# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2619 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.418 0.202 0.142 0.107 0.064 0.033 0.015 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 2 D 0.421 0.211 0.135 0.103 0.068 0.033 0.013 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 P 0.548 0.226 0.101 0.069 0.031 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.603 0.241 0.105 0.030 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 I 0.190 0.106 0.135 0.144 0.190 0.124 0.059 0.028 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 6 S 0.185 0.155 0.146 0.201 0.161 0.080 0.046 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.719 0.204 0.052 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 Q 0.460 0.225 0.158 0.085 0.042 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 D 0.575 0.176 0.126 0.057 0.040 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.519 0.182 0.117 0.095 0.058 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.742 0.151 0.053 0.031 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.415 0.201 0.157 0.117 0.075 0.021 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 K 0.317 0.141 0.150 0.147 0.110 0.070 0.036 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 K 0.295 0.142 0.152 0.125 0.134 0.079 0.036 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 15 Y 0.152 0.099 0.093 0.175 0.160 0.112 0.076 0.068 0.029 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 16 T 0.105 0.110 0.105 0.140 0.141 0.120 0.093 0.077 0.053 0.028 0.015 0.008 0.003 0.002 17 S 0.013 0.018 0.030 0.060 0.110 0.134 0.143 0.176 0.120 0.091 0.058 0.028 0.014 0.006 18 V 0.009 0.010 0.018 0.037 0.056 0.104 0.146 0.109 0.125 0.120 0.129 0.073 0.038 0.026 19 C 0.010 0.008 0.020 0.035 0.057 0.102 0.126 0.089 0.120 0.118 0.148 0.081 0.039 0.049 20 V 0.010 0.005 0.008 0.014 0.029 0.045 0.061 0.101 0.137 0.141 0.179 0.141 0.088 0.041 21 G 0.013 0.011 0.015 0.039 0.050 0.079 0.113 0.168 0.141 0.119 0.099 0.080 0.056 0.017 22 R 0.021 0.032 0.035 0.099 0.122 0.131 0.139 0.119 0.133 0.073 0.059 0.024 0.008 0.005 23 E 0.058 0.092 0.114 0.156 0.146 0.117 0.102 0.067 0.073 0.034 0.032 0.007 0.002 0.001 24 E 0.399 0.267 0.151 0.076 0.041 0.033 0.016 0.009 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 25 D 0.188 0.216 0.193 0.161 0.147 0.051 0.020 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.058 0.046 0.074 0.173 0.226 0.185 0.123 0.074 0.026 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 27 R 0.451 0.256 0.161 0.073 0.036 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.643 0.155 0.102 0.050 0.029 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 S 0.486 0.212 0.130 0.081 0.054 0.022 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.527 0.190 0.116 0.069 0.049 0.025 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.245 0.147 0.123 0.129 0.139 0.089 0.059 0.035 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 32 M 0.104 0.067 0.081 0.128 0.156 0.151 0.116 0.096 0.043 0.030 0.018 0.006 0.002 0.001 33 T 0.080 0.080 0.104 0.128 0.173 0.144 0.111 0.075 0.048 0.029 0.016 0.009 0.003 0.002 34 A 0.099 0.050 0.065 0.104 0.128 0.142 0.111 0.095 0.073 0.064 0.034 0.022 0.010 0.004 35 V 0.074 0.096 0.131 0.207 0.176 0.114 0.091 0.049 0.033 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 36 V 0.024 0.025 0.041 0.100 0.131 0.187 0.144 0.129 0.103 0.065 0.030 0.011 0.006 0.002 37 H 0.048 0.105 0.158 0.218 0.173 0.123 0.083 0.044 0.025 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 38 D 0.088 0.148 0.163 0.160 0.152 0.104 0.076 0.048 0.027 0.019 0.010 0.002 0.001 0.001 39 R 0.010 0.030 0.058 0.117 0.184 0.198 0.143 0.090 0.075 0.047 0.033 0.008 0.004 0.003 40 E 0.004 0.011 0.019 0.056 0.097 0.128 0.139 0.116 