# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2619 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.039 0.244 0.147 0.032 0.081 0.027 0.028 0.064 0.060 0.241 0.038 2 D 0.075 0.347 0.160 0.002 0.350 0.001 0.001 0.037 0.016 0.005 0.006 3 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.543 0.433 0.005 0.001 4 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.012 0.825 0.130 0.020 0.001 5 I 0.010 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.752 0.131 0.073 0.009 6 S 0.006 0.018 0.007 0.001 0.012 0.002 0.010 0.795 0.119 0.025 0.004 7 E 0.004 0.011 0.004 0.001 0.009 0.003 0.014 0.823 0.100 0.028 0.003 8 Q 0.008 0.117 0.036 0.003 0.033 0.006 0.058 0.619 0.093 0.024 0.004 9 D 0.031 0.025 0.014 0.005 0.033 0.007 0.026 0.616 0.111 0.091 0.040 10 E 0.010 0.024 0.007 0.003 0.021 0.003 0.015 0.700 0.172 0.037 0.008 11 E 0.015 0.029 0.011 0.004 0.026 0.008 0.033 0.707 0.115 0.040 0.012 12 K 0.049 0.048 0.019 0.006 0.075 0.010 0.043 0.534 0.128 0.068 0.021 13 K 0.080 0.071 0.027 0.009 0.114 0.017 0.046 0.401 0.132 0.072 0.030 14 K 0.073 0.071 0.037 0.021 0.112 0.037 0.082 0.313 0.115 0.101 0.039 15 Y 0.096 0.159 0.078 0.044 0.152 0.044 0.099 0.121 0.067 0.098 0.042 16 T 0.108 0.163 0.079 0.034 0.208 0.037 0.053 0.069 0.044 0.131 0.076 17 S 0.206 0.162 0.028 0.008 0.352 0.009 0.023 0.047 0.039 0.059 0.067 18 V 0.173 0.195 0.026 0.004 0.521 0.008 0.010 0.021 0.015 0.009 0.019 19 C 0.220 0.118 0.014 0.005 0.532 0.011 0.018 0.020 0.010 0.012 0.039 20 V 0.297 0.106 0.025 0.013 0.248 0.014 0.020 0.027 0.020 0.067 0.163 21 G 0.070 0.292 0.212 0.051 0.210 0.034 0.027 0.021 0.013 0.045 0.024 22 R 0.105 0.410 0.144 0.013 0.239 0.004 0.005 0.021 0.016 0.017 0.027 23 E 0.032 0.034 0.011 0.008 0.044 0.014 0.025 0.239 0.529 0.044 0.021 24 E 0.009 0.032 0.020 0.013 0.022 0.035 0.142 0.352 0.311 0.057 0.007 25 D 0.030 0.024 0.010 0.004 0.046 0.004 0.020 0.139 0.128 0.562 0.032 26 I 0.098 0.261 0.109 0.009 0.226 0.008 0.016 0.060 0.076 0.105 0.031 27 R 0.044 0.258 0.468 0.013 0.119 0.017 0.014 0.034 0.015 0.008 0.008 28 K 0.010 0.078 0.018 0.011 0.018 0.020 0.211 0.294 0.314 0.022 0.005 29 S 0.031 0.033 0.037 0.025 0.035 0.021 0.036 0.073 0.072 0.554 0.082 30 E 0.076 0.284 0.066 0.007 0.230 0.011 0.034 0.068 0.043 0.122 0.058 31 R 0.304 0.125 0.016 0.005 0.332 0.013 0.028 0.031 0.023 0.040 0.083 32 M 0.164 0.177 0.024 0.012 0.503 0.027 0.032 0.012 0.009 0.015 0.025 33 T 0.267 0.058 0.005 0.002 0.632 0.002 0.004 0.002 0.002 0.003 0.023 34 A 0.211 0.105 0.011 0.001 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 35 V 0.374 0.081 0.008 0.003 0.465 0.003 0.006 0.005 0.002 0.003 0.050 36 V 0.262 0.060 0.046 0.131 0.137 0.083 0.024 0.017 0.021 0.051 0.168 37 H 0.013 0.099 0.068 0.411 0.028 0.164 0.151 0.028 0.023 0.010 0.004 38 D 0.045 0.007 0.013 0.023 0.019 0.008 0.006 0.006 0.015 0.712 0.146 39 R 0.036 0.612 0.086 0.002 0.229 0.004 