 0.002 0.004 0.228 0.001 0.001 0.016 0.132 6 S 0.178 0.575 0.005 0.011 0.008 0.013 0.030 0.004 0.001 0.008 0.169 7 E 0.081 0.484 0.028 0.017 0.013 0.018 0.087 0.005 0.001 0.006 0.263 8 Q 0.082 0.493 0.008 0.007 0.009 0.013 0.105 0.007 0.001 0.003 0.274 9 D 0.041 0.381 0.002 0.003 0.003 0.009 0.036 0.009 0.001 0.004 0.511 10 E 0.044 0.389 0.013 0.003 0.003 0.007 0.077 0.008 0.001 0.002 0.454 11 E 0.133 0.496 0.007 0.004 0.005 0.008 0.128 0.009 0.001 0.003 0.207 12 K 0.253 0.587 0.006 0.002 0.002 0.003 0.013 0.020 0.001 0.002 0.112 13 K 0.123 0.708 0.017 0.006 0.006 0.006 0.008 0.023 0.001 0.001 0.102 14 K 0.154 0.431 0.026 0.016 0.011 0.012 0.016 0.045 0.001 0.002 0.287 15 Y 0.161 0.176 0.021 0.018 0.012 0.019 0.033 0.044 0.001 0.004 0.513 16 T 0.219 0.070 0.024 0.051 0.028 0.030 0.071 0.024 0.001 0.007 0.476 17 S 0.052 0.013 0.014 0.029 0.009 0.015 0.063 0.004 0.001 0.001 0.800 18 V 0.060 0.018 0.012 0.298 0.109 0.139 0.138 0.001 0.001 0.008 0.216 19 C 0.015 0.007 0.002 0.088 0.023 0.027 0.085 0.001 0.001 0.001 0.751 20 V 0.029 0.021 0.002 0.280 0.132 0.282 0.035 0.001 0.001 0.003 0.215 21 G 0.023 0.033 0.002 0.155 0.123 0.196 0.120 0.001 0.001 0.006 0.341 22 R 0.016 0.031 0.002 0.050 0.057 0.112 0.161 0.001 0.001 0.004 0.565 23 E 0.057 0.070 0.002 0.035 0.047 0.129 0.097 0.001 0.001 0.005 0.558 24 E 0.038 0.094 0.001 0.008 0.024 0.038 0.332 0.002 0.001 0.007 0.456 25 D 0.393 0.152 0.005 0.007 0.010 0.028 0.150 0.010 0.001 0.012 0.233 26 I 0.409 0.359 0.019 0.013 0.020 0.027 0.029 0.010 0.001 0.004 0.109 27 R 0.037 0.296 0.019 0.011 0.051 0.032 0.137 0.012 0.001 0.004 0.401 28 K 0.033 0.091 0.004 0.006 0.018 0.029 0.046 0.016 0.001 0.006 0.751 29 S 0.299 0.093 0.011 0.011 0.032 0.089 0.048 0.031 0.001 0.019 0.368 30 E 0.595 0.020 0.039 0.018 0.030 0.027 0.101 0.006 0.001 0.012 0.151 31 R 0.052 0.008 0.021 0.025 0.020 0.020 0.098 0.003 0.001 0.003 0.749 32 M 0.052 0.008 0.005 0.169 0.251 0.369 0.040 0.001 0.001 0.003 0.104 33 T 0.014 0.007 0.001 0.119 0.114 0.174 0.066 0.001 0.001 0.001 0.502 34 A 0.007 0.003 0.001 0.117 0.289 0.509 0.013 0.001 0.001 0.001 0.061 35 V 0.006 0.005 0.001 0.095 0.293 0.301 0.039 0.001 0.001 0.001 0.259 36 V 0.004 0.004 0.001 0.055 0.328 0.447 0.023 0.001 0.001 0.001 0.137 37 H 0.009 0.005 0.001 0.053 0.171 0.332 0.076 0.001 0.001 0.004 0.349 38 D 0.067 0.002 0.001 0.044 0.063 0.112 0.078 0.002 0.001 0.021 0.610 39 R 0.229 0.001 0.005 0.048 0.083 0.101 0.145 0.001 0.001 0.008 0.381 40 E 0.006 0.001 0.001 0.016 0.018 0.018 0.084 0.001 0.001 0.001 0.857 41 V 0.012 0.001 0.002 0.122 0.226 0.391 0.044 0.001 0.001 0.002 0.201 42 V 0.010 0.001 0.001 0.266 0.263 0.411 0.010 0.001 0.001 0.001 0.037 43 I 0.002 0.001 0.001 0.145 0.303 0.492 0.006 