# TARGET T0391 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0391.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1888 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.483 0.176 0.120 0.082 0.057 0.037 0.026 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 2 D 0.357 0.187 0.194 0.098 0.065 0.048 0.029 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 P 0.536 0.164 0.119 0.081 0.046 0.025 0.018 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.518 0.173 0.176 0.065 0.034 0.017 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 I 0.119 0.093 0.099 0.184 0.212 0.123 0.089 0.046 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 6 S 0.203 0.147 0.138 0.183 0.175 0.072 0.044 0.017 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.677 0.200 0.060 0.023 0.014 0.016 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 Q 0.442 0.158 0.130 0.108 0.082 0.041 0.028 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 D 0.505 0.168 0.095 0.081 0.069 0.037 0.034 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.645 0.152 0.079 0.051 0.034 0.023 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.751 0.115 0.070 0.025 0.018 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.404 0.185 0.152 0.101 0.074 0.047 0.025 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 K 0.394 0.163 0.154 0.108 0.080 0.048 0.033 0.007 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 K 0.265 0.176 0.171 0.134 0.103 0.076 0.040 0.013 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 15 Y 0.094 0.108 0.135 0.193 0.178 0.128 0.071 0.040 0.028 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 16 T 0.075 0.107 0.123 0.174 0.171 0.134 0.085 0.063 0.036 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 17 S 0.017 0.017 0.026 0.058 0.107 0.134 0.157 0.147 0.130 0.089 0.051 0.041 0.019 0.006 18 V 0.013 0.012 0.022 0.035 0.070 0.101 0.146 0.158 0.157 0.121 0.088 0.045 0.023 0.010 19 C 0.016 0.012 0.020 0.032 0.062 0.073 0.124 0.145 0.130 0.146 0.116 0.071 0.033 0.021 20 V 0.012 0.013 0.013 0.027 0.041 0.067 0.077 0.105 0.164 0.165 0.119 0.109 0.062 0.027 21 G 0.021 0.023 0.023 0.043 0.075 0.099 0.138 0.172 0.125 0.109 0.089 0.043 0.026 0.014 22 R 0.018 0.038 0.052 0.100 0.151 0.144 0.167 0.149 0.091 0.045 0.031 0.007 0.002 0.003 23 E 0.032 0.062 0.086 0.155 0.160 0.176 0.118 0.087 0.078 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 24 E 0.324 0.189 0.166 0.115 0.073 0.066 0.034 0.011 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 D 0.221 0.222 0.296 0.112 0.060 0.054 0.016 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 I 0.082 0.105 0.075 0.215 0.240 0.145 0.075 0.045 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.414 0.234 0.195 0.081 0.039 0.019 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 K 0.581 0.185 0.130 0.049 0.024 0.017 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 S 0.468 0.160 0.154 0.088 0.058 0.030 0.032 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 E 0.358 0.197 0.216 0.085 0.057 0.048 0.021 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.167 0.124 0.102 0.150 0.167 0.125 0.081 0.040 0.023 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 32 M 0.066 0.047 0.063 0.118 0.175 0.149 0.145 0.109 0.060 0.036 0.020 0.009 0.003 0.001 33 T 0.057 0.045 0.063 0.116 0.166 0.138 0.122 0.120 0.073 0.050 0.025 0.015 0.007 0.003 34 A 0.083 0.046 0.043 0.077 0.092 0.113 0.103 0.119 0.109 0.091 0.054 0.043 0.021 0.005 35 V 0.067 0.084 0.094 0.139 0.186 0.135 0.111 0.089 0.043 0.025 0.015 0.006 0.002 0.002 36 V 0.017 0.025 0.032 0.066 0.119 0.128 0.162 0.148 0.133 0.069 0.063 0.019 0.012 0.006 37 H 0.036 0.099 0.107 0.214 0.189 0.141 0.083 0.062 0.038 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 38 D 0.112 0.194 0.157 0.139 0.097 0.124 0.068 0.037 0.040 0.015 0.014 0.002 0.001 0.001 39 R 