# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1888 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.078 0.012 0.003 0.019 0.013 0.026 0.171 0.002 0.001 0.004 0.671 2 D 0.083 0.012 0.003 0.015 0.012 0.014 0.118 0.001 0.001 0.002 0.739 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.987 4 E 0.004 0.004 0.001 0.003 0.001 0.005 0.718 0.001 0.001 0.002 0.262 5 I 0.486 0.046 0.001 0.004 0.003 0.004 0.203 0.001 0.001 0.009 0.242 6 S 0.048 0.826 0.009 0.003 0.004 0.004 0.037 0.003 0.001 0.001 0.064 7 E 0.032 0.814 0.006 0.003 0.002 0.004 0.018 0.006 0.001 0.001 0.114 8 Q 0.093 0.654 0.002 0.006 0.004 0.011 0.024 0.013 0.001 0.001 0.192 9 D 0.118 0.473 0.003 0.004 0.007 0.008 0.064 0.019 0.001 0.001 0.303 10 E 0.058 0.509 0.031 0.003 0.003 0.006 0.052 0.010 0.001 0.002 0.325 11 E 0.067 0.366 0.034 0.004 0.005 0.009 0.153 0.010 0.001 0.006 0.344 12 K 0.266 0.404 0.019 0.005 0.005 0.007 0.065 0.015 0.001 0.004 0.208 13 K 0.131 0.609 0.025 0.006 0.011 0.014 0.025 0.020 0.001 0.002 0.156 14 K 0.109 0.435 0.028 0.013 0.024 0.039 0.031 0.025 0.001 0.002 0.295 15 Y 0.133 0.253 0.028 0.026 0.032 0.052 0.039 0.020 0.001 0.004 0.413 16 T 0.182 0.090 0.016 0.043 0.061 0.061 0.072 0.011 0.001 0.006 0.458 17 S 0.106 0.026 0.023 0.037 0.034 0.039 0.065 0.004 0.001 0.005 0.662 18 V 0.149 0.029 0.067 0.188 0.127 0.118 0.077 0.003 0.001 0.006 0.235 19 C 0.014 0.010 0.004 0.233 0.158 0.138 0.066 0.001 0.001 0.002 0.373 20 V 0.016 0.010 0.006 0.282 0.148 0.261 0.027 0.001 0.001 0.002 0.247 21 G 0.010 0.015 0.002 0.469 0.122 0.177 0.069 0.001 0.001 0.004 0.132 22 R 0.010 0.006 0.001 0.075 0.061 0.121 0.078 0.001 0.001 0.002 0.645 23 E 0.026 0.021 0.002 0.080 0.043 0.235 0.077 0.001 0.001 0.004 0.512 24 E 0.020 0.016 0.001 0.024 0.008 0.033 0.224 0.001 0.001 0.008 0.666 25 D 0.313 0.046 0.002 0.006 0.003 0.006 0.267 0.002 0.001 0.010 0.344 26 I 0.529 0.274 0.010 0.006 0.007 0.014 0.025 0.006 0.001 0.004 0.126 27 R 0.062 0.500 0.010 0.008 0.018 0.028 0.060 0.017 0.001 0.002 0.295 28 K 0.130 0.442 0.009 0.006 0.011 0.021 0.027 0.025 0.001 0.003 0.326 29 S 0.302 0.170 0.014 0.012 0.030 0.051 0.024 0.035 0.001 0.009 0.354 30 E 0.456 0.057 0.050 0.013 0.031 0.021 0.061 0.012 0.001 0.006 0.293 31 R 0.029 0.014 0.031 0.039 0.023 0.030 0.109 0.002 0.001 0.003 0.719 32 M 0.061 0.008 0.017 0.075 0.336 0.323 0.047 0.001 0.001 0.005 0.127 33 T 0.011 0.005 0.002 0.173 0.111 0.176 0.055 0.001 0.001 0.002 0.465 34 A 0.006 0.002 0.002 0.142 0.374 0.377 0.012 0.001 0.001 0.001 0.084 35 V 0.002 0.001 0.001 0.104 0.231 0.433 0.022 0.001 0.001 0.001 0.205 36 V 0.001 0.001 0.001 0.077 0.294 0.545 0.014 0.001 0.001 0.001 0.067 37 H 0.004 0.001 0.001 0.060 0.140 0.397 0.069 0.001 0.001 0.002 0.328 38 D 0.014 0.001 0.001 0.066 0.042 0.080 0.161 0.001 0.001 0.013 0.624 39 R 0.554 0.001 0.005 0.021 