# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1888 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.116 0.075 0.033 0.047 0.055 0.053 0.108 0.117 0.149 0.132 0.115 2 D 0.078 0.203 0.062 0.167 0.140 0.113 0.118 0.054 0.036 0.020 0.009 3 P 0.428 0.145 0.107 0.140 0.078 0.043 0.033 0.013 0.008 0.003 0.002 4 E 0.598 0.157 0.073 0.101 0.040 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 5 I 0.019 0.022 0.025 0.058 0.075 0.089 0.186 0.174 0.169 0.116 0.069 6 S 0.024 0.034 0.060 0.102 0.132 0.149 0.231 0.128 0.073 0.050 0.017 7 E 0.022 0.077 0.620 0.188 0.059 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 8 Q 0.058 0.064 0.243 0.166 0.141 0.126 0.119 0.052 0.018 0.009 0.004 9 D 0.085 0.099 0.113 0.149 0.117 0.094 0.134 0.101 0.059 0.035 0.014 10 E 0.171 0.082 0.168 0.142 0.124 0.093 0.115 0.061 0.026 0.014 0.005 11 E 0.106 0.100 0.449 0.182 0.079 0.037 0.026 0.011 0.005 0.003 0.001 12 K 0.054 0.082 0.170 0.143 0.125 0.131 0.151 0.072 0.039 0.024 0.009 13 K 0.106 0.111 0.124 0.137 0.123 0.103 0.122 0.082 0.048 0.030 0.014 14 K 0.113 0.102 0.171 0.175 0.127 0.098 0.099 0.057 0.030 0.019 0.008 15 Y 0.055 0.061 0.129 0.148 0.125 0.142 0.155 0.082 0.052 0.035 0.016 16 T 0.101 0.125 0.105 0.180 0.147 0.099 0.113 0.064 0.036 0.019 0.010 17 S 0.024 0.021 0.028 0.044 0.062 0.068 0.146 0.156 0.178 0.154 0.121 18 V 0.011 0.017 0.020 0.050 0.070 0.104 0.167 0.155 0.172 0.147 0.086 19 C 0.014 0.020 0.026 0.063 0.081 0.122 0.206 0.152 0.148 0.100 0.067 20 V 0.005 0.004 0.012 0.018 0.032 0.033 0.087 0.152 0.188 0.184 0.287 21 G 0.002 0.003 0.005 0.010 0.018 0.025 0.059 0.108 0.221 0.264 0.285 22 R 0.010 0.044 0.039 0.118 0.146 0.137 0.205 0.115 0.097 0.061 0.029 23 E 0.063 0.067 0.065 0.177 0.177 0.175 0.139 0.060 0.043 0.023 0.012 24 E 0.496 0.122 0.080 0.117 0.066 0.041 0.043 0.020 0.009 0.004 0.002 25 D 0.086 0.116 0.049 0.197 0.146 0.122 0.149 0.068 0.039 0.018 0.010 26 I 0.003 0.003 0.003 0.004 0.007 0.014 0.049 0.071 0.183 0.264 0.397 27 R 0.073 0.297 0.227 0.236 0.114 0.033 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 28 K 0.283 0.274 0.151 0.174 0.065 0.027 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 29 S 0.505 0.115 0.023 0.074 0.063 0.053 0.061 0.047 0.028 0.019 0.012 30 E 0.328 0.204 0.045 0.152 0.091 0.061 0.057 0.034 0.016 0.008 0.004 31 R 0.082 0.080 0.106 0.165 0.144 0.138 0.112 0.074 0.046 0.035 0.018 32 M 0.026 0.042 0.049 0.078 0.095 0.156 0.230 0.132 0.100 0.062 0.029 33 T 0.062 0.096 0.084 0.221 0.163 0.108 0.113 0.072 0.043 0.025 0.011 34 A 0.026 0.014 0.030 0.045 0.059 0.111 0.189 0.155 0.162 0.139 0.072 35 V 0.065 0.126 0.114 0.282 0.179 0.095 0.070 0.034 0.019 0.010 0.005 36 V 0.011 0.016 0.017 0.022 0.033 0.054 0.118 0.133 0.180 0.214 0.201 37 H 0.095 0.141 0.055 0.176 0.180 0.109 0.106 0.062 0.036 0.024 0.015 38 D 0.323 0.237 0.065 0.148 0.078 0.050 0.045 0.024 