0.001 0.001 0.001 0.052 44 F 0.001 0.001 0.001 0.264 0.257 0.441 0.007 0.001 0.001 0.002 0.028 45 Y 0.002 0.001 0.001 0.071 0.374 0.466 0.013 0.001 0.001 0.001 0.071 46 H 0.002 0.002 0.001 0.066 0.273 0.343 0.096 0.001 0.001 0.003 0.215 47 K 0.002 0.001 0.001 0.014 0.049 0.107 0.118 0.001 0.001 0.002 0.707 48 G 0.022 0.001 0.001 0.012 0.031 0.055 0.205 0.001 0.001 0.020 0.654 49 E 0.626 0.001 0.001 0.014 0.036 0.051 0.099 0.001 0.001 0.007 0.164 50 Y 0.033 0.004 0.002 0.022 0.119 0.130 0.080 0.001 0.001 0.002 0.608 51 H 0.010 0.001 0.001 0.038 0.320 0.580 0.016 0.001 0.001 0.001 0.034 52 A 0.008 0.007 0.001 0.054 0.279 0.393 0.036 0.001 0.001 0.001 0.221 53 M 0.005 0.008 0.001 0.082 0.301 0.559 0.010 0.001 0.001 0.002 0.033 54 D 0.006 0.026 0.001 0.047 0.253 0.455 0.065 0.001 0.001 0.002 0.145 55 I 0.024 0.041 0.002 0.088 0.128 0.306 0.078 0.002 0.001 0.006 0.326 56 R 0.061 0.055 0.009 0.049 0.061 0.131 0.269 0.004 0.001 0.020 0.342 57 C 0.169 0.080 0.011 0.048 0.040 0.082 0.106 0.007 0.001 0.017 0.439 58 Y 0.030 0.038 0.003 0.016 0.019 0.033 0.071 0.007 0.001 0.006 0.778 59 H 0.141 0.068 0.009 0.030 0.039 0.055 0.168 0.011 0.001 0.011 0.468 60 S 0.297 0.121 0.008 0.023 0.018 0.029 0.163 0.012 0.001 0.021 0.307 61 G 0.342 0.046 0.021 0.034 0.013 0.024 0.037 0.021 0.001 0.103 0.360 62 G 0.187 0.016 0.255 0.082 0.042 0.031 0.186 0.003 0.001 0.007 0.191 63 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.956 64 L 0.017 0.006 0.001 0.121 0.128 0.412 0.056 0.001 0.001 0.002 0.255 65 H 0.027 0.025 0.001 0.148 0.099 0.094 0.172 0.001 0.001 0.006 0.428 66 L 0.073 0.024 0.001 0.065 0.060 0.109 0.095 0.002 0.001 0.011 0.560 67 G 0.198 0.043 0.004 0.080 0.063 0.114 0.122 0.003 0.001 0.041 0.332 68 E 0.174 0.022 0.016 0.050 0.058 0.066 0.176 0.003 0.001 0.008 0.427 69 I 0.042 0.030 0.007 0.040 0.153 0.260 0.069 0.002 0.001 0.004 0.394 70 E 0.028 0.030 0.002 0.047 0.175 0.372 0.092 0.002 0.001 0.003 0.249 71 D 0.032 0.038 0.002 0.024 0.113 0.126 0.087 0.005 0.001 0.003 0.569 72 F 0.062 0.024 0.001 0.013 0.059 0.152 0.071 0.003 0.001 0.003 0.611 73 N 0.065 0.017 0.003 0.014 0.038 0.058 0.271 0.004 0.001 0.021 0.508 74 G 0.329 0.007 0.014 0.013 0.020 0.025 0.104 0.005 0.001 0.040 0.444 75 Q 0.260 0.004 0.030 0.015 0.025 0.034 0.172 0.001 0.001 0.004 0.454 76 S 0.016 0.001 0.001 0.022 0.057 0.064 0.120 0.001 0.001 0.002 0.715 77 C 0.023 0.002 0.001 0.057 0.147 0.334 0.065 0.001 0.001 0.002 0.369 78 I 0.040 0.004 0.001 0.124 0.195 0.329 0.050 0.001 0.001 0.002 0.255 79 V 0.018 0.006 0.001 0.110 0.179 0.346 0.052 0.001 0.001 0.003 0.284 80 C 0.012 0.004 0.001 0.097 0.245 0.337 0.048 0.001 0.001 0.002 0.256 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.986 82 W 0.009 0.002 