# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1888 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.026 0.731 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.012 0.177 0.012 0.014 0.015 2 D 0.001 0.003 0.905 0.001 0.011 0.011 0.001 0.001 0.002 0.051 0.003 0.002 0.011 3 P 0.001 0.001 0.039 0.001 0.299 0.519 0.001 0.001 0.001 0.017 0.121 0.001 0.001 4 E 0.001 0.001 0.028 0.001 0.476 0.408 0.001 0.001 0.001 0.013 0.071 0.001 0.001 5 I 0.001 0.003 0.042 0.001 0.335 0.580 0.001 0.001 0.001 0.012 0.022 0.001 0.004 6 S 0.001 0.006 0.096 0.001 0.040 0.740 0.001 0.001 0.004 0.029 0.075 0.003 0.007 7 E 0.001 0.004 0.035 0.001 0.050 0.784 0.001 0.001 0.002 0.023 0.097 0.001 0.004 8 Q 0.001 0.003 0.057 0.001 0.044 0.788 0.001 0.001 0.001 0.025 0.074 0.002 0.005 9 D 0.001 0.002 0.056 0.001 0.043 0.833 0.001 0.001 0.001 0.021 0.036 0.001 0.006 10 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.086 0.827 0.001 0.001 0.001 0.008 0.059 0.001 0.002 11 E 0.001 0.001 0.027 0.001 0.100 0.729 0.001 0.001 0.002 0.018 0.116 0.002 0.004 12 K 0.002 0.005 0.084 0.002 0.151 0.561 0.001 0.001 0.003 0.038 0.131 0.006 0.017 13 K 0.003 0.014 0.236 0.006 0.074 0.313 0.001 0.001 0.010 0.077 0.217 0.015 0.032 14 K 0.003 0.009 0.376 0.007 0.057 0.098 0.001 0.001 0.015 0.100 0.279 0.022 0.032 15 Y 0.005 0.009 0.369 0.025 0.041 0.038 0.001 0.002 0.027 0.185 0.249 0.019 0.030 16 T 0.005 0.008 0.321 0.023 0.018 0.018 0.003 0.003 0.038 0.303 0.181 0.058 0.021 17 S 0.017 0.015 0.419 0.019 0.021 0.014 0.024 0.019 0.127 0.107 0.069 0.012 0.138 18 V 0.053 0.012 0.180 0.014 0.013 0.007 0.054 0.070 0.260 0.044 0.008 0.256 0.028 19 C 0.070 0.013 0.104 0.005 0.005 0.006 0.101 0.087 0.269 0.016 0.009 0.029 0.286 20 V 0.046 0.022 0.284 0.034 0.005 0.008 0.055 0.054 0.263 0.037 0.014 0.100 0.077 21 G 0.007 0.011 0.637 0.008 0.002 0.005 0.006 0.006 0.109 0.110 0.007 0.049 0.042 22 R 0.002 0.004 0.771 0.002 0.013 0.023 0.001 0.001 0.031 0.086 0.011 0.011 0.044 23 E 0.001 0.009 0.086 0.008 0.467 0.246 0.001 0.001 0.009 0.048 0.103 0.005 0.014 24 E 0.003 0.007 0.061 0.007 0.495 0.207 0.001 0.001 0.005 0.050 0.138 0.014 0.012 25 D 0.005 0.018 0.126 0.002 0.507 0.195 0.001 0.001 0.005 0.034 0.048 0.006 0.053 26 I 0.006 0.084 0.343 0.007 0.111 0.215 0.001 0.001 0.013 0.083 0.071 0.024 0.042 27 R 0.003 0.011 0.556 0.005 0.059 0.095 0.001 0.001 0.006 0.102 0.101 0.037 0.024 28 K 0.001 0.004 0.053 0.002 0.083 0.060 0.001 0.001 0.001 0.061 0.722 0.002 0.011 29 S 0.002 0.006 0.147 0.009 0.027 0.017 0.001 0.001 0.001 0.215 0.559 0.011 0.006 30 E 0.004 0.009 0.488 0.007 0.036 0.015 0.001 0.001 0.009 0.263 0.094 0.037 0.038 31 R 0.013 0.015 0.471 0.024 0.011 0.008 0.004 0.003 0.071 