# TARGET T0390 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0390.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 117 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.005 0.005 0.006 0.026 0.020 0.009 0.930 2 A 0.021 0.018 0.020 0.230 0.021 0.047 0.644 3 P 0.015 0.008 0.045 0.461 0.077 0.127 0.266 4 E 0.008 0.003 0.090 0.675 0.047 0.099 0.077 5 H 0.008 0.003 0.103 0.688 0.037 0.092 0.070 6 H 0.011 0.004 0.079 0.706 0.034 0.090 0.076 7 H 0.014 0.004 0.046 0.789 0.032 0.045 0.070 8 H 0.009 0.001 0.017 0.879 0.026 0.023 0.045 9 H 0.003 0.001 0.008 0.951 0.009 0.014 0.015 10 H 0.002 0.001 0.003 0.976 0.004 0.008 0.007 11 D 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.006 0.003 12 Y 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.006 0.002 13 D 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 14 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 15 P 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.008 0.002 16 T 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.011 0.002 17 T 0.002 0.001 0.003 0.977 0.004 0.011 0.003 18 E 0.002 0.001 0.009 0.965 0.004 0.017 0.004 19 N 0.003 0.001 0.020 0.925 0.004 0.042 0.005 20 L 0.004 0.001 0.038 0.839 0.013 0.091 0.014 21 Y 0.010 0.002 0.047 0.715 0.026 0.170 0.029 22 F 0.016 0.004 0.052 0.601 0.068 0.173 0.086 23 Q 0.022 0.009 0.062 0.524 0.081 0.153 0.149 24 G 0.037 0.010 0.062 0.499 0.097 0.141 0.153 25 A 0.051 0.007 0.068 0.538 0.093 0.095 0.147 26 M 0.050 0.007 0.079 0.587 0.071 0.103 0.104 27 D 0.060 0.008 0.083 0.547 0.069 0.124 0.110 28 A 0.079 0.008 0.130 0.418 0.063 0.173 0.129 29 A 0.108 0.006 0.127 0.299 0.099 0.234 0.127 30 D 0.152 0.013 0.106 0.197 0.110 0.268 0.155 31 R 0.219 0.016 0.038 0.064 0.223 0.096 0.343 32 H 0.306 0.008 0.016 0.018 0.202 0.057 0.392 33 T 0.618 0.011 0.012 0.012 0.081 0.036 0.230 34 V 0.835 0.015 0.005 0.008 0.024 0.013 0.100 35 F 0.828 0.013 0.004 0.007 0.027 0.009 0.112 36 W 0.721 0.040 0.004 0.008 0.041 0.012 0.174 37 N 0.281 0.021 0.012 0.009 0.088 0.048 0.541 38 S 0.119 0.009 0.029 0.012 0.239 0.365 0.227 39 S 0.071 0.018 0.041 0.023 0.244 0.431 0.172 40 N 0.051 0.014 0.056 0.024 0.363 0.133 0.359 41 P 0.096 0.017 0.089 0.046 0.198 0.114 0.440 42 K 0.216 0.045 0.128 0.076 0.107 0.212 0.215 43 F 0.260 0.040 0.115 0.101 0.095 0.171 0.218 44 R 0.251 0.028 0.074 0.074 0.112 0.180 0.280 45 N 0.163 0.017 0.068 0.057 0.225 0.318 0.152 46 E 0.054 0.005 0.034 0.017 0.268 0.533 0.089 47 D 0.097 0.004 0.014 0.003 0.300 0.293 0.289 48 Y 0.539 0.005 0.002 0.002 0.112 0.019 0.321 49 T 0.920 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.062 50 I 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 51 H 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 52 V 0.920 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.069 53 Q 0.782 0.008 0.002 0.002 0.023 0.011 0.173 54 L 0.360 0.012 0.063 0.019 0.096 0.272 0.177 55 N 0.125 0.011 0.114 0.017 0.314 0.319 0.101 56 D 0.240 0.011 0.123 0.028 0.209 0.132 0.258 57 Y 0.428 0.014 0.047 0.029 0.101 0.154 0.226 