# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2619 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.046 0.012 0.040 0.011 0.022 0.147 0.009 0.713 2 D 0.058 0.017 0.020 0.014 0.027 0.154 0.005 0.705 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 4 E 0.005 0.004 0.002 0.002 0.006 0.750 0.001 0.229 5 I 0.410 0.055 0.004 0.002 0.006 0.321 0.007 0.195 6 S 0.049 0.827 0.003 0.004 0.005 0.015 0.002 0.094 7 E 0.084 0.549 0.014 0.008 0.019 0.041 0.012 0.273 8 Q 0.161 0.331 0.015 0.008 0.016 0.069 0.019 0.381 9 D 0.102 0.353 0.004 0.005 0.017 0.054 0.014 0.451 10 E 0.079 0.467 0.009 0.008 0.018 0.042 0.017 0.361 11 E 0.136 0.416 0.010 0.008 0.010 0.097 0.032 0.292 12 K 0.217 0.371 0.020 0.013 0.014 0.042 0.029 0.294 13 K 0.217 0.268 0.025 0.024 0.031 0.051 0.029 0.357 14 K 0.104 0.145 0.066 0.036 0.046 0.083 0.028 0.493 15 Y 0.080 0.087 0.055 0.042 0.050 0.091 0.028 0.567 16 T 0.118 0.048 0.078 0.057 0.058 0.109 0.028 0.503 17 S 0.053 0.015 0.072 0.026 0.040 0.098 0.009 0.687 18 V 0.046 0.021 0.253 0.153 0.162 0.104 0.008 0.253 19 C 0.019 0.015 0.156 0.130 0.153 0.067 0.005 0.455 20 V 0.020 0.018 0.205 0.125 0.238 0.043 0.005 0.346 21 G 0.030 0.022 0.205 0.186 0.252 0.069 0.005 0.232 22 R 0.026 0.022 0.055 0.096 0.230 0.105 0.006 0.460 23 E 0.025 0.023 0.037 0.038 0.202 0.072 0.005 0.599 24 E 0.044 0.026 0.014 0.030 0.057 0.246 0.013 0.570 25 D 0.250 0.034 0.005 0.016 0.018 0.118 0.028 0.531 26 I 0.353 0.128 0.037 0.037 0.063 0.056 0.020 0.306 27 R 0.047 0.153 0.028 0.057 0.094 0.129 0.014 0.478 28 K 0.043 0.068 0.016 0.021 0.045 0.050 0.020 0.738 29 S 0.183 0.085 0.021 0.033 0.029 0.072 0.088 0.490 30 E 0.510 0.012 0.035 0.024 0.017 0.087 0.073 0.243 31 R 0.016 0.004 0.063 0.027 0.024 0.066 0.007 0.794 32 M 0.041 0.003 0.108 0.220 0.380 0.110 0.005 0.134 33 T 0.019 0.002 0.071 0.170 0.268 0.041 0.001 0.428 34 A 0.004 0.001 0.105 0.317 0.438 0.016 0.001 0.117 35 V 0.007 0.002 0.085 0.308 0.385 0.029 0.001 0.183 36 V 0.007 0.002 0.059 0.285 0.464 0.026 0.002 0.155 37 H 0.008 0.002 0.037 0.248 0.402 0.059 0.004 0.239 38 D 0.036 0.002 0.039 0.116 0.217 0.102 0.029 0.459 39 R 0.210 0.001 0.055 0.091 0.138 0.227 0.017 0.262 40 E 0.017 0.001 0.047 0.142 0.118 0.119 0.005 0.552 41 V 0.011 0.001 0.084 0.221 0.482 0.061 0.002 0.139 42 V 0.003 0.001 0.217 0.394 0.366 0.007 0.001 0.012 43 I 0.001 0.001 0.141 0.395 0.390 0.005 0.001 0.069 44 F 0.001 0.001 0.285 0.270 0.402 0.005 0.001 0.037 45 Y 0.001 0.001 0.221 0.321 0.360 0.018 0.001 0.078 46 H 0.001 0.001 0.079 0.115 0.350 0.082 0.002 0.372 47 K 0.003 0.001 0.018 0.014 0.045 0.116 0.003 0.802 48 G 0.034 0.002 0.027 0.051 0.028 0.176 0.035 0.647 49 E 0.574 0.001 0.011 0.013 0.026 0.246 0.009 0.121 50 Y 0.004 0.001 0.022 0.063 0.042 0.029 0.001 0.839 51 H 0.003 0.001 0.055 0.323 0.569 0.018 0.001 0.031 52 A 0.009 0.003 0.051 0.198 