0.163 0.111 0.087 0.033 0.018 0.017 41 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.021 0.056 0.115 0.192 0.172 0.174 0.148 0.070 0.034 42 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.021 0.130 0.128 0.158 0.248 0.129 0.129 0.042 43 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.045 0.079 0.152 0.179 0.246 0.172 0.106 44 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.013 0.033 0.093 0.144 0.246 0.163 0.171 0.080 0.042 45 Y 0.002 0.007 0.013 0.037 0.069 0.113 0.135 0.171 0.206 0.100 0.087 0.031 0.015 0.014 46 H 0.010 0.036 0.057 0.128 0.160 0.172 0.126 0.084 0.091 0.058 0.049 0.016 0.006 0.007 47 K 0.104 0.250 0.203 0.132 0.109 0.068 0.048 0.037 0.033 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 48 G 0.075 0.179 0.175 0.154 0.137 0.105 0.065 0.058 0.027 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 49 E 0.060 0.132 0.148 0.146 0.187 0.130 0.091 0.049 0.032 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 50 Y 0.012 0.018 0.033 0.065 0.139 0.137 0.167 0.132 0.120 0.077 0.052 0.023 0.017 0.008 51 H 0.017 0.016 0.032 0.059 0.083 0.116 0.177 0.160 0.129 0.082 0.057 0.031 0.021 0.017 52 A 0.007 0.003 0.005 0.008 0.021 0.035 0.043 0.095 0.119 0.174 0.163 0.166 0.120 0.041 53 M 0.010 0.004 0.005 0.011 0.018 0.035 0.052 0.079 0.098 0.154 0.161 0.203 0.130 0.040 54 D 0.022 0.023 0.035 0.081 0.101 0.096 0.135 0.096 0.112 0.099 0.081 0.075 0.022 0.023 55 I 0.013 0.016 0.023 0.046 0.066 0.109 0.136 0.162 0.157 0.117 0.095 0.039 0.014 0.007 56 R 0.023 0.041 0.046 0.083 0.124 0.143 0.125 0.168 0.120 0.070 0.032 0.014 0.007 0.004 57 C 0.028 0.040 0.054 0.089 0.122 0.137 0.139 0.144 0.107 0.083 0.032 0.016 0.006 0.003 58 Y 0.078 0.074 0.112 0.116 0.142 0.139 0.105 0.086 0.074 0.040 0.020 0.010 0.003 0.002 59 H 0.083 0.069 0.082 0.102 0.121 0.134 0.120 0.096 0.080 0.052 0.034 0.015 0.008 0.004 60 S 0.109 0.093 0.098 0.111 0.121 0.112 0.103 0.097 0.061 0.041 0.029 0.014 0.006 0.003 61 G 0.103 0.088 0.095 0.106 0.130 0.111 0.102 0.091 0.069 0.045 0.031 0.017 0.008 0.004 62 G 0.058 0.043 0.055 0.086 0.107 0.123 0.129 0.112 0.102 0.088 0.049 0.028 0.015 0.007 63 P 0.066 0.059 0.075 0.104 0.127 0.125 0.125 0.092 0.083 0.060 0.046 0.023 0.009 0.007 64 L 0.033 0.025 0.033 0.055 0.076 0.118 0.125 0.118 0.119 0.108 0.095 0.054 0.028 0.012 65 H 0.040 0.035 0.046 0.082 0.100 0.127 0.146 0.115 0.106 0.075 0.062 0.040 0.016 0.010 66 L 0.029 0.035 0.052 0.076 0.107 0.117 0.132 0.159 0.109 0.081 0.056 0.028 0.013 0.006 67 G 0.080 0.056 0.065 0.090 0.111 0.122 0.103 0.117 0.091 0.073 0.047 0.026 0.014 0.005 68 E 0.079 0.094 0.114 0.166 0.162 0.114 0.094 0.066 0.052 0.030 0.016 0.008 0.003 0.002 69 I 0.048 0.037 0.052 0.092 0.126 0.168 0.147 0.115 0.102 0.066 0.029 0.011 0.004 0.002 70 E 0.177 0.181 0.185 0.174 0.117 0.078 0.044 0.023 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 71 D 0.374 0.203 0.158 0.107 0.078 0.038 0.019 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 72 F 0.189 0.142 0.139 0.177 0.164 0.095 0.044 0.022 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 73 N 0.419 0.252 0.138 0.095 0.046 0.023 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 G 0.456 0.245 0.150 0.067 0.038 0.022 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.186 0.157 0.152 0.136 0.145 0.093 0.059 0.029 0.020 0.010 0.009 0.002 0.001 0.001 76 S 0.061 0.059 0.074 0.103 0.130 0.144 0.147 0.123 0.068 0.041 0.032 0.011 0.005 0.003 77 C 0.026 0.027 0.038 0.062 0.107 0.129 0.134 0.170 0.110 0.083 0.056 0.036 0.015 0.009 78 I 0.012 0.007 0.009 0.016 0.027 0.048 0.068 0.143 0.143 0.168 0.143 0.130 0.068 0.018 79 V 0.016 0.017 0.026 0.051 0.068 0.082 0.105 0.118 0.137 0.137 0.100 0.087 0.033 0.024 80 C 0.012 0.011 0.016 0.028 0.041 0.069 0.089 0.121 0.159 0.156 0.141 