# TARGET T0389 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0389.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 510 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 I 0.038 0.093 0.003 0.043 0.004 0.012 0.807 3 G 0.015 0.007 0.004 0.055 0.111 0.027 0.781 4 T 0.009 0.002 0.041 0.523 0.094 0.207 0.124 5 Q 0.017 0.006 0.048 0.603 0.077 0.133 0.116 6 I 0.033 0.013 0.035 0.691 0.059 0.035 0.133 7 V 0.034 0.007 0.015 0.708 0.035 0.020 0.181 8 T 0.009 0.002 0.012 0.906 0.017 0.021 0.033 9 E 0.005 0.001 0.007 0.935 0.013 0.020 0.019 10 R 0.003 0.001 0.004 0.952 0.008 0.015 0.017 11 L 0.004 0.001 0.002 0.949 0.009 0.016 0.019 12 V 0.005 0.001 0.003 0.940 0.011 0.026 0.015 13 A 0.005 0.001 0.004 0.936 0.011 0.020 0.022 14 L 0.004 0.001 0.010 0.931 0.010 0.025 0.019 15 L 0.007 0.002 0.019 0.890 0.011 0.052 0.020 16 E 0.006 0.001 0.029 0.798 0.018 0.118 0.029 17 S 0.005 0.001 0.026 0.523 0.048 0.345 0.051 18 G 0.007 0.004 0.034 0.158 0.125 0.471 0.201 19 T 0.020 0.007 0.057 0.031 0.153 0.231 0.501 20 E 0.027 0.005 0.057 0.008 0.318 0.417 0.169 21 K 0.091 0.002 0.027 0.002 0.393 0.271 0.213 22 V 0.660 0.007 0.002 0.001 0.026 0.006 0.298 23 L 0.975 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 24 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 25 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 26 D 0.909 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.081 27 S 0.458 0.007 0.005 0.001 0.069 0.023 0.438 28 R 0.169 0.028 0.002 0.003 0.329 0.015 0.453 29 P 0.029 0.006 0.005 0.013 0.147 0.015 0.785 30 F 0.003 0.002 0.098 0.722 0.062 0.060 0.053 31 V 0.004 0.002 0.085 0.770 0.042 0.068 0.029 32 E 0.006 0.001 0.081 0.782 0.042 0.046 0.043 33 Y 0.008 0.004 0.039 0.814 0.041 0.048 0.046 34 N 0.015 0.006 0.049 0.650 0.042 0.174 0.065 35 T 0.009 0.003 0.049 0.420 0.038 0.430 0.050 36 S 0.014 0.005 0.026 0.201 0.071 0.583 0.101 37 H 0.036 0.041 0.032 0.100 0.129 0.257 0.405 38 I 0.041 0.028 0.048 0.034 0.109 0.038 0.702 39 L 0.032 0.011 0.158 0.038 0.148 0.457 0.155 40 E 0.039 0.005 0.137 0.025 0.134 0.536 0.124 41 A 0.267 0.036 0.044 0.029 0.055 0.046 0.522 42 I 0.584 0.023 0.025 0.034 0.071 0.055 0.207 43 N 0.577 0.015 0.012 0.025 0.086 0.050 0.235 44 I 0.323 0.027 0.008 0.028 0.106 0.018 0.490 45 N 0.097 0.025 0.002 0.022 0.051 0.011 0.792 46 C 0.009 0.003 0.060 0.494 0.052 0.107 0.274 47 S 0.003 0.001 0.096 0.635 0.057 0.157 0.051 48 K 0.003 0.001 0.137 0.691 0.038 0.087 0.043 49 L 0.004 0.005 0.059 0.812 0.027 0.039 0.053 