0.071 0.044 0.014 0.251 32 M 0.055 0.007 0.152 0.060 0.005 0.007 0.019 0.008 0.098 0.038 0.016 0.491 0.042 33 T 0.269 0.006 0.040 0.019 0.003 0.003 0.122 0.029 0.053 0.009 0.005 0.037 0.406 34 A 0.439 0.004 0.012 0.015 0.001 0.002 0.123 0.043 0.041 0.002 0.001 0.258 0.060 35 V 0.470 0.005 0.013 0.004 0.001 0.001 0.056 0.058 0.047 0.002 0.001 0.090 0.254 36 V 0.268 0.007 0.062 0.038 0.003 0.002 0.032 0.014 0.024 0.013 0.017 0.178 0.341 37 H 0.036 0.001 0.054 0.138 0.004 0.001 0.002 0.001 0.009 0.059 0.538 0.098 0.058 38 D 0.012 0.001 0.025 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.742 0.010 0.024 39 R 0.072 0.004 0.201 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.246 0.039 0.322 0.093 40 E 0.208 0.004 0.044 0.016 0.001 0.001 0.015 0.001 0.008 0.010 0.004 0.083 0.606 41 V 0.766 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.032 0.002 0.005 0.001 0.001 0.099 0.075 42 V 0.895 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.034 0.002 0.002 0.001 0.001 0.033 0.030 43 I 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.039 44 F 0.838 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.002 0.003 0.001 0.001 0.067 0.062 45 Y 0.352 0.002 0.014 0.021 0.001 0.001 0.021 0.003 0.008 0.002 0.001 0.106 0.471 46 H 0.081 0.002 0.102 0.079 0.003 0.001 0.004 0.001 0.010 0.108 0.205 0.270 0.136 47 K 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.935 0.002 0.004 48 G 0.005 0.005 0.032 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.579 0.355 0.013 0.006 49 E 0.079 0.024 0.297 0.012 0.002 0.001 0.009 0.001 0.010 0.129 0.014 0.287 0.135 50 Y 0.322 0.014 0.024 0.011 0.001 0.001 0.059 0.004 0.015 0.003 0.002 0.030 0.514 51 H 0.420 0.003 0.006 0.064 0.001 0.002 0.064 0.011 0.013 0.001 0.001 0.374 0.041 52 A 0.427 0.002 0.004 0.007 0.001 0.002 0.157 0.026 0.012 0.001 0.001 0.068 0.291 53 M 0.568 0.003 0.016 0.019 0.002 0.004 0.091 0.028 0.023 0.003 0.002 0.137 0.104 54 D 0.206 0.009 0.116 0.070 0.016 0.022 0.049 0.018 0.054 0.041 0.044 0.219 0.136 55 I 0.089 0.014 0.174 0.039 0.064 0.051 0.015 0.008 0.031 0.139 0.161 0.063 0.150 56 R 0.039 0.027 0.236 0.024 0.074 0.057 0.007 0.006 0.022 0.205 0.164 0.078 0.062 57 C 0.018 0.029 0.352 0.009 0.130 0.055 0.002 0.002 0.011 0.169 0.108 0.043 0.071 58 Y 0.005 0.025 0.287 0.008 0.185 0.101 0.001 0.001 0.005 0.105 0.230 0.011 0.035 59 H 0.004 0.018 0.179 0.006 0.192 0.079 0.001 0.001 0.005 0.164 0.324 0.017 0.010 60 S 0.002 0.009 0.126 0.003 0.064 0.042 0.001 0.001 0.003 0.162 0.570 0.006 0.011 61 G 0.003 0.024 0.224 0.004 0.019 0.014 0.001 0.001 0.003 0.294 0.395 0.008 0.012 62 G 0.005 0.034 0.493 0.005 0.010 0.010 0.001 0.001 0.006 0.303 0.027 0.088 0.019 63 P 0.008 0.042 0.501 