# TARGET T0389 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 510 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.900 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 0.003 0.032 0.012 0.007 0.013 2 I 0.001 0.026 0.853 0.001 0.005 0.045 0.001 0.001 0.010 0.021 0.014 0.002 0.020 3 G 0.001 0.014 0.579 0.003 0.010 0.119 0.001 0.001 0.015 0.198 0.023 0.027 0.011 4 T 0.001 0.004 0.290 0.006 0.037 0.404 0.001 0.001 0.014 0.137 0.078 0.004 0.025 5 Q 0.004 0.010 0.232 0.006 0.028 0.551 0.002 0.001 0.019 0.058 0.052 0.016 0.019 6 I 0.004 0.015 0.179 0.001 0.013 0.633 0.003 0.002 0.031 0.043 0.024 0.022 0.030 7 V 0.001 0.007 0.197 0.001 0.005 0.695 0.001 0.001 0.020 0.036 0.013 0.004 0.020 8 T 0.001 0.001 0.017 0.001 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.923 0.001 0.001 0.001 0.006 0.052 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.021 0.001 0.016 0.889 0.001 0.001 0.001 0.009 0.061 0.001 0.002 15 L 0.001 0.001 0.039 0.001 0.029 0.823 0.001 0.001 0.001 0.022 0.078 0.003 0.002 16 E 0.001 0.001 0.044 0.001 0.026 0.769 0.001 0.001 0.001 0.026 0.129 0.001 0.003 17 S 0.001 0.003 0.088 0.001 0.022 0.514 0.001 0.001 0.001 0.080 0.288 0.002 0.002 18 G 0.001 0.005 0.272 0.002 0.031 0.138 0.001 0.001 0.001 0.148 0.397 0.002 0.005 19 T 0.001 0.009 0.454 0.003 0.036 0.024 0.001 0.001 0.001 0.235 0.228 0.005 0.005 20 E 0.001 0.002 0.298 0.004 0.031 0.005 0.001 0.001 0.003 0.380 0.270 0.003 0.004 21 K 0.002 0.005 0.367 0.005 0.014 0.003 0.007 0.005 0.085 0.326 0.158 0.008 0.016 22 V 0.020 0.005 0.134 0.005 0.001 0.001 0.108 0.156 0.482 0.026 0.003 0.015 0.042 23 L 0.016 0.001 0.016 0.007 0.001 0.001 0.170 0.485 0.284 0.002 0.001 0.010 0.008 24 L 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.180 0.685 0.111 0.001 0.001 0.002 0.006 25 I 0.015 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.186 0.602 0.154 0.001 0.001 0.012 0.007 26 D 0.011 0.002 0.120 0.004 0.001 0.001 0.101 0.209 0.477 0.015 0.003 0.019 0.037 27 S 0.006 0.011 0.349 0.040 0.003 0.006 0.030 0.014 0.266 0.143 0.033 0.010 0.089 28 R 0.001 0.016 0.510 0.006 0.004 0.012 0.002 0.001 0.059 0.325 0.014 0.038 0.012 29 P 0.001 0.027 0.684 0.001 0.007 0.030 0.001 0.001 0.036 0.169 0.009 0.004 0.032 30 F 0.001 0.011 0.211 0.001 0.217 0.385 0.001 0.001 0.005 0.084 0.074 0.001 0.010 31 V 0.001 0.004 0.048 0.001 0.344 0.472 0.001 0.001 0.004 0.036 0.088 0.001 0.002 32 E 0.001 0.003 0.034 0.001 0.323 0.547 0.001 0.001 0.002 0.024 0.061 0.001 0.003 33 Y 0.001 0.008 0.051 0.001 0.187 0.607 0.001 0.001 0.002 0.042 0.097 0.002 0.004 34 N 0.002 0.011 0.071 0.001 0.091 0.549 0.001 0.001 0.003 0.064 0.198 0.004 0.005 35 T 0.002 0.003 0.069 0.002 0.063 0.324 0.001 0.001 0.001 0.098 0.430 0.002 0.005 36 S 0.004 0.007 0.197 0.001 0.050 0.178 0.001 0.001 0.003 0.196 0.347 0.007 0.008 37 H 0.004 0.106 0.386 0.001 0.059 0.100 0.002 0.003 0.009 0.171 0.110 0.008 0.043 38 I 0.001 0.024 0.472 0.001 0.065 0.112 0.001 0.002 0.008 0.224 0.055 0.015 0.019 39 L 0.001 0.003 0.062 0.004 0.128 0.203 0.001 0.001 0.002 0.109 0.485 0.001 0.003 40 E 0.001 