58 V 0.576 0.038 0.022 0.027 0.091 0.059 0.187 59 D 0.646 0.012 0.011 0.011 0.097 0.026 0.198 60 I 0.661 0.016 0.007 0.010 0.053 0.015 0.238 61 I 0.687 0.030 0.006 0.006 0.039 0.006 0.226 62 C 0.492 0.016 0.009 0.009 0.054 0.014 0.407 63 P 0.328 0.031 0.021 0.012 0.126 0.062 0.419 64 H 0.161 0.029 0.032 0.019 0.173 0.126 0.462 65 Y 0.053 0.037 0.030 0.021 0.271 0.128 0.460 66 E 0.040 0.028 0.034 0.020 0.221 0.150 0.507 67 D 0.031 0.017 0.052 0.013 0.211 0.389 0.287 68 H 0.031 0.027 0.046 0.011 0.247 0.333 0.305 69 S 0.030 0.031 0.028 0.008 0.413 0.104 0.385 70 V 0.032 0.029 0.021 0.013 0.286 0.073 0.546 71 A 0.022 0.021 0.030 0.018 0.226 0.158 0.526 72 D 0.016 0.010 0.057 0.021 0.238 0.257 0.402 73 A 0.025 0.008 0.054 0.026 0.316 0.190 0.381 74 A 0.092 0.030 0.069 0.046 0.228 0.105 0.431 75 M 0.287 0.015 0.047 0.035 0.147 0.055 0.413 76 E 0.584 0.028 0.022 0.015 0.080 0.010 0.260 77 Q 0.841 0.012 0.011 0.006 0.019 0.003 0.109 78 Y 0.940 0.002 0.003 0.003 0.007 0.002 0.043 79 I 0.973 0.001 0.002 0.003 0.007 0.001 0.013 80 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 81 Y 0.983 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 82 L 0.946 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.038 83 V 0.627 0.013 0.001 0.001 0.069 0.003 0.287 84 E 0.232 0.010 0.001 0.001 0.057 0.002 0.697 85 H 0.017 0.002 0.080 0.656 0.068 0.135 0.043 86 E 0.007 0.002 0.119 0.624 0.071 0.156 0.022 87 E 0.009 0.002 0.165 0.638 0.043 0.114 0.030 88 Y 0.022 0.005 0.066 0.743 0.035 0.053 0.076 89 Q 0.070 0.009 0.053 0.549 0.051 0.205 0.063 90 L 0.061 0.008 0.042 0.383 0.045 0.409 0.051 91 C 0.101 0.012 0.020 0.172 0.238 0.107 0.350 92 Q 0.161 0.030 0.019 0.066 0.160 0.075 0.490 93 P 0.199 0.028 0.039 0.071 0.131 0.118 0.414 94 Q 0.073 0.017 0.055 0.051 0.204 0.237 0.362 95 S 0.061 0.010 0.068 0.038 0.262 0.190 0.370 96 K 0.074 0.010 0.060 0.028 0.281 0.311 0.236 97 D 0.098 0.006 0.029 0.009 0.215 0.408 0.234 98 Q 0.460 0.014 0.010 0.004 0.118 0.025 0.370 99 V 0.640 0.030 0.003 0.002 0.033 0.004 0.288 100 R 0.853 0.008 0.005 0.001 0.023 0.004 0.106 101 W 0.908 0.011 0.004 0.002 0.010 0.004 0.062 102 Q 0.858 0.020 0.003 0.002 0.014 0.004 0.099 103 C 0.541 0.013 0.005 0.003 0.048 0.012 0.380 104 N 0.179 0.027 0.010 0.003 0.215 0.046 0.520 105 R 0.049 0.020 0.009 0.002 0.297 0.050 0.574 106 P 0.017 0.011 0.027 0.003 0.228 0.347 0.367 107 S 0.010 0.031 0.039 0.004 0.351 0.276 0.290 108 A 0.007 0.013 0.025 0.002 0.516 0.050 0.387 109 K 0.014 0.011 0.057 0.007 0.224 0.445 0.242 110 H 0.050 0.037 0.062 0.007 0.227 0.320 0.298 111 G 0.080 0.054 0.035 0.009 0.212 0.050 0.561 112 P 0.199 0.042 0.045 0.032 0.167 0.131 0.385 113 E 0.275 0.019 0.047 0.044 0.139 0.103 0.372 114 K 0.501 0.030 0.041 0.059 0.051 0.045 0.273 115 L 0.662 0.026 0.033 0.056 0.022 0.031 0.169 116 S 0.706 0.010 0.037 0.039 0.038 0.030 0.139 117 E 0.699 0.008 0.049 0.048 0.054 0.026 0.115 118 K 0.715 0.026 0.034 0.034 0.036 0.023 0.132 119 F 0.684 0.013 0.019 0.027 0.032 0.018 0.208 120 Q 0.699 0.009 0.025 0.026 0.066 0.027 