0.003 0.016 0.027 0.073 0.118 0.183 0.157 0.156 0.127 0.064 0.035 0.024 0.010 0.007 40 E 0.002 0.005 0.010 0.025 0.061 0.098 0.151 0.169 0.207 0.141 0.055 0.044 0.019 0.014 41 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.039 0.060 0.155 0.195 0.262 0.131 0.076 0.057 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.024 0.082 0.151 0.322 0.198 0.141 0.068 43 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.023 0.068 0.142 0.177 0.259 0.192 0.125 44 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.015 0.044 0.120 0.195 0.140 0.258 0.155 0.059 45 Y 0.001 0.004 0.006 0.019 0.038 0.064 0.142 0.199 0.158 0.135 0.124 0.049 0.028 0.035 46 H 0.004 0.025 0.038 0.109 0.129 0.157 0.133 0.139 0.108 0.058 0.061 0.021 0.009 0.010 47 K 0.077 0.145 0.326 0.128 0.081 0.078 0.051 0.029 0.053 0.012 0.018 0.001 0.001 0.001 48 G 0.074 0.157 0.217 0.189 0.116 0.087 0.074 0.032 0.033 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 49 E 0.025 0.083 0.102 0.179 0.180 0.173 0.113 0.079 0.044 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 50 Y 0.010 0.015 0.019 0.046 0.094 0.135 0.203 0.195 0.121 0.081 0.040 0.023 0.013 0.004 51 H 0.025 0.020 0.034 0.046 0.081 0.101 0.138 0.180 0.143 0.102 0.067 0.043 0.014 0.008 52 A 0.011 0.006 0.009 0.014 0.028 0.039 0.074 0.104 0.135 0.141 0.186 0.137 0.077 0.038 53 M 0.006 0.005 0.005 0.010 0.016 0.035 0.043 0.075 0.155 0.175 0.166 0.182 0.095 0.033 54 D 0.022 0.026 0.027 0.051 0.079 0.089 0.150 0.159 0.106 0.108 0.094 0.040 0.023 0.025 55 I 0.017 0.019 0.021 0.041 0.064 0.091 0.104 0.134 0.151 0.134 0.106 0.068 0.032 0.018 56 R 0.025 0.037 0.046 0.081 0.136 0.142 0.147 0.141 0.097 0.074 0.037 0.017 0.011 0.007 57 C 0.031 0.035 0.044 0.074 0.111 0.130 0.138 0.145 0.106 0.082 0.055 0.032 0.012 0.006 58 Y 0.087 0.105 0.107 0.129 0.150 0.126 0.092 0.073 0.060 0.041 0.016 0.008 0.003 0.002 59 H 0.098 0.084 0.093 0.113 0.134 0.124 0.103 0.085 0.067 0.046 0.028 0.015 0.006 0.003 60 S 0.135 0.097 0.118 0.110 0.120 0.111 0.094 0.076 0.057 0.041 0.025 0.010 0.003 0.002 61 G 0.114 0.084 0.086 0.107 0.123 0.122 0.099 0.085 0.071 0.053 0.029 0.015 0.008 0.005 62 G 0.031 0.028 0.032 0.053 0.077 0.116 0.127 0.150 0.121 0.106 0.077 0.049 0.025 0.009 63 P 0.047 0.050 0.065 0.099 0.136 0.124 0.124 0.122 0.091 0.065 0.038 0.024 0.008 0.009 64 L 0.016 0.013 0.019 0.025 0.044 0.065 0.088 0.104 0.167 0.146 0.179 0.074 0.041 0.019 65 H 0.024 0.028 0.046 0.062 0.102 0.110 0.126 0.150 0.110 0.092 0.094 0.029 0.014 0.012 66 L 0.023 0.031 0.041 0.066 0.095 0.098 0.110 0.122 0.137 0.115 0.075 0.048 0.023 0.017 67 G 0.042 0.038 0.040 0.065 0.072 0.112 0.106 0.128 0.144 0.124 0.066 0.038 0.020 0.006 68 E 0.073 0.105 0.128 0.160 0.154 0.124 0.108 0.075 0.037 0.018 0.012 0.003 0.001 0.002 69 I 0.060 0.063 0.078 0.111 0.140 0.136 0.116 0.109 0.089 0.047 0.031 0.012 0.006 0.003 70 E 0.228 0.204 0.148 0.181 0.099 0.065 0.037 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 71 D 0.497 0.190 0.124 0.076 0.046 0.030 0.022 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 F 0.271 0.191 0.188 0.125 0.102 0.055 0.038 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 73 N 0.507 0.215 0.106 0.075 0.039 0.026 0.021 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 74 G 0.388 0.196 0.151 0.096 0.062 0.052 0.033 0.009 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.128 0.113 0.154 0.156 0.166 0.110 0.083 0.038 0.028 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 76 S 0.086 0.081 0.101 0.142 0.162 0.144 0.097 0.078 0.051 0.031 0.015 0.008 0.003 0.001 77 C 0.041 0.034 0.043 0.085 0.131 0.126 0.143 0.135 0.094 0.075 0.041 0.032 0.014 0.005 78 I 0.012 0.007 0.011 0.016 0.032 0.057 0.087 0.125 0.156 0.142 0.171 0.114 0.055 0.015 79 V 0.031 0.034 0.044 0.067 0.096 0.105 0.120 0.139 0.114 0.099 0.069 0.046 0.021 0.016 80 C 0.035 0.025 0.026 0.038 0.052 