0.004 0.078 0.004 0.126 0.107 0.001 0.001 0.005 0.094 0.575 0.001 0.003 41 A 0.004 0.019 0.361 0.004 0.138 0.088 0.003 0.003 0.046 0.196 0.104 0.007 0.028 42 I 0.015 0.052 0.238 0.003 0.056 0.051 0.021 0.015 0.247 0.092 0.129 0.036 0.045 43 N 0.023 0.060 0.216 0.010 0.038 0.031 0.024 0.015 0.225 0.111 0.126 0.016 0.103 44 I 0.003 0.022 0.565 0.001 0.003 0.011 0.003 0.002 0.100 0.148 0.009 0.117 0.018 45 N 0.001 0.021 0.731 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.047 0.060 0.012 0.001 0.115 46 C 0.001 0.003 0.159 0.001 0.037 0.616 0.001 0.001 0.002 0.065 0.114 0.001 0.001 47 S 0.001 0.001 0.015 0.001 0.034 0.862 0.001 0.001 0.001 0.016 0.072 0.001 0.001 48 K 0.001 0.001 0.016 0.001 0.044 0.897 0.001 0.001 0.001 0.008 0.033 0.001 0.001 49 L 0.001 0.001 0.024 0.001 0.020 0.928 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 50 M 0.001 0.004 0.023 0.001 0.017 0.913 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.001 0.001 51 K 0.001 0.002 0.020 0.001 0.016 0.869 0.001 0.001 0.001 0.016 0.072 0.001 0.002 52 R 0.001 0.002 0.048 0.001 0.018 0.835 0.001 0.001 0.001 0.023 0.067 0.002 0.002 53 R 0.002 0.005 0.086 0.001 0.038 0.720 0.001 0.001 0.001 0.045 0.092 0.003 0.007 54 L 0.002 0.004 0.135 0.001 0.058 0.568 0.001 0.001 0.001 0.062 0.158 0.005 0.005 55 Q 0.001 0.006 0.140 0.001 0.054 0.506 0.001 0.001 0.002 0.075 0.206 0.003 0.006 56 Q 0.002 0.006 0.246 0.001 0.034 0.367 0.001 0.001 0.001 0.163 0.167 0.006 0.006 57 D 0.002 0.009 0.363 0.001 0.038 0.277 0.001 0.001 0.002 0.130 0.164 0.005 0.009 58 K 0.003 0.008 0.243 0.002 0.067 0.376 0.001 0.001 0.004 0.106 0.171 0.004 0.013 59 V 0.005 0.010 0.257 0.003 0.061 0.425 0.001 0.004 0.008 0.104 0.091 0.016 0.014 60 L 0.006 0.019 0.234 0.003 0.062 0.471 0.001 0.004 0.015 0.070 0.074 0.014 0.025 61 I 0.011 0.011 0.174 0.005 0.073 0.525 0.003 0.007 0.019 0.052 0.079 0.010 0.033 62 T 0.020 0.010 0.140 0.011 0.081 0.506 0.005 0.012 0.028 0.053 0.089 0.024 0.020 63 E 0.033 0.013 0.133 0.005 0.071 0.453 0.008 0.010 0.040 0.069 0.086 0.028 0.050 64 L 0.032 0.018 0.182 0.003 0.051 0.401 0.008 0.007 0.033 0.082 0.105 0.032 0.046 65 I 0.020 0.021 0.334 0.002 0.028 0.260 0.004 0.003 0.024 0.119 0.098 0.040 0.046 66 Q 0.005 0.011 0.518 0.002 0.028 0.209 0.001 0.001 0.009 0.075 0.094 0.010 0.036 67 H 0.003 0.007 0.246 0.002 0.050 0.398 0.001 0.001 0.003 0.115 0.160 0.008 0.008 68 S 0.002 0.006 0.152 0.001 0.077 0.456 0.001 0.001 0.001 0.108 0.187 0.004 0.006 69 A 0.003 0.005 0.121 0.001 0.096 0.554 0.001 0.001 0.001 0.073 0.134 0.004 0.007 70 K 0.005 0.006 0.130 0.001 0.119 0.560 0.001 0.001 0.002 0.047 0.115 0.005 0.008 71 H 0.006 0.010 0.134 0.002 0.128 0.512 0.001 0.001 0.003 0.057 0.128 0.006 0.013 72 K 0.005 0.006 0.120 0.001 0.119 0.536 0.001 0.001 0.002 0.058 0.133 0.008 0.010 73 V 0.002 0.006 0.129 0.001 0.103 0.500 0.001 0.001 0.002 0.075 0.164 0.007 0.009 74 D 0.002 0.007 0.257 0.001 0.080 0.343 0.001 0.001 0.004 0.103 0.181 0.013 0.008 75 I 0.002 0.016 0.299 0.002 0.068 0.222 0.002 0.001 0.003 0.152 0.209 0.007 0.016 76 D 0.001 0.014 0.437 0.004 0.053 