# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2619 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.081 0.240 0.294 0.123 0.126 0.057 0.020 0.010 0.024 0.025 0.001 2 D 0.149 0.102 0.369 0.128 0.050 0.118 0.021 0.001 0.050 0.007 0.006 3 P 0.956 0.004 0.019 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 4 E 0.822 0.023 0.021 0.109 0.005 0.007 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 5 I 0.761 0.039 0.053 0.115 0.003 0.014 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 6 S 0.795 0.039 0.067 0.062 0.009 0.009 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 7 E 0.736 0.039 0.065 0.099 0.018 0.018 0.013 0.003 0.007 0.001 0.001 8 Q 0.574 0.077 0.145 0.101 0.014 0.031 0.021 0.002 0.033 0.001 0.001 9 D 0.618 0.029 0.148 0.120 0.012 0.035 0.018 0.005 0.013 0.002 0.001 10 E 0.810 0.027 0.072 0.065 0.007 0.008 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 11 E 0.744 0.035 0.056 0.109 0.013 0.017 0.014 0.004 0.006 0.001 0.001 12 K 0.482 0.114 0.129 0.170 0.027 0.025 0.030 0.003 0.016 0.002 0.001 13 K 0.378 0.168 0.251 0.087 0.024 0.041 0.020 0.002 0.026 0.001 0.001 14 K 0.355 0.132 0.278 0.129 0.022 0.045 0.015 0.002 0.019 0.001 0.001 15 Y 0.308 0.148 0.175 0.225 0.056 0.030 0.030 0.007 0.014 0.006 0.001 16 T 0.185 0.198 0.146 0.174 0.099 0.036 0.113 0.017 0.022 0.009 0.001 17 S 0.126 0.328 0.222 0.098 0.084 0.052 0.049 0.009 0.028 0.004 0.001 18 V 0.038 0.694 0.169 0.013 0.055 0.014 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 19 C 0.076 0.289 0.463 0.019 0.023 0.096 0.003 0.001 0.026 0.001 0.003 20 V 0.069 0.595 0.172 0.051 0.046 0.035 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 21 G 0.049 0.214 0.221 0.028 0.356 0.031 0.013 0.014 0.030 0.043 0.001 22 R 0.106 0.319 0.374 0.036 0.104 0.034 0.004 0.001 0.016 0.004 0.001 23 E 0.616 0.084 0.161 0.061 0.027 0.025 0.008 0.002 0.007 0.005 0.004 24 E 0.591 0.077 0.084 0.153 0.034 0.013 0.023 0.012 0.008 0.004 0.001 25 D 0.382 0.113 0.137 0.175 0.025 0.048 0.080 0.012 0.024 0.002 0.002 26 I 0.195 0.205 0.433 0.094 0.007 0.030 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 27 R 0.164 0.133 0.520 0.026 0.027 0.039 0.009 0.001 0.074 0.004 0.001 28 K 0.512 0.015 0.297 0.108 0.008 0.022 0.019 0.004 0.004 0.002 0.010 29 S 0.147 0.031 0.077 0.133 0.064 0.017 0.154 0.305 0.015 0.057 0.001 30 E 0.159 0.163 0.387 0.151 0.045 0.022 0.036 0.007 0.023 0.004 0.002 31 R 0.111 0.188 0.484 0.087 0.037 0.037 0.026 0.006 0.017 0.003 0.004 32 M 0.056 0.576 0.259 0.035 0.047 0.014 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 33 T 0.028 0.690 0.163 0.015 0.064 0.018 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 34 A 0.011 0.800 0.095 0.003 0.070 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 35 V 0.021 0.757 0.129 0.004 0.035 0.038 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 36 V 0.052 0.564 0.232 0.025 0.032 0.053 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 37 H 0.114 0.207 0.118 0.250 0.107 0.034 0.122 0.013 0.020 0.014 0.001 38 D 0.010 0.042 0.039 0.150 0.074 0.021 0.509 