# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2619 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.683 0.201 0.066 0.032 0.014 0.003 0.001 2 D 0.645 0.209 0.084 0.045 0.014 0.003 0.001 3 P 0.698 0.220 0.059 0.017 0.005 0.001 0.001 4 E 0.482 0.374 0.104 0.034 0.006 0.001 0.001 5 I 0.124 0.138 0.243 0.275 0.184 0.036 0.001 6 S 0.123 0.170 0.275 0.276 0.132 0.023 0.001 7 E 0.551 0.346 0.078 0.018 0.006 0.001 0.001 8 Q 0.355 0.325 0.180 0.109 0.028 0.003 0.001 9 D 0.418 0.295 0.163 0.086 0.034 0.005 0.001 10 E 0.392 0.266 0.203 0.107 0.028 0.004 0.001 11 E 0.640 0.257 0.077 0.021 0.005 0.001 0.001 12 K 0.342 0.292 0.221 0.113 0.027 0.004 0.001 13 K 0.252 0.262 0.237 0.159 0.074 0.015 0.001 14 K 0.195 0.260 0.254 0.196 0.070 0.023 0.001 15 Y 0.203 0.237 0.293 0.183 0.063 0.020 0.002 16 T 0.113 0.244 0.313 0.224 0.078 0.025 0.003 17 S 0.019 0.043 0.071 0.181 0.353 0.286 0.047 18 V 0.010 0.041 0.075 0.191 0.310 0.330 0.044 19 C 0.007 0.045 0.101 0.172 0.261 0.353 0.062 20 V 0.007 0.026 0.087 0.195 0.282 0.295 0.110 21 G 0.004 0.018 0.046 0.126 0.293 0.382 0.131 22 R 0.014 0.086 0.190 0.270 0.284 0.140 0.016 23 E 0.053 0.217 0.272 0.278 0.135 0.044 0.002 24 E 0.212 0.433 0.197 0.107 0.043 0.008 0.001 25 D 0.054 0.226 0.349 0.271 0.084 0.015 0.001 26 I 0.033 0.051 0.188 0.346 0.326 0.056 0.001 27 R 0.469 0.412 0.092 0.022 0.005 0.001 0.001 28 K 0.708 0.252 0.030 0.008 0.001 0.001 0.001 29 S 0.621 0.279 0.071 0.023 0.005 0.001 0.001 30 E 0.525 0.341 0.095 0.032 0.006 0.001 0.001 31 R 0.224 0.276 0.290 0.150 0.051 0.008 0.001 32 M 0.103 0.205 0.292 0.269 0.109 0.022 0.001 33 T 0.082 0.206 0.259 0.247 0.152 0.051 0.003 34 A 0.041 0.087 0.158 0.244 0.293 0.164 0.012 35 V 0.047 0.206 0.306 0.272 0.131 0.036 0.002 36 V 0.028 0.073 0.169 0.307 0.314 0.103 0.007 37 H 0.109 0.263 0.270 0.204 0.125 0.026 0.002 38 D 0.235 0.404 0.177 0.105 0.059 0.017 0.002 39 R 0.047 0.152 0.246 0.301 0.181 0.068 0.006 40 E 0.008 0.051 0.197 0.379 0.237 0.119 0.010 41 V 0.001 0.002 0.007 0.022 0.153 0.629 0.188 42 V 0.001 0.001 0.005 0.014 0.080 0.454 0.445 43 I 0.001 0.001 0.003 0.007 0.034 0.310 0.645 44 F 0.001 0.006 0.027 0.088 0.187 0.303 0.387 45 Y 0.002 0.010 0.038 0.079 0.252 0.460 0.160 46 H 0.028 0.117 0.205 0.278 0.246 0.115 0.012 47 K 0.304 0.468 0.119 0.058 0.035 0.014 0.001 48 G 0.113 0.239 0.229 0.234 0.140 0.042 0.003 49 E 0.030 0.144 0.276 0.299 0.159 0.083 0.009 50 Y 0.012 0.026 0.063 0.162 0.364 0.327 0.045 51 H 0.020 0.085 0.208 0.306 0.220 0.140 0.021 52 A 0.007 0.014 