# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1888 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.047 0.017 0.020 0.011 0.023 0.089 0.007 0.788 2 D 0.061 0.031 0.029 0.034 0.055 0.191 0.007 0.593 3 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.991 4 E 0.012 0.010 0.003 0.002 0.003 0.717 0.002 0.251 5 I 0.476 0.098 0.007 0.002 0.004 0.179 0.011 0.224 6 S 0.111 0.672 0.016 0.004 0.009 0.049 0.006 0.132 7 E 0.160 0.578 0.018 0.004 0.010 0.030 0.014 0.186 8 Q 0.157 0.460 0.007 0.004 0.007 0.062 0.022 0.281 9 D 0.088 0.446 0.004 0.005 0.005 0.115 0.032 0.305 10 E 0.091 0.408 0.017 0.005 0.006 0.054 0.037 0.382 11 E 0.071 0.345 0.034 0.010 0.006 0.210 0.024 0.300 12 K 0.148 0.480 0.027 0.015 0.009 0.060 0.023 0.238 13 K 0.113 0.586 0.039 0.010 0.015 0.017 0.015 0.205 14 K 0.096 0.454 0.054 0.024 0.026 0.030 0.018 0.297 15 Y 0.140 0.262 0.051 0.039 0.056 0.044 0.038 0.370 16 T 0.256 0.101 0.076 0.061 0.071 0.066 0.039 0.330 17 S 0.061 0.029 0.089 0.039 0.047 0.043 0.015 0.677 18 V 0.044 0.021 0.192 0.190 0.158 0.110 0.008 0.278 19 C 0.027 0.011 0.135 0.087 0.108 0.085 0.003 0.542 20 V 0.018 0.015 0.154 0.179 0.311 0.038 0.002 0.284 21 G 0.025 0.019 0.228 0.148 0.251 0.086 0.002 0.242 22 R 0.018 0.016 0.060 0.068 0.138 0.067 0.003 0.630 23 E 0.025 0.030 0.051 0.061 0.213 0.098 0.006 0.515 24 E 0.041 0.024 0.013 0.023 0.045 0.358 0.012 0.484 25 D 0.304 0.031 0.009 0.016 0.026 0.092 0.052 0.469 26 I 0.322 0.147 0.058 0.032 0.052 0.049 0.031 0.309 27 R 0.048 0.153 0.018 0.050 0.055 0.262 0.013 0.402 28 K 0.108 0.106 0.010 0.018 0.036 0.096 0.023 0.604 29 S 0.266 0.091 0.035 0.016 0.027 0.044 0.106 0.415 30 E 0.413 0.021 0.043 0.054 0.025 0.095 0.057 0.291 31 R 0.027 0.013 0.051 0.043 0.045 0.057 0.007 0.757 32 M 0.026 0.008 0.055 0.324 0.416 0.054 0.003 0.114 33 T 0.024 0.007 0.061 0.213 0.309 0.030 0.002 0.354 34 A 0.005 0.003 0.037 0.472 0.411 0.008 0.001 0.065 35 V 0.005 0.003 0.053 0.362 0.440 0.019 0.001 0.117 36 V 0.003 0.003 0.025 0.362 0.480 0.010 0.001 0.116 37 H 0.004 0.003 0.024 0.222 0.556 0.018 0.001 0.172 38 D 0.019 0.002 0.015 0.069 0.151 0.078 0.005 0.661 39 R 0.154 0.003 0.038 0.178 0.205 0.142 0.026 0.253 40 E 0.118 0.002 0.053 0.139 0.148 0.083 0.010 0.447 41 V 0.005 0.001 0.072 0.294 0.452 0.019 0.001 0.157 42 V 0.002 0.001 0.132 0.304 0.503 0.014 0.001 0.045 43 I 0.002 0.001 0.181 0.311 0.351 0.008 0.001 0.147 44 F 0.001 0.001 0.153 0.262 0.453 0.008 0.001 0.124 45 Y 0.001 0.001 0.112 0.230 0.383 0.043 0.001 0.231 46 H 0.002 0.001 0.077 0.283 0.415 0.118 0.001 0.104 47 K 0.005 0.001 0.019 0.011 0.027 0.102 0.002 0.835 48 G 0.047 0.001 0.014 0.015 0.019 0.333 0.033 0.537 49 E 0.542 0.001 0.018 0.018 0.017 0.216 0.059 0.129 50 Y 0.023 0.003 0.109 0.160 0.197 0.073 0.003 0.433 51 H 0.002 0.001 0.094 0.266 0.548 0.045 0.001 0.044 52 A 0.005 0.001 0.107 0.220 0.418 