0.442 0.025 0.001 0.271 53 M 0.004 0.006 0.098 0.225 0.606 0.015 0.001 0.044 54 D 0.013 0.034 0.057 0.227 0.365 0.070 0.003 0.230 55 I 0.058 0.066 0.102 0.107 0.219 0.072 0.024 0.352 56 R 0.152 0.034 0.061 0.045 0.090 0.208 0.030 0.380 57 C 0.164 0.065 0.086 0.084 0.099 0.095 0.029 0.379 58 Y 0.021 0.049 0.051 0.032 0.061 0.095 0.012 0.679 59 H 0.048 0.101 0.057 0.047 0.073 0.120 0.018 0.536 60 S 0.135 0.127 0.078 0.051 0.062 0.135 0.042 0.369 61 G 0.244 0.046 0.053 0.027 0.034 0.060 0.080 0.455 62 G 0.200 0.014 0.324 0.080 0.050 0.056 0.016 0.260 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 64 L 0.013 0.004 0.085 0.061 0.308 0.080 0.003 0.446 65 H 0.072 0.017 0.097 0.114 0.140 0.181 0.010 0.370 66 L 0.092 0.016 0.044 0.070 0.134 0.076 0.013 0.555 67 G 0.145 0.019 0.071 0.123 0.103 0.086 0.017 0.437 68 E 0.122 0.008 0.049 0.064 0.094 0.182 0.010 0.470 69 I 0.040 0.017 0.046 0.185 0.289 0.076 0.004 0.342 70 E 0.028 0.021 0.024 0.166 0.332 0.080 0.004 0.344 71 D 0.029 0.028 0.024 0.106 0.227 0.086 0.010 0.490 72 F 0.084 0.047 0.022 0.049 0.074 0.122 0.018 0.583 73 N 0.076 0.037 0.016 0.053 0.037 0.201 0.061 0.521 74 G 0.322 0.015 0.025 0.038 0.024 0.061 0.152 0.363 75 Q 0.205 0.004 0.119 0.028 0.063 0.292 0.009 0.280 76 S 0.008 0.003 0.034 0.083 0.090 0.092 0.003 0.686 77 C 0.045 0.005 0.080 0.134 0.301 0.104 0.005 0.326 78 I 0.035 0.004 0.203 0.221 0.287 0.055 0.004 0.192 79 V 0.015 0.004 0.109 0.192 0.349 0.051 0.003 0.277 80 C 0.009 0.004 0.082 0.270 0.414 0.034 0.002 0.186 81 P 0.001 0.001 0.003 0.008 0.014 0.006 0.001 0.968 82 W 0.011 0.004 0.032 0.073 0.224 0.171 0.006 0.479 83 H 0.169 0.010 0.032 0.056 0.073 0.155 0.021 0.484 84 K 0.158 0.022 0.049 0.096 0.114 0.127 0.018 0.417 85 Y 0.141 0.025 0.092 0.161 0.201 0.135 0.014 0.231 86 K 0.132 0.014 0.070 0.190 0.330 0.091 0.007 0.165 87 I 0.021 0.013 0.069 0.289 0.321 0.037 0.003 0.246 88 T 0.007 0.016 0.037 0.285 0.349 0.034 0.003 0.268 89 L 0.019 0.015 0.063 0.201 0.415 0.032 0.007 0.247 90 A 0.027 0.010 0.023 0.069 0.163 0.463 0.011 0.234 91 T 0.116 0.011 0.019 0.038 0.062 0.323 0.035 0.396 92 G 0.190 0.120 0.076 0.136 0.050 0.057 0.062 0.309 93 E 0.266 0.004 0.133 0.048 0.122 0.255 0.022 0.149 94 G 0.015 0.003 0.046 0.114 0.122 0.042 0.003 0.653 95 L 0.022 0.003 0.093 0.226 0.563 0.029 0.003 0.060 96 Y 0.012 0.004 0.059 0.152 0.205 0.043 0.003 0.523 97 Q 0.017 0.005 0.093 0.167 0.387 0.046 0.004 0.281 98 S 0.006 0.002 0.013 0.046 0.075 0.042 0.002 0.814 99 I 0.075 0.005 0.035 0.050 0.142 0.100 0.012 0.580 100 N 0.061 0.005 0.019 0.035 0.050 0.235 0.006 0.590 101 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 102 K 0.019 0.004 0.009 0.010 0.029 0.247 0.006 0.677 103 D 0.535 0.005 0.009 0.009 0.010 0.118 0.011 0.302 104 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 105 S 0.025 0.006 0.015 0.018 0.058 0.300 