0.052 0.058 0.066 0.001 0.001 0.040 0.205 40 E 0.055 0.001 0.001 0.074 0.093 0.075 0.352 0.001 0.001 0.004 0.345 41 V 0.011 0.001 0.001 0.031 0.246 0.480 0.042 0.001 0.001 0.001 0.188 42 V 0.001 0.001 0.001 0.072 0.285 0.623 0.005 0.001 0.001 0.001 0.014 43 I 0.001 0.001 0.001 0.048 0.332 0.575 0.005 0.001 0.001 0.001 0.040 44 F 0.001 0.001 0.001 0.051 0.492 0.427 0.004 0.001 0.001 0.001 0.024 45 Y 0.001 0.001 0.001 0.029 0.353 0.539 0.012 0.001 0.001 0.001 0.065 46 H 0.001 0.001 0.001 0.018 0.220 0.488 0.042 0.001 0.001 0.001 0.230 47 K 0.002 0.001 0.001 0.029 0.015 0.037 0.121 0.001 0.001 0.002 0.795 48 G 0.160 0.001 0.002 0.014 0.030 0.045 0.146 0.001 0.001 0.099 0.504 49 E 0.602 0.001 0.001 0.015 0.013 0.006 0.199 0.001 0.001 0.011 0.152 50 Y 0.019 0.002 0.001 0.025 0.177 0.375 0.036 0.001 0.001 0.001 0.364 51 H 0.001 0.001 0.001 0.022 0.329 0.619 0.012 0.001 0.001 0.001 0.016 52 A 0.002 0.002 0.001 0.051 0.234 0.577 0.015 0.001 0.001 0.001 0.120 53 M 0.002 0.003 0.001 0.039 0.388 0.525 0.007 0.001 0.001 0.001 0.037 54 D 0.007 0.010 0.001 0.054 0.262 0.511 0.030 0.001 0.001 0.001 0.124 55 I 0.020 0.022 0.001 0.053 0.202 0.408 0.055 0.001 0.001 0.003 0.235 56 R 0.030 0.035 0.003 0.041 0.121 0.323 0.119 0.002 0.001 0.004 0.322 57 C 0.065 0.059 0.009 0.035 0.119 0.187 0.120 0.006 0.001 0.008 0.392 58 Y 0.019 0.027 0.003 0.020 0.042 0.095 0.041 0.002 0.001 0.002 0.749 59 H 0.068 0.065 0.008 0.031 0.095 0.158 0.092 0.006 0.001 0.008 0.470 60 S 0.212 0.063 0.007 0.017 0.024 0.034 0.060 0.006 0.001 0.011 0.567 61 G 0.225 0.039 0.025 0.031 0.025 0.061 0.080 0.008 0.001 0.016 0.490 62 G 0.360 0.018 0.060 0.033 0.061 0.041 0.100 0.004 0.001 0.011 0.312 63 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.987 64 L 0.022 0.002 0.005 0.039 0.151 0.304 0.036 0.001 0.001 0.001 0.439 65 H 0.031 0.006 0.001 0.093 0.076 0.089 0.184 0.001 0.001 0.005 0.514 66 L 0.032 0.010 0.002 0.044 0.063 0.105 0.085 0.001 0.001 0.007 0.650 67 G 0.090 0.013 0.006 0.079 0.181 0.297 0.096 0.001 0.001 0.027 0.210 68 E 0.071 0.011 0.003 0.051 0.109 0.137 0.166 0.001 0.001 0.008 0.444 69 I 0.008 0.013 0.002 0.048 0.185 0.347 0.036 0.001 0.001 0.002 0.357 70 E 0.006 0.004 0.001 0.019 0.216 0.444 0.039 0.001 0.001 0.003 0.267 71 D 0.019 0.006 0.002 0.038 0.094 0.219 0.044 0.001 0.001 0.003 0.574 72 F 0.098 0.013 0.005 0.043 0.142 0.224 0.096 0.002 0.001 0.007 0.371 73 N 0.064 0.005 0.003 0.024 0.019 0.020 0.202 0.001 0.001 0.017 0.645 74 G 0.448 0.002 0.018 0.014 0.024 0.035 0.086 0.001 0.001 0.087 0.285 75 Q 0.340 0.001 0.014 0.050 0.024 0.023 0.214 0.001 0.001 0.009 0.325 76 S 0.008 0.001 0.001 0.078 0.131 0.113 0.091 0.001 0.001 0.001 0.576 77 C 0.011 0.001 0.002 0.104 0.188 0.371 0.032 0.001 0.001 0.002 0.289 78 I 0.008 0.001 0.001 0.430 0.142 0.271 0.029 0.001 0.001 0.001 0.117 79 V 0.003 