0.019 0.001 0.230 53 M 0.002 0.003 0.132 0.250 0.521 0.044 0.001 0.048 54 D 0.009 0.006 0.082 0.138 0.285 0.081 0.002 0.398 55 I 0.031 0.021 0.128 0.100 0.237 0.116 0.009 0.357 56 R 0.096 0.024 0.056 0.052 0.121 0.231 0.020 0.401 57 C 0.106 0.034 0.053 0.060 0.115 0.121 0.017 0.495 58 Y 0.048 0.056 0.045 0.060 0.103 0.120 0.012 0.557 59 H 0.082 0.071 0.046 0.035 0.054 0.092 0.015 0.607 60 S 0.124 0.121 0.039 0.032 0.039 0.132 0.038 0.475 61 G 0.299 0.087 0.039 0.021 0.042 0.051 0.101 0.359 62 G 0.370 0.033 0.155 0.055 0.043 0.106 0.019 0.219 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 64 L 0.014 0.005 0.049 0.111 0.283 0.087 0.003 0.449 65 H 0.159 0.014 0.079 0.126 0.161 0.134 0.005 0.320 66 L 0.069 0.017 0.050 0.065 0.130 0.057 0.009 0.603 67 G 0.101 0.015 0.098 0.190 0.251 0.078 0.013 0.255 68 E 0.098 0.009 0.056 0.131 0.118 0.144 0.009 0.435 69 I 0.010 0.008 0.044 0.281 0.347 0.024 0.002 0.283 70 E 0.010 0.008 0.033 0.178 0.397 0.108 0.003 0.264 71 D 0.034 0.011 0.019 0.194 0.236 0.096 0.005 0.404 72 F 0.056 0.026 0.031 0.102 0.174 0.120 0.014 0.477 73 N 0.067 0.012 0.014 0.040 0.043 0.347 0.019 0.457 74 G 0.206 0.012 0.020 0.030 0.037 0.190 0.065 0.440 75 Q 0.184 0.010 0.048 0.050 0.048 0.333 0.021 0.306 76 S 0.021 0.004 0.046 0.084 0.109 0.104 0.004 0.628 77 C 0.017 0.004 0.093 0.152 0.339 0.053 0.003 0.340 78 I 0.023 0.003 0.149 0.331 0.331 0.038 0.001 0.124 79 V 0.009 0.004 0.206 0.209 0.320 0.045 0.001 0.206 80 C 0.005 0.002 0.153 0.286 0.380 0.034 0.001 0.140 81 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.990 82 W 0.007 0.001 0.033 0.064 0.216 0.155 0.002 0.522 83 H 0.246 0.003 0.023 0.070 0.126 0.086 0.013 0.434 84 K 0.169 0.013 0.031 0.068 0.108 0.091 0.014 0.505 85 Y 0.071 0.017 0.043 0.263 0.295 0.069 0.008 0.234 86 K 0.049 0.017 0.039 0.169 0.325 0.056 0.008 0.339 87 I 0.021 0.010 0.039 0.355 0.404 0.023 0.002 0.145 88 T 0.011 0.011 0.037 0.290 0.370 0.047 0.003 0.230 89 L 0.017 0.016 0.044 0.268 0.298 0.051 0.003 0.303 90 A 0.017 0.018 0.036 0.090 0.167 0.434 0.007 0.231 91 T 0.091 0.018 0.024 0.041 0.063 0.340 0.027 0.395 92 G 0.238 0.033 0.074 0.050 0.073 0.093 0.080 0.359 93 E 0.106 0.013 0.078 0.078 0.057 0.427 0.013 0.228 94 G 0.021 0.010 0.089 0.100 0.163 0.067 0.005 0.545 95 L 0.021 0.007 0.087 0.243 0.464 0.074 0.002 0.101 96 Y 0.015 0.009 0.062 0.143 0.233 0.065 0.002 0.471 97 Q 0.029 0.015 0.090 0.151 0.313 0.061 0.004 0.337 98 S 0.012 0.004 0.011 0.024 0.063 0.026 0.002 0.858 99 I 0.064 0.013 0.031 0.062 0.187 0.114 0.015 0.514 100 N 0.151 0.011 0.017 0.024 0.042 0.135 0.017 0.604 101 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.990 102 K 0.045 0.005 0.011 0.008 0.022 0.201 0.010 0.699 103 D 0.543 0.005 0.007 0.009 0.011 0.101 0.017 0.308 104 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.988 105 S 0.024 0.008 0.006 0.006 0.010 