0.126 0.016 0.013 0.001 39 R 0.016 0.446 0.425 0.029 0.041 0.006 0.015 0.002 0.017 0.002 0.001 40 E 0.030 0.174 0.702 0.023 0.018 0.027 0.005 0.001 0.013 0.001 0.007 41 V 0.002 0.875 0.060 0.003 0.053 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 42 V 0.002 0.859 0.089 0.001 0.034 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 43 I 0.002 0.851 0.100 0.001 0.018 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 44 F 0.003 0.852 0.084 0.002 0.031 0.016 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 45 Y 0.019 0.601 0.231 0.010 0.068 0.037 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 46 H 0.143 0.255 0.253 0.085 0.086 0.063 0.041 0.014 0.040 0.018 0.002 47 K 0.069 0.045 0.113 0.503 0.032 0.015 0.193 0.010 0.013 0.006 0.001 48 G 0.006 0.004 0.013 0.007 0.047 0.002 0.087 0.730 0.002 0.101 0.001 49 E 0.049 0.414 0.402 0.043 0.044 0.024 0.008 0.001 0.013 0.001 0.001 50 Y 0.033 0.467 0.426 0.018 0.020 0.022 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 51 H 0.058 0.635 0.166 0.013 0.077 0.032 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 52 A 0.098 0.542 0.137 0.031 0.093 0.068 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 53 M 0.177 0.535 0.171 0.030 0.046 0.021 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 54 D 0.355 0.174 0.214 0.067 0.066 0.057 0.026 0.005 0.030 0.005 0.002 55 I 0.396 0.141 0.140 0.129 0.060 0.045 0.054 0.011 0.019 0.005 0.001 56 R 0.269 0.235 0.212 0.161 0.041 0.034 0.016 0.003 0.026 0.002 0.001 57 C 0.169 0.186 0.419 0.042 0.045 0.061 0.016 0.002 0.056 0.004 0.001 58 Y 0.545 0.032 0.242 0.098 0.011 0.041 0.013 0.003 0.007 0.004 0.003 59 H 0.342 0.115 0.142 0.271 0.045 0.015 0.023 0.008 0.024 0.015 0.001 60 S 0.265 0.040 0.185 0.359 0.028 0.013 0.081 0.009 0.008 0.010 0.002 61 G 0.021 0.003 0.025 0.035 0.034 0.005 0.140 0.486 0.002 0.250 0.001 62 G 0.024 0.080 0.371 0.007 0.242 0.007 0.010 0.017 0.037 0.205 0.001 63 P 0.122 0.011 0.784 0.013 0.003 0.024 0.002 0.001 0.002 0.001 0.038 64 L 0.190 0.241 0.334 0.124 0.034 0.033 0.011 0.008 0.020 0.003 0.002 65 H 0.123 0.419 0.208 0.081 0.117 0.020 0.006 0.002 0.020 0.003 0.001 66 L 0.197 0.115 0.404 0.162 0.043 0.027 0.024 0.003 0.017 0.003 0.005 67 G 0.088 0.040 0.124 0.025 0.183 0.013 0.051 0.273 0.010 0.194 0.001 68 E 0.200 0.231 0.391 0.061 0.039 0.044 0.008 0.001 0.022 0.001 0.001 69 I 0.189 0.333 0.349 0.052 0.024 0.027 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 70 E 0.335 0.239 0.205 0.072 0.067 0.049 0.009 0.005 0.016 0.004 0.001 71 D 0.398 0.121 0.160 0.144 0.039 0.064 0.032 0.010 0.023 0.007 0.001 72 F 0.367 0.133 0.047 0.345 0.024 0.013 0.043 0.009 0.013 0.005 0.001 73 N 0.015 0.013 0.031 0.352 0.015 0.008 0.522 0.029 0.009 0.006 0.001 74 G 0.005 0.003 0.011 0.007 0.021 0.003 0.114 0.725 0.001 0.110 0.001 75 Q 0.094 0.233 0.517 0.080 0.032 0.020 0.006 0.001 0.013 0.003 0.001 76 S 0.094 0.265 0.410 0.074 0.079 0.035 0.013 0.004 0.017 0.005 0.004 77 C 0.031 0.687 0.120 0.025 0.094 0.016 0.009 0.002 0.014 0.001 0.001 78 I 0.018 0.768 0.146 0.011 0.028 0.017 