0.009 0.003 0.004 0.006 0.007 40 E 0.283 0.080 0.005 0.002 0.564 0.011 0.035 0.002 0.002 0.003 0.013 41 V 0.339 0.040 0.002 0.003 0.591 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 42 V 0.192 0.046 0.002 0.001 0.748 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 43 I 0.198 0.027 0.001 0.001 0.769 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 44 F 0.253 0.107 0.003 0.002 0.484 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.144 45 Y 0.269 0.105 0.177 0.096 0.146 0.030 0.021 0.005 0.003 0.018 0.130 46 H 0.015 0.024 0.122 0.288 0.026 0.166 0.111 0.114 0.096 0.025 0.015 47 K 0.028 0.225 0.069 0.231 0.040 0.098 0.119 0.053 0.070 0.055 0.012 48 G 0.010 0.009 0.021 0.031 0.009 0.017 0.004 0.006 0.011 0.739 0.143 49 E 0.036 0.577 0.085 0.003 0.250 0.003 0.017 0.008 0.006 0.008 0.007 50 Y 0.515 0.045 0.004 0.001 0.380 0.003 0.002 0.003 0.003 0.002 0.042 51 H 0.095 0.258 0.046 0.036 0.394 0.056 0.055 0.018 0.009 0.010 0.022 52 A 0.454 0.040 0.004 0.001 0.468 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.022 53 M 0.177 0.180 0.040 0.026 0.346 0.020 0.012 0.047 0.029 0.042 0.079 54 D 0.161 0.121 0.053 0.031 0.289 0.038 0.046 0.102 0.052 0.042 0.065 55 I 0.089 0.108 0.055 0.023 0.177 0.014 0.037 0.177 0.127 0.158 0.036 56 R 0.103 0.183 0.069 0.024 0.187 0.024 0.039 0.112 0.085 0.122 0.053 57 C 0.132 0.243 0.103 0.012 0.317 0.016 0.021 0.063 0.040 0.030 0.024 58 Y 0.075 0.117 0.038 0.015 0.100 0.034 0.097 0.234 0.164 0.088 0.039 59 H 0.088 0.079 0.102 0.063 0.101 0.060 0.092 0.145 0.072 0.145 0.053 60 S 0.050 0.177 0.081 0.090 0.115 0.068 0.110 0.140 0.076 0.067 0.026 61 G 0.041 0.030 0.040 0.118 0.031 0.035 0.029 0.037 0.058 0.479 0.102 62 G 0.029 0.384 0.310 0.038 0.127 0.012 0.009 0.026 0.021 0.029 0.015 63 P 0.176 0.227 0.036 0.007 0.406 0.006 0.013 0.030 0.022 0.027 0.050 64 L 0.196 0.164 0.074 0.023 0.223 0.030 0.029 0.056 0.064 0.051 0.090 65 H 0.122 0.131 0.154 0.055 0.197 0.082 0.107 0.068 0.025 0.029 0.030 66 L 0.060 0.129 0.078 0.136 0.065 0.064 0.109 0.083 0.098 0.129 0.047 67 G 0.035 0.116 0.218 0.298 0.061 0.042 0.019 0.038 0.031 0.108 0.034 68 E 0.129 0.238 0.076 0.016 0.314 0.005 0.009 0.039 0.029 0.066 0.078 69 I 0.209 0.175 0.036 0.011 0.279 0.016 0.017 0.067 0.066 0.041 0.084 70 E 0.050 0.171 0.104 0.052 0.125 0.108 0.115 0.159 0.055 0.039 0.022 71 D 0.123 0.075 0.141 0.041 0.083 0.016 0.054 0.189 0.082 0.131 0.065 72 F 0.034 0.052 0.054 0.113 0.049 0.122 0.087 0.241 0.151 0.068 0.027 73 N 0.010 0.136 0.117 0.462 0.016 0.105 0.057 0.035 0.023 0.031 0.007 74 G 0.021 0.007 0.019 0.044 0.015 0.008 0.007 0.018 0.020 0.662 0.178 75 Q 0.061 0.480 0.128 0.007 0.244 0.005 0.009 0.022 0.017 0.015 0.013 76 S 0.145 0.244 0.055 0.017 0.232 0.051 0.052 0.042 0.043 0.038 0.081 77 C 0.197 0.159 0.036 0.015 0.480 0.011 0.025 0.017 0.015 0.018 0.028 78 I 0.264 0.082 0.008 0.002 0.600 0.003 0.005 0.011 0.004 0.005 