# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1888 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.808 0.117 0.060 0.012 0.003 0.001 0.001 2 D 0.754 0.161 0.068 0.015 0.002 0.001 0.001 3 P 0.850 0.107 0.036 0.006 0.001 0.001 0.001 4 E 0.725 0.215 0.052 0.007 0.001 0.001 0.001 5 I 0.200 0.199 0.240 0.244 0.103 0.014 0.001 6 S 0.297 0.296 0.217 0.146 0.039 0.005 0.001 7 E 0.702 0.234 0.050 0.011 0.002 0.001 0.001 8 Q 0.382 0.265 0.174 0.132 0.042 0.005 0.001 9 D 0.439 0.276 0.173 0.078 0.027 0.005 0.001 10 E 0.369 0.269 0.192 0.128 0.036 0.006 0.001 11 E 0.614 0.249 0.097 0.030 0.008 0.002 0.001 12 K 0.261 0.297 0.203 0.152 0.069 0.017 0.001 13 K 0.258 0.232 0.208 0.178 0.090 0.031 0.002 14 K 0.225 0.259 0.217 0.170 0.088 0.035 0.006 15 Y 0.122 0.199 0.224 0.246 0.142 0.056 0.011 16 T 0.105 0.211 0.243 0.196 0.135 0.086 0.022 17 S 0.013 0.036 0.063 0.151 0.309 0.331 0.096 18 V 0.007 0.016 0.037 0.083 0.214 0.409 0.234 19 C 0.004 0.010 0.023 0.041 0.099 0.434 0.388 20 V 0.004 0.007 0.019 0.053 0.121 0.438 0.358 21 G 0.004 0.008 0.021 0.067 0.214 0.422 0.264 22 R 0.014 0.063 0.127 0.191 0.284 0.246 0.074 23 E 0.036 0.151 0.213 0.308 0.201 0.081 0.010 24 E 0.159 0.408 0.189 0.172 0.050 0.021 0.001 25 D 0.094 0.232 0.315 0.207 0.129 0.023 0.001 26 I 0.033 0.060 0.154 0.412 0.297 0.043 0.001 27 R 0.476 0.355 0.134 0.030 0.004 0.001 0.001 28 K 0.728 0.217 0.045 0.008 0.001 0.001 0.001 29 S 0.677 0.222 0.077 0.021 0.004 0.001 0.001 30 E 0.568 0.277 0.115 0.031 0.007 0.001 0.001 31 R 0.208 0.319 0.257 0.149 0.057 0.009 0.001 32 M 0.077 0.154 0.209 0.291 0.212 0.055 0.002 33 T 0.089 0.186 0.246 0.249 0.167 0.059 0.004 34 A 0.065 0.104 0.166 0.232 0.239 0.180 0.015 35 V 0.047 0.171 0.279 0.290 0.154 0.056 0.004 36 V 0.032 0.063 0.141 0.259 0.330 0.164 0.011 37 H 0.071 0.255 0.265 0.256 0.116 0.033 0.004 38 D 0.242 0.403 0.224 0.090 0.025 0.013 0.002 39 R 0.029 0.142 0.221 0.309 0.225 0.068 0.005 40 E 0.010 0.066 0.243 0.377 0.212 0.084 0.009 41 V 0.001 0.002 0.008 0.037 0.220 0.640 0.092 42 V 0.001 0.003 0.009 0.025 0.088 0.604 0.270 43 I 0.001 0.003 0.007 0.028 0.078 0.533 0.351 44 F 0.002 0.009 0.034 0.139 0.315 0.382 0.118 45 Y 0.007 0.029 0.121 0.340 0.297 0.182 0.025 46 H 0.166 0.248 0.317 0.149 0.078 0.038 0.003 47 K 0.437 0.333 0.179 0.037 0.009 0.004 0.001 48 G 0.158 0.338 0.269 0.147 0.071 0.016 0.001 49 E 0.070 0.296 0.294 0.246 0.070 0.022 0.002 50 Y 0.004 0.015 0.045 0.153 0.434 0.332 0.017 51 H 0.010 0.042 0.117 0.265 0.298 0.232 0.036 52 A 0.003 0.005 