0.004 0.572 106 A 0.302 0.016 0.021 0.010 0.018 0.112 0.015 0.507 107 K 0.129 0.043 0.015 0.025 0.044 0.124 0.005 0.615 108 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 109 K 0.026 0.020 0.014 0.028 0.058 0.203 0.005 0.647 110 W 0.313 0.052 0.019 0.030 0.042 0.084 0.015 0.444 111 C 0.175 0.161 0.036 0.065 0.108 0.087 0.013 0.355 112 S 0.098 0.095 0.031 0.033 0.067 0.092 0.012 0.571 113 K 0.091 0.061 0.020 0.021 0.030 0.114 0.023 0.638 114 G 0.394 0.029 0.009 0.011 0.013 0.132 0.088 0.324 115 V 0.599 0.023 0.066 0.033 0.026 0.081 0.037 0.134 116 K 0.023 0.010 0.063 0.058 0.062 0.071 0.010 0.704 117 Q 0.020 0.004 0.057 0.063 0.159 0.054 0.005 0.639 118 R 0.027 0.002 0.164 0.338 0.286 0.046 0.006 0.131 119 I 0.001 0.001 0.012 0.015 0.024 0.010 0.001 0.937 120 H 0.006 0.001 0.263 0.261 0.357 0.029 0.002 0.081 121 T 0.002 0.001 0.029 0.101 0.084 0.022 0.001 0.761 122 V 0.002 0.001 0.063 0.169 0.393 0.021 0.001 0.352 123 K 0.009 0.001 0.151 0.273 0.359 0.044 0.001 0.161 124 V 0.006 0.001 0.054 0.302 0.258 0.037 0.002 0.340 125 D 0.007 0.003 0.071 0.198 0.443 0.055 0.003 0.220 126 N 0.014 0.002 0.036 0.080 0.121 0.113 0.020 0.613 127 G 0.110 0.005 0.059 0.122 0.059 0.127 0.088 0.431 128 N 0.442 0.001 0.030 0.032 0.088 0.325 0.008 0.074 129 I 0.021 0.001 0.059 0.414 0.346 0.063 0.002 0.095 130 Y 0.003 0.001 0.035 0.292 0.644 0.009 0.001 0.017 131 V 0.001 0.001 0.059 0.400 0.492 0.007 0.001 0.040 132 T 0.001 0.001 0.059 0.371 0.504 0.009 0.001 0.055 133 L 0.004 0.001 0.046 0.249 0.554 0.030 0.001 0.114 134 S 0.010 0.002 0.043 0.094 0.377 0.162 0.004 0.309 135 K 0.031 0.002 0.024 0.020 0.075 0.118 0.010 0.719 136 E 0.044 0.004 0.009 0.011 0.017 0.380 0.007 0.528 137 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.984 138 F 0.050 0.016 0.023 0.025 0.050 0.186 0.008 0.642 139 K 0.101 0.017 0.021 0.016 0.028 0.116 0.010 0.691 140 C 0.141 0.033 0.028 0.025 0.058 0.076 0.007 0.630 141 D 0.046 0.014 0.012 0.009 0.024 0.075 0.004 0.816 142 S 0.065 0.022 0.025 0.015 0.028 0.119 0.008 0.718 143 D 0.105 0.043 0.025 0.023 0.034 0.253 0.015 0.502 144 Y 0.192 0.049 0.031 0.017 0.038 0.103 0.014 0.556 145 Y 0.180 0.108 0.082 0.054 0.075 0.156 0.017 0.326 146 A 0.103 0.095 0.078 0.049 0.074 0.174 0.020 0.406 147 T 0.090 0.085 0.050 0.034 0.084 0.066 0.013 0.579 148 G 0.044 0.039 0.030 0.024 0.043 0.081 0.012 0.728 149 E 0.129 0.027 0.020 0.017 0.026 0.214 0.024 0.542 150 F 0.210 0.062 0.062 0.029 0.049 0.109 0.018 0.462 151 K 0.098 0.097 0.076 0.097 0.125 0.143 0.012 0.351 152 V 0.030 0.059 0.047 0.042 0.068 0.069 0.007 0.679 153 I 0.073 0.158 0.113 0.093 0.191 0.075 0.010 0.288 154 Q 0.069 0.187 0.084 0.089 0.121 0.095 0.016 0.339 155 S 0.093 0.146 0.063 0.059 0.098 0.088 0.028 0.425 156 S 0.125 0.063 0.040 0.023 0.040 0.070 0.021 0.617 157 S 0.095 0.045 0.026 0.021 0.033 0.185 0.019 0.576