0.028 0.053 0.156 0.450 0.292 53 M 0.004 0.010 0.018 0.044 0.117 0.361 0.445 54 D 0.029 0.079 0.132 0.203 0.211 0.200 0.146 55 I 0.027 0.071 0.104 0.170 0.242 0.262 0.125 56 R 0.050 0.102 0.131 0.208 0.232 0.214 0.064 57 C 0.041 0.065 0.102 0.166 0.263 0.283 0.078 58 Y 0.112 0.184 0.183 0.204 0.170 0.113 0.035 59 H 0.120 0.112 0.129 0.180 0.218 0.179 0.061 60 S 0.175 0.210 0.190 0.180 0.129 0.089 0.028 61 G 0.237 0.222 0.178 0.166 0.104 0.069 0.024 62 G 0.102 0.099 0.127 0.184 0.233 0.198 0.057 63 P 0.124 0.211 0.223 0.213 0.136 0.076 0.017 64 L 0.075 0.069 0.098 0.191 0.255 0.242 0.070 65 H 0.121 0.197 0.195 0.218 0.168 0.089 0.012 66 L 0.185 0.238 0.245 0.197 0.094 0.038 0.004 67 G 0.306 0.286 0.176 0.139 0.068 0.022 0.002 68 E 0.219 0.334 0.218 0.140 0.067 0.020 0.001 69 I 0.100 0.103 0.212 0.277 0.233 0.072 0.003 70 E 0.407 0.361 0.155 0.059 0.016 0.003 0.001 71 D 0.511 0.298 0.133 0.045 0.011 0.002 0.001 72 F 0.412 0.216 0.198 0.134 0.035 0.005 0.001 73 N 0.706 0.246 0.035 0.009 0.003 0.001 0.001 74 G 0.530 0.308 0.097 0.050 0.013 0.002 0.001 75 Q 0.247 0.328 0.239 0.123 0.051 0.012 0.001 76 S 0.165 0.304 0.243 0.199 0.071 0.017 0.001 77 C 0.025 0.102 0.258 0.322 0.208 0.078 0.007 78 I 0.014 0.021 0.029 0.075 0.240 0.492 0.130 79 V 0.013 0.065 0.147 0.308 0.238 0.197 0.032 80 C 0.017 0.044 0.076 0.136 0.250 0.363 0.114 81 P 0.018 0.068 0.138 0.229 0.289 0.210 0.049 82 W 0.020 0.058 0.103 0.180 0.308 0.258 0.074 83 H 0.036 0.118 0.206 0.231 0.231 0.143 0.034 84 K 0.146 0.320 0.290 0.156 0.056 0.025 0.007 85 Y 0.028 0.055 0.107 0.243 0.346 0.195 0.026 86 K 0.053 0.194 0.234 0.287 0.153 0.072 0.007 87 I 0.025 0.036 0.065 0.147 0.280 0.392 0.055 88 T 0.057 0.233 0.311 0.277 0.091 0.029 0.002 89 L 0.044 0.070 0.148 0.269 0.306 0.149 0.015 90 A 0.196 0.343 0.232 0.146 0.065 0.016 0.001 91 T 0.343 0.393 0.138 0.078 0.034 0.013 0.002 92 G 0.082 0.103 0.192 0.291 0.234 0.086 0.013 93 E 0.171 0.356 0.259 0.140 0.051 0.020 0.003 94 G 0.052 0.066 0.102 0.195 0.285 0.241 0.059 95 L 0.063 0.124 0.170 0.236 0.233 0.149 0.025 96 Y 0.095 0.156 0.192 0.217 0.191 0.125 0.024 97 Q 0.095 0.135 0.147 0.198 0.233 0.157 0.035 98 S 0.143 0.220 0.191 0.181 0.165 0.086 0.014 99 I 0.088 0.136 0.208 0.261 0.199 0.096 0.012 100 N 0.222 0.250 0.243 0.173 0.082 0.027 0.002 101 P 0.401 0.257 0.183 0.109 0.039 0.011 0.001 102 K 0.606 0.237 0.091 0.045 0.016 0.005 0.001 103 D 0.370 0.216 0.191 0.148 0.056 0.018 0.002 104 P 0.466 0.258 0.144 0.086 0.034 0.011 0.001 105 S 0.443 0.289 0.148 0.079 