0.089 0.001 0.001 0.004 0.156 0.220 0.009 0.013 77 C 0.001 0.011 0.298 0.011 0.055 0.024 0.001 0.001 0.003 0.236 0.348 0.005 0.007 78 S 0.001 0.007 0.502 0.007 0.017 0.004 0.001 0.002 0.011 0.282 0.156 0.003 0.008 79 Q 0.001 0.003 0.525 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.026 0.390 0.026 0.011 0.006 80 K 0.008 0.010 0.336 0.005 0.001 0.001 0.023 0.053 0.455 0.050 0.004 0.006 0.049 81 V 0.028 0.003 0.029 0.005 0.001 0.001 0.117 0.511 0.271 0.004 0.001 0.019 0.013 82 V 0.046 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.185 0.644 0.095 0.001 0.001 0.005 0.013 83 V 0.061 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.156 0.684 0.067 0.001 0.001 0.016 0.007 84 Y 0.112 0.004 0.049 0.002 0.001 0.001 0.193 0.399 0.181 0.003 0.001 0.010 0.046 85 D 0.026 0.005 0.438 0.005 0.001 0.002 0.024 0.028 0.309 0.047 0.010 0.038 0.066 86 Q 0.006 0.003 0.191 0.004 0.012 0.012 0.001 0.001 0.016 0.306 0.419 0.007 0.022 87 S 0.001 0.008 0.089 0.003 0.022 0.016 0.001 0.001 0.002 0.255 0.596 0.003 0.005 88 S 0.001 0.009 0.262 0.001 0.046 0.042 0.001 0.001 0.003 0.298 0.317 0.009 0.011 89 Q 0.002 0.020 0.412 0.001 0.041 0.084 0.001 0.001 0.003 0.254 0.156 0.006 0.022 90 D 0.004 0.074 0.339 0.002 0.069 0.155 0.001 0.001 0.003 0.171 0.122 0.018 0.042 91 V 0.004 0.022 0.286 0.004 0.090 0.284 0.001 0.001 0.002 0.153 0.118 0.007 0.029 92 A 0.003 0.009 0.237 0.003 0.091 0.378 0.001 0.001 0.001 0.126 0.128 0.017 0.007 93 S 0.003 0.008 0.164 0.001 0.131 0.438 0.001 0.001 0.001 0.091 0.147 0.003 0.013 94 L 0.003 0.010 0.155 0.001 0.095 0.515 0.001 0.001 0.001 0.080 0.131 0.005 0.005 95 S 0.001 0.005 0.147 0.001 0.062 0.631 0.001 0.001 0.001 0.059 0.088 0.002 0.004 96 S 0.001 0.001 0.052 0.001 0.042 0.784 0.001 0.001 0.001 0.028 0.090 0.001 0.001 97 D 0.001 0.001 0.034 0.001 0.025 0.838 0.001 0.001 0.001 0.026 0.075 0.001 0.001 98 C 0.001 0.002 0.037 0.001 0.013 0.889 0.001 0.001 0.001 0.017 0.039 0.001 0.001 99 F 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 105 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 106 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.016 0.001 0.018 0.890 0.001 0.001 0.001 0.009 0.064 0.001 0.001 108 E 0.001 0.001 0.028 0.001 0.034 0.739 0.001 0.001 0.001 0.019 0.175 0.001 0.002 109 K 0.001 0.001 0.066 0.001 0.029 0.343 0.001 0.001 0.001 0.089 0.467 0.001 0.001 110 S 0.001 0.002 0.223 0.001 0.019 0.058 0.001 0.001 0.003 0.184 0.506 0.001 0.002 111 F 0.001 0.011 0.708 0.002 0.013 0.025 0.001 0.001 0.011 0.158 0.059 0.004 0.008 112 N 0.001 0.009 0.521 0.013 0.015 0.032 0.002 0.005 0.040 0.247 0.086 0.016 0.013 113 S 0.003 0.008 0.371 0.023 0.018 0.026 0.009 0.037 0.161 0.185 0.109 0.018 0.031 114 V 0.011 0.010 0.120 0.003 0.004 0.018 0.074 0.355 0.337 0.012 0.004 0.010 0.043 115 H 0.012 0.005 0.038 0.006 0.002 0.013 0.102 0.496 0.290 0.006 0.002 0.017 0.010 116 L 0.010 0.006 0.028 0.002 0.003 0.011 0.138 0.342 0.426 0.006 0.004 0.006 0.019 117 L 0.013 0.010 0.124 0.009 0.014 0.023 0.102 0.202 0.420 0.015 0.036 0.009 0.023 118 A 0.012 0.012 0.255 0.011 0.033 0.056 0.026 