# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1888 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.078 0.234 0.290 0.191 0.110 0.035 0.018 0.009 0.025 0.009 0.003 2 D 0.018 0.147 0.451 0.008 0.027 0.049 0.019 0.001 0.276 0.004 0.001 3 P 0.774 0.002 0.195 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 4 E 0.763 0.066 0.092 0.050 0.004 0.010 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 5 I 0.706 0.080 0.088 0.101 0.009 0.006 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 6 S 0.654 0.097 0.137 0.058 0.015 0.013 0.009 0.003 0.010 0.002 0.001 7 E 0.671 0.065 0.098 0.108 0.013 0.020 0.015 0.003 0.006 0.001 0.001 8 Q 0.592 0.115 0.134 0.096 0.023 0.016 0.008 0.002 0.014 0.001 0.001 9 D 0.558 0.062 0.232 0.062 0.010 0.039 0.010 0.001 0.021 0.002 0.001 10 E 0.909 0.009 0.034 0.038 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 11 E 0.887 0.019 0.025 0.056 0.002 0.003 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 12 K 0.636 0.056 0.056 0.203 0.013 0.012 0.015 0.002 0.007 0.001 0.001 13 K 0.529 0.151 0.176 0.077 0.012 0.020 0.016 0.001 0.017 0.001 0.001 14 K 0.458 0.145 0.192 0.131 0.017 0.023 0.017 0.002 0.011 0.002 0.001 15 Y 0.227 0.168 0.164 0.276 0.074 0.033 0.028 0.008 0.018 0.004 0.001 16 T 0.145 0.284 0.190 0.171 0.088 0.025 0.058 0.007 0.029 0.002 0.001 17 S 0.049 0.401 0.274 0.056 0.104 0.044 0.043 0.008 0.018 0.002 0.001 18 V 0.020 0.728 0.145 0.009 0.070 0.013 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 19 C 0.014 0.379 0.430 0.007 0.033 0.113 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 20 V 0.044 0.690 0.140 0.023 0.035 0.042 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 21 G 0.043 0.296 0.285 0.022 0.230 0.053 0.013 0.005 0.035 0.016 0.002 22 R 0.122 0.257 0.373 0.037 0.066 0.077 0.009 0.001 0.052 0.004 0.003 23 E 0.746 0.066 0.110 0.042 0.009 0.012 0.004 0.001 0.007 0.001 0.003 24 E 0.873 0.029 0.019 0.066 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 25 D 0.330 0.027 0.032 0.564 0.012 0.016 0.012 0.001 0.005 0.001 0.001 26 I 0.366 0.160 0.223 0.144 0.013 0.022 0.029 0.001 0.039 0.001 0.001 27 R 0.234 0.122 0.480 0.029 0.017 0.033 0.026 0.002 0.046 0.009 0.002 28 K 0.459 0.041 0.319 0.120 0.009 0.016 0.016 0.003 0.007 0.004 0.007 29 S 0.093 0.063 0.136 0.197 0.074 0.033 0.143 0.212 0.018 0.028 0.001 30 E 0.099 0.219 0.461 0.089 0.039 0.027 0.033 0.007 0.019 0.004 0.001 31 R 0.068 0.307 0.422 0.081 0.038 0.036 0.030 0.004 0.011 0.002 0.002 32 M 0.023 0.594 0.217 0.025 0.115 0.013 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 33 T 0.011 0.668 0.172 0.017 0.098 0.015 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 34 A 0.002 0.746 0.078 0.003 0.151 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 35 V 0.006 0.829 0.098 0.002 0.022 0.024 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 36 V 0.012 0.778 0.142 0.008 0.014 0.021 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 37 H 0.050 0.241 0.189 0.169 0.129 0.029 0.130 0.017 0.023 0.021 0.003 38 D 0.002 0.019 0.015 0.016 0.024 0.006 0.787 0.119 0.004 0.007 0.001 39 R 0.002 0.396 