# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1888 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.048 0.242 0.129 0.021 0.119 0.032 0.043 0.066 0.046 0.204 0.050 2 D 0.156 0.261 0.071 0.005 0.448 0.001 0.002 0.021 0.007 0.007 0.021 3 P 0.003 0.007 0.003 0.001 0.004 0.004 0.007 0.384 0.565 0.019 0.002 4 E 0.005 0.016 0.005 0.002 0.006 0.005 0.043 0.665 0.185 0.063 0.005 5 I 0.016 0.024 0.005 0.002 0.026 0.004 0.005 0.584 0.203 0.123 0.010 6 S 0.013 0.023 0.011 0.008 0.018 0.017 0.043 0.667 0.154 0.038 0.010 7 E 0.022 0.038 0.016 0.006 0.036 0.011 0.045 0.516 0.136 0.155 0.018 8 Q 0.031 0.135 0.047 0.009 0.110 0.015 0.054 0.426 0.085 0.077 0.013 9 D 0.176 0.072 0.021 0.005 0.156 0.008 0.019 0.361 0.088 0.057 0.036 10 E 0.022 0.026 0.009 0.005 0.035 0.010 0.022 0.529 0.292 0.041 0.011 11 E 0.022 0.027 0.012 0.008 0.033 0.019 0.068 0.558 0.156 0.082 0.013 12 K 0.090 0.071 0.022 0.011 0.122 0.015 0.048 0.314 0.114 0.152 0.040 13 K 0.117 0.100 0.040 0.021 0.158 0.026 0.067 0.206 0.087 0.121 0.057 14 K 0.123 0.148 0.077 0.028 0.187 0.031 0.059 0.161 0.076 0.064 0.048 15 Y 0.115 0.096 0.057 0.053 0.117 0.062 0.083 0.126 0.095 0.136 0.062 16 T 0.103 0.192 0.098 0.046 0.211 0.039 0.056 0.064 0.047 0.088 0.057 17 S 0.274 0.119 0.014 0.005 0.431 0.007 0.014 0.027 0.020 0.040 0.049 18 V 0.141 0.191 0.019 0.005 0.563 0.009 0.012 0.017 0.011 0.008 0.023 19 C 0.296 0.086 0.020 0.005 0.505 0.007 0.012 0.014 0.007 0.008 0.039 20 V 0.310 0.094 0.023 0.015 0.283 0.020 0.029 0.032 0.018 0.075 0.102 21 G 0.043 0.301 0.303 0.041 0.172 0.030 0.017 0.014 0.007 0.023 0.048 22 R 0.110 0.473 0.099 0.005 0.243 0.002 0.002 0.017 0.009 0.011 0.030 23 E 0.018 0.029 0.006 0.002 0.027 0.004 0.007 0.250 0.617 0.030 0.009 24 E 0.006 0.029 0.012 0.005 0.013 0.014 0.061 0.505 0.328 0.023 0.004 25 D 0.026 0.013 0.006 0.003 0.031 0.007 0.056 0.239 0.103 0.496 0.020 26 I 0.067 0.243 0.067 0.023 0.214 0.018 0.042 0.125 0.065 0.112 0.024 27 R 0.039 0.179 0.401 0.123 0.076 0.021 0.018 0.066 0.043 0.017 0.017 28 K 0.015 0.088 0.050 0.020 0.037 0.036 0.257 0.326 0.141 0.021 0.008 29 S 0.054 0.054 0.041 0.030 0.039 0.025 0.026 0.039 0.049 0.524 0.121 30 E 0.097 0.323 0.037 0.017 0.289 0.014 0.033 0.039 0.029 0.067 0.055 31 R 0.305 0.088 0.025 0.010 0.352 0.017 0.018 0.027 0.023 0.062 0.073 32 M 0.171 0.206 0.031 0.017 0.443 0.030 0.027 0.019 0.016 0.015 0.026 33 T 0.291 0.081 0.020 0.005 0.532 0.006 0.006 0.008 0.006 0.011 0.034 34 A 0.197 0.141 0.012 0.002 0.606 0.003 0.004 0.007 0.004 0.005 0.021 35 V 0.325 0.090 0.027 0.001 0.478 0.002 0.004 0.005 0.002 0.003 0.064 36 V 0.298 0.080 0.031 0.055 0.206 0.073 0.021 0.029 0.036 0.063 0.107 37 H 0.004 0.074 0.133 0.407 0.014 0.133 0.193 0.016 0.013 0.009 0.004 38 D 0.044 0.005 0.007 0.024 0.010 0.012 0.011 0.006 0.016 0.664 0.200 39 R 0.031 0.639 0.014 0.005 0.283 0.006 0.005 0.002 0.003 