0.032 0.155 0.175 0.187 0.026 0.021 119 G 0.002 0.025 0.334 0.002 0.022 0.068 0.002 0.001 0.043 0.318 0.146 0.012 0.024 120 G 0.001 0.036 0.416 0.001 0.014 0.206 0.001 0.001 0.010 0.196 0.086 0.002 0.031 121 F 0.001 0.002 0.045 0.001 0.016 0.876 0.001 0.001 0.001 0.029 0.031 0.001 0.001 122 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.957 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 123 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 124 F 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 0.959 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 125 S 0.001 0.002 0.008 0.001 0.034 0.922 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.001 0.001 126 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.031 0.795 0.001 0.001 0.001 0.014 0.146 0.001 0.001 127 C 0.001 0.002 0.031 0.001 0.030 0.634 0.001 0.001 0.001 0.033 0.267 0.001 0.002 128 F 0.001 0.012 0.340 0.001 0.031 0.275 0.001 0.001 0.001 0.258 0.074 0.004 0.004 129 P 0.001 0.004 0.280 0.002 0.203 0.150 0.001 0.001 0.001 0.135 0.221 0.001 0.004 130 G 0.001 0.002 0.043 0.002 0.453 0.092 0.001 0.001 0.001 0.072 0.332 0.001 0.002 131 L 0.001 0.008 0.076 0.002 0.478 0.079 0.001 0.001 0.006 0.062 0.266 0.010 0.011 132 C 0.010 0.046 0.445 0.003 0.125 0.080 0.004 0.001 0.036 0.086 0.086 0.012 0.066 133 E 0.008 0.034 0.330 0.012 0.038 0.077 0.003 0.002 0.039 0.232 0.117 0.060 0.046 134 G 0.002 0.020 0.337 0.006 0.035 0.056 0.001 0.001 0.020 0.283 0.188 0.013 0.038 135 K 0.001 0.015 0.474 0.009 0.034 0.041 0.001 0.001 0.012 0.222 0.155 0.017 0.019 136 S 0.002 0.025 0.563 0.007 0.037 0.043 0.001 0.001 0.015 0.147 0.103 0.015 0.042 137 T 0.003 0.032 0.584 0.007 0.037 0.035 0.001 0.001 0.016 0.142 0.061 0.038 0.044 138 L 0.004 0.034 0.550 0.009 0.043 0.039 0.001 0.001 0.012 0.170 0.065 0.017 0.056 139 V 0.004 0.021 0.566 0.006 0.043 0.049 0.001 0.001 0.007 0.146 0.069 0.042 0.045 140 P 0.003 0.029 0.604 0.005 0.042 0.041 0.001 0.001 0.005 0.125 0.078 0.015 0.053 141 T 0.003 0.047 0.562 0.003 0.044 0.042 0.001 0.001 0.006 0.160 0.078 0.029 0.027 142 C 0.002 0.028 0.546 0.004 0.069 0.046 0.001 0.001 0.003 0.172 0.088 0.009 0.033 143 I 0.001 0.018 0.323 0.004 0.114 0.074 0.001 0.001 0.002 0.206 0.228 0.012 0.016 144 S 0.001 0.037 0.386 0.003 0.080 0.064 0.001 0.001 0.003 0.213 0.182 0.008 0.021 145 Q 0.001 0.038 0.538 0.002 0.038 0.049 0.001 0.001 0.004 0.248 0.059 0.010 0.014 146 P 0.001 0.036 0.666 0.001 0.032 0.048 0.001 0.001 0.005 0.131 0.066 0.003 0.012 147 A 0.001 0.020 0.201 0.002 0.097 0.124 0.001 0.001 0.002 0.181 0.362 0.004 0.007 148 H 0.001 0.014 0.204 0.001 0.121 0.092 0.001 0.001 0.003 0.167 0.382 0.006 0.009 149 H 0.003 0.026 0.382 0.002 0.078 0.093 0.001 0.001 0.004 0.246 0.135 0.010 0.020 150 H 0.005 0.058 0.386 0.002 0.041 0.106 0.001 0.001 0.007 0.208 0.123 0.023 0.039 151 H 0.004 0.048 0.398 0.001 0.031 0.085 0.001 0.001 0.005 0.212 0.155 0.023 0.035 152 H 0.001 0.031 0.646 0.001 0.020 0.066 0.001 0.001 0.005 0.063 0.137 0.006 0.023 153 H 0.001 0.004 0.924 0.001 0.006 0.025 0.001 0.001 0.001 0.020 0.014 0.001 0.004