0.001 0.001 0.234 0.122 0.310 0.033 0.001 0.001 0.001 0.297 80 C 0.004 0.001 0.001 0.238 0.239 0.334 0.024 0.001 0.001 0.002 0.158 81 P 0.001 0.001 0.001 0.022 0.015 0.057 0.010 0.001 0.001 0.001 0.895 82 W 0.011 0.001 0.001 0.081 0.059 0.185 0.087 0.001 0.001 0.002 0.575 83 H 0.201 0.006 0.002 0.074 0.081 0.102 0.110 0.001 0.001 0.014 0.410 84 K 0.118 0.015 0.002 0.048 0.059 0.103 0.081 0.001 0.001 0.007 0.567 85 Y 0.102 0.016 0.006 0.076 0.206 0.257 0.078 0.001 0.001 0.005 0.253 86 K 0.034 0.010 0.002 0.056 0.131 0.243 0.073 0.001 0.001 0.003 0.449 87 I 0.021 0.014 0.003 0.076 0.376 0.337 0.027 0.001 0.001 0.003 0.141 88 T 0.012 0.009 0.003 0.053 0.259 0.308 0.052 0.002 0.001 0.003 0.299 89 L 0.014 0.009 0.005 0.110 0.187 0.433 0.044 0.001 0.001 0.003 0.195 90 A 0.007 0.006 0.001 0.082 0.158 0.236 0.315 0.001 0.001 0.006 0.187 91 T 0.068 0.010 0.004 0.047 0.063 0.079 0.213 0.001 0.001 0.056 0.460 92 G 0.237 0.012 0.018 0.044 0.051 0.134 0.145 0.001 0.001 0.102 0.253 93 E 0.115 0.006 0.007 0.069 0.039 0.042 0.516 0.001 0.001 0.009 0.197 94 G 0.026 0.007 0.002 0.053 0.064 0.093 0.115 0.001 0.001 0.003 0.637 95 L 0.031 0.010 0.004 0.096 0.279 0.373 0.051 0.001 0.001 0.004 0.151 96 Y 0.023 0.013 0.003 0.078 0.092 0.183 0.090 0.001 0.001 0.002 0.515 97 Q 0.023 0.009 0.003 0.094 0.227 0.333 0.047 0.001 0.001 0.002 0.262 98 S 0.006 0.002 0.001 0.046 0.060 0.139 0.038 0.001 0.001 0.001 0.707 99 I 0.032 0.006 0.003 0.035 0.098 0.325 0.052 0.001 0.001 0.004 0.446 100 N 0.039 0.008 0.002 0.042 0.051 0.066 0.194 0.001 0.001 0.006 0.590 101 P 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.975 102 K 0.013 0.002 0.001 0.016 0.004 0.019 0.299 0.001 0.001 0.003 0.642 103 D 0.308 0.008 0.003 0.007 0.011 0.009 0.138 0.001 0.001 0.018 0.497 104 P 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.971 105 S 0.015 0.006 0.003 0.013 0.009 0.018 0.353 0.001 0.001 0.004 0.579 106 A 0.296 0.014 0.003 0.008 0.006 0.010 0.079 0.002 0.001 0.011 0.571 107 K 0.061 0.055 0.004 0.016 0.023 0.017 0.201 0.002 0.001 0.003 0.618 108 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.985 109 K 0.025 0.014 0.001 0.024 0.018 0.051 0.166 0.001 0.001 0.003 0.698 110 W 0.224 0.034 0.003 0.014 0.014 0.016 0.117 0.003 0.001 0.009 0.566 111 C 0.152 0.097 0.009 0.031 0.032 0.055 0.112 0.004 0.001 0.004 0.503 112 S 0.061 0.048 0.013 0.034 0.029 0.033 0.149 0.003 0.001 0.006 0.623 113 K 0.047 0.035 0.003 0.016 0.015 0.026 0.079 0.002 0.001 0.007 0.769 114 G 0.217 0.024 0.010 0.029 0.031 0.057 0.203 0.003 0.001 0.040 0.385 115 V 0.541 0.025 0.036 0.025 0.033 0.027 0.111 0.003 0.001 0.012 0.187 116 K 0.027 0.017 0.006 0.068 0.077 0.097 0.114 0.002 0.001 0.003 0.590 117 Q 0.026 0.005 0.010 0.070 0.161 0.284 0.048 0.001 0.001 0.004 0.391 118 R 0.016 0.003 0.001 0.134 0.268 0.246 0.073 0.001 0.001 