0.098 0.038 0.023 81 P 0.019 0.018 0.026 0.045 0.064 0.093 0.114 0.133 0.146 0.129 0.099 0.062 0.032 0.019 82 W 0.013 0.024 0.031 0.059 0.088 0.108 0.147 0.160 0.140 0.101 0.070 0.033 0.016 0.011 83 H 0.026 0.026 0.042 0.065 0.087 0.129 0.137 0.116 0.113 0.110 0.082 0.038 0.018 0.012 84 K 0.056 0.073 0.095 0.104 0.140 0.111 0.121 0.106 0.085 0.047 0.031 0.017 0.008 0.007 85 Y 0.022 0.014 0.022 0.040 0.064 0.098 0.110 0.155 0.131 0.159 0.088 0.048 0.035 0.012 86 K 0.033 0.049 0.067 0.128 0.170 0.129 0.130 0.107 0.085 0.054 0.023 0.015 0.006 0.006 87 I 0.036 0.017 0.023 0.043 0.057 0.096 0.104 0.124 0.128 0.152 0.107 0.069 0.034 0.011 88 T 0.064 0.080 0.097 0.169 0.159 0.118 0.115 0.081 0.060 0.026 0.016 0.009 0.004 0.003 89 L 0.024 0.020 0.029 0.055 0.085 0.132 0.142 0.152 0.129 0.106 0.070 0.033 0.017 0.005 90 A 0.076 0.082 0.112 0.139 0.148 0.137 0.110 0.091 0.048 0.029 0.016 0.007 0.004 0.002 91 T 0.124 0.106 0.125 0.123 0.163 0.110 0.083 0.054 0.044 0.032 0.019 0.010 0.004 0.003 92 G 0.044 0.033 0.049 0.093 0.141 0.156 0.124 0.100 0.091 0.094 0.042 0.019 0.011 0.004 93 E 0.085 0.093 0.093 0.155 0.143 0.122 0.105 0.064 0.061 0.036 0.025 0.011 0.004 0.004 94 G 0.021 0.016 0.023 0.046 0.068 0.112 0.128 0.146 0.154 0.123 0.095 0.045 0.017 0.007 95 L 0.029 0.034 0.045 0.073 0.089 0.116 0.130 0.173 0.120 0.070 0.068 0.033 0.015 0.005 96 Y 0.040 0.044 0.054 0.071 0.088 0.097 0.110 0.151 0.116 0.099 0.071 0.037 0.015 0.008 97 Q 0.046 0.041 0.057 0.074 0.108 0.115 0.111 0.150 0.114 0.093 0.050 0.026 0.010 0.005 98 S 0.083 0.075 0.091 0.113 0.131 0.122 0.104 0.087 0.079 0.053 0.033 0.017 0.007 0.004 99 I 0.083 0.071 0.087 0.135 0.143 0.141 0.120 0.077 0.065 0.044 0.022 0.009 0.003 0.002 100 N 0.197 0.162 0.155 0.145 0.117 0.086 0.057 0.033 0.024 0.010 0.008 0.002 0.001 0.001 101 P 0.327 0.184 0.148 0.114 0.090 0.059 0.034 0.020 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 102 K 0.412 0.204 0.139 0.098 0.072 0.033 0.020 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 103 D 0.364 0.181 0.151 0.111 0.084 0.049 0.029 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 104 P 0.399 0.168 0.137 0.102 0.084 0.053 0.029 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 105 S 0.379 0.160 0.142 0.106 0.093 0.053 0.032 0.017 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 106 A 0.301 0.141 0.113 0.134 0.116 0.086 0.052 0.028 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 107 K 0.295 0.183 0.144 0.125 0.102 0.063 0.040 0.022 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 108 P 0.246 0.133 0.142 0.147 0.118 0.089 0.056 0.034 0.015 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 109 K 0.525 0.209 0.128 0.064 0.035 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 W 0.213 0.119 0.149 0.150 0.152 0.099 0.054 0.035 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 111 C 0.208 0.132 0.108 0.171 0.157 0.103 0.057 0.034 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 112 S 0.464 0.222 0.137 0.085 0.046 0.022 0.011 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 113 K 0.632 0.182 0.094 0.046 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 G 0.339 0.203 0.186 0.106 0.086 0.040 0.021 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 115 V 0.081 0.059 0.078 0.131 0.181 0.178 0.121 0.094 0.033 0.028 0.010 0.003 0.002 0.001 116 K 0.161 0.152 0.146 0.151 0.154 0.090 0.060 0.034 0.022 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 117 Q 0.029 0.021 0.033 0.067 0.101 0.148 0.145 0.133 0.103 0.118 0.058 0.030 0.011 0.004 118 R 0.038 0.044 0.052 0.104 0.115 0.112 0.117 0.113 0.102 0.077 0.066 0.040 0.012 0.008 119 I 0.012 0.015 0.025 0.039 0.056 0.078 0.106 0.190 0.149 0.132 0.104 0.059 0.025 0.011 120 H 0.011 0.007 0.010 0.018 0.029 0.058 0.076 