0.068 0.088 0.114 0.136 0.136 0.136 0.078 0.047 0.021 81 P 0.032 0.044 0.048 0.098 0.138 0.140 0.125 0.130 0.091 0.073 0.038 0.023 0.012 0.008 82 W 0.014 0.022 0.034 0.066 0.115 0.127 0.155 0.162 0.124 0.079 0.058 0.023 0.011 0.009 83 H 0.040 0.060 0.064 0.108 0.149 0.138 0.120 0.102 0.096 0.062 0.035 0.017 0.007 0.004 84 K 0.121 0.154 0.144 0.118 0.105 0.118 0.076 0.052 0.057 0.027 0.019 0.005 0.002 0.002 85 Y 0.016 0.019 0.029 0.050 0.091 0.134 0.159 0.160 0.116 0.096 0.071 0.037 0.017 0.006 86 K 0.032 0.050 0.068 0.110 0.148 0.146 0.129 0.126 0.089 0.054 0.023 0.013 0.007 0.005 87 I 0.036 0.020 0.025 0.042 0.055 0.084 0.110 0.137 0.134 0.133 0.101 0.074 0.038 0.011 88 T 0.060 0.079 0.090 0.131 0.153 0.145 0.103 0.097 0.065 0.031 0.024 0.012 0.004 0.004 89 L 0.022 0.021 0.031 0.047 0.084 0.100 0.133 0.135 0.147 0.101 0.098 0.043 0.027 0.010 90 A 0.087 0.102 0.122 0.146 0.138 0.123 0.095 0.077 0.054 0.024 0.021 0.005 0.002 0.002 91 T 0.173 0.147 0.137 0.128 0.108 0.109 0.068 0.041 0.045 0.023 0.014 0.005 0.002 0.001 92 G 0.035 0.046 0.048 0.088 0.124 0.163 0.143 0.129 0.094 0.062 0.037 0.018 0.008 0.003 93 E 0.056 0.082 0.104 0.159 0.163 0.141 0.101 0.092 0.051 0.028 0.012 0.006 0.002 0.002 94 G 0.018 0.016 0.020 0.035 0.063 0.090 0.123 0.155 0.154 0.126 0.103 0.057 0.027 0.012 95 L 0.024 0.029 0.041 0.060 0.099 0.111 0.133 0.145 0.121 0.094 0.085 0.032 0.014 0.011 96 Y 0.025 0.027 0.045 0.055 0.089 0.088 0.107 0.119 0.124 0.117 0.111 0.051 0.023 0.019 97 Q 0.028 0.031 0.036 0.055 0.072 0.095 0.094 0.130 0.150 0.131 0.088 0.049 0.029 0.012 98 S 0.042 0.053 0.063 0.112 0.127 0.130 0.134 0.126 0.079 0.064 0.034 0.019 0.010 0.006 99 I 0.040 0.056 0.068 0.118 0.151 0.137 0.137 0.128 0.080 0.041 0.026 0.011 0.004 0.003 100 N 0.129 0.160 0.153 0.160 0.145 0.095 0.063 0.044 0.029 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 101 P 0.393 0.218 0.128 0.100 0.054 0.051 0.030 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 102 K 0.470 0.195 0.118 0.091 0.057 0.030 0.027 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 103 D 0.410 0.195 0.131 0.090 0.077 0.045 0.032 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 104 P 0.457 0.179 0.152 0.083 0.057 0.030 0.026 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 105 S 0.638 0.164 0.054 0.049 0.036 0.021 0.027 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 106 A 0.306 0.170 0.138 0.122 0.097 0.082 0.049 0.015 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 107 K 0.216 0.147 0.179 0.149 0.140 0.082 0.041 0.020 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 108 P 0.304 0.168 0.144 0.135 0.097 0.069 0.040 0.019 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 109 K 0.371 0.170 0.144 0.127 0.085 0.048 0.028 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 110 W 0.159 0.114 0.108 0.174 0.173 0.115 0.073 0.046 0.021 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 111 C 0.238 0.145 0.125 0.150 0.152 0.075 0.060 0.026 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 112 S 0.452 0.218 0.106 0.077 0.052 0.045 0.028 0.010 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 113 K 0.501 0.175 0.099 0.081 0.056 0.038 0.032 0.008 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 114 G 0.332 0.188 0.128 0.106 0.092 0.073 0.045 0.015 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 115 V 0.121 0.089 0.090 0.143 0.169 0.159 0.097 0.063 0.030 0.024 0.007 0.005 0.002 0.001 116 K 0.219 0.131 0.113 0.128 0.134 0.104 0.068 0.038 0.032 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 117 Q 0.093 0.062 0.074 0.098 0.124 0.132 0.109 0.090 0.081 0.060 0.039 0.024 0.011 0.004 118 R 0.079 0.062 0.088 0.107 0.141 0.123 0.111 0.097 0.072 0.053 0.039 0.017 0.005 0.004 119 I 0.055 0.045 0.060 0.086 0.119 0.115 0.109 0.112 0.102 0.081 0.056 0.032 0.018 0.010 120 H 0.049 0.037 0.042 0.066 