# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1888 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.021 0.095 0.032 0.010 0.024 0.108 0.026 0.684 2 D 0.363 0.440 0.001 0.002 0.001 0.015 0.128 0.049 3 P 0.029 0.649 0.003 0.003 0.002 0.044 0.070 0.199 4 E 0.054 0.668 0.011 0.001 0.006 0.023 0.106 0.132 5 I 0.080 0.514 0.013 0.007 0.007 0.035 0.234 0.109 6 S 0.078 0.510 0.010 0.008 0.013 0.045 0.141 0.195 7 E 0.030 0.603 0.005 0.007 0.010 0.044 0.084 0.218 8 Q 0.044 0.600 0.006 0.008 0.014 0.032 0.082 0.214 9 D 0.133 0.595 0.006 0.012 0.009 0.024 0.088 0.134 10 E 0.247 0.272 0.008 0.011 0.014 0.043 0.094 0.313 11 E 0.126 0.125 0.025 0.017 0.031 0.076 0.138 0.461 12 K 0.120 0.025 0.022 0.020 0.030 0.089 0.116 0.578 13 K 0.111 0.012 0.035 0.026 0.039 0.116 0.173 0.489 14 K 0.044 0.009 0.051 0.024 0.031 0.135 0.057 0.649 15 Y 0.030 0.007 0.034 0.018 0.036 0.134 0.026 0.714 16 T 0.013 0.018 0.136 0.091 0.111 0.163 0.058 0.410 17 S 0.005 0.006 0.100 0.060 0.104 0.119 0.039 0.566 18 V 0.006 0.021 0.283 0.225 0.173 0.052 0.097 0.144 19 C 0.017 0.026 0.244 0.150 0.194 0.057 0.038 0.273 20 V 0.011 0.015 0.181 0.221 0.186 0.063 0.064 0.260 21 G 0.022 0.043 0.187 0.131 0.261 0.063 0.096 0.196 22 R 0.273 0.218 0.046 0.053 0.077 0.050 0.084 0.199 23 E 0.324 0.175 0.008 0.026 0.019 0.059 0.074 0.315 24 E 0.083 0.101 0.011 0.025 0.053 0.082 0.038 0.607 25 D 0.071 0.048 0.033 0.022 0.065 0.094 0.121 0.546 26 I 0.277 0.014 0.013 0.031 0.024 0.085 0.095 0.461 27 R 0.410 0.011 0.005 0.007 0.014 0.054 0.045 0.452 28 K 0.022 0.004 0.005 0.004 0.009 0.086 0.010 0.862 29 S 0.024 0.004 0.004 0.009 0.020 0.125 0.026 0.788 30 E 0.016 0.010 0.044 0.114 0.101 0.165 0.089 0.461 31 R 0.027 0.007 0.056 0.043 0.151 0.094 0.050 0.572 32 M 0.008 0.010 0.128 0.233 0.258 0.066 0.073 0.224 33 T 0.003 0.001 0.103 0.185 0.317 0.061 0.027 0.304 34 A 0.002 0.001 0.145 0.360 0.307 0.025 0.041 0.119 35 V 0.033 0.002 0.126 0.212 0.285 0.044 0.083 0.214 36 V 0.123 0.001 0.091 0.146 0.173 0.078 0.074 0.313 37 H 0.061 0.001 0.033 0.038 0.081 0.131 0.025 0.630 38 D 0.020 0.002 0.005 0.027 0.053 0.132 0.016 0.745 39 R 0.003 0.003 0.025 0.120 0.266 0.136 0.040 0.408 40 E 0.001 0.003 0.047 0.216 0.572 0.030 0.066 0.064 41 V 0.001 0.001 0.033 0.363 0.449 0.022 0.024 0.107 42 V 0.001 0.001 0.080 0.468 0.423 0.003 0.018 0.008 43 I 0.001 0.001 0.061 0.509 0.371 0.007 0.019 0.033 44 F 0.002 0.001 0.100 0.282 0.445 0.023 0.063 0.085 45 Y 0.091 0.001 0.050 0.222 0.268 0.065 0.051 0.255 46 H 0.275 0.001 0.015 0.021 0.056 0.118 0.032 0.482 47 K 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.104 0.003 0.876 48 G 0.002 0.001 0.008 0.062 0.216 0.112 0.022 0.578 49 E 0.004 0.004 0.043 0.430 0.381 0.024 0.052 0.060 50 Y 0.002 0.001 0.012 0.201 0.129 0.054 0.013 0.589 51 H 0.001 0.003 0.062 0.536 0.334 0.009 0.039 0.017 52 A 0.009 0.003 