0.015 0.010 0.004 39 R 0.066 0.059 0.032 0.146 0.167 0.147 0.164 0.100 0.063 0.038 0.020 40 E 0.070 0.123 0.045 0.189 0.154 0.126 0.135 0.075 0.045 0.027 0.011 41 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.037 0.075 0.092 0.240 0.301 0.233 42 V 0.001 0.002 0.004 0.010 0.020 0.062 0.123 0.114 0.232 0.247 0.186 43 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.017 0.044 0.080 0.208 0.298 0.334 44 F 0.001 0.001 0.005 0.008 0.018 0.050 0.102 0.119 0.235 0.257 0.205 45 Y 0.003 0.008 0.011 0.038 0.053 0.104 0.194 0.156 0.193 0.150 0.090 46 H 0.019 0.064 0.034 0.101 0.111 0.166 0.211 0.120 0.086 0.054 0.035 47 K 0.282 0.232 0.053 0.166 0.103 0.064 0.049 0.025 0.013 0.007 0.006 48 G 0.462 0.123 0.028 0.075 0.057 0.050 0.072 0.055 0.037 0.025 0.016 49 E 0.106 0.171 0.037 0.202 0.158 0.106 0.093 0.054 0.036 0.022 0.015 50 Y 0.004 0.005 0.005 0.010 0.016 0.036 0.067 0.104 0.206 0.250 0.298 51 H 0.016 0.045 0.050 0.158 0.188 0.177 0.159 0.092 0.059 0.031 0.025 52 A 0.002 0.003 0.013 0.015 0.024 0.024 0.068 0.142 0.195 0.208 0.306 53 M 0.003 0.003 0.008 0.020 0.037 0.055 0.106 0.133 0.218 0.210 0.206 54 D 0.031 0.040 0.055 0.131 0.130 0.117 0.165 0.108 0.107 0.074 0.041 55 I 0.022 0.027 0.052 0.096 0.108 0.148 0.183 0.128 0.113 0.078 0.047 56 R 0.076 0.090 0.059 0.143 0.118 0.105 0.147 0.098 0.079 0.055 0.031 57 C 0.039 0.032 0.025 0.053 0.058 0.088 0.157 0.146 0.163 0.142 0.098 58 Y 0.129 0.152 0.091 0.203 0.146 0.091 0.076 0.045 0.033 0.019 0.014 59 H 0.038 0.037 0.032 0.056 0.069 0.093 0.148 0.136 0.139 0.141 0.111 60 S 0.088 0.120 0.061 0.154 0.146 0.113 0.116 0.081 0.059 0.038 0.024 61 G 0.290 0.151 0.045 0.128 0.087 0.073 0.084 0.054 0.043 0.029 0.016 62 G 0.040 0.021 0.015 0.039 0.045 0.059 0.105 0.124 0.195 0.185 0.172 63 P 0.117 0.169 0.053 0.195 0.148 0.098 0.094 0.054 0.038 0.021 0.014 64 L 0.009 0.008 0.011 0.024 0.038 0.044 0.076 0.126 0.192 0.198 0.273 65 H 0.029 0.039 0.029 0.070 0.096 0.102 0.154 0.149 0.136 0.109 0.087 66 L 0.030 0.038 0.030 0.130 0.143 0.129 0.168 0.120 0.103 0.068 0.040 67 G 0.090 0.034 0.032 0.061 0.069 0.086 0.141 0.130 0.148 0.121 0.088 68 E 0.077 0.113 0.054 0.222 0.160 0.109 0.118 0.062 0.045 0.025 0.015 69 I 0.011 0.011 0.010 0.019 0.025 0.033 0.077 0.111 0.207 0.227 0.270 70 E 0.119 0.109 0.065 0.177 0.186 0.114 0.102 0.056 0.037 0.021 0.014 71 D 0.215 0.198 0.126 0.181 0.099 0.061 0.053 0.028 0.019 0.013 0.007 72 F 0.071 0.066 0.027 0.082 0.088 0.134 0.175 0.109 0.105 0.089 0.055 73 N 0.429 0.263 0.034 0.099 0.052 0.034 0.035 0.022 0.016 0.010 0.005 74 G 0.397 0.237 0.051 0.129 0.067 0.038 0.033 0.021 0.013 0.008 0.005 75 Q 0.260 0.118 0.045 0.129 0.118 0.092 0.085 0.060 0.043 0.030 0.022 76 S 0.217 0.142 0.055 0.141 0.107 0.089 0.099 0.069 0.043 0.025 0.012 77 C 0.019 0.040 0.025 0.106 0.120 0.178 0.198 0.124 0.097 0.061 0.033 78 I 0.013 0.010 0.011 0.018 0.025 