0.006 0.007 40 E 0.294 0.064 0.009 0.007 0.514 0.024 0.027 0.003 0.003 0.015 0.040 41 V 0.285 0.026 0.001 0.001 0.677 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 42 V 0.086 0.041 0.001 0.001 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 43 I 0.284 0.026 0.004 0.001 0.650 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 44 F 0.353 0.060 0.005 0.002 0.470 0.005 0.004 0.001 0.001 0.009 0.090 45 Y 0.220 0.139 0.118 0.069 0.232 0.052 0.025 0.009 0.011 0.031 0.095 46 H 0.027 0.076 0.124 0.477 0.046 0.114 0.034 0.031 0.025 0.031 0.016 47 K 0.007 0.074 0.092 0.347 0.014 0.121 0.244 0.050 0.027 0.018 0.007 48 G 0.009 0.011 0.023 0.073 0.004 0.034 0.010 0.013 0.024 0.689 0.110 49 E 0.104 0.351 0.042 0.005 0.399 0.007 0.014 0.016 0.011 0.023 0.027 50 Y 0.318 0.085 0.005 0.001 0.533 0.003 0.004 0.010 0.005 0.008 0.026 51 H 0.131 0.237 0.030 0.003 0.547 0.005 0.007 0.010 0.003 0.003 0.023 52 A 0.389 0.102 0.020 0.005 0.357 0.005 0.006 0.022 0.007 0.015 0.073 53 M 0.161 0.184 0.034 0.023 0.329 0.032 0.023 0.090 0.046 0.034 0.045 54 D 0.127 0.091 0.054 0.025 0.206 0.046 0.052 0.191 0.094 0.052 0.063 55 I 0.121 0.095 0.022 0.010 0.210 0.012 0.049 0.258 0.113 0.078 0.031 56 R 0.112 0.108 0.040 0.030 0.141 0.030 0.101 0.167 0.079 0.147 0.045 57 C 0.098 0.270 0.127 0.019 0.254 0.010 0.015 0.076 0.038 0.029 0.064 58 Y 0.091 0.089 0.035 0.018 0.100 0.027 0.069 0.291 0.153 0.080 0.047 59 H 0.063 0.110 0.092 0.054 0.092 0.064 0.077 0.163 0.099 0.141 0.044 60 S 0.050 0.221 0.096 0.058 0.100 0.049 0.120 0.111 0.069 0.096 0.029 61 G 0.055 0.066 0.081 0.143 0.054 0.031 0.038 0.067 0.064 0.324 0.078 62 G 0.021 0.307 0.444 0.071 0.078 0.008 0.008 0.018 0.018 0.016 0.012 63 P 0.095 0.328 0.136 0.010 0.233 0.008 0.022 0.066 0.052 0.019 0.030 64 L 0.102 0.175 0.062 0.017 0.163 0.026 0.096 0.148 0.100 0.067 0.044 65 H 0.089 0.199 0.160 0.040 0.174 0.042 0.059 0.070 0.046 0.071 0.050 66 L 0.088 0.147 0.066 0.060 0.123 0.060 0.088 0.115 0.090 0.121 0.042 67 G 0.071 0.147 0.250 0.118 0.118 0.034 0.017 0.048 0.043 0.107 0.047 68 E 0.159 0.184 0.052 0.007 0.283 0.011 0.033 0.123 0.058 0.042 0.047 69 I 0.129 0.194 0.057 0.011 0.258 0.013 0.020 0.143 0.072 0.051 0.052 70 E 0.103 0.100 0.053 0.023 0.176 0.031 0.064 0.265 0.088 0.057 0.041 71 D 0.160 0.071 0.072 0.029 0.127 0.038 0.058 0.220 0.065 0.094 0.066 72 F 0.023 0.127 0.100 0.193 0.052 0.173 0.076 0.133 0.041 0.061 0.021 73 N 0.008 0.093 0.117 0.512 0.014 0.075 0.053 0.039 0.018 0.049 0.022 74 G 0.023 0.015 0.033 0.053 0.010 0.018 0.007 0.023 0.028 0.640 0.150 75 Q 0.126 0.293 0.090 0.017 0.256 0.026 0.033 0.035 0.040 0.049 0.036 76 S 0.248 0.128 0.053 0.033 0.250 0.048 0.052 0.043 0.034 0.052 0.058 77 C 0.194 0.157 0.032 0.012 0.443 0.017 0.021 0.021 0.017 0.037 0.047 78 I 0.212 0.131 0.012 0.002 0.605 0.002 0.003 0.007 0.003 0.005 0.018 79 V 0.212 0.180 0.059 0.010 