0.001 0.064 0.082 0.197 0.134 0.001 0.001 0.006 0.505 83 H 0.222 0.018 0.001 0.048 0.080 0.139 0.113 0.001 0.001 0.023 0.357 84 K 0.163 0.024 0.003 0.048 0.058 0.077 0.080 0.002 0.001 0.022 0.521 85 Y 0.085 0.029 0.005 0.081 0.172 0.139 0.149 0.001 0.001 0.007 0.332 86 K 0.104 0.019 0.003 0.075 0.135 0.251 0.077 0.002 0.001 0.004 0.331 87 I 0.051 0.029 0.007 0.102 0.249 0.277 0.044 0.002 0.001 0.004 0.236 88 T 0.017 0.013 0.003 0.081 0.164 0.236 0.102 0.003 0.001 0.003 0.378 89 L 0.033 0.010 0.002 0.085 0.156 0.384 0.030 0.001 0.001 0.002 0.298 90 A 0.006 0.013 0.001 0.044 0.065 0.113 0.521 0.001 0.001 0.007 0.229 91 T 0.117 0.013 0.001 0.026 0.020 0.029 0.492 0.002 0.001 0.038 0.261 92 G 0.414 0.051 0.007 0.033 0.029 0.052 0.071 0.006 0.001 0.091 0.245 93 E 0.208 0.017 0.079 0.049 0.056 0.045 0.423 0.002 0.001 0.014 0.106 94 G 0.032 0.010 0.014 0.046 0.093 0.076 0.098 0.003 0.001 0.006 0.623 95 L 0.021 0.008 0.002 0.056 0.175 0.660 0.014 0.001 0.001 0.001 0.063 96 Y 0.025 0.018 0.002 0.095 0.116 0.218 0.091 0.004 0.001 0.004 0.427 97 Q 0.031 0.017 0.001 0.103 0.230 0.299 0.050 0.002 0.001 0.003 0.265 98 S 0.006 0.004 0.001 0.012 0.019 0.042 0.052 0.002 0.001 0.001 0.861 99 I 0.054 0.011 0.004 0.052 0.058 0.162 0.150 0.002 0.001 0.011 0.496 100 N 0.110 0.011 0.002 0.024 0.024 0.036 0.178 0.003 0.001 0.009 0.604 101 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.988 102 K 0.018 0.003 0.003 0.009 0.005 0.013 0.376 0.001 0.001 0.005 0.567 103 D 0.581 0.009 0.002 0.011 0.008 0.014 0.106 0.001 0.001 0.023 0.244 104 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.977 105 S 0.028 0.009 0.005 0.014 0.010 0.015 0.473 0.001 0.001 0.009 0.436 106 A 0.344 0.022 0.001 0.012 0.005 0.012 0.192 0.001 0.001 0.023 0.387 107 K 0.211 0.121 0.009 0.028 0.016 0.030 0.131 0.003 0.001 0.013 0.439 108 P 0.005 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.957 109 K 0.054 0.064 0.003 0.020 0.028 0.046 0.188 0.003 0.001 0.005 0.588 110 W 0.343 0.143 0.003 0.018 0.012 0.025 0.057 0.008 0.001 0.006 0.385 111 C 0.145 0.295 0.009 0.030 0.030 0.042 0.083 0.010 0.001 0.005 0.350 112 S 0.125 0.160 0.005 0.030 0.021 0.028 0.097 0.009 0.001 0.009 0.515 113 K 0.090 0.085 0.004 0.011 0.009 0.014 0.137 0.012 0.001 0.007 0.631 114 G 0.390 0.048 0.015 0.016 0.012 0.018 0.147 0.011 0.001 0.027 0.318 115 V 0.368 0.053 0.088 0.036 0.045 0.048 0.124 0.004 0.001 0.010 0.223 116 K 0.039 0.024 0.010 0.084 0.094 0.119 0.101 0.003 0.001 0.008 0.519 117 Q 0.038 0.016 0.005 0.059 0.124 0.226 0.081 0.002 0.001 0.003 0.445 118 R 0.034 0.012 0.001 0.086 0.332 0.304 0.035 0.001 0.001 0.002 0.194 119 I 0.007 0.002 0.001 0.018 0.044 0.098 0.034 0.001 0.001 0.001 0.795 120 H 0.017 0.001 0.001 0.070 0.335 