0.040 0.091 0.120 0.221 0.224 0.229 79 V 0.043 0.081 0.071 0.208 0.170 0.113 0.120 0.079 0.057 0.039 0.021 80 C 0.007 0.007 0.013 0.023 0.034 0.061 0.111 0.137 0.216 0.217 0.176 81 P 0.079 0.071 0.039 0.132 0.139 0.108 0.138 0.119 0.084 0.054 0.037 82 W 0.025 0.034 0.033 0.086 0.096 0.105 0.168 0.145 0.135 0.106 0.067 83 H 0.017 0.020 0.021 0.054 0.078 0.094 0.178 0.166 0.155 0.127 0.091 84 K 0.118 0.120 0.079 0.201 0.146 0.100 0.090 0.055 0.045 0.031 0.016 85 Y 0.012 0.011 0.016 0.028 0.042 0.080 0.169 0.156 0.196 0.175 0.115 86 K 0.019 0.043 0.041 0.169 0.185 0.139 0.152 0.101 0.072 0.049 0.029 87 I 0.005 0.003 0.010 0.010 0.014 0.030 0.083 0.117 0.230 0.271 0.228 88 T 0.018 0.074 0.078 0.238 0.208 0.141 0.115 0.054 0.038 0.021 0.016 89 L 0.003 0.003 0.006 0.008 0.014 0.019 0.054 0.094 0.192 0.252 0.355 90 A 0.094 0.107 0.064 0.174 0.180 0.134 0.113 0.061 0.039 0.022 0.014 91 T 0.120 0.172 0.079 0.194 0.124 0.092 0.096 0.051 0.037 0.022 0.013 92 G 0.084 0.036 0.018 0.047 0.057 0.079 0.130 0.120 0.155 0.144 0.130 93 E 0.241 0.280 0.051 0.202 0.100 0.048 0.037 0.019 0.012 0.006 0.004 94 G 0.011 0.010 0.011 0.021 0.029 0.043 0.068 0.099 0.203 0.229 0.275 95 L 0.018 0.028 0.019 0.082 0.128 0.144 0.169 0.144 0.118 0.082 0.068 96 Y 0.030 0.047 0.048 0.117 0.108 0.127 0.166 0.124 0.109 0.086 0.038 97 Q 0.013 0.012 0.014 0.035 0.047 0.105 0.156 0.132 0.193 0.168 0.125 98 S 0.097 0.073 0.038 0.118 0.098 0.088 0.128 0.106 0.111 0.087 0.055 99 I 0.038 0.029 0.023 0.067 0.075 0.103 0.155 0.137 0.159 0.124 0.091 100 N 0.105 0.112 0.043 0.120 0.117 0.107 0.133 0.095 0.074 0.053 0.040 101 P 0.249 0.147 0.051 0.149 0.114 0.075 0.079 0.058 0.037 0.024 0.016 102 K 0.467 0.152 0.036 0.104 0.072 0.045 0.046 0.033 0.020 0.013 0.011 103 D 0.177 0.121 0.032 0.105 0.096 0.081 0.104 0.091 0.079 0.062 0.051 104 P 0.265 0.155 0.035 0.119 0.109 0.073 0.085 0.065 0.044 0.028 0.021 105 S 0.365 0.148 0.046 0.119 0.087 0.057 0.060 0.044 0.034 0.023 0.017 106 A 0.230 0.136 0.043 0.123 0.107 0.074 0.086 0.072 0.057 0.040 0.032 107 K 0.158 0.159 0.039 0.151 0.128 0.085 0.094 0.074 0.053 0.035 0.024 108 P 0.165 0.090 0.034 0.129 0.135 0.109 0.124 0.090 0.060 0.038 0.025 109 K 0.356 0.131 0.066 0.146 0.104 0.059 0.059 0.037 0.022 0.013 0.008 110 W 0.064 0.056 0.034 0.101 0.102 0.118 0.161 0.113 0.112 0.087 0.051 111 C 0.025 0.055 0.023 0.068 0.079 0.105 0.171 0.131 0.142 0.124 0.079 112 S 0.199 0.240 0.086 0.186 0.126 0.062 0.045 0.025 0.016 0.010 0.005 113 K 0.443 0.160 0.064 0.138 0.079 0.042 0.035 0.020 0.010 0.005 0.003 114 G 0.237 0.114 0.042 0.152 0.122 0.093 0.096 0.061 0.041 0.028 0.016 115 V 0.028 0.025 0.017 0.040 0.056 0.103 0.169 0.147 0.175 0.147 0.091 116 K 0.041 0.127 0.086 0.251 0.190 0.122 0.093 0.044 0.024 0.013 0.007 117 Q 0.016 0.011 0.023 0.026 0.039 0.058 0.114 0.125 0.188 0.209 0.191 118 R 0.045 0.097 0.078 0.211 0.195 