0.168 0.158 0.184 0.121 0.090 0.053 0.016 121 T 0.016 0.026 0.046 0.080 0.115 0.104 0.118 0.148 0.120 0.099 0.061 0.038 0.016 0.012 122 V 0.018 0.012 0.018 0.039 0.066 0.106 0.105 0.130 0.146 0.173 0.093 0.059 0.025 0.010 123 K 0.050 0.087 0.122 0.200 0.176 0.120 0.095 0.058 0.051 0.020 0.011 0.005 0.002 0.001 124 V 0.048 0.067 0.084 0.152 0.155 0.148 0.110 0.097 0.071 0.041 0.018 0.005 0.002 0.001 125 D 0.113 0.170 0.178 0.162 0.140 0.098 0.056 0.041 0.024 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 126 N 0.143 0.181 0.164 0.150 0.132 0.085 0.054 0.043 0.024 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 127 G 0.041 0.061 0.087 0.132 0.189 0.148 0.123 0.075 0.067 0.039 0.025 0.008 0.005 0.003 128 N 0.014 0.022 0.035 0.064 0.103 0.140 0.164 0.156 0.121 0.074 0.061 0.023 0.013 0.009 129 I 0.004 0.003 0.005 0.011 0.022 0.042 0.072 0.119 0.150 0.167 0.183 0.122 0.067 0.034 130 Y 0.003 0.003 0.006 0.014 0.026 0.041 0.071 0.142 0.144 0.154 0.167 0.119 0.070 0.040 131 V 0.004 0.002 0.003 0.005 0.008 0.018 0.029 0.066 0.113 0.177 0.207 0.209 0.109 0.050 132 T 0.006 0.009 0.015 0.036 0.055 0.068 0.120 0.187 0.178 0.132 0.095 0.056 0.025 0.018 133 L 0.007 0.010 0.013 0.030 0.051 0.103 0.102 0.133 0.162 0.155 0.129 0.063 0.029 0.013 134 S 0.066 0.097 0.119 0.155 0.163 0.129 0.099 0.057 0.062 0.026 0.017 0.006 0.002 0.002 135 K 0.201 0.203 0.170 0.142 0.111 0.060 0.044 0.029 0.020 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 136 E 0.279 0.254 0.185 0.107 0.075 0.049 0.026 0.013 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 137 P 0.158 0.147 0.163 0.141 0.156 0.094 0.064 0.043 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 138 F 0.196 0.126 0.130 0.148 0.164 0.106 0.064 0.037 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 139 K 0.404 0.196 0.150 0.093 0.075 0.036 0.021 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 140 C 0.129 0.066 0.087 0.135 0.162 0.153 0.102 0.076 0.040 0.031 0.011 0.005 0.002 0.001 141 D 0.218 0.145 0.123 0.142 0.134 0.083 0.058 0.043 0.028 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 142 S 0.160 0.098 0.105 0.136 0.125 0.123 0.084 0.066 0.042 0.033 0.017 0.006 0.003 0.001 143 D 0.279 0.176 0.135 0.126 0.105 0.070 0.045 0.026 0.019 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 144 Y 0.109 0.086 0.111 0.135 0.147 0.136 0.106 0.072 0.045 0.026 0.017 0.005 0.002 0.001 145 Y 0.075 0.064 0.081 0.123 0.159 0.173 0.134 0.089 0.051 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 146 A 0.156 0.126 0.127 0.150 0.140 0.106 0.078 0.048 0.032 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 147 T 0.137 0.101 0.121 0.135 0.150 0.123 0.089 0.060 0.041 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 148 G 0.289 0.140 0.128 0.123 0.110 0.085 0.051 0.029 0.019 0.012 0.008 0.003 0.002 0.001 149 E 0.205 0.149 0.148 0.157 0.144 0.075 0.050 0.028 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 150 F 0.074 0.043 0.058 0.104 0.131 0.174 0.145 0.113 0.068 0.051 0.024 0.009 0.004 0.001 151 K 0.228 0.174 0.156 0.144 0.112 0.073 0.049 0.031 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 152 V 0.176 0.095 0.103 0.130 0.136 0.112 0.082 0.074 0.041 0.029 0.014 0.006 0.002 0.001 153 I 0.112 0.077 0.084 0.131 0.158 0.145 0.111 0.085 0.050 0.027 0.011 0.006 0.002 0.001 154 Q 0.193 0.114 0.124 0.134 0.126 0.107 0.076 0.057 0.032 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 155 S 0.376 0.169 0.139 0.109 0.084 0.051 0.032 0.017 0.012 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 156 S 0.264 0.133 0.130 0.130 0.117 0.092 0.057 0.029 0.023 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 157 S 0.223 0.134 0.129 0.131 0.125 0.101 0.069 0.039 0.024 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001