50 M 0.010 0.006 0.035 0.780 0.031 0.078 0.061 51 K 0.013 0.004 0.039 0.717 0.031 0.133 0.063 52 R 0.011 0.005 0.040 0.676 0.059 0.109 0.099 53 R 0.015 0.009 0.060 0.626 0.062 0.108 0.121 54 L 0.014 0.004 0.063 0.546 0.068 0.171 0.133 55 Q 0.008 0.006 0.054 0.470 0.083 0.215 0.165 56 Q 0.008 0.007 0.039 0.335 0.146 0.145 0.319 57 D 0.010 0.006 0.043 0.279 0.113 0.163 0.386 58 K 0.015 0.005 0.067 0.417 0.095 0.205 0.196 59 V 0.029 0.008 0.077 0.442 0.100 0.123 0.222 60 L 0.049 0.011 0.070 0.495 0.089 0.079 0.206 61 I 0.078 0.010 0.075 0.584 0.048 0.068 0.137 62 T 0.117 0.009 0.093 0.549 0.041 0.078 0.114 63 E 0.168 0.010 0.081 0.501 0.046 0.084 0.109 64 L 0.186 0.015 0.051 0.443 0.072 0.074 0.158 65 I 0.137 0.018 0.028 0.414 0.099 0.066 0.238 66 Q 0.060 0.009 0.021 0.351 0.085 0.064 0.409 67 H 0.018 0.005 0.043 0.546 0.073 0.118 0.196 68 S 0.012 0.003 0.060 0.599 0.071 0.151 0.104 69 A 0.016 0.004 0.076 0.583 0.069 0.131 0.121 70 K 0.030 0.007 0.074 0.562 0.080 0.124 0.123 71 H 0.054 0.008 0.088 0.479 0.083 0.147 0.141 72 K 0.073 0.014 0.092 0.442 0.081 0.136 0.162 73 V 0.081 0.015 0.086 0.385 0.084 0.156 0.193 74 D 0.081 0.014 0.097 0.240 0.095 0.235 0.238 75 I 0.054 0.019 0.103 0.139 0.159 0.188 0.338 76 D 0.041 0.015 0.121 0.085 0.152 0.193 0.394 77 C 0.035 0.010 0.094 0.047 0.181 0.451 0.181 78 S 0.062 0.008 0.049 0.015 0.236 0.370 0.259 79 Q 0.200 0.007 0.007 0.003 0.307 0.026 0.450 80 K 0.554 0.008 0.001 0.001 0.077 0.006 0.353 81 V 0.933 0.004 0.001 0.001 0.008 0.002 0.052 82 V 0.976 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 83 V 0.957 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 84 Y 0.851 0.010 0.001 0.001 0.016 0.003 0.119 85 D 0.361 0.011 0.003 0.003 0.078 0.030 0.513 86 Q 0.062 0.006 0.027 0.014 0.265 0.447 0.179 87 S 0.027 0.010 0.038 0.032 0.344 0.401 0.148 88 S 0.027 0.012 0.048 0.069 0.364 0.217 0.264 89 Q 0.043 0.022 0.045 0.141 0.256 0.148 0.346 90 D 0.072 0.051 0.076 0.202 0.158 0.156 0.284 91 V 0.045 0.017 0.102 0.285 0.125 0.153 0.273 92 A 0.031 0.008 0.111 0.315 0.135 0.163 0.237 93 S 0.018 0.008 0.146 0.414 0.096 0.150 0.168 94 L 0.012 0.010 0.127 0.431 0.103 0.111 0.205 95 S 0.007 0.004 0.074 0.531 0.076 0.087 0.221 96 S 0.004 0.002 0.047 0.680 0.054 0.118 0.094 97 D 0.003 0.002 0.029 0.754 0.048 0.099 0.065 98 C 0.003 0.003 0.013 0.827 0.037 0.043 0.075 99 F 0.002 0.001 0.005 0.940 0.010 0.020 0.022 100 L 0.003 0.001 0.003 0.956 0.007 0.018 0.012 101 T 0.003 0.001 0.003 0.963 0.005 0.016 0.009 102 V 