0.027 0.236 0.456 0.026 0.021 0.222 53 M 0.015 0.008 0.080 0.352 0.378 0.029 0.037 0.101 54 D 0.089 0.021 0.029 0.132 0.225 0.078 0.058 0.369 55 I 0.036 0.032 0.061 0.159 0.240 0.066 0.072 0.336 56 R 0.029 0.016 0.048 0.082 0.191 0.085 0.057 0.492 57 C 0.025 0.006 0.108 0.171 0.166 0.085 0.134 0.303 58 Y 0.223 0.010 0.034 0.053 0.061 0.078 0.051 0.490 59 H 0.324 0.004 0.024 0.010 0.029 0.076 0.064 0.469 60 S 0.016 0.007 0.029 0.020 0.033 0.137 0.020 0.739 61 G 0.014 0.002 0.004 0.008 0.018 0.100 0.011 0.842 62 G 0.025 0.017 0.035 0.177 0.101 0.129 0.049 0.467 63 P 0.120 0.027 0.048 0.050 0.121 0.094 0.073 0.469 64 L 0.095 0.021 0.037 0.087 0.084 0.107 0.068 0.501 65 H 0.144 0.047 0.044 0.057 0.189 0.078 0.071 0.371 66 L 0.013 0.017 0.032 0.093 0.170 0.093 0.031 0.552 67 G 0.019 0.045 0.034 0.125 0.268 0.077 0.054 0.379 68 E 0.039 0.025 0.044 0.264 0.309 0.052 0.062 0.206 69 I 0.044 0.004 0.052 0.212 0.283 0.064 0.076 0.264 70 E 0.036 0.001 0.048 0.156 0.219 0.062 0.078 0.400 71 D 0.349 0.001 0.019 0.023 0.054 0.052 0.030 0.472 72 F 0.222 0.001 0.011 0.017 0.048 0.086 0.024 0.591 73 N 0.003 0.001 0.004 0.009 0.019 0.126 0.003 0.835 74 G 0.009 0.001 0.005 0.067 0.087 0.131 0.016 0.684 75 Q 0.009 0.001 0.036 0.191 0.193 0.105 0.038 0.427 76 S 0.008 0.002 0.124 0.214 0.285 0.059 0.040 0.268 77 C 0.002 0.001 0.057 0.179 0.229 0.075 0.020 0.438 78 I 0.001 0.001 0.182 0.308 0.317 0.039 0.017 0.136 79 V 0.009 0.002 0.092 0.212 0.292 0.052 0.035 0.305 80 C 0.146 0.008 0.112 0.123 0.126 0.074 0.153 0.259 81 P 0.093 0.009 0.042 0.071 0.072 0.120 0.056 0.537 82 W 0.067 0.010 0.030 0.029 0.094 0.109 0.032 0.630 83 H 0.035 0.021 0.048 0.087 0.169 0.109 0.069 0.462 84 K 0.016 0.010 0.072 0.114 0.294 0.084 0.121 0.289 85 Y 0.007 0.008 0.066 0.265 0.331 0.056 0.040 0.227 86 K 0.006 0.003 0.061 0.173 0.443 0.050 0.024 0.238 87 I 0.003 0.001 0.080 0.322 0.330 0.048 0.042 0.172 88 T 0.049 0.006 0.062 0.179 0.257 0.069 0.157 0.221 89 L 0.287 0.005 0.030 0.070 0.082 0.072 0.075 0.377 90 A 0.121 0.008 0.029 0.039 0.075 0.101 0.044 0.583 91 T 0.024 0.004 0.012 0.037 0.063 0.137 0.017 0.706 92 G 0.017 0.004 0.011 0.079 0.130 0.125 0.025 0.609 93 E 0.033 0.014 0.045 0.234 0.323 0.066 0.052 0.233 94 G 0.028 0.002 0.018 0.089 0.138 0.097 0.031 0.597 95 L 0.009 0.005 0.065 0.230 0.284 0.102 0.042 0.264 96 Y 0.040 0.007 0.035 0.068 0.170 0.088 0.038 0.553 97 Q 0.071 0.009 0.047 0.136 0.121 0.110 0.082 0.423 98 S 0.018 0.006 0.043 0.040 0.075 0.173 0.052 0.592 99 I 0.026 0.011 0.049 0.030 0.054 0.134 0.037 0.660 100 N 0.335 0.024 0.013 0.014 0.016 0.091 0.097 0.410 101 P 0.028 0.009 0.018 0.013 0.016 0.183 0.056 0.677 102 K 0.014 0.015 0.016 0.005 0.014 0.151 0.036 0.749 103 D 0.210 0.070 0.013 0.013 0.015 0.104 0.148 0.428 104 P 0.152 0.049 0.009 0.010 0.008 0.099 0.069 0.604 105 S 0.023 0.027 0.013 0.006 0.014 0.122 