# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1888 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.020 0.108 0.001 0.015 0.011 0.010 0.100 0.005 0.001 0.059 0.671 2 D 0.310 0.228 0.001 0.010 0.006 0.006 0.034 0.014 0.001 0.267 0.123 3 P 0.077 0.483 0.003 0.012 0.006 0.005 0.056 0.004 0.001 0.114 0.239 4 E 0.070 0.571 0.005 0.010 0.003 0.006 0.040 0.005 0.002 0.071 0.216 5 I 0.176 0.351 0.012 0.009 0.007 0.011 0.038 0.026 0.006 0.105 0.259 6 S 0.148 0.365 0.009 0.010 0.011 0.010 0.066 0.012 0.006 0.063 0.301 7 E 0.065 0.331 0.008 0.011 0.013 0.013 0.067 0.012 0.004 0.060 0.415 8 Q 0.091 0.346 0.010 0.007 0.012 0.007 0.081 0.020 0.005 0.068 0.351 9 D 0.209 0.509 0.009 0.003 0.004 0.005 0.031 0.018 0.006 0.039 0.166 10 E 0.251 0.328 0.009 0.005 0.005 0.006 0.037 0.015 0.004 0.035 0.305 11 E 0.124 0.198 0.010 0.011 0.013 0.022 0.060 0.013 0.005 0.060 0.484 12 K 0.134 0.026 0.008 0.012 0.015 0.029 0.086 0.011 0.004 0.190 0.485 13 K 0.061 0.014 0.012 0.020 0.026 0.021 0.132 0.005 0.004 0.124 0.582 14 K 0.058 0.008 0.003 0.023 0.020 0.028 0.124 0.003 0.001 0.047 0.685 15 Y 0.018 0.006 0.001 0.025 0.024 0.032 0.093 0.002 0.001 0.027 0.772 16 T 0.012 0.009 0.001 0.057 0.054 0.094 0.141 0.001 0.001 0.034 0.598 17 S 0.009 0.010 0.001 0.114 0.068 0.159 0.134 0.001 0.001 0.052 0.451 18 V 0.010 0.013 0.002 0.241 0.128 0.138 0.103 0.002 0.001 0.042 0.320 19 C 0.026 0.033 0.001 0.183 0.100 0.163 0.078 0.004 0.001 0.040 0.372 20 V 0.046 0.059 0.002 0.209 0.089 0.082 0.069 0.004 0.001 0.056 0.384 21 G 0.044 0.088 0.006 0.130 0.071 0.104 0.101 0.007 0.002 0.063 0.384 22 R 0.243 0.224 0.005 0.025 0.022 0.040 0.053 0.024 0.002 0.039 0.322 23 E 0.564 0.106 0.002 0.015 0.013 0.017 0.028 0.022 0.001 0.029 0.202 24 E 0.071 0.065 0.003 0.039 0.030 0.039 0.084 0.005 0.001 0.041 0.623 25 D 0.031 0.040 0.004 0.022 0.023 0.045 0.163 0.006 0.001 0.061 0.606 26 I 0.155 0.024 0.009 0.015 0.041 0.043 0.095 0.015 0.004 0.087 0.512 27 R 0.394 0.009 0.004 0.010 0.017 0.014 0.076 0.006 0.003 0.048 0.418 28 K 0.044 0.005 0.001 0.005 0.009 0.011 0.044 0.001 0.001 0.011 0.869 29 S 0.018 0.002 0.001 0.005 0.010 0.017 0.134 0.001 0.001 0.042 0.771 30 E 0.020 0.010 0.001 0.037 0.061 0.112 0.160 0.001 0.001 0.057 0.540 31 R 0.012 0.005 0.001 0.037 0.102 0.201 0.103 0.001 0.001 0.028 0.510 32 M 0.010 0.005 0.001 0.074 0.240 0.369 0.044 0.001 0.001 0.017 0.239 33 T 0.002 0.002 0.001 0.109 0.211 0.404 0.048 0.001 0.001 0.019 0.205 34 A 0.001 0.002 0.001 0.105 0.294 0.440 0.038 0.001 0.001 0.012 0.106 35 V 0.040 0.003 0.001 0.049 0.219 0.462 0.050 0.002 0.001 0.028 0.146 36 V 0.175 0.002 0.001 0.041 0.165 0.222 0.053 0.002 0.001 0.045 0.292 37 H 0.020 0.002 0.001 0.046 0.046 0.062 0.115 0.001 0.001 0.017 0.692 38 D 0.009 0.002 0.001 0.046 0.051 0.193 0.085 0.001 0.001 0.027 0.586 39 R 0.002 0.001 0.001 0.041 