0.012 0.032 0.119 0.479 0.349 53 M 0.005 0.011 0.019 0.051 0.120 0.413 0.381 54 D 0.023 0.066 0.114 0.247 0.214 0.190 0.146 55 I 0.025 0.055 0.091 0.158 0.240 0.280 0.150 56 R 0.051 0.105 0.151 0.194 0.188 0.225 0.085 57 C 0.057 0.091 0.117 0.201 0.251 0.229 0.055 58 Y 0.119 0.184 0.211 0.209 0.162 0.093 0.022 59 H 0.130 0.119 0.141 0.190 0.203 0.172 0.046 60 S 0.179 0.207 0.188 0.185 0.125 0.086 0.029 61 G 0.163 0.199 0.202 0.175 0.121 0.101 0.039 62 G 0.065 0.082 0.103 0.180 0.242 0.253 0.076 63 P 0.084 0.160 0.188 0.218 0.167 0.130 0.055 64 L 0.032 0.040 0.072 0.116 0.199 0.375 0.167 65 H 0.041 0.088 0.110 0.192 0.239 0.242 0.089 66 L 0.043 0.096 0.166 0.238 0.232 0.171 0.054 67 G 0.066 0.133 0.151 0.211 0.218 0.179 0.042 68 E 0.066 0.195 0.312 0.246 0.129 0.047 0.005 69 I 0.029 0.037 0.074 0.245 0.420 0.184 0.010 70 E 0.261 0.346 0.248 0.108 0.029 0.006 0.001 71 D 0.548 0.333 0.093 0.021 0.005 0.001 0.001 72 F 0.317 0.228 0.232 0.159 0.057 0.007 0.001 73 N 0.527 0.339 0.086 0.040 0.006 0.001 0.001 74 G 0.481 0.294 0.150 0.048 0.022 0.004 0.001 75 Q 0.251 0.289 0.220 0.167 0.058 0.014 0.001 76 S 0.124 0.297 0.227 0.209 0.112 0.029 0.002 77 C 0.026 0.072 0.162 0.269 0.290 0.159 0.021 78 I 0.006 0.010 0.023 0.059 0.185 0.528 0.188 79 V 0.016 0.071 0.139 0.260 0.259 0.184 0.070 80 C 0.019 0.047 0.098 0.155 0.224 0.304 0.154 81 P 0.013 0.038 0.077 0.159 0.265 0.323 0.124 82 W 0.022 0.056 0.107 0.177 0.243 0.289 0.106 83 H 0.023 0.086 0.118 0.234 0.296 0.196 0.047 84 K 0.084 0.243 0.333 0.198 0.074 0.053 0.014 85 Y 0.015 0.046 0.070 0.216 0.356 0.261 0.035 86 K 0.044 0.151 0.226 0.267 0.187 0.104 0.021 87 I 0.024 0.049 0.073 0.175 0.276 0.347 0.057 88 T 0.069 0.202 0.317 0.262 0.111 0.034 0.005 89 L 0.026 0.045 0.081 0.204 0.334 0.273 0.038 90 A 0.115 0.249 0.264 0.210 0.108 0.045 0.008 91 T 0.210 0.333 0.228 0.136 0.053 0.032 0.007 92 G 0.056 0.129 0.169 0.265 0.259 0.108 0.015 93 E 0.090 0.256 0.249 0.237 0.100 0.053 0.014 94 G 0.018 0.032 0.059 0.128 0.299 0.365 0.099 95 L 0.025 0.070 0.122 0.229 0.259 0.232 0.063 96 Y 0.027 0.081 0.139 0.222 0.253 0.205 0.073 97 Q 0.025 0.048 0.079 0.135 0.223 0.366 0.125 98 S 0.040 0.101 0.141 0.226 0.232 0.207 0.053 99 I 0.050 0.099 0.145 0.244 0.257 0.175 0.029 100 N 0.150 0.212 0.218 0.214 0.135 0.062 0.008 101 P 0.353 0.280 0.181 0.123 0.044 0.018 0.002 102 K 0.585 0.252 0.103 0.042 0.014 0.004 0.001 103 D 0.442 0.242 0.161 0.101 0.041 0.012 0.001 104 P 0.510 0.246 0.145 0.070 0.022 0.007 0.001 105 S 0.583 0.245 0.109 0.046 