0.002 0.001 0.001 0.973 0.005 0.008 0.010 103 L 0.002 0.001 0.002 0.977 0.004 0.009 0.006 104 L 0.002 0.001 0.002 0.970 0.004 0.015 0.006 105 G 0.002 0.001 0.003 0.969 0.005 0.014 0.008 106 K 0.002 0.001 0.005 0.961 0.006 0.018 0.008 107 L 0.002 0.001 0.009 0.924 0.009 0.045 0.010 108 E 0.002 0.002 0.021 0.812 0.018 0.127 0.018 109 K 0.002 0.001 0.014 0.351 0.078 0.516 0.038 110 S 0.004 0.002 0.007 0.049 0.081 0.752 0.105 111 F 0.033 0.009 0.006 0.010 0.136 0.051 0.755 112 N 0.111 0.016 0.018 0.012 0.215 0.091 0.536 113 S 0.296 0.016 0.038 0.017 0.235 0.098 0.300 114 V 0.753 0.017 0.015 0.011 0.023 0.012 0.168 115 H 0.922 0.004 0.003 0.008 0.010 0.004 0.048 116 L 0.936 0.006 0.003 0.008 0.008 0.005 0.033 117 L 0.855 0.009 0.006 0.015 0.012 0.021 0.081 118 A 0.478 0.008 0.017 0.059 0.108 0.158 0.173 119 G 0.093 0.014 0.026 0.098 0.311 0.241 0.217 120 G 0.030 0.014 0.023 0.245 0.267 0.110 0.311 121 F 0.003 0.002 0.027 0.902 0.020 0.024 0.022 122 A 0.001 0.001 0.017 0.956 0.005 0.015 0.005 123 E 0.001 0.001 0.019 0.957 0.002 0.019 0.002 124 F 0.001 0.001 0.015 0.962 0.003 0.017 0.003 125 S 0.001 0.001 0.021 0.955 0.003 0.017 0.003 126 R 0.001 0.001 0.024 0.896 0.004 0.070 0.004 127 C 0.001 0.001 0.026 0.793 0.020 0.141 0.018 128 F 0.005 0.013 0.037 0.237 0.192 0.088 0.427 129 P 0.003 0.003 0.219 0.207 0.041 0.433 0.094 130 G 0.004 0.002 0.283 0.139 0.044 0.464 0.064 131 L 0.019 0.014 0.337 0.177 0.089 0.202 0.161 132 C 0.078 0.039 0.075 0.162 0.202 0.125 0.319 133 E 0.093 0.025 0.035 0.069 0.238 0.122 0.418 134 G 0.069 0.021 0.021 0.034 0.282 0.129 0.443 135 K 0.067 0.018 0.020 0.030 0.221 0.104 0.540 136 S 0.095 0.044 0.023 0.025 0.184 0.073 0.555 137 T 0.091 0.044 0.035 0.035 0.171 0.065 0.561 138 L 0.069 0.041 0.033 0.033 0.146 0.075 0.603 139 V 0.064 0.033 0.049 0.048 0.192 0.137 0.477 140 P 0.052 0.024 0.047 0.037 0.171 0.152 0.516 141 T 0.042 0.039 0.061 0.036 0.191 0.125 0.506 142 C 0.042 0.031 0.079 0.039 0.172 0.141 0.495 143 I 0.044 0.018 0.077 0.036 0.168 0.220 0.436 144 S 0.040 0.034 0.055 0.028 0.190 0.152 0.500 145 Q 0.022 0.028 0.026 0.025 0.268 0.056 0.574 146 P 0.025 0.037 0.032 0.034 0.124 0.112 0.636 147 A 0.028 0.016 0.059 0.044 0.211 0.236 0.406 148 H 0.048 0.022 0.062 0.043 0.253 0.218 0.354 149 H 0.073 0.046 0.056 0.047 0.181 0.084 0.514 150 H 0.120 0.041 0.045 0.049 0.170 0.069 0.506 151 H 0.124 0.039 0.042 0.049 0.145 0.105 0.495 152 H 0.077 0.031 0.024 0.040 0.054 0.098 0.675 153 H 0.002 0.002 0.002 0.006 0.009 0.003 0.976