0.004 0.021 0.016 0.002 0.001 0.012 0.087 0.040 0.018 0.249 64 L 0.032 0.046 0.350 0.043 0.092 0.035 0.005 0.004 0.018 0.053 0.071 0.121 0.130 65 H 0.057 0.018 0.197 0.059 0.076 0.054 0.008 0.005 0.030 0.106 0.134 0.179 0.076 66 L 0.037 0.012 0.163 0.021 0.043 0.027 0.004 0.002 0.015 0.115 0.368 0.033 0.160 67 G 0.032 0.020 0.356 0.023 0.011 0.019 0.003 0.001 0.013 0.188 0.118 0.145 0.071 68 E 0.075 0.023 0.312 0.007 0.005 0.018 0.007 0.002 0.024 0.070 0.014 0.249 0.195 69 I 0.100 0.040 0.129 0.012 0.010 0.018 0.009 0.001 0.014 0.021 0.015 0.043 0.587 70 E 0.038 0.015 0.215 0.072 0.018 0.032 0.003 0.001 0.011 0.038 0.032 0.438 0.086 71 D 0.018 0.022 0.150 0.012 0.045 0.050 0.003 0.001 0.008 0.072 0.174 0.031 0.414 72 F 0.010 0.020 0.111 0.010 0.056 0.031 0.002 0.001 0.004 0.113 0.488 0.098 0.056 73 N 0.001 0.004 0.037 0.008 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.104 0.806 0.011 0.008 74 G 0.003 0.011 0.140 0.006 0.014 0.003 0.001 0.001 0.002 0.273 0.512 0.018 0.019 75 Q 0.006 0.031 0.527 0.017 0.008 0.005 0.001 0.001 0.016 0.258 0.034 0.053 0.044 76 S 0.016 0.036 0.387 0.036 0.014 0.011 0.019 0.004 0.044 0.112 0.061 0.108 0.151 77 C 0.087 0.027 0.165 0.065 0.019 0.012 0.119 0.044 0.079 0.036 0.038 0.087 0.222 78 I 0.173 0.016 0.073 0.015 0.005 0.007 0.130 0.090 0.090 0.018 0.009 0.306 0.067 79 V 0.194 0.023 0.117 0.006 0.005 0.006 0.066 0.098 0.085 0.020 0.007 0.057 0.317 80 C 0.015 0.010 0.601 0.025 0.012 0.007 0.009 0.010 0.026 0.062 0.011 0.149 0.060 81 P 0.009 0.006 0.267 0.032 0.102 0.021 0.002 0.002 0.016 0.167 0.268 0.017 0.091 82 W 0.016 0.005 0.108 0.025 0.069 0.009 0.001 0.001 0.007 0.209 0.500 0.028 0.023 83 H 0.024 0.009 0.156 0.013 0.057 0.010 0.001 0.001 0.004 0.254 0.418 0.023 0.032 84 K 0.066 0.011 0.301 0.015 0.037 0.022 0.003 0.001 0.006 0.109 0.216 0.042 0.170 85 Y 0.426 0.012 0.073 0.017 0.011 0.024 0.037 0.006 0.022 0.018 0.026 0.148 0.179 86 K 0.652 0.005 0.008 0.005 0.001 0.006 0.057 0.004 0.004 0.004 0.003 0.124 0.127 87 I 0.690 0.005 0.008 0.011 0.001 0.003 0.024 0.003 0.004 0.003 0.001 0.109 0.138 88 T 0.197 0.004 0.084 0.021 0.001 0.006 0.010 0.002 0.013 0.010 0.003 0.384 0.264 89 L 0.043 0.008 0.122 0.026 0.028 0.025 0.008 0.001 0.010 0.027 0.102 0.035 0.566 90 A 0.026 0.004 0.069 0.050 0.053 0.026 0.002 0.001 0.007 0.091 0.501 0.145 0.023 91 T 0.009 0.004 0.039 0.005 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.205 0.669 0.013 0.029 92 G 0.008 0.019 0.211 0.007 0.019 0.008 0.001 0.001 0.002 0.407 0.259 0.036 0.023 93 E 0.025 0.047 0.396 0.009 0.020 0.023 0.005 0.001 0.016 0.132 0.066 0.130 0.129 94 G 0.130 0.045 0.197 0.024 0.032 0.027 0.011 0.005 0.023 0.049 0.048 0.045 0.364 95 L 0.100 