0.016 79 V 0.200 0.194 0.030 0.010 0.435 0.015 0.012 0.014 0.009 0.021 0.061 80 C 0.206 0.176 0.128 0.010 0.431 0.005 0.003 0.005 0.004 0.008 0.025 81 P 0.066 0.079 0.035 0.023 0.099 0.041 0.114 0.246 0.224 0.049 0.024 82 W 0.124 0.081 0.038 0.043 0.118 0.047 0.095 0.065 0.074 0.252 0.062 83 H 0.111 0.243 0.102 0.029 0.324 0.028 0.022 0.024 0.020 0.055 0.042 84 K 0.201 0.135 0.027 0.018 0.192 0.026 0.048 0.054 0.063 0.135 0.102 85 Y 0.154 0.159 0.025 0.007 0.535 0.013 0.019 0.025 0.016 0.022 0.026 86 K 0.297 0.076 0.007 0.005 0.504 0.007 0.015 0.019 0.010 0.013 0.047 87 I 0.181 0.221 0.052 0.006 0.468 0.007 0.005 0.011 0.006 0.011 0.030 88 T 0.149 0.197 0.024 0.005 0.565 0.005 0.006 0.011 0.003 0.008 0.028 89 L 0.186 0.138 0.077 0.021 0.130 0.015 0.023 0.128 0.130 0.057 0.094 90 A 0.016 0.017 0.034 0.048 0.020 0.145 0.312 0.261 0.086 0.046 0.013 91 T 0.033 0.473 0.155 0.077 0.089 0.021 0.053 0.027 0.017 0.042 0.013 92 G 0.036 0.030 0.056 0.150 0.027 0.042 0.011 0.036 0.043 0.353 0.214 93 E 0.034 0.455 0.152 0.021 0.177 0.011 0.029 0.031 0.033 0.037 0.020 94 G 0.335 0.104 0.024 0.011 0.335 0.016 0.017 0.021 0.025 0.031 0.081 95 L 0.126 0.189 0.068 0.055 0.296 0.041 0.046 0.057 0.037 0.039 0.046 96 Y 0.200 0.166 0.079 0.020 0.266 0.013 0.019 0.034 0.038 0.079 0.086 97 Q 0.072 0.279 0.222 0.034 0.190 0.024 0.023 0.038 0.047 0.041 0.029 98 S 0.120 0.203 0.078 0.021 0.244 0.015 0.042 0.084 0.084 0.065 0.044 99 I 0.070 0.134 0.063 0.021 0.128 0.026 0.072 0.088 0.166 0.188 0.044 100 N 0.081 0.296 0.223 0.014 0.281 0.009 0.010 0.024 0.016 0.023 0.023 101 P 0.042 0.158 0.057 0.016 0.082 0.024 0.076 0.222 0.246 0.057 0.022 102 K 0.033 0.080 0.066 0.032 0.052 0.039 0.104 0.124 0.141 0.293 0.037 103 D 0.107 0.281 0.123 0.012 0.272 0.006 0.010 0.050 0.045 0.056 0.038 104 P 0.040 0.111 0.042 0.014 0.077 0.028 0.069 0.226 0.240 0.120 0.032 105 S 0.059 0.188 0.106 0.021 0.151 0.018 0.064 0.150 0.100 0.115 0.030 106 A 0.077 0.210 0.103 0.019 0.143 0.018 0.037 0.104 0.090 0.150 0.051 107 K 0.096 0.264 0.168 0.018 0.204 0.010 0.015 0.093 0.056 0.043 0.033 108 P 0.044 0.190 0.060 0.013 0.113 0.025 0.049 0.240 0.198 0.049 0.020 109 K 0.067 0.104 0.054 0.017 0.119 0.018 0.065 0.230 0.130 0.149 0.045 110 W 0.088 0.137 0.041 0.013 0.174 0.015 0.042 0.190 0.096 0.159 0.045 111 C 0.068 0.292 0.176 0.021 0.150 0.013 0.026 0.122 0.043 0.058 0.032 112 S 0.043 0.063 0.074 0.032 0.063 0.039 0.052 0.367 0.188 0.050 0.028 113 K 0.008 0.121 0.060 0.046 0.025 0.057 0.192 0.295 0.147 0.041 0.007 114 G 0.042 0.015 0.015 0.025 0.023 0.010 0.012 0.039 0.034 0.616 0.168 115 V 0.077 0.363 0.101 0.010 0.302 0.010 0.012 0.027 0.023 0.046 0.030 116 K 0.238 0.162 0.033 0.010 0.361 0.023 0.038 0.029 0.021 0.030 0.056 117 Q 0.307 0.143 0.027 0.010 0.429 0.008 0.008 0.009 0.010 0.013 0.035 118 R 0.118 0.164 0.026 0.008 0.601 0.015 0.026 0.012 0.005 0.007 0.019 119 I 0.490 0.071 0.008 