0.120 0.173 0.202 0.001 0.001 0.039 0.422 40 E 0.001 0.001 0.001 0.153 0.208 0.474 0.039 0.001 0.001 0.034 0.092 41 V 0.001 0.001 0.001 0.164 0.217 0.500 0.021 0.001 0.001 0.030 0.067 42 V 0.001 0.001 0.001 0.397 0.259 0.294 0.006 0.001 0.001 0.011 0.033 43 I 0.001 0.001 0.001 0.373 0.222 0.321 0.013 0.001 0.001 0.021 0.050 44 F 0.002 0.001 0.001 0.158 0.234 0.427 0.060 0.001 0.001 0.041 0.077 45 Y 0.101 0.001 0.001 0.066 0.103 0.199 0.052 0.001 0.001 0.085 0.390 46 H 0.388 0.005 0.001 0.022 0.044 0.040 0.068 0.001 0.001 0.030 0.401 47 K 0.004 0.001 0.001 0.006 0.011 0.031 0.072 0.001 0.001 0.010 0.865 48 G 0.002 0.005 0.001 0.028 0.098 0.180 0.178 0.001 0.001 0.033 0.476 49 E 0.001 0.002 0.001 0.026 0.132 0.735 0.022 0.001 0.001 0.010 0.071 50 Y 0.002 0.008 0.001 0.023 0.525 0.256 0.034 0.001 0.001 0.016 0.138 51 H 0.004 0.015 0.001 0.056 0.418 0.444 0.012 0.001 0.001 0.014 0.036 52 A 0.017 0.040 0.001 0.049 0.223 0.477 0.036 0.001 0.001 0.039 0.116 53 M 0.067 0.038 0.002 0.048 0.210 0.458 0.026 0.003 0.001 0.035 0.112 54 D 0.041 0.017 0.002 0.050 0.233 0.369 0.051 0.003 0.001 0.040 0.193 55 I 0.018 0.018 0.002 0.075 0.124 0.283 0.112 0.003 0.001 0.042 0.322 56 R 0.024 0.015 0.004 0.089 0.107 0.106 0.110 0.005 0.001 0.059 0.480 57 C 0.082 0.010 0.010 0.063 0.099 0.100 0.150 0.012 0.004 0.082 0.387 58 Y 0.157 0.012 0.003 0.021 0.026 0.031 0.074 0.008 0.001 0.019 0.649 59 H 0.282 0.005 0.001 0.040 0.022 0.034 0.072 0.007 0.001 0.037 0.499 60 S 0.019 0.004 0.001 0.045 0.029 0.062 0.214 0.001 0.001 0.017 0.607 61 G 0.011 0.013 0.001 0.048 0.033 0.068 0.122 0.001 0.001 0.016 0.686 62 G 0.047 0.017 0.003 0.075 0.191 0.138 0.125 0.005 0.001 0.049 0.350 63 P 0.059 0.009 0.003 0.045 0.078 0.150 0.181 0.004 0.001 0.065 0.404 64 L 0.204 0.008 0.002 0.038 0.051 0.070 0.055 0.005 0.001 0.037 0.528 65 H 0.222 0.011 0.001 0.064 0.070 0.076 0.087 0.004 0.001 0.018 0.447 66 L 0.009 0.009 0.001 0.042 0.048 0.120 0.087 0.001 0.001 0.014 0.671 67 G 0.004 0.010 0.001 0.067 0.201 0.275 0.092 0.001 0.001 0.023 0.326 68 E 0.011 0.008 0.001 0.087 0.238 0.429 0.041 0.002 0.001 0.028 0.154 69 I 0.026 0.008 0.002 0.064 0.229 0.206 0.076 0.002 0.001 0.044 0.343 70 E 0.087 0.004 0.003 0.082 0.166 0.208 0.064 0.003 0.001 0.039 0.342 71 D 0.210 0.003 0.001 0.024 0.036 0.067 0.061 0.003 0.001 0.031 0.564 72 F 0.084 0.001 0.001 0.013 0.023 0.043 0.076 0.001 0.001 0.021 0.738 73 N 0.006 0.001 0.001 0.009 0.015 0.026 0.136 0.001 0.001 0.009 0.799 74 G 0.011 0.001 0.001 0.021 0.054 0.228 0.099 0.001 0.001 0.023 0.563 75 Q 0.008 0.001 0.001 0.027 0.136 0.187 0.152 0.001 0.001 0.044 0.445 76 S 0.004 0.001 0.001 0.146 0.239 0.285 0.061 0.001 0.001 0.022 0.241 77 C 0.001 0.001 0.001 0.232 0.139 0.283 0.058 0.001 0.001 0.033 0.254 78 I 0.001 0.001 0.001 0.337 0.174 0.243 0.084 0.001 0.001 0.012 0.148 79 V 0.009 0.013 