0.002 0.256 119 I 0.006 0.001 0.001 0.028 0.091 0.178 0.029 0.001 0.001 0.001 0.665 120 H 0.012 0.002 0.002 0.141 0.332 0.406 0.026 0.001 0.001 0.002 0.078 121 T 0.003 0.001 0.001 0.062 0.116 0.231 0.049 0.001 0.001 0.001 0.536 122 V 0.004 0.001 0.001 0.092 0.418 0.352 0.015 0.001 0.001 0.002 0.115 123 K 0.002 0.001 0.001 0.040 0.289 0.299 0.038 0.001 0.001 0.002 0.327 124 V 0.001 0.001 0.001 0.034 0.255 0.385 0.019 0.001 0.001 0.001 0.304 125 D 0.002 0.001 0.001 0.045 0.199 0.399 0.090 0.001 0.001 0.001 0.262 126 N 0.010 0.001 0.001 0.035 0.056 0.081 0.120 0.001 0.001 0.026 0.670 127 G 0.251 0.001 0.002 0.018 0.042 0.063 0.159 0.001 0.001 0.158 0.307 128 N 0.362 0.001 0.001 0.021 0.030 0.030 0.329 0.001 0.001 0.011 0.215 129 I 0.013 0.001 0.001 0.039 0.392 0.407 0.039 0.001 0.001 0.001 0.107 130 Y 0.001 0.001 0.001 0.020 0.329 0.561 0.014 0.001 0.001 0.001 0.075 131 V 0.001 0.001 0.001 0.053 0.413 0.477 0.009 0.001 0.001 0.001 0.045 132 T 0.001 0.001 0.001 0.054 0.410 0.389 0.020 0.001 0.001 0.001 0.124 133 L 0.002 0.001 0.001 0.055 0.257 0.452 0.054 0.001 0.001 0.002 0.176 134 S 0.003 0.001 0.001 0.062 0.100 0.215 0.382 0.001 0.001 0.012 0.224 135 K 0.035 0.001 0.001 0.015 0.009 0.021 0.104 0.001 0.001 0.013 0.802 136 E 0.014 0.002 0.001 0.012 0.008 0.009 0.480 0.001 0.001 0.012 0.461 137 P 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.963 138 F 0.048 0.022 0.002 0.022 0.027 0.069 0.141 0.001 0.001 0.003 0.665 139 K 0.104 0.020 0.002 0.016 0.015 0.025 0.076 0.001 0.001 0.005 0.737 140 C 0.202 0.048 0.003 0.020 0.018 0.034 0.045 0.003 0.001 0.002 0.625 141 D 0.125 0.028 0.004 0.024 0.018 0.023 0.111 0.003 0.001 0.003 0.660 142 S 0.090 0.037 0.005 0.033 0.013 0.021 0.090 0.002 0.001 0.005 0.703 143 D 0.047 0.036 0.004 0.025 0.015 0.025 0.214 0.002 0.001 0.010 0.624 144 Y 0.185 0.038 0.007 0.018 0.007 0.014 0.258 0.002 0.001 0.011 0.460 145 Y 0.206 0.139 0.015 0.046 0.019 0.035 0.197 0.005 0.001 0.008 0.330 146 A 0.127 0.213 0.011 0.029 0.026 0.040 0.132 0.009 0.001 0.005 0.408 147 T 0.165 0.228 0.014 0.046 0.031 0.056 0.055 0.013 0.001 0.006 0.386 148 G 0.081 0.096 0.007 0.020 0.016 0.025 0.070 0.006 0.001 0.005 0.674 149 E 0.071 0.053 0.009 0.017 0.013 0.018 0.380 0.003 0.001 0.008 0.427 150 F 0.156 0.080 0.016 0.025 0.022 0.032 0.151 0.003 0.001 0.012 0.503 151 K 0.095 0.175 0.018 0.035 0.072 0.093 0.143 0.004 0.001 0.008 0.356 152 V 0.084 0.122 0.009 0.038 0.046 0.062 0.098 0.004 0.001 0.004 0.533 153 I 0.121 0.191 0.010 0.052 0.087 0.173 0.045 0.007 0.001 0.004 0.310 154 Q 0.094 0.150 0.008 0.068 0.112 0.188 0.072 0.008 0.001 0.005 0.295 155 S 0.079 0.082 0.007 0.050 0.065 0.100 0.074 0.008 0.001 0.005 0.529 156 S 0.113 0.058 0.012 0.038 0.055 0.099 0.078 0.006 0.001 0.007 0.536 157 S 0.072 0.041 0.009 0.033 0.032 0.048 0.243 0.004 0.001 0.012 0.506