0.568 0.005 0.373 106 A 0.649 0.008 0.004 0.002 0.004 0.093 0.016 0.222 107 K 0.190 0.080 0.025 0.013 0.021 0.187 0.012 0.472 108 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.991 109 K 0.055 0.019 0.012 0.018 0.033 0.110 0.006 0.747 110 W 0.333 0.042 0.016 0.025 0.035 0.053 0.010 0.487 111 C 0.133 0.186 0.028 0.062 0.106 0.079 0.013 0.391 112 S 0.095 0.126 0.021 0.032 0.041 0.113 0.012 0.561 113 K 0.055 0.047 0.012 0.008 0.013 0.049 0.018 0.799 114 G 0.349 0.029 0.020 0.013 0.016 0.125 0.080 0.368 115 V 0.306 0.031 0.075 0.050 0.029 0.083 0.029 0.398 116 K 0.026 0.018 0.068 0.091 0.106 0.079 0.005 0.608 117 Q 0.027 0.008 0.056 0.085 0.158 0.043 0.002 0.620 118 R 0.031 0.008 0.074 0.190 0.292 0.045 0.002 0.359 119 I 0.012 0.003 0.038 0.047 0.107 0.026 0.002 0.766 120 H 0.018 0.004 0.084 0.298 0.388 0.032 0.002 0.173 121 T 0.005 0.001 0.021 0.036 0.079 0.013 0.001 0.845 122 V 0.009 0.002 0.043 0.310 0.399 0.018 0.001 0.218 123 K 0.012 0.002 0.057 0.231 0.405 0.035 0.001 0.256 124 V 0.007 0.002 0.020 0.145 0.268 0.017 0.001 0.539 125 D 0.010 0.005 0.031 0.233 0.486 0.052 0.003 0.181 126 N 0.028 0.003 0.028 0.066 0.134 0.060 0.009 0.672 127 G 0.203 0.004 0.045 0.143 0.185 0.104 0.089 0.227 128 N 0.275 0.003 0.085 0.180 0.112 0.186 0.025 0.135 129 I 0.005 0.001 0.078 0.384 0.354 0.025 0.001 0.152 130 Y 0.001 0.001 0.036 0.306 0.626 0.006 0.001 0.025 131 V 0.002 0.001 0.085 0.345 0.494 0.007 0.001 0.066 132 T 0.001 0.001 0.079 0.290 0.506 0.016 0.001 0.108 133 L 0.003 0.001 0.078 0.267 0.470 0.045 0.001 0.137 134 S 0.008 0.001 0.050 0.123 0.289 0.174 0.003 0.352 135 K 0.025 0.001 0.014 0.014 0.044 0.123 0.007 0.772 136 E 0.066 0.002 0.013 0.012 0.022 0.349 0.016 0.521 137 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.990 138 F 0.051 0.009 0.020 0.024 0.069 0.145 0.004 0.678 139 K 0.096 0.010 0.010 0.016 0.039 0.058 0.004 0.768 140 C 0.173 0.030 0.015 0.017 0.041 0.082 0.010 0.631 141 D 0.194 0.033 0.019 0.014 0.024 0.098 0.017 0.600 142 S 0.097 0.024 0.020 0.008 0.013 0.094 0.013 0.730 143 D 0.065 0.025 0.016 0.008 0.011 0.211 0.013 0.651 144 Y 0.169 0.027 0.018 0.008 0.011 0.165 0.014 0.589 145 Y 0.175 0.085 0.048 0.027 0.037 0.201 0.014 0.412 146 A 0.143 0.114 0.037 0.026 0.042 0.205 0.015 0.419 147 T 0.124 0.129 0.035 0.025 0.043 0.105 0.018 0.521 148 G 0.057 0.043 0.017 0.008 0.015 0.053 0.012 0.796 149 E 0.073 0.041 0.022 0.015 0.018 0.266 0.018 0.547 150 F 0.173 0.074 0.033 0.031 0.038 0.107 0.025 0.518 151 K 0.090 0.119 0.063 0.067 0.079 0.137 0.013 0.432 152 V 0.069 0.102 0.074 0.089 0.105 0.083 0.007 0.472 153 I 0.066 0.166 0.084 0.119 0.218 0.041 0.008 0.297 154 Q 0.050 0.173 0.063 0.150 0.244 0.048 0.008 0.264 155 S 0.049 0.103 0.038 0.082 0.152 0.055 0.013 0.507 156 S 0.087 0.078 0.046 0.059 0.099 0.071 0.022 0.536 157 S 0.089 0.049 0.039 0.051 0.063 0.172 0.025 0.512