0.398 0.011 0.013 0.013 0.008 0.021 0.075 80 C 0.113 0.285 0.161 0.013 0.357 0.004 0.002 0.008 0.005 0.005 0.047 81 P 0.078 0.144 0.032 0.013 0.116 0.025 0.069 0.256 0.203 0.040 0.024 82 W 0.099 0.051 0.037 0.020 0.077 0.033 0.123 0.131 0.140 0.229 0.059 83 H 0.100 0.278 0.084 0.058 0.208 0.040 0.049 0.055 0.042 0.053 0.033 84 K 0.189 0.061 0.041 0.074 0.157 0.075 0.055 0.066 0.060 0.131 0.091 85 Y 0.146 0.182 0.021 0.011 0.477 0.020 0.028 0.037 0.029 0.027 0.022 86 K 0.342 0.068 0.009 0.002 0.512 0.003 0.007 0.010 0.004 0.010 0.032 87 I 0.161 0.237 0.050 0.003 0.467 0.005 0.006 0.009 0.004 0.006 0.052 88 T 0.163 0.236 0.061 0.004 0.458 0.003 0.003 0.010 0.004 0.005 0.051 89 L 0.206 0.135 0.048 0.011 0.196 0.019 0.047 0.151 0.090 0.045 0.052 90 A 0.074 0.067 0.078 0.063 0.091 0.104 0.111 0.186 0.085 0.090 0.050 91 T 0.031 0.285 0.132 0.150 0.064 0.071 0.074 0.068 0.035 0.064 0.026 92 G 0.029 0.030 0.058 0.180 0.026 0.051 0.014 0.039 0.041 0.390 0.141 93 E 0.077 0.289 0.078 0.033 0.180 0.031 0.043 0.100 0.069 0.071 0.031 94 G 0.195 0.088 0.046 0.028 0.166 0.032 0.029 0.101 0.084 0.136 0.094 95 L 0.097 0.183 0.075 0.039 0.189 0.048 0.070 0.122 0.084 0.059 0.035 96 Y 0.138 0.116 0.062 0.033 0.173 0.031 0.044 0.110 0.073 0.158 0.063 97 Q 0.091 0.301 0.101 0.016 0.266 0.014 0.021 0.069 0.044 0.035 0.041 98 S 0.125 0.222 0.062 0.009 0.270 0.011 0.027 0.112 0.063 0.054 0.045 99 I 0.071 0.163 0.068 0.022 0.149 0.031 0.091 0.141 0.106 0.118 0.040 100 N 0.122 0.235 0.194 0.016 0.285 0.008 0.009 0.033 0.022 0.026 0.050 101 P 0.029 0.059 0.013 0.005 0.051 0.011 0.038 0.363 0.352 0.063 0.016 102 K 0.023 0.082 0.047 0.019 0.050 0.040 0.089 0.183 0.188 0.249 0.028 103 D 0.164 0.181 0.054 0.013 0.310 0.006 0.010 0.069 0.046 0.091 0.055 104 P 0.037 0.059 0.024 0.009 0.064 0.016 0.036 0.310 0.351 0.073 0.022 105 S 0.041 0.074 0.034 0.018 0.066 0.026 0.077 0.231 0.190 0.211 0.033 106 A 0.061 0.182 0.091 0.044 0.135 0.021 0.045 0.115 0.081 0.184 0.039 107 K 0.075 0.252 0.267 0.048 0.142 0.011 0.016 0.070 0.051 0.039 0.029 108 P 0.040 0.141 0.041 0.016 0.100 0.026 0.084 0.270 0.220 0.042 0.019 109 K 0.073 0.097 0.046 0.013 0.132 0.018 0.054 0.164 0.142 0.204 0.056 110 W 0.095 0.163 0.052 0.019 0.185 0.014 0.045 0.123 0.071 0.186 0.048 111 C 0.064 0.268 0.281 0.055 0.150 0.013 0.016 0.051 0.028 0.042 0.031 112 S 0.058 0.164 0.128 0.067 0.102 0.037 0.057 0.223 0.110 0.033 0.021 113 K 0.016 0.066 0.056 0.040 0.030 0.070 0.224 0.283 0.137 0.062 0.017 114 G 0.076 0.040 0.029 0.020 0.054 0.013 0.021 0.061 0.060 0.510 0.116 115 V 0.084 0.362 0.051 0.014 0.298 0.015 0.023 0.041 0.033 0.044 0.034 116 K 0.230 0.149 0.047 0.015 0.367 0.015 0.023 0.032 0.022 0.041 0.059 117 Q 0.283 0.141 0.026 0.014 0.381 0.016 0.018 0.016 0.018 0.038 0.051 118 R 0.158 0.199 0.046 0.011 0.514 0.013 0.017 0.007 0.005 0.008 0.021 119 I 0.448 0.059 0.016 0.009 