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 79 V 0.020 0.617 0.245 0.014 0.030 0.041 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 80 C 0.005 0.199 0.471 0.001 0.039 0.023 0.001 0.001 0.258 0.002 0.001 81 P 0.293 0.003 0.616 0.008 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.059 82 W 0.248 0.121 0.147 0.306 0.049 0.024 0.041 0.037 0.019 0.006 0.001 83 H 0.172 0.191 0.193 0.259 0.079 0.020 0.049 0.009 0.021 0.005 0.001 84 K 0.156 0.130 0.204 0.151 0.127 0.032 0.101 0.058 0.014 0.027 0.001 85 Y 0.077 0.516 0.205 0.077 0.082 0.022 0.008 0.002 0.009 0.002 0.001 86 K 0.038 0.631 0.178 0.028 0.053 0.041 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 87 I 0.015 0.797 0.114 0.011 0.038 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 88 T 0.022 0.301 0.316 0.013 0.051 0.161 0.007 0.001 0.126 0.001 0.001 89 L 0.405 0.119 0.336 0.048 0.024 0.047 0.004 0.002 0.009 0.003 0.003 90 A 0.554 0.159 0.087 0.137 0.029 0.015 0.006 0.001 0.008 0.004 0.001 91 T 0.072 0.124 0.101 0.422 0.083 0.013 0.154 0.006 0.020 0.005 0.001 92 G 0.007 0.007 0.023 0.004 0.085 0.002 0.086 0.517 0.003 0.265 0.001 93 E 0.054 0.332 0.498 0.039 0.032 0.022 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 94 G 0.060 0.245 0.372 0.034 0.117 0.072 0.020 0.029 0.021 0.029 0.001 95 L 0.086 0.595 0.174 0.046 0.059 0.023 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 96 Y 0.059 0.354 0.228 0.090 0.128 0.059 0.026 0.005 0.042 0.006 0.001 97 Q 0.042 0.458 0.287 0.017 0.110 0.020 0.008 0.002 0.051 0.005 0.001 98 S 0.195 0.042 0.638 0.037 0.010 0.041 0.007 0.002 0.010 0.002 0.016 99 I 0.259 0.231 0.253 0.138 0.041 0.034 0.011 0.005 0.024 0.003 0.002 100 N 0.027 0.169 0.474 0.009 0.040 0.027 0.010 0.001 0.237 0.004 0.002 101 P 0.431 0.005 0.480 0.017 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.051 102 K 0.299 0.102 0.135 0.339 0.019 0.035 0.022 0.021 0.024 0.003 0.001 103 D 0.019 0.133 0.357 0.013 0.028 0.030 0.012 0.001 0.406 0.002 0.001 104 P 0.494 0.003 0.397 0.027 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.066 105 S 0.341 0.109 0.221 0.218 0.033 0.020 0.018 0.012 0.021 0.005 0.001 106 A 0.340 0.076 0.325 0.157 0.017 0.037 0.010 0.004 0.028 0.002 0.006 107 K 0.107 0.171 0.531 0.032 0.032 0.024 0.019 0.002 0.077 0.005 0.002 108 P 0.418 0.016 0.494 0.035 0.003 0.015 0.002 0.001 0.003 0.001 0.012 109 K 0.399 0.155 0.178 0.138 0.040 0.025 0.027 0.013 0.021 0.003 0.001 110 W 0.243 0.208 0.266 0.141 0.033 0.052 0.015 0.006 0.032 0.002 0.001 111 C 0.168 0.177 0.379 0.102 0.031 0.053 0.030 0.003 0.052 0.006 0.001 112 S 0.520 0.063 0.251 0.078 0.023 0.026 0.010 0.005 0.013 0.008 0.003 113 K 0.435 0.037 0.161 0.285 0.016 0.011 0.036 0.005 0.007 0.004 0.002 114 G 0.051 0.011 0.035 0.042 0.055 0.010 0.156 0.553 0.006 0.083 0.001 115 V 0.075 0.341 0.448 0.070 0.025 0.013 0.009 0.001 0.016 0.001 0.001 116 K 0.063 0.228 0.526 0.048 0.026 0.052 0.019 0.003 0.029 0.002 0.005 117 Q 0.038 0.496 0.346 0.025 0.050 0.019 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 118 R 0.040 0.456 0.376 0.022 0.041 0.032 