0.013 0.003 0.001 106 A 0.448 0.275 0.152 0.086 0.032 0.008 0.001 107 K 0.343 0.300 0.169 0.122 0.051 0.013 0.001 108 P 0.365 0.265 0.174 0.139 0.048 0.009 0.001 109 K 0.596 0.295 0.073 0.028 0.006 0.002 0.001 110 W 0.216 0.174 0.243 0.228 0.115 0.023 0.001 111 C 0.250 0.222 0.222 0.201 0.085 0.019 0.001 112 S 0.479 0.283 0.155 0.063 0.017 0.003 0.001 113 K 0.729 0.215 0.039 0.013 0.003 0.001 0.001 114 G 0.426 0.296 0.156 0.082 0.031 0.009 0.001 115 V 0.155 0.172 0.203 0.246 0.173 0.049 0.002 116 K 0.148 0.282 0.229 0.208 0.098 0.033 0.002 117 Q 0.100 0.111 0.191 0.224 0.245 0.120 0.010 118 R 0.102 0.224 0.206 0.244 0.152 0.065 0.007 119 I 0.114 0.212 0.257 0.230 0.125 0.055 0.008 120 H 0.083 0.136 0.157 0.279 0.227 0.106 0.011 121 T 0.145 0.319 0.285 0.174 0.054 0.020 0.002 122 V 0.041 0.063 0.099 0.280 0.345 0.163 0.009 123 K 0.189 0.309 0.272 0.153 0.059 0.017 0.001 124 V 0.160 0.252 0.212 0.241 0.104 0.030 0.002 125 D 0.397 0.272 0.202 0.086 0.033 0.009 0.001 126 N 0.306 0.324 0.211 0.107 0.032 0.018 0.003 127 G 0.126 0.234 0.279 0.182 0.124 0.049 0.006 128 N 0.023 0.089 0.193 0.293 0.257 0.122 0.022 129 I 0.003 0.008 0.018 0.052 0.189 0.580 0.148 130 Y 0.006 0.015 0.045 0.108 0.224 0.432 0.170 131 V 0.003 0.007 0.015 0.041 0.137 0.543 0.253 132 T 0.012 0.062 0.165 0.302 0.287 0.139 0.033 133 L 0.014 0.032 0.094 0.260 0.343 0.232 0.026 134 S 0.161 0.285 0.294 0.163 0.072 0.024 0.002 135 K 0.571 0.254 0.122 0.042 0.009 0.002 0.001 136 E 0.634 0.260 0.082 0.018 0.005 0.001 0.001 137 P 0.323 0.334 0.186 0.113 0.035 0.008 0.001 138 F 0.244 0.269 0.211 0.187 0.075 0.014 0.001 139 K 0.392 0.357 0.157 0.071 0.019 0.005 0.001 140 C 0.100 0.118 0.194 0.309 0.218 0.059 0.003 141 D 0.250 0.310 0.223 0.138 0.055 0.021 0.003 142 S 0.141 0.167 0.190 0.247 0.179 0.067 0.009 143 D 0.312 0.309 0.210 0.111 0.040 0.016 0.002 144 Y 0.096 0.169 0.209 0.234 0.186 0.095 0.011 145 Y 0.074 0.099 0.171 0.246 0.238 0.155 0.018 146 A 0.095 0.169 0.201 0.223 0.197 0.102 0.012 147 T 0.184 0.244 0.223 0.204 0.101 0.038 0.006 148 G 0.308 0.296 0.185 0.125 0.060 0.023 0.004 149 E 0.275 0.321 0.184 0.138 0.054 0.024 0.004 150 F 0.090 0.100 0.147 0.274 0.273 0.106 0.009 151 K 0.262 0.308 0.235 0.130 0.045 0.019 0.002 152 V 0.139 0.190 0.205 0.235 0.161 0.065 0.005 153 I 0.189 0.203 0.193 0.204 0.141 0.064 0.006 154 Q 0.342 0.247 0.188 0.142 0.060 0.020 0.002 155 S 0.622 0.235 0.089 0.038 0.013 0.003 0.001 156 S 0.564 0.235 0.107 0.062 0.024 0.007 0.001 157 S 0.659 0.204 0.084 0.037 0.012 0.003 0.001