0.029 0.011 0.001 106 A 0.307 0.224 0.184 0.160 0.090 0.032 0.003 107 K 0.269 0.243 0.204 0.159 0.086 0.036 0.004 108 P 0.229 0.198 0.199 0.190 0.130 0.050 0.005 109 K 0.300 0.333 0.186 0.105 0.054 0.020 0.001 110 W 0.119 0.154 0.208 0.252 0.179 0.081 0.006 111 C 0.158 0.204 0.243 0.226 0.119 0.047 0.002 112 S 0.392 0.259 0.200 0.106 0.033 0.009 0.001 113 K 0.627 0.255 0.073 0.030 0.012 0.003 0.001 114 G 0.491 0.338 0.107 0.045 0.014 0.004 0.001 115 V 0.066 0.103 0.251 0.361 0.165 0.050 0.003 116 K 0.222 0.438 0.223 0.084 0.025 0.008 0.001 117 Q 0.042 0.074 0.136 0.285 0.286 0.160 0.017 118 R 0.045 0.179 0.206 0.275 0.210 0.081 0.004 119 I 0.038 0.153 0.235 0.297 0.183 0.089 0.007 120 H 0.022 0.065 0.128 0.242 0.353 0.175 0.015 121 T 0.031 0.160 0.266 0.304 0.179 0.057 0.004 122 V 0.015 0.040 0.114 0.247 0.355 0.212 0.017 123 K 0.125 0.364 0.277 0.152 0.068 0.014 0.001 124 V 0.112 0.197 0.224 0.277 0.150 0.038 0.002 125 D 0.314 0.332 0.211 0.099 0.037 0.007 0.001 126 N 0.283 0.362 0.217 0.103 0.027 0.007 0.001 127 G 0.121 0.219 0.220 0.238 0.158 0.042 0.003 128 N 0.014 0.073 0.196 0.370 0.232 0.109 0.007 129 I 0.004 0.010 0.021 0.050 0.210 0.568 0.137 130 Y 0.005 0.019 0.058 0.139 0.223 0.386 0.169 131 V 0.003 0.011 0.028 0.064 0.194 0.454 0.247 132 T 0.008 0.049 0.164 0.263 0.276 0.190 0.050 133 L 0.010 0.038 0.093 0.203 0.356 0.271 0.030 134 S 0.118 0.280 0.227 0.200 0.133 0.040 0.002 135 K 0.372 0.352 0.154 0.079 0.034 0.008 0.001 136 E 0.292 0.359 0.202 0.108 0.032 0.007 0.001 137 P 0.193 0.211 0.238 0.220 0.108 0.028 0.001 138 F 0.186 0.223 0.284 0.203 0.084 0.019 0.001 139 K 0.413 0.339 0.162 0.064 0.017 0.005 0.001 140 C 0.126 0.130 0.211 0.272 0.194 0.062 0.005 141 D 0.316 0.346 0.177 0.103 0.042 0.014 0.002 142 S 0.166 0.182 0.213 0.226 0.139 0.065 0.009 143 D 0.202 0.293 0.217 0.167 0.083 0.034 0.004 144 Y 0.071 0.120 0.162 0.230 0.246 0.152 0.019 145 Y 0.073 0.100 0.143 0.216 0.247 0.184 0.037 146 A 0.116 0.214 0.236 0.209 0.138 0.076 0.012 147 T 0.152 0.198 0.209 0.226 0.139 0.065 0.012 148 G 0.273 0.269 0.196 0.146 0.079 0.032 0.005 149 E 0.241 0.316 0.210 0.138 0.060 0.028 0.006 150 F 0.089 0.074 0.118 0.238 0.288 0.166 0.027 151 K 0.214 0.315 0.215 0.151 0.071 0.032 0.003 152 V 0.178 0.212 0.202 0.202 0.129 0.070 0.008 153 I 0.140 0.144 0.180 0.235 0.183 0.104 0.013 154 Q 0.237 0.192 0.196 0.186 0.126 0.056 0.007 155 S 0.539 0.261 0.110 0.053 0.024 0.011 0.002 156 S 0.560 0.210 0.108 0.075 0.031 0.013 0.003 157 S 0.598 0.187 0.095 0.065 0.034 0.017 0.004