0.003 0.338 0.002 0.004 0.003 0.003 0.008 0.070 120 H 0.143 0.213 0.040 0.014 0.516 0.022 0.016 0.005 0.004 0.009 0.019 121 T 0.310 0.078 0.008 0.002 0.556 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.036 122 V 0.197 0.233 0.037 0.004 0.484 0.002 0.002 0.002 0.002 0.005 0.033 123 K 0.149 0.158 0.010 0.003 0.651 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.016 124 V 0.354 0.114 0.137 0.046 0.130 0.020 0.015 0.026 0.024 0.019 0.114 125 D 0.011 0.005 0.019 0.113 0.007 0.218 0.384 0.170 0.055 0.010 0.008 126 N 0.017 0.175 0.122 0.416 0.034 0.076 0.069 0.019 0.024 0.041 0.008 127 G 0.018 0.010 0.017 0.181 0.012 0.041 0.009 0.008 0.015 0.520 0.168 128 N 0.071 0.370 0.043 0.004 0.460 0.003 0.016 0.004 0.005 0.011 0.013 129 I 0.286 0.044 0.002 0.001 0.647 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 130 Y 0.225 0.084 0.005 0.003 0.656 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.011 131 V 0.286 0.086 0.009 0.002 0.576 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.032 132 T 0.293 0.141 0.032 0.006 0.407 0.004 0.005 0.004 0.003 0.017 0.087 133 L 0.133 0.194 0.073 0.026 0.245 0.030 0.032 0.022 0.044 0.113 0.087 134 S 0.074 0.351 0.233 0.016 0.271 0.006 0.007 0.009 0.009 0.013 0.010 135 K 0.031 0.066 0.020 0.011 0.052 0.027 0.085 0.173 0.386 0.124 0.025 136 E 0.038 0.224 0.162 0.029 0.110 0.020 0.065 0.128 0.117 0.086 0.022 137 P 0.076 0.147 0.051 0.017 0.122 0.015 0.033 0.121 0.141 0.198 0.077 138 F 0.063 0.252 0.122 0.019 0.169 0.014 0.039 0.118 0.091 0.079 0.035 139 K 0.075 0.214 0.103 0.020 0.143 0.026 0.042 0.132 0.099 0.104 0.042 140 C 0.058 0.299 0.161 0.020 0.164 0.016 0.039 0.107 0.064 0.051 0.021 141 D 0.075 0.109 0.051 0.014 0.104 0.020 0.047 0.242 0.155 0.133 0.050 142 S 0.046 0.120 0.047 0.012 0.103 0.015 0.040 0.302 0.196 0.094 0.025 143 D 0.048 0.105 0.040 0.011 0.090 0.018 0.042 0.304 0.188 0.119 0.035 144 Y 0.076 0.102 0.029 0.009 0.144 0.016 0.048 0.240 0.145 0.149 0.041 145 Y 0.089 0.180 0.079 0.017 0.167 0.023 0.058 0.164 0.084 0.099 0.041 146 A 0.101 0.168 0.137 0.033 0.144 0.028 0.048 0.088 0.047 0.143 0.063 147 T 0.050 0.317 0.164 0.056 0.142 0.028 0.036 0.081 0.070 0.039 0.017 148 G 0.023 0.062 0.072 0.096 0.034 0.076 0.085 0.208 0.171 0.143 0.030 149 E 0.064 0.090 0.035 0.016 0.107 0.009 0.044 0.203 0.120 0.260 0.052 150 F 0.185 0.128 0.024 0.006 0.262 0.008 0.013 0.139 0.079 0.073 0.083 151 K 0.087 0.199 0.057 0.011 0.271 0.028 0.045 0.179 0.065 0.035 0.025 152 V 0.204 0.137 0.031 0.007 0.348 0.011 0.024 0.116 0.045 0.039 0.038 153 I 0.173 0.102 0.037 0.019 0.228 0.022 0.038 0.178 0.067 0.071 0.064 154 Q 0.080 0.153 0.064 0.031 0.163 0.042 0.057 0.207 0.096 0.072 0.035 155 S 0.081 0.171 0.110 0.033 0.177 0.024 0.047 0.160 0.075 0.087 0.033 156 S 0.072 0.111 0.048 0.016 0.117 0.020 0.054 0.229 0.148 0.142 0.043 157 S 0.083 0.181 0.081 0.020 0.165 0.023 0.045 0.176 0.096 0.088 0.042