0.519 0.007 0.038 0.026 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 40 E 0.016 0.316 0.558 0.041 0.009 0.051 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 41 V 0.002 0.863 0.058 0.007 0.054 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 42 V 0.001 0.814 0.041 0.001 0.130 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 43 I 0.001 0.811 0.095 0.001 0.062 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 44 F 0.002 0.815 0.080 0.002 0.034 0.040 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 45 Y 0.013 0.591 0.240 0.011 0.075 0.036 0.005 0.001 0.026 0.002 0.001 46 H 0.088 0.291 0.265 0.051 0.086 0.061 0.036 0.006 0.082 0.031 0.003 47 K 0.117 0.087 0.191 0.332 0.028 0.010 0.201 0.006 0.017 0.006 0.005 48 G 0.004 0.003 0.010 0.004 0.058 0.001 0.057 0.723 0.001 0.140 0.001 49 E 0.062 0.450 0.360 0.046 0.031 0.028 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 50 Y 0.054 0.525 0.322 0.022 0.021 0.043 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 51 H 0.084 0.607 0.136 0.021 0.101 0.030 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 52 A 0.042 0.511 0.201 0.013 0.150 0.053 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 53 M 0.164 0.604 0.099 0.035 0.032 0.033 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 54 D 0.512 0.168 0.161 0.042 0.041 0.025 0.022 0.005 0.017 0.006 0.002 55 I 0.302 0.058 0.045 0.480 0.051 0.022 0.028 0.005 0.008 0.002 0.001 56 R 0.318 0.189 0.134 0.234 0.032 0.016 0.046 0.003 0.026 0.001 0.001 57 C 0.151 0.219 0.362 0.060 0.044 0.052 0.039 0.004 0.062 0.006 0.002 58 Y 0.416 0.059 0.312 0.124 0.016 0.026 0.015 0.004 0.008 0.009 0.011 59 H 0.270 0.111 0.142 0.273 0.061 0.020 0.036 0.028 0.038 0.018 0.003 60 S 0.167 0.064 0.163 0.259 0.050 0.011 0.206 0.030 0.021 0.022 0.008 61 G 0.012 0.006 0.033 0.024 0.056 0.006 0.106 0.564 0.003 0.189 0.002 62 G 0.060 0.177 0.487 0.019 0.127 0.014 0.011 0.008 0.046 0.047 0.003 63 P 0.234 0.029 0.623 0.013 0.008 0.039 0.002 0.001 0.006 0.004 0.041 64 L 0.351 0.202 0.264 0.105 0.024 0.028 0.008 0.002 0.014 0.001 0.002 65 H 0.221 0.301 0.255 0.053 0.067 0.025 0.008 0.003 0.059 0.006 0.002 66 L 0.190 0.111 0.366 0.233 0.015 0.021 0.039 0.001 0.016 0.001 0.008 67 G 0.031 0.020 0.047 0.021 0.200 0.008 0.071 0.461 0.004 0.135 0.001 68 E 0.093 0.295 0.455 0.046 0.036 0.045 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 69 I 0.115 0.434 0.314 0.035 0.017 0.051 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 70 E 0.355 0.261 0.232 0.042 0.037 0.042 0.004 0.001 0.018 0.003 0.003 71 D 0.384 0.172 0.181 0.122 0.050 0.037 0.015 0.005 0.024 0.006 0.004 72 F 0.253 0.171 0.091 0.383 0.027 0.012 0.028 0.003 0.026 0.003 0.003 73 N 0.011 0.015 0.035 0.081 0.022 0.004 0.735 0.070 0.010 0.017 0.001 74 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.001 0.140 0.751 0.001 0.087 0.001 75 Q 0.008 0.296 0.628 0.018 0.020 0.021 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 76 S 0.048 0.324 0.475 0.074 0.021 0.043 0.003 0.001 0.007 0.001 0.003 77 C 0.017 0.682 0.110 0.026 0.130 0.018 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 