0.057 0.738 106 A 0.033 0.042 0.018 0.011 0.018 0.125 0.053 0.701 107 K 0.264 0.166 0.009 0.018 0.014 0.063 0.090 0.376 108 P 0.156 0.067 0.008 0.009 0.012 0.071 0.060 0.617 109 K 0.045 0.044 0.019 0.013 0.031 0.101 0.074 0.672 110 W 0.034 0.014 0.036 0.021 0.029 0.128 0.067 0.672 111 C 0.385 0.032 0.012 0.027 0.018 0.056 0.060 0.410 112 S 0.535 0.013 0.004 0.004 0.009 0.037 0.035 0.362 113 K 0.021 0.009 0.020 0.009 0.017 0.098 0.024 0.803 114 G 0.056 0.006 0.013 0.026 0.047 0.105 0.032 0.715 115 V 0.057 0.005 0.024 0.089 0.093 0.105 0.034 0.592 116 K 0.046 0.005 0.059 0.079 0.177 0.086 0.053 0.494 117 Q 0.016 0.001 0.026 0.086 0.148 0.087 0.040 0.596 118 R 0.011 0.002 0.140 0.215 0.350 0.057 0.051 0.174 119 I 0.008 0.001 0.025 0.118 0.210 0.065 0.018 0.555 120 H 0.004 0.001 0.063 0.256 0.470 0.031 0.037 0.139 121 T 0.003 0.001 0.042 0.325 0.469 0.021 0.016 0.124 122 V 0.001 0.001 0.043 0.369 0.362 0.031 0.022 0.172 123 K 0.004 0.001 0.064 0.405 0.350 0.026 0.050 0.099 124 V 0.275 0.001 0.034 0.087 0.191 0.053 0.035 0.326 125 D 0.103 0.001 0.017 0.038 0.081 0.140 0.020 0.601 126 N 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.137 0.001 0.837 127 G 0.001 0.001 0.015 0.201 0.596 0.055 0.027 0.105 128 N 0.001 0.001 0.047 0.350 0.488 0.021 0.028 0.065 129 I 0.001 0.001 0.070 0.685 0.192 0.010 0.018 0.025 130 Y 0.001 0.001 0.118 0.490 0.325 0.009 0.021 0.036 131 V 0.001 0.001 0.131 0.457 0.349 0.009 0.015 0.037 132 T 0.012 0.001 0.134 0.195 0.423 0.048 0.059 0.128 133 L 0.035 0.003 0.115 0.102 0.130 0.138 0.050 0.427 134 S 0.106 0.019 0.020 0.024 0.036 0.127 0.073 0.595 135 K 0.067 0.019 0.014 0.010 0.014 0.110 0.038 0.728 136 E 0.098 0.060 0.011 0.018 0.017 0.094 0.059 0.642 137 P 0.163 0.025 0.014 0.007 0.012 0.098 0.054 0.627 138 F 0.137 0.019 0.013 0.017 0.022 0.089 0.129 0.573 139 K 0.033 0.012 0.011 0.011 0.024 0.129 0.069 0.711 140 C 0.040 0.020 0.010 0.012 0.023 0.105 0.031 0.759 141 D 0.095 0.061 0.005 0.018 0.016 0.109 0.046 0.650 142 S 0.137 0.126 0.010 0.011 0.018 0.099 0.047 0.552 143 D 0.135 0.083 0.022 0.018 0.031 0.076 0.235 0.399 144 Y 0.064 0.036 0.036 0.024 0.033 0.124 0.116 0.567 145 Y 0.078 0.036 0.055 0.029 0.056 0.126 0.094 0.528 146 A 0.055 0.035 0.015 0.018 0.022 0.101 0.040 0.715 147 T 0.218 0.084 0.012 0.012 0.018 0.088 0.079 0.488 148 G 0.083 0.084 0.015 0.019 0.025 0.101 0.078 0.596 149 E 0.073 0.098 0.023 0.022 0.052 0.101 0.065 0.565 150 F 0.078 0.125 0.021 0.056 0.113 0.094 0.086 0.427 151 K 0.026 0.054 0.049 0.116 0.182 0.093 0.134 0.346 152 V 0.026 0.023 0.065 0.128 0.232 0.084 0.141 0.300 153 I 0.032 0.013 0.109 0.152 0.174 0.085 0.151 0.283 154 Q 0.073 0.008 0.060 0.083 0.092 0.100 0.069 0.516 155 S 0.116 0.009 0.023 0.031 0.048 0.106 0.049 0.619 156 S 0.033 0.007 0.019 0.022 0.032 0.129 0.029 0.728 157 S 0.036 0.010 0.015 0.031 0.045 0.127 0.037 0.699