0.018 0.165 0.073 0.022 0.031 0.019 0.004 0.022 0.046 0.069 0.355 0.074 96 Y 0.099 0.025 0.198 0.026 0.030 0.022 0.025 0.005 0.022 0.073 0.060 0.062 0.351 97 Q 0.050 0.019 0.271 0.019 0.024 0.019 0.015 0.004 0.027 0.099 0.040 0.326 0.087 98 S 0.020 0.031 0.389 0.009 0.026 0.017 0.007 0.003 0.033 0.091 0.078 0.049 0.247 99 I 0.009 0.058 0.451 0.011 0.047 0.019 0.003 0.002 0.015 0.189 0.092 0.061 0.044 100 N 0.001 0.013 0.744 0.002 0.015 0.004 0.001 0.001 0.006 0.144 0.026 0.021 0.024 101 P 0.001 0.010 0.207 0.002 0.176 0.025 0.001 0.001 0.003 0.146 0.415 0.003 0.012 102 K 0.001 0.019 0.092 0.002 0.067 0.018 0.001 0.001 0.002 0.152 0.642 0.004 0.002 103 D 0.001 0.035 0.416 0.001 0.080 0.011 0.001 0.001 0.001 0.372 0.073 0.004 0.007 104 P 0.001 0.025 0.340 0.002 0.094 0.040 0.001 0.001 0.002 0.194 0.293 0.002 0.009 105 S 0.001 0.036 0.152 0.001 0.097 0.032 0.001 0.001 0.002 0.209 0.462 0.005 0.003 106 A 0.001 0.047 0.354 0.002 0.087 0.047 0.001 0.001 0.002 0.269 0.180 0.003 0.009 107 K 0.001 0.041 0.593 0.001 0.048 0.031 0.001 0.001 0.004 0.193 0.070 0.008 0.010 108 P 0.001 0.025 0.278 0.004 0.122 0.093 0.001 0.001 0.005 0.161 0.296 0.004 0.012 109 K 0.001 0.031 0.286 0.003 0.106 0.071 0.001 0.001 0.007 0.190 0.278 0.010 0.017 110 W 0.002 0.059 0.463 0.003 0.083 0.080 0.001 0.001 0.009 0.164 0.079 0.010 0.048 111 C 0.001 0.036 0.628 0.003 0.041 0.058 0.001 0.001 0.011 0.137 0.040 0.019 0.025 112 S 0.001 0.014 0.401 0.004 0.231 0.113 0.001 0.001 0.007 0.089 0.107 0.009 0.024 113 K 0.001 0.004 0.043 0.006 0.192 0.088 0.001 0.001 0.003 0.045 0.613 0.002 0.005 114 G 0.001 0.009 0.139 0.005 0.138 0.035 0.001 0.001 0.004 0.151 0.496 0.009 0.012 115 V 0.004 0.030 0.537 0.009 0.059 0.024 0.001 0.001 0.018 0.194 0.048 0.034 0.042 116 K 0.012 0.033 0.504 0.007 0.011 0.009 0.003 0.002 0.053 0.099 0.044 0.080 0.142 117 Q 0.031 0.021 0.501 0.040 0.013 0.006 0.005 0.005 0.048 0.059 0.031 0.065 0.176 118 R 0.037 0.007 0.272 0.031 0.009 0.006 0.011 0.006 0.053 0.064 0.022 0.427 0.054 119 I 0.089 0.006 0.145 0.017 0.008 0.003 0.017 0.012 0.068 0.019 0.014 0.012 0.591 120 H 0.053 0.002 0.132 0.053 0.002 0.002 0.012 0.005 0.077 0.019 0.004 0.618 0.021 121 T 0.114 0.004 0.079 0.016 0.003 0.002 0.029 0.005 0.061 0.014 0.007 0.031 0.634 122 V 0.193 0.010 0.066 0.052 0.003 0.003 0.054 0.005 0.044 0.009 0.006 0.321 0.233 123 K 0.292 0.005 0.034 0.009 0.002 0.002 0.022 0.007 0.042 0.005 0.002 0.301 0.277 124 V 0.095 0.007 0.031 0.011 0.002 0.001 0.019 0.004 0.010 0.005 0.005 0.070 0.740 125 D 0.077 0.001 0.066 0.051 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.049 0.149 0.516 0.077 126 N 0.014 0.001 0.010 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.822 