78 I 0.007 0.781 0.116 0.007 0.051 0.027 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 79 V 0.011 0.731 0.161 0.017 0.042 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 80 C 0.002 0.243 0.321 0.001 0.041 0.047 0.003 0.001 0.339 0.002 0.001 81 P 0.369 0.007 0.526 0.017 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.010 0.046 82 W 0.243 0.136 0.123 0.339 0.045 0.016 0.050 0.021 0.022 0.004 0.001 83 H 0.103 0.140 0.195 0.218 0.189 0.014 0.058 0.036 0.026 0.021 0.001 84 K 0.131 0.169 0.203 0.119 0.146 0.026 0.098 0.052 0.020 0.031 0.006 85 Y 0.094 0.413 0.215 0.078 0.146 0.019 0.016 0.005 0.012 0.002 0.001 86 K 0.071 0.584 0.189 0.034 0.061 0.026 0.012 0.001 0.019 0.001 0.002 87 I 0.018 0.679 0.162 0.015 0.089 0.011 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 88 T 0.034 0.266 0.416 0.009 0.021 0.172 0.005 0.001 0.074 0.002 0.002 89 L 0.602 0.062 0.246 0.054 0.007 0.014 0.003 0.001 0.006 0.001 0.004 90 A 0.730 0.077 0.059 0.076 0.016 0.009 0.012 0.005 0.011 0.005 0.001 91 T 0.088 0.036 0.057 0.725 0.018 0.007 0.057 0.002 0.008 0.001 0.001 92 G 0.018 0.007 0.023 0.010 0.053 0.005 0.096 0.621 0.004 0.163 0.001 93 E 0.179 0.264 0.377 0.092 0.031 0.015 0.020 0.002 0.015 0.003 0.002 94 G 0.145 0.147 0.386 0.061 0.097 0.065 0.023 0.025 0.022 0.021 0.007 95 L 0.225 0.339 0.242 0.110 0.036 0.023 0.005 0.001 0.016 0.001 0.002 96 Y 0.172 0.239 0.255 0.135 0.049 0.065 0.046 0.007 0.024 0.003 0.005 97 Q 0.050 0.442 0.278 0.030 0.105 0.018 0.008 0.001 0.064 0.003 0.001 98 S 0.107 0.065 0.664 0.025 0.018 0.052 0.017 0.002 0.014 0.007 0.028 99 I 0.215 0.155 0.353 0.165 0.039 0.033 0.010 0.005 0.016 0.004 0.005 100 N 0.014 0.157 0.434 0.007 0.032 0.026 0.007 0.001 0.317 0.005 0.001 101 P 0.500 0.002 0.396 0.020 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.069 102 K 0.450 0.079 0.182 0.220 0.011 0.018 0.016 0.011 0.009 0.002 0.002 103 D 0.029 0.107 0.443 0.014 0.047 0.020 0.007 0.001 0.328 0.005 0.001 104 P 0.671 0.002 0.254 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 105 S 0.451 0.056 0.138 0.177 0.021 0.022 0.070 0.043 0.014 0.006 0.002 106 A 0.323 0.066 0.335 0.187 0.026 0.021 0.012 0.004 0.019 0.004 0.003 107 K 0.113 0.110 0.601 0.016 0.018 0.027 0.008 0.001 0.098 0.006 0.002 108 P 0.653 0.006 0.285 0.023 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 109 K 0.551 0.061 0.103 0.193 0.020 0.018 0.023 0.015 0.010 0.003 0.001 110 W 0.340 0.115 0.184 0.253 0.033 0.032 0.013 0.003 0.022 0.002 0.002 111 C 0.206 0.133 0.430 0.074 0.027 0.037 0.017 0.003 0.063 0.007 0.003 112 S 0.622 0.035 0.227 0.046 0.011 0.016 0.007 0.002 0.015 0.011 0.008 113 K 0.503 0.039 0.133 0.261 0.006 0.006 0.039 0.002 0.007 0.001 0.003 114 G 0.033 0.006 0.019 0.030 0.040 0.005 0.146 0.668 0.003 0.051 0.001 115 V 0.072 0.293 0.485 0.083 0.029 0.013 0.010 0.001 0.013 0.001 0.001 116 K 0.067 0.263 0.432 0.061 0.025 0.077 0.043 0.006 0.018 0.004 0.005 117 Q 0.018 0.563 0.287 0.030 0.043 0.035 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 118 R 0.022 0.450 0.378 0.016 0.067 0.045 0.004 0.001 0.014 0.002 0.001 119 I 0.015 0.518 