0.001 0.207 0.170 0.275 0.066 0.001 0.001 0.024 0.234 80 C 0.492 0.034 0.002 0.066 0.082 0.086 0.042 0.010 0.001 0.087 0.098 81 P 0.210 0.045 0.002 0.045 0.023 0.030 0.102 0.004 0.001 0.044 0.494 82 W 0.100 0.055 0.002 0.053 0.020 0.043 0.089 0.005 0.001 0.053 0.579 83 H 0.064 0.032 0.002 0.045 0.075 0.149 0.125 0.007 0.001 0.046 0.454 84 K 0.012 0.013 0.001 0.031 0.149 0.266 0.062 0.003 0.001 0.054 0.409 85 Y 0.006 0.008 0.001 0.049 0.374 0.310 0.051 0.002 0.001 0.028 0.171 86 K 0.003 0.015 0.001 0.087 0.357 0.289 0.049 0.001 0.001 0.022 0.176 87 I 0.005 0.006 0.001 0.061 0.263 0.329 0.057 0.001 0.001 0.069 0.208 88 T 0.063 0.028 0.007 0.060 0.197 0.288 0.084 0.006 0.003 0.094 0.171 89 L 0.334 0.026 0.004 0.042 0.105 0.114 0.039 0.007 0.002 0.055 0.273 90 A 0.120 0.013 0.002 0.036 0.050 0.061 0.121 0.004 0.001 0.042 0.551 91 T 0.016 0.017 0.001 0.020 0.023 0.063 0.103 0.002 0.001 0.018 0.737 92 G 0.037 0.028 0.002 0.022 0.091 0.116 0.142 0.005 0.001 0.036 0.520 93 E 0.093 0.030 0.002 0.036 0.166 0.281 0.079 0.009 0.001 0.036 0.270 94 G 0.025 0.011 0.001 0.027 0.127 0.147 0.070 0.002 0.001 0.043 0.547 95 L 0.014 0.015 0.001 0.085 0.242 0.228 0.082 0.002 0.001 0.044 0.287 96 Y 0.022 0.009 0.001 0.049 0.116 0.240 0.082 0.002 0.001 0.054 0.424 97 Q 0.055 0.005 0.001 0.062 0.154 0.190 0.059 0.003 0.001 0.085 0.386 98 S 0.019 0.004 0.001 0.050 0.076 0.081 0.146 0.001 0.001 0.055 0.567 99 I 0.037 0.010 0.001 0.034 0.029 0.048 0.114 0.004 0.001 0.037 0.687 100 N 0.308 0.006 0.001 0.028 0.009 0.013 0.083 0.006 0.001 0.080 0.467 101 P 0.049 0.007 0.001 0.031 0.011 0.013 0.144 0.001 0.001 0.043 0.700 102 K 0.015 0.006 0.001 0.010 0.003 0.005 0.133 0.001 0.001 0.022 0.804 103 D 0.377 0.023 0.001 0.012 0.008 0.012 0.063 0.013 0.001 0.082 0.407 104 P 0.270 0.008 0.001 0.012 0.008 0.010 0.130 0.003 0.001 0.057 0.501 105 S 0.027 0.009 0.001 0.021 0.012 0.019 0.091 0.001 0.001 0.036 0.784 106 A 0.053 0.020 0.001 0.012 0.015 0.019 0.126 0.004 0.001 0.025 0.725 107 K 0.209 0.057 0.002 0.012 0.020 0.026 0.101 0.013 0.001 0.050 0.511 108 P 0.138 0.046 0.001 0.011 0.020 0.022 0.109 0.004 0.001 0.041 0.609 109 K 0.050 0.059 0.002 0.028 0.032 0.043 0.117 0.003 0.001 0.077 0.588 110 W 0.039 0.041 0.007 0.022 0.028 0.032 0.143 0.005 0.002 0.066 0.614 111 C 0.380 0.085 0.008 0.014 0.020 0.031 0.078 0.018 0.003 0.060 0.304 112 S 0.454 0.021 0.002 0.013 0.019 0.024 0.047 0.008 0.001 0.036 0.375 113 K 0.050 0.016 0.001 0.020 0.022 0.032 0.145 0.002 0.001 0.025 0.686 114 G 0.039 0.011 0.002 0.032 0.034 0.096 0.097 0.003 0.001 0.032 0.654 115 V 0.040 0.007 0.002 0.029 0.071 0.076 0.171 0.003 0.001 0.036 0.566 116 K 0.033 0.005 0.001 0.036 0.091 0.180 0.094 0.002 0.001 0.036 0.522 117 Q 0.015 0.001 0.001 0.030 0.087 0.092 0.097 0.001 0.001 0.032 0.646 118 R 0.013 0.003 0.001 0.096 0.130 0.220 0.084 0.001 