0.011 0.023 127 G 0.044 0.004 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.321 0.438 0.116 0.028 128 N 0.410 0.002 0.069 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.007 0.003 0.064 0.425 129 I 0.796 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.034 0.001 0.004 0.001 0.001 0.104 0.056 130 Y 0.799 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.083 131 V 0.579 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.100 0.001 0.002 0.001 0.001 0.217 0.091 132 T 0.569 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.022 0.002 0.012 0.001 0.001 0.066 0.319 133 L 0.152 0.008 0.093 0.020 0.004 0.001 0.020 0.002 0.021 0.033 0.020 0.244 0.383 134 S 0.013 0.005 0.527 0.010 0.008 0.001 0.002 0.001 0.008 0.137 0.069 0.113 0.105 135 K 0.002 0.010 0.116 0.004 0.128 0.006 0.001 0.001 0.002 0.325 0.377 0.012 0.017 136 E 0.001 0.016 0.244 0.002 0.110 0.008 0.001 0.001 0.002 0.360 0.231 0.019 0.007 137 P 0.001 0.034 0.304 0.002 0.308 0.025 0.001 0.001 0.002 0.177 0.121 0.003 0.022 138 F 0.001 0.044 0.434 0.003 0.100 0.025 0.001 0.001 0.004 0.193 0.170 0.014 0.011 139 K 0.001 0.048 0.461 0.003 0.095 0.033 0.001 0.001 0.006 0.169 0.152 0.008 0.022 140 C 0.001 0.038 0.500 0.002 0.051 0.026 0.001 0.001 0.004 0.225 0.125 0.015 0.012 141 D 0.001 0.024 0.524 0.003 0.063 0.058 0.001 0.001 0.006 0.160 0.135 0.007 0.019 142 S 0.001 0.028 0.304 0.004 0.152 0.102 0.001 0.001 0.007 0.214 0.170 0.008 0.010 143 D 0.001 0.019 0.351 0.005 0.180 0.131 0.001 0.001 0.008 0.149 0.128 0.008 0.018 144 Y 0.002 0.029 0.230 0.005 0.290 0.169 0.001 0.001 0.013 0.091 0.130 0.010 0.029 145 Y 0.005 0.040 0.284 0.007 0.126 0.187 0.002 0.002 0.020 0.107 0.162 0.023 0.034 146 A 0.006 0.041 0.337 0.006 0.077 0.136 0.002 0.002 0.021 0.156 0.148 0.026 0.042 147 T 0.003 0.019 0.421 0.006 0.046 0.091 0.001 0.001 0.008 0.164 0.191 0.018 0.033 148 G 0.002 0.009 0.219 0.008 0.046 0.111 0.001 0.001 0.005 0.188 0.388 0.010 0.015 149 E 0.005 0.017 0.283 0.008 0.083 0.126 0.001 0.001 0.009 0.193 0.223 0.020 0.031 150 F 0.010 0.023 0.334 0.015 0.080 0.150 0.002 0.001 0.019 0.136 0.117 0.022 0.091 151 K 0.023 0.020 0.278 0.028 0.071 0.171 0.006 0.002 0.031 0.090 0.109 0.098 0.074 152 V 0.051 0.027 0.170 0.019 0.080 0.166 0.019 0.009 0.048 0.059 0.075 0.078 0.200 153 I 0.090 0.032 0.187 0.028 0.049 0.128 0.028 0.010 0.038 0.050 0.076 0.106 0.178 154 Q 0.092 0.026 0.212 0.024 0.042 0.082 0.017 0.008 0.039 0.080 0.070 0.191 0.116 155 S 0.029 0.021 0.387 0.013 0.028 0.054 0.005 0.003 0.029 0.120 0.101 0.066 0.143 156 S 0.009 0.025 0.473 0.014 0.027 0.041 0.002 0.001 0.017 0.174 0.120 0.038 0.060 157 S 0.003 0.008 0.651 0.007 0.019 0.021 0.001 0.001 0.008 0.166 0.057 0.030 0.030