0.137 0.118 0.060 0.033 0.017 0.008 119 I 0.041 0.069 0.068 0.163 0.152 0.142 0.137 0.092 0.066 0.047 0.024 120 H 0.029 0.015 0.019 0.032 0.047 0.093 0.178 0.162 0.179 0.143 0.103 121 T 0.157 0.249 0.091 0.284 0.118 0.044 0.032 0.013 0.007 0.003 0.002 122 V 0.005 0.002 0.005 0.005 0.010 0.015 0.046 0.081 0.186 0.246 0.398 123 K 0.071 0.204 0.112 0.289 0.189 0.067 0.034 0.017 0.009 0.005 0.003 124 V 0.042 0.047 0.055 0.104 0.113 0.131 0.171 0.128 0.094 0.072 0.046 125 D 0.128 0.178 0.076 0.177 0.138 0.109 0.088 0.050 0.026 0.018 0.012 126 N 0.126 0.115 0.041 0.149 0.119 0.109 0.137 0.086 0.061 0.038 0.019 127 G 0.166 0.081 0.051 0.123 0.111 0.094 0.134 0.093 0.071 0.048 0.028 128 N 0.029 0.055 0.043 0.148 0.144 0.143 0.163 0.095 0.088 0.059 0.033 129 I 0.001 0.002 0.004 0.007 0.011 0.028 0.067 0.099 0.250 0.287 0.243 130 Y 0.002 0.008 0.010 0.046 0.082 0.101 0.156 0.158 0.168 0.139 0.130 131 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.014 0.041 0.094 0.203 0.300 0.331 132 T 0.007 0.012 0.021 0.084 0.124 0.151 0.201 0.141 0.122 0.091 0.046 133 L 0.002 0.003 0.004 0.008 0.012 0.029 0.085 0.126 0.255 0.264 0.213 134 S 0.064 0.179 0.060 0.202 0.149 0.117 0.106 0.049 0.038 0.023 0.014 135 K 0.366 0.211 0.061 0.134 0.081 0.052 0.046 0.022 0.014 0.007 0.005 136 E 0.655 0.162 0.021 0.072 0.037 0.020 0.015 0.009 0.004 0.003 0.002 137 P 0.170 0.144 0.026 0.104 0.085 0.083 0.102 0.086 0.079 0.073 0.048 138 F 0.055 0.058 0.021 0.078 0.104 0.156 0.178 0.124 0.101 0.077 0.049 139 K 0.139 0.238 0.130 0.222 0.115 0.067 0.041 0.022 0.013 0.009 0.004 140 C 0.025 0.017 0.014 0.035 0.046 0.124 0.180 0.144 0.177 0.150 0.088 141 D 0.235 0.264 0.041 0.178 0.098 0.052 0.052 0.036 0.022 0.014 0.008 142 S 0.065 0.038 0.018 0.064 0.078 0.100 0.144 0.139 0.151 0.121 0.082 143 D 0.332 0.170 0.059 0.153 0.106 0.061 0.050 0.032 0.019 0.012 0.007 144 Y 0.058 0.057 0.031 0.128 0.120 0.142 0.172 0.116 0.087 0.059 0.029 145 Y 0.022 0.021 0.013 0.035 0.049 0.086 0.131 0.141 0.180 0.174 0.148 146 A 0.059 0.086 0.040 0.127 0.131 0.123 0.163 0.109 0.081 0.054 0.028 147 T 0.121 0.132 0.073 0.161 0.127 0.107 0.105 0.064 0.050 0.038 0.021 148 G 0.301 0.129 0.044 0.130 0.105 0.082 0.089 0.052 0.035 0.021 0.012 149 E 0.359 0.229 0.046 0.158 0.077 0.043 0.037 0.024 0.015 0.009 0.005 150 F 0.016 0.013 0.009 0.026 0.040 0.081 0.138 0.135 0.199 0.188 0.153 151 K 0.115 0.154 0.104 0.228 0.169 0.090 0.066 0.037 0.019 0.011 0.006 152 V 0.036 0.039 0.060 0.104 0.108 0.155 0.180 0.116 0.098 0.067 0.037 153 I 0.033 0.037 0.034 0.071 0.081 0.098 0.159 0.138 0.142 0.114 0.093 154 Q 0.064 0.053 0.041 0.107 0.114 0.110 0.172 0.130 0.103 0.067 0.039 155 S 0.185 0.199 0.140 0.182 0.110 0.064 0.052 0.029 0.019 0.012 0.008 156 S 0.218 0.139 0.064 0.139 0.120 0.084 0.100 0.061 0.038 0.022 0.015 157 S 0.438 0.168 0.045 0.102 0.071 0.045 0.051 0.036 0.022 0.013 0.009