0.149 121 R 0.650 0.010 0.026 0.026 0.103 0.041 0.144 122 F 0.595 0.022 0.015 0.023 0.080 0.027 0.238 123 T 0.257 0.042 0.007 0.010 0.103 0.015 0.567 124 P 0.100 0.022 0.072 0.050 0.200 0.154 0.402 125 F 0.038 0.017 0.091 0.029 0.201 0.208 0.416 126 T 0.026 0.012 0.193 0.028 0.215 0.307 0.220 127 L 0.028 0.012 0.144 0.043 0.115 0.424 0.234 128 G 0.074 0.019 0.209 0.047 0.153 0.264 0.235 129 K 0.220 0.019 0.112 0.057 0.159 0.143 0.290 130 E 0.380 0.049 0.066 0.067 0.105 0.096 0.237 131 F 0.393 0.105 0.030 0.045 0.092 0.044 0.290 132 K 0.164 0.024 0.027 0.009 0.088 0.047 0.640 133 E 0.009 0.004 0.028 0.004 0.084 0.845 0.027 134 G 0.006 0.002 0.019 0.001 0.054 0.898 0.021 135 H 0.154 0.016 0.015 0.001 0.196 0.089 0.530 136 S 0.540 0.009 0.003 0.001 0.108 0.032 0.308 137 Y 0.947 0.004 0.001 0.001 0.009 0.002 0.038 138 Y 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 139 Y 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 140 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 141 S 0.791 0.006 0.001 0.001 0.024 0.002 0.177 142 K 0.371 0.016 0.003 0.001 0.131 0.022 0.455 143 P 0.094 0.029 0.013 0.003 0.299 0.102 0.461 144 I 0.032 0.021 0.021 0.009 0.381 0.150 0.386 145 H 0.013 0.012 0.062 0.027 0.311 0.250 0.325 146 Q 0.010 0.020 0.066 0.042 0.297 0.192 0.373 147 H 0.011 0.018 0.095 0.092 0.283 0.244 0.256 148 E 0.015 0.007 0.085 0.101 0.154 0.476 0.163 149 D 0.028 0.019 0.088 0.130 0.196 0.311 0.228 150 R 0.081 0.031 0.076 0.181 0.180 0.094 0.357 151 C 0.153 0.029 0.129 0.238 0.074 0.163 0.214 152 L 0.161 0.025 0.155 0.168 0.106 0.211 0.174 153 R 0.185 0.029 0.114 0.118 0.130 0.232 0.192 154 L 0.097 0.010 0.043 0.059 0.133 0.526 0.133 155 K 0.105 0.003 0.012 0.007 0.178 0.559 0.135 156 V 0.457 0.007 0.003 0.003 0.143 0.028 0.358 157 T 0.831 0.040 0.001 0.001 0.008 0.002 0.118 158 V 0.870 0.012 0.001 0.001 0.008 0.002 0.106 159 S 0.764 0.025 0.002 0.001 0.041 0.011 0.157 160 G 0.360 0.012 0.007 0.002 0.090 0.028 0.501 161 K 0.045 0.003 0.034 0.004 0.183 0.658 0.073 162 I 0.048 0.007 0.039 0.007 0.167 0.661 0.072 163 T 0.232 0.013 0.024 0.008 0.270 0.136 0.318 164 H 0.408 0.016 0.007 0.005 0.099 0.051 0.415 165 S 0.735 0.033 0.006 0.003 0.043 0.010 0.170 166 P 0.829 0.011 0.004 0.002 0.024 0.007 0.124 167 Q 0.818 0.008 0.008 0.003 0.023 0.007 0.133 168 A 0.784 0.028 0.008 0.008 0.021 0.007 0.144 169 H 0.572 0.028 0.010 0.012 0.058 0.014 0.306 170 V 0.324 0.014 0.009 0.008 0.180 0.040 0.425 171 N 0.109 0.041 0.009 0.007 0.226 0.041 0.566 172 P 0.032 0.022 0.015 0.006 0.162 0.060 0.703 173 Q 0.012 0.005 0.063 0.017 0.180 0.404 0.319 174 E 0.007 0.014 0.114 0.022 0.224 0.352 0.268 175 K 0.008 0.013 0.065 0.023 0.402 0.114 0.375 176 R 0.018 0.034 0.051 0.031 0.206 0.074 0.586 177 L 0.022 0.081 0.030 0.035 0.134 0.033 0.665 178 A 0.015 0.023 0.092 0.059 0.091 0.151 0.569 179 A 0.014 0.010 0.081 0.055 0.131 0.364 0.344 180 D 0.011 0.031 0.060 0.055 0.293 0.216 0.333 181 D 0.009 0.034 0.010 0.036 0.053 0.041 0.816 182 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.993