0.320 0.031 0.035 0.057 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 120 H 0.008 0.611 0.169 0.008 0.157 0.022 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 121 T 0.023 0.347 0.449 0.012 0.062 0.083 0.007 0.001 0.014 0.001 0.002 122 V 0.014 0.791 0.100 0.005 0.053 0.020 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 123 K 0.027 0.569 0.252 0.007 0.028 0.089 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 124 V 0.048 0.690 0.164 0.018 0.026 0.021 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 125 D 0.162 0.283 0.161 0.175 0.058 0.039 0.055 0.008 0.038 0.015 0.006 126 N 0.008 0.041 0.035 0.146 0.046 0.004 0.658 0.042 0.011 0.008 0.001 127 G 0.001 0.006 0.020 0.003 0.080 0.002 0.118 0.650 0.001 0.119 0.001 128 N 0.003 0.441 0.467 0.024 0.034 0.020 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 129 I 0.002 0.712 0.226 0.007 0.027 0.018 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 130 Y 0.002 0.777 0.118 0.005 0.058 0.030 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 131 V 0.001 0.808 0.065 0.002 0.103 0.014 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 132 T 0.003 0.460 0.329 0.002 0.038 0.119 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 133 L 0.065 0.348 0.401 0.042 0.042 0.055 0.006 0.001 0.033 0.003 0.005 134 S 0.069 0.245 0.325 0.042 0.086 0.046 0.055 0.006 0.102 0.022 0.004 135 K 0.305 0.079 0.437 0.092 0.018 0.018 0.018 0.002 0.015 0.005 0.013 136 E 0.060 0.172 0.553 0.010 0.037 0.018 0.010 0.001 0.130 0.008 0.002 137 P 0.356 0.006 0.560 0.021 0.002 0.013 0.002 0.001 0.002 0.002 0.035 138 F 0.252 0.142 0.415 0.073 0.024 0.039 0.016 0.011 0.020 0.004 0.002 139 K 0.246 0.132 0.402 0.085 0.035 0.044 0.017 0.006 0.021 0.007 0.005 140 C 0.191 0.163 0.402 0.096 0.051 0.046 0.011 0.006 0.023 0.007 0.003 141 D 0.199 0.150 0.286 0.162 0.041 0.086 0.030 0.007 0.030 0.005 0.004 142 S 0.354 0.138 0.278 0.102 0.063 0.021 0.011 0.005 0.021 0.006 0.002 143 D 0.437 0.143 0.230 0.091 0.021 0.035 0.017 0.003 0.019 0.002 0.003 144 Y 0.512 0.102 0.152 0.167 0.021 0.024 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 145 Y 0.443 0.159 0.212 0.105 0.025 0.018 0.017 0.002 0.016 0.002 0.001 146 A 0.368 0.178 0.231 0.090 0.034 0.041 0.018 0.004 0.032 0.004 0.002 147 T 0.225 0.156 0.313 0.185 0.017 0.024 0.047 0.002 0.026 0.002 0.003 148 G 0.115 0.015 0.090 0.027 0.093 0.012 0.041 0.342 0.005 0.259 0.002 149 E 0.302 0.158 0.247 0.195 0.024 0.029 0.021 0.003 0.017 0.002 0.002 150 F 0.274 0.209 0.274 0.138 0.047 0.022 0.014 0.003 0.015 0.002 0.001 151 K 0.359 0.255 0.197 0.068 0.044 0.024 0.029 0.006 0.013 0.002 0.002 152 V 0.101 0.527 0.221 0.041 0.070 0.017 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 153 I 0.139 0.466 0.254 0.046 0.030 0.040 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 154 Q 0.095 0.500 0.215 0.060 0.068 0.022 0.007 0.001 0.030 0.001 0.001 155 S 0.143 0.275 0.267 0.068 0.083 0.061 0.050 0.010 0.029 0.010 0.003 156 S 0.185 0.261 0.245 0.133 0.080 0.032 0.028 0.008 0.021 0.005 0.002 157 S 0.170 0.313 0.272 0.081 0.065 0.029 0.029 0.006 0.029 0.005 0.002