0.087 0.112 0.116 0.132 0.117 0.104 0.075 0.040 0.018 0.006 121 T 0.078 0.094 0.107 0.139 0.141 0.125 0.103 0.088 0.055 0.034 0.022 0.009 0.004 0.003 122 V 0.048 0.038 0.047 0.075 0.108 0.135 0.118 0.144 0.104 0.074 0.057 0.030 0.016 0.005 123 K 0.104 0.145 0.152 0.175 0.148 0.110 0.065 0.048 0.029 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 124 V 0.087 0.109 0.116 0.188 0.171 0.137 0.079 0.055 0.031 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 125 D 0.201 0.165 0.242 0.137 0.094 0.062 0.041 0.020 0.024 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 126 N 0.142 0.161 0.193 0.165 0.119 0.091 0.058 0.028 0.025 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 127 G 0.064 0.094 0.111 0.140 0.142 0.141 0.111 0.080 0.064 0.029 0.017 0.006 0.002 0.001 128 N 0.017 0.025 0.036 0.075 0.132 0.132 0.160 0.159 0.113 0.076 0.037 0.021 0.011 0.006 129 I 0.004 0.004 0.007 0.012 0.027 0.051 0.093 0.128 0.173 0.177 0.162 0.100 0.045 0.018 130 Y 0.006 0.007 0.011 0.023 0.045 0.060 0.099 0.148 0.157 0.149 0.134 0.084 0.045 0.032 131 V 0.005 0.004 0.005 0.008 0.014 0.026 0.051 0.079 0.137 0.201 0.214 0.150 0.078 0.029 132 T 0.011 0.021 0.025 0.056 0.087 0.121 0.143 0.170 0.129 0.089 0.070 0.036 0.020 0.021 133 L 0.009 0.015 0.018 0.043 0.084 0.113 0.151 0.175 0.139 0.106 0.079 0.037 0.019 0.011 134 S 0.058 0.106 0.122 0.174 0.154 0.142 0.103 0.066 0.043 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 135 K 0.285 0.160 0.188 0.123 0.085 0.065 0.044 0.017 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 136 E 0.325 0.180 0.235 0.100 0.066 0.038 0.027 0.010 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 137 P 0.209 0.177 0.119 0.152 0.132 0.092 0.066 0.024 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 138 F 0.156 0.145 0.118 0.163 0.166 0.111 0.071 0.037 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 139 K 0.412 0.231 0.117 0.074 0.059 0.052 0.025 0.010 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 140 C 0.142 0.105 0.116 0.157 0.157 0.139 0.068 0.052 0.031 0.018 0.007 0.006 0.002 0.001 141 D 0.193 0.150 0.128 0.153 0.142 0.094 0.068 0.032 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 142 S 0.130 0.095 0.106 0.144 0.143 0.142 0.087 0.061 0.044 0.024 0.012 0.008 0.003 0.001 143 D 0.322 0.170 0.134 0.105 0.092 0.071 0.051 0.023 0.017 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 144 Y 0.138 0.101 0.116 0.141 0.158 0.133 0.082 0.054 0.036 0.022 0.009 0.006 0.002 0.001 145 Y 0.105 0.081 0.076 0.137 0.179 0.142 0.112 0.083 0.041 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 146 A 0.163 0.121 0.124 0.149 0.156 0.111 0.071 0.048 0.029 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 147 T 0.263 0.157 0.132 0.121 0.110 0.078 0.061 0.032 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 148 G 0.348 0.163 0.129 0.116 0.085 0.064 0.047 0.021 0.013 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 149 E 0.330 0.178 0.147 0.107 0.082 0.069 0.042 0.016 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 150 F 0.096 0.081 0.080 0.137 0.166 0.162 0.102 0.079 0.045 0.028 0.011 0.009 0.004 0.001 151 K 0.254 0.162 0.134 0.123 0.104 0.085 0.060 0.031 0.024 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 152 V 0.107 0.073 0.093 0.126 0.149 0.136 0.101 0.086 0.055 0.035 0.021 0.013 0.005 0.002 153 I 0.101 0.073 0.078 0.114 0.157 0.131 0.112 0.092 0.060 0.038 0.024 0.012 0.005 0.003 154 Q 0.144 0.091 0.107 0.131 0.140 0.113 0.086 0.076 0.046 0.032 0.018 0.011 0.004 0.002 155 S 0.272 0.142 0.108 0.118 0.113 0.078 0.066 0.042 0.027 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 156 S 0.220 0.126 0.118 0.124 0.120 0.104 0.072 0.049 0.029 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 157 S 0.327 0.138 0.124 0.109 0.096 0.070 0.061 0.029 0.021 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001