0.515 0.012 0.001 0.001 0.001 0.047 121 T 0.004 0.001 0.001 0.017 0.039 0.061 0.031 0.001 0.001 0.001 0.848 122 V 0.002 0.001 0.001 0.052 0.300 0.488 0.015 0.001 0.001 0.001 0.142 123 K 0.006 0.002 0.001 0.090 0.311 0.420 0.029 0.001 0.001 0.001 0.141 124 V 0.008 0.002 0.001 0.027 0.358 0.377 0.016 0.001 0.001 0.001 0.211 125 D 0.005 0.002 0.001 0.028 0.312 0.431 0.030 0.001 0.001 0.001 0.191 126 N 0.011 0.001 0.001 0.015 0.128 0.261 0.039 0.001 0.001 0.002 0.543 127 G 0.055 0.001 0.001 0.029 0.167 0.228 0.113 0.001 0.001 0.014 0.391 128 N 0.252 0.001 0.006 0.042 0.122 0.132 0.150 0.001 0.001 0.009 0.285 129 I 0.012 0.001 0.001 0.046 0.417 0.408 0.032 0.001 0.001 0.001 0.082 130 Y 0.002 0.001 0.001 0.040 0.242 0.674 0.008 0.001 0.001 0.001 0.033 131 V 0.004 0.001 0.001 0.088 0.351 0.467 0.016 0.001 0.001 0.002 0.072 132 T 0.004 0.001 0.001 0.048 0.377 0.470 0.020 0.001 0.001 0.001 0.079 133 L 0.002 0.002 0.001 0.063 0.216 0.398 0.066 0.001 0.001 0.003 0.249 134 S 0.006 0.002 0.001 0.037 0.065 0.153 0.306 0.001 0.001 0.009 0.420 135 K 0.059 0.001 0.001 0.013 0.006 0.017 0.157 0.001 0.001 0.031 0.715 136 E 0.022 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.470 0.001 0.001 0.005 0.492 137 P 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.951 138 F 0.059 0.011 0.006 0.009 0.010 0.018 0.172 0.001 0.001 0.006 0.708 139 K 0.206 0.017 0.003 0.017 0.011 0.017 0.101 0.002 0.001 0.013 0.613 140 C 0.117 0.028 0.004 0.017 0.012 0.019 0.078 0.003 0.001 0.005 0.716 141 D 0.091 0.026 0.003 0.027 0.010 0.021 0.102 0.002 0.001 0.006 0.714 142 S 0.065 0.039 0.003 0.028 0.009 0.017 0.193 0.002 0.001 0.010 0.635 143 D 0.133 0.066 0.004 0.025 0.011 0.021 0.266 0.003 0.001 0.018 0.452 144 Y 0.180 0.137 0.008 0.031 0.010 0.018 0.194 0.006 0.001 0.010 0.407 145 Y 0.156 0.235 0.010 0.034 0.027 0.036 0.172 0.008 0.001 0.013 0.309 146 A 0.164 0.281 0.016 0.029 0.027 0.039 0.129 0.014 0.001 0.008 0.294 147 T 0.111 0.203 0.011 0.022 0.020 0.037 0.078 0.014 0.001 0.006 0.497 148 G 0.078 0.097 0.010 0.017 0.021 0.036 0.089 0.011 0.001 0.018 0.623 149 E 0.138 0.056 0.024 0.021 0.014 0.024 0.233 0.007 0.001 0.012 0.470 150 F 0.176 0.114 0.018 0.036 0.028 0.048 0.175 0.006 0.001 0.008 0.392 151 K 0.097 0.169 0.010 0.080 0.085 0.099 0.106 0.005 0.001 0.009 0.341 152 V 0.029 0.078 0.005 0.045 0.034 0.049 0.057 0.007 0.001 0.002 0.694 153 I 0.107 0.120 0.005 0.098 0.116 0.220 0.047 0.006 0.001 0.003 0.278 154 Q 0.099 0.153 0.006 0.069 0.093 0.118 0.085 0.008 0.001 0.005 0.364 155 S 0.071 0.096 0.007 0.046 0.058 0.088 0.096 0.011 0.001 0.006 0.523 156 S 0.116 0.036 0.007 0.035 0.023 0.050 0.091 0.006 0.001 0.007 0.630 157 S 0.076 0.027 0.011 0.025 0.020 0.032 0.307 0.004 0.001 0.011 0.487