0.006 0.001 0.023 0.001 0.002 119 I 0.029 0.474 0.377 0.024 0.044 0.025 0.003 0.001 0.021 0.001 0.002 120 H 0.010 0.661 0.178 0.007 0.110 0.010 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 121 T 0.019 0.264 0.590 0.011 0.028 0.044 0.005 0.001 0.036 0.001 0.003 122 V 0.005 0.850 0.093 0.002 0.037 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 123 K 0.006 0.843 0.087 0.002 0.034 0.022 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 124 V 0.016 0.796 0.114 0.005 0.044 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 125 D 0.154 0.363 0.079 0.176 0.118 0.038 0.038 0.006 0.020 0.007 0.001 126 N 0.006 0.027 0.027 0.348 0.031 0.009 0.509 0.025 0.013 0.005 0.001 127 G 0.005 0.011 0.016 0.005 0.046 0.001 0.104 0.708 0.002 0.103 0.001 128 N 0.016 0.427 0.427 0.038 0.034 0.025 0.011 0.002 0.020 0.001 0.002 129 I 0.002 0.848 0.119 0.003 0.019 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 130 Y 0.006 0.681 0.230 0.003 0.033 0.031 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 131 V 0.004 0.740 0.178 0.004 0.022 0.023 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 132 T 0.011 0.585 0.252 0.006 0.053 0.038 0.003 0.001 0.051 0.001 0.001 133 L 0.044 0.379 0.401 0.035 0.040 0.060 0.004 0.002 0.030 0.002 0.004 134 S 0.044 0.201 0.458 0.036 0.090 0.055 0.021 0.003 0.072 0.016 0.003 135 K 0.536 0.042 0.251 0.079 0.019 0.026 0.007 0.004 0.006 0.004 0.025 136 E 0.077 0.178 0.428 0.050 0.052 0.027 0.025 0.003 0.150 0.008 0.002 137 P 0.250 0.015 0.611 0.042 0.003 0.021 0.004 0.001 0.006 0.001 0.046 138 F 0.218 0.150 0.473 0.063 0.026 0.020 0.018 0.005 0.023 0.003 0.002 139 K 0.235 0.065 0.499 0.092 0.018 0.046 0.009 0.005 0.022 0.003 0.006 140 C 0.142 0.174 0.448 0.079 0.041 0.037 0.025 0.003 0.043 0.007 0.002 141 D 0.385 0.053 0.361 0.097 0.021 0.043 0.012 0.004 0.012 0.005 0.007 142 S 0.577 0.079 0.166 0.101 0.029 0.016 0.010 0.006 0.009 0.006 0.001 143 D 0.481 0.091 0.146 0.174 0.028 0.031 0.021 0.005 0.017 0.003 0.003 144 Y 0.411 0.156 0.180 0.139 0.028 0.035 0.025 0.004 0.017 0.003 0.001 145 Y 0.330 0.211 0.278 0.090 0.028 0.027 0.012 0.002 0.021 0.002 0.001 146 A 0.293 0.189 0.295 0.078 0.045 0.044 0.017 0.004 0.029 0.005 0.001 147 T 0.274 0.102 0.321 0.199 0.025 0.030 0.023 0.001 0.020 0.002 0.002 148 G 0.096 0.012 0.058 0.021 0.102 0.008 0.066 0.363 0.004 0.269 0.001 149 E 0.343 0.103 0.284 0.147 0.039 0.038 0.024 0.004 0.013 0.003 0.003 150 F 0.206 0.292 0.269 0.102 0.049 0.033 0.019 0.003 0.022 0.002 0.002 151 K 0.245 0.323 0.295 0.039 0.041 0.030 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 152 V 0.227 0.307 0.300 0.048 0.029 0.060 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 153 I 0.193 0.446 0.190 0.055 0.044 0.043 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 154 Q 0.242 0.295 0.251 0.071 0.048 0.044 0.011 0.001 0.035 0.002 0.001 155 S 0.253 0.134 0.275 0.102 0.058 0.070 0.049 0.009 0.042 0.007 0.001 156 S 0.403 0.090 0.182 0.179 0.044 0.036 0.031 0.012 0.014 0.008 0.001 157 S 0.357 0.128 0.182 0.175 0.060 0.024 0.034 0.010 0.015 0.014 0.001