0.001 0.023 0.429 119 I 0.006 0.001 0.001 0.038 0.076 0.163 0.070 0.001 0.001 0.022 0.623 120 H 0.007 0.002 0.001 0.113 0.208 0.315 0.068 0.001 0.001 0.027 0.260 121 T 0.003 0.002 0.001 0.117 0.148 0.346 0.052 0.001 0.001 0.019 0.314 122 V 0.002 0.002 0.001 0.149 0.234 0.310 0.060 0.001 0.001 0.030 0.211 123 K 0.009 0.002 0.001 0.124 0.152 0.353 0.088 0.001 0.001 0.051 0.218 124 V 0.111 0.007 0.002 0.049 0.096 0.154 0.070 0.001 0.001 0.083 0.426 125 D 0.148 0.002 0.001 0.033 0.048 0.070 0.073 0.001 0.001 0.044 0.580 126 N 0.002 0.002 0.001 0.021 0.029 0.062 0.124 0.001 0.001 0.019 0.742 127 G 0.001 0.001 0.001 0.043 0.128 0.528 0.081 0.001 0.001 0.043 0.176 128 N 0.001 0.001 0.001 0.043 0.226 0.616 0.016 0.001 0.001 0.047 0.051 129 I 0.001 0.001 0.001 0.112 0.485 0.350 0.008 0.001 0.001 0.021 0.025 130 Y 0.001 0.001 0.001 0.113 0.358 0.436 0.010 0.001 0.001 0.055 0.028 131 V 0.002 0.001 0.001 0.171 0.340 0.394 0.012 0.001 0.001 0.033 0.046 132 T 0.015 0.002 0.001 0.113 0.220 0.492 0.028 0.001 0.001 0.042 0.087 133 L 0.026 0.005 0.001 0.048 0.121 0.185 0.128 0.001 0.001 0.058 0.428 134 S 0.120 0.011 0.001 0.050 0.046 0.086 0.166 0.003 0.001 0.066 0.449 135 K 0.078 0.010 0.001 0.021 0.014 0.018 0.147 0.002 0.001 0.047 0.663 136 E 0.086 0.008 0.001 0.018 0.012 0.018 0.154 0.003 0.001 0.053 0.646 137 P 0.086 0.008 0.001 0.012 0.008 0.011 0.104 0.003 0.001 0.033 0.735 138 F 0.117 0.006 0.001 0.025 0.013 0.017 0.128 0.003 0.001 0.054 0.636 139 K 0.037 0.005 0.001 0.024 0.010 0.016 0.162 0.002 0.001 0.039 0.704 140 C 0.049 0.012 0.001 0.022 0.013 0.014 0.128 0.003 0.001 0.037 0.722 141 D 0.217 0.038 0.001 0.016 0.013 0.015 0.108 0.008 0.001 0.037 0.545 142 S 0.169 0.051 0.001 0.016 0.012 0.013 0.087 0.006 0.001 0.043 0.603 143 D 0.120 0.027 0.001 0.021 0.016 0.027 0.116 0.007 0.001 0.114 0.551 144 Y 0.089 0.033 0.002 0.033 0.022 0.029 0.118 0.005 0.001 0.095 0.573 145 Y 0.069 0.022 0.004 0.045 0.037 0.035 0.135 0.005 0.001 0.072 0.576 146 A 0.060 0.027 0.002 0.019 0.027 0.031 0.113 0.007 0.001 0.041 0.672 147 T 0.245 0.049 0.002 0.015 0.023 0.027 0.097 0.008 0.001 0.056 0.476 148 G 0.111 0.051 0.002 0.020 0.028 0.029 0.120 0.004 0.001 0.041 0.593 149 E 0.054 0.087 0.001 0.019 0.024 0.048 0.102 0.005 0.001 0.036 0.624 150 F 0.062 0.081 0.001 0.024 0.061 0.095 0.096 0.006 0.001 0.057 0.516 151 K 0.032 0.032 0.001 0.044 0.142 0.180 0.075 0.003 0.001 0.110 0.381 152 V 0.022 0.013 0.001 0.044 0.139 0.226 0.073 0.002 0.001 0.123 0.356 153 I 0.034 0.008 0.002 0.047 0.162 0.160 0.075 0.002 0.001 0.103 0.405 154 Q 0.044 0.004 0.001 0.046 0.105 0.145 0.078 0.001 0.001 0.059 0.515 155 S 0.030 0.004 0.001 0.021 0.044 0.082 0.083 0.001 0.001 0.029 0.705 156 S 0.022 0.006 0.001 0.016 0.045 0.068 0.113 0.001 0.001 0.025 0.704 157 S 0.028 0.011 0.001 0.022 0.050 0.082 0.147 0.001 0.001 0.036 0.621