0.325 0.013 0.013 0.010 0.009 0.031 0.065 120 H 0.111 0.276 0.068 0.015 0.453 0.020 0.014 0.006 0.005 0.006 0.025 121 T 0.311 0.114 0.030 0.004 0.473 0.004 0.005 0.006 0.005 0.008 0.041 122 V 0.162 0.250 0.026 0.001 0.509 0.002 0.005 0.006 0.004 0.004 0.030 123 K 0.201 0.155 0.035 0.001 0.553 0.002 0.004 0.005 0.002 0.003 0.039 124 V 0.479 0.093 0.035 0.014 0.189 0.021 0.022 0.029 0.017 0.024 0.077 125 D 0.026 0.020 0.042 0.257 0.034 0.375 0.077 0.060 0.041 0.046 0.022 126 N 0.009 0.085 0.085 0.544 0.015 0.120 0.092 0.015 0.012 0.017 0.006 127 G 0.015 0.012 0.024 0.119 0.008 0.047 0.019 0.005 0.009 0.593 0.151 128 N 0.152 0.288 0.011 0.003 0.501 0.005 0.004 0.002 0.002 0.010 0.022 129 I 0.184 0.063 0.001 0.001 0.744 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 130 Y 0.284 0.032 0.003 0.001 0.672 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 131 V 0.279 0.092 0.015 0.002 0.538 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.063 132 T 0.220 0.186 0.055 0.002 0.443 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.084 133 L 0.172 0.265 0.054 0.031 0.203 0.037 0.034 0.014 0.026 0.076 0.088 134 S 0.033 0.302 0.379 0.091 0.107 0.016 0.019 0.010 0.014 0.013 0.015 135 K 0.043 0.078 0.041 0.063 0.054 0.060 0.208 0.128 0.183 0.116 0.027 136 E 0.036 0.256 0.307 0.063 0.103 0.014 0.021 0.028 0.054 0.088 0.031 137 P 0.074 0.250 0.079 0.026 0.166 0.015 0.043 0.097 0.155 0.064 0.031 138 F 0.054 0.242 0.169 0.027 0.147 0.022 0.060 0.085 0.087 0.072 0.036 139 K 0.089 0.210 0.083 0.034 0.162 0.022 0.060 0.100 0.082 0.107 0.050 140 C 0.052 0.229 0.178 0.040 0.148 0.031 0.063 0.082 0.068 0.076 0.035 141 D 0.133 0.165 0.084 0.021 0.192 0.016 0.030 0.090 0.080 0.129 0.061 142 S 0.071 0.158 0.046 0.015 0.161 0.019 0.036 0.174 0.184 0.102 0.036 143 D 0.090 0.154 0.054 0.016 0.189 0.021 0.035 0.186 0.120 0.093 0.043 144 Y 0.104 0.089 0.023 0.008 0.172 0.012 0.031 0.237 0.156 0.120 0.048 145 Y 0.101 0.107 0.053 0.015 0.174 0.018 0.052 0.246 0.091 0.103 0.040 146 A 0.097 0.142 0.078 0.038 0.127 0.037 0.052 0.162 0.071 0.139 0.058 147 T 0.044 0.304 0.116 0.066 0.134 0.037 0.056 0.134 0.048 0.037 0.023 148 G 0.027 0.041 0.063 0.082 0.030 0.071 0.069 0.246 0.121 0.198 0.052 149 E 0.085 0.131 0.059 0.014 0.139 0.013 0.049 0.184 0.092 0.183 0.052 150 F 0.151 0.166 0.032 0.009 0.219 0.013 0.017 0.163 0.104 0.081 0.045 151 K 0.093 0.125 0.037 0.025 0.160 0.045 0.063 0.246 0.116 0.052 0.038 152 V 0.158 0.116 0.037 0.011 0.292 0.015 0.036 0.153 0.062 0.075 0.044 153 I 0.219 0.113 0.027 0.010 0.292 0.014 0.037 0.108 0.048 0.079 0.053 154 Q 0.100 0.220 0.103 0.020 0.243 0.029 0.043 0.087 0.043 0.047 0.065 155 S 0.153 0.207 0.080 0.021 0.251 0.016 0.023 0.072 0.045 0.064 0.068 156 S 0.087 0.133 0.053 0.021 0.143 0.027 0.052 0.164 0.156 0.120 